bp_bin/slice_align

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  22
  23 # This program is part of the Biopieces framework (www.biopieces.org).
  24
  25 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  26
  27 # Join sequences in the stream.
  28
  29 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  30
  31 require 'maasha/biopieces'
  32 require 'maasha/fasta'
  33 require 'maasha/seq'
  34
  35 casts = []
  36 casts << {long: 'beg',            short: 'b', type: 'uint',   mandatory: false, default: nil, allowed: nil, disallowed: "0"}
  37 casts << {long: 'end',            short: 'e', type: 'uint',   mandatory: false, default: nil, allowed: nil, disallowed: "0"}
  38 casts << {long: 'forward',        short: 'f', type: 'string', mandatory: false, default: nil, allowed: nil, disallowed: nil}
  39 casts << {long: 'reverse',        short: 'r', type: 'string', mandatory: false, default: nil, allowed: nil, disallowed: nil}
  40 casts << {long: 'reverse_rc',     short: 'R', type: 'string', mandatory: false, default: nil, allowed: nil, disallowed: nil}
  41 casts << {long: 'template_file',  short: 't', type: 'file!',  mandatory: false, default: nil, allowed: nil, disallowed: nil}
  42 casts << {long: 'mismatches',     short: 'm', type: 'uint',   mandatory: false, default: 2,   allowed: nil, disallowed: nil}
  43 casts << {long: 'insertions',     short: 'i', type: 'uint',   mandatory: false, default: 1,   allowed: nil, disallowed: nil}
  44 casts << {long: 'deletions',      short: 'd', type: 'uint',   mandatory: false, default: 1,   allowed: nil, disallowed: nil}
  45
  46 options = Biopieces.options_parse(ARGV, casts)
  47
  48 if options[:beg]
  49   raise "both --beg and --end must be speficied" unless options[:end]
  50   options[:beg] -= 1
  51   options[:end] -= 1
  52   raise "--beg (#{options[:beg]}) must be less than --end (#{options[:end]})" if options[:beg] > options[:end]
  53 elsif options[:forward]
  54   raise "both --forward and --reverse or --reverse_rc must be specified" unless options[:reverse] or options[:reverse_rc]
  55
  56   if options[:reverse_rc]
  57     options[:reverse] = Seq.new(seq: options[:reverse_rc], type: :dna).reverse.complement.seq
  58   end
  59 else
  60   raise "either --beg/--end or --forward/--reverse|--reverse_rc must be specified"
  61 end
  62
  63 Biopieces.open(options[:stream_in], options[:stream_out]) do |input, output|
  64   input.each_record do |record|
  65     if record[:SEQ]
  66       entry = Seq.new(seq: record[:SEQ])
  67
  68       unless options[:beg]
  69         compact = Seq.new(seq: entry.seq.dup)
  70         compact.seq.delete! "-.~"
  71
  72         fmatch = compact.patmatch(options[:forward],
  73                                   max_mismatches: options[:mismatches],
  74                                   max_insertions: options[:insertions],
  75                                   max_deletions: options[:deletions])
  76
  77         raise "forward primer: #{options[:forward]} not found" if fmatch.nil?
  78
  79         rmatch = compact.patmatch(options[:reverse],
  80                                   max_mismatches: options[:mismatches],
  81                                   max_insertions: options[:insertions],
  82                                   max_deletions: options[:deletions])
  83
  84         raise "reverse primer: #{options[:reverse]} not found" if rmatch.nil?
  85
  86         mbeg = fmatch.pos
  87         mend = rmatch.pos + rmatch.length - 1
  88
  89         indels = Regexp.new(/-|\.|~/)
  90
  91         i = 0
  92
  93         while entry.seq[i]
  94           unless entry.seq[i].match indels
  95             if mbeg > 0
  96               mbeg -= 1
  97               mend -= 1
  98             else
  99               options[:beg] = i
 100               break
 101             end
 102           end
 103
 104           i += 1
 105         end
 106
 107         while entry.seq[i]
 108           unless entry.seq[i].match indels
 109             if mend > 0
 110               mend -= 1
 111             else
 112               options[:end] = i
 113               break
 114             end
 115           end
 116
 117           i += 1
 118         end
 119       end
 120
 121       record[:SEQ]     = entry[options[:beg] .. options[:end]].seq
 122       record[:SEQ_LEN] = record[:SEQ].length
 123     end
 124
 125     output.puts record
 126   end
 127 end
 128
 129
 130 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 131
 132
 133 __END__