fix slurm typo

sbatch reads from STDIN by default

support slurm

only escape if the command contains a space

tweak -N sanitation

sanitize -N

add --join option

support account option -A

add support for more -l options to qsub

automatically specify a job name (no more STDIN)

allow for running all array items in one job

handle running multiple array options in each job to work around low queue limits

fixup array slot limit

add array slot limit

add missing _ in here doc end

remove die because we now support array options

add support for array options

mem needs to be concatenated, not separated with ,

specify the -I option correctly

actually return the qsub options

avoid using Pod::Simple because biocluster doesn't have it installed in the system perl

make dqsub executable

fix two typos in dqsub

add start of dqsub

tweak the invocation slightly

add the option to give a -j to make

fix if statement

add make

only e-mail on abort

we can only request 18GB

add destination directory

stop immediately upon error

reserve 32GB of ram

send mail when the job ends

use - for stdin

we want samtools 1.0, not samtools 0.1.8

compress fastq

load samtools

use rsync instead of wget

fix wrong SRR variable name

quote variables

add missing space

fix variable names which were wrong

add fpkm script