bamtk.c

   1 #include <stdio.h>
   2 #include <unistd.h>
   3 #include <assert.h>
   4 #include <fcntl.h>
   5 #include "bam.h"
   6
   7 #ifdef _USE_KNETFILE
   8 #include "knetfile.h"
   9 #endif
  10
  11 int bam_taf2baf(int argc, char *argv[]);
  12 int bam_mpileup(int argc, char *argv[]);
  13 int bam_merge(int argc, char *argv[]);
  14 int bam_index(int argc, char *argv[]);
  15 int bam_sort(int argc, char *argv[]);
  16 int bam_tview_main(int argc, char *argv[]);
  17 int bam_mating(int argc, char *argv[]);
  18 int bam_rmdup(int argc, char *argv[]);
  19 int bam_flagstat(int argc, char *argv[]);
  20 int bam_fillmd(int argc, char *argv[]);
  21 int bam_idxstats(int argc, char *argv[]);
  22 int main_samview(int argc, char *argv[]);
  23 int main_import(int argc, char *argv[]);
  24 int main_reheader(int argc, char *argv[]);
  25 int main_cut_target(int argc, char *argv[]);
  26 int main_phase(int argc, char *argv[]);
  27 int main_cat(int argc, char *argv[]);
  28 int main_depth(int argc, char *argv[]);
  29 int main_bam2fq(int argc, char *argv[]);
  30 int main_pad2unpad(int argc, char *argv[]);
  31 int main_bedcov(int argc, char *argv[]);
  32 int main_bamshuf(int argc, char *argv[]);
  33
  34 int faidx_main(int argc, char *argv[]);
  35
  36 static int usage()
  37 {
  38         fprintf(stderr, "\n");
  39         fprintf(stderr, "Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)\n");
  40         fprintf(stderr, "Version: %s\n\n", BAM_VERSION);
  41         fprintf(stderr, "Usage:   samtools <command> [options]\n\n");
  42         fprintf(stderr, "Command: view        SAM<->BAM conversion\n");
  43         fprintf(stderr, "         sort        sort alignment file\n");
  44         fprintf(stderr, "         mpileup     multi-way pileup\n");
  45         fprintf(stderr, "         depth       compute the depth\n");
  46         fprintf(stderr, "         faidx       index/extract FASTA\n");
  47 #if _CURSES_LIB != 0
  48         fprintf(stderr, "         tview       text alignment viewer\n");
  49 #endif
  50         fprintf(stderr, "         index       index alignment\n");
  51         fprintf(stderr, "         idxstats    BAM index stats (r595 or later)\n");
  52         fprintf(stderr, "         fixmate     fix mate information\n");
  53         fprintf(stderr, "         flagstat    simple stats\n");
  54         fprintf(stderr, "         calmd       recalculate MD/NM tags and '=' bases\n");
  55         fprintf(stderr, "         merge       merge sorted alignments\n");
  56         fprintf(stderr, "         rmdup       remove PCR duplicates\n");
  57         fprintf(stderr, "         reheader    replace BAM header\n");
  58         fprintf(stderr, "         cat         concatenate BAMs\n");
  59         fprintf(stderr, "         bedcov      read depth per BED region\n");
  60         fprintf(stderr, "         targetcut   cut fosmid regions (for fosmid pool only)\n");
  61         fprintf(stderr, "         phase       phase heterozygotes\n");
  62         fprintf(stderr, "         bamshuf     shuffle and group alignments by name\n");
  63 //      fprintf(stderr, "         depad       convert padded BAM to unpadded BAM\n"); // not stable
  64         fprintf(stderr, "\n");
  65 #ifdef _WIN32
  66         fprintf(stderr, "\
  67 Note: The Windows version of SAMtools is mainly designed for read-only\n\
  68       operations, such as viewing the alignments and generating the pileup.\n\
  69       Binary files generated by the Windows version may be buggy.\n\n");
  70 #endif
  71         return 1;
  72 }
  73
  74 int main(int argc, char *argv[])
  75 {
  76 #ifdef _WIN32
  77         setmode(fileno(stdout), O_BINARY);
  78         setmode(fileno(stdin),  O_BINARY);
  79 #ifdef _USE_KNETFILE
  80         knet_win32_init();
  81 #endif
  82 #endif
  83         if (argc < 2) return usage();
  84         if (strcmp(argv[1], "view") == 0) return main_samview(argc-1, argv+1);
  85         else if (strcmp(argv[1], "import") == 0) return main_import(argc-1, argv+1);
  86         else if (strcmp(argv[1], "mpileup") == 0) return bam_mpileup(argc-1, argv+1);
  87         else if (strcmp(argv[1], "merge") == 0) return bam_merge(argc-1, argv+1);
  88         else if (strcmp(argv[1], "sort") == 0) return bam_sort(argc-1, argv+1);
  89         else if (strcmp(argv[1], "index") == 0) return bam_index(argc-1, argv+1);
  90         else if (strcmp(argv[1], "idxstats") == 0) return bam_idxstats(argc-1, argv+1);
  91         else if (strcmp(argv[1], "faidx") == 0) return faidx_main(argc-1, argv+1);
  92         else if (strcmp(argv[1], "fixmate") == 0) return bam_mating(argc-1, argv+1);
  93         else if (strcmp(argv[1], "rmdup") == 0) return bam_rmdup(argc-1, argv+1);
  94         else if (strcmp(argv[1], "flagstat") == 0) return bam_flagstat(argc-1, argv+1);
  95         else if (strcmp(argv[1], "calmd") == 0) return bam_fillmd(argc-1, argv+1);
  96         else if (strcmp(argv[1], "fillmd") == 0) return bam_fillmd(argc-1, argv+1);
  97         else if (strcmp(argv[1], "reheader") == 0) return main_reheader(argc-1, argv+1);
  98         else if (strcmp(argv[1], "cat") == 0) return main_cat(argc-1, argv+1);
  99         else if (strcmp(argv[1], "targetcut") == 0) return main_cut_target(argc-1, argv+1);
 100         else if (strcmp(argv[1], "phase") == 0) return main_phase(argc-1, argv+1);
 101         else if (strcmp(argv[1], "depth") == 0) return main_depth(argc-1, argv+1);
 102         else if (strcmp(argv[1], "bam2fq") == 0) return main_bam2fq(argc-1, argv+1);
 103         else if (strcmp(argv[1], "pad2unpad") == 0) return main_pad2unpad(argc-1, argv+1);
 104         else if (strcmp(argv[1], "depad") == 0) return main_pad2unpad(argc-1, argv+1);
 105         else if (strcmp(argv[1], "bedcov") == 0) return main_bedcov(argc-1, argv+1);
 106         else if (strcmp(argv[1], "bamshuf") == 0) return main_bamshuf(argc-1, argv+1);
 107         else if (strcmp(argv[1], "pileup") == 0) {
 108                 fprintf(stderr, "[main] The `pileup' command has been removed. Please use `mpileup' instead.\n");
 109                 return 1;
 110         }
 111 #if _CURSES_LIB != 0
 112         else if (strcmp(argv[1], "tview") == 0) return bam_tview_main(argc-1, argv+1);
 113 #endif
 114         else {
 115                 fprintf(stderr, "[main] unrecognized command '%s'\n", argv[1]);
 116                 return 1;
 117         }
 118         return 0;
 119 }