fpkm_from_srr

   1 #!/bin/bash
   2
   3 CORES=8
   4 MAX_MEM="18GB"
   5
   6 set -e;
   7
   8 function actually_run_the_alignment {
   9     module load sratoolkit/2.3.5-2;
  10     module load bwa/0.7.10;
  11     module load cufflinks/2.2.1;
  12     module load samtools/1.0;
  13     (cd "${FROM_SRR_SRR}";
  14      fastq-dump --gzip ${FROM_SRR_SRR}.sra;
  15      bwa mem -t ${CORES} $FROM_SRR_REF ${FROM_SRR_SRR}.fastq.gz | samtools view -b -o ${FROM_SRR_SRR}.bam -;
  16      samtools sort ${FROM_SRR_SRR}.bam -o ${FROM_SRR_SRR}.sorted.bam -T temp
  17      cufflinks -p ${MAX_MEM} -G $FROM_SRR_GTF ${FROM_SRR_SRR}.sorted.bam;
  18      rm -f ${FROM_SRR_SRR}.fastq.gz ${FROM_SRR_SRR}.bam
  19     );
  20 };
  21
  22 function set_up_the_run {
  23     FROM_SRR_SRR="$1"
  24     FROM_SRR_REF="$2"
  25     FROM_SRR_GTF="$3"
  26     export FROM_SRR_SRR FROM_SRR_GTF FROM_SRR_REF;
  27     mkdir -p "$FROM_SRR_SRR";
  28     (cd "$FROM_SRR_SRR";
  29      rsync -avP rsync://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/${FROM_SRR_SRR:0:6}/${FROM_SRR_SRR}/${FROM_SRR_SRR}.sra .;
  30     );
  31     qsub -q budget -v FROM_SRR_SRR,FROM_SRR_GTF,FROM_SRR_REF -S /bin/bash -d $(pwd) -m a -M donarm@illinois.edu -l "nodes=1:ppn=${CORES},mem=${MAX_MEM}" "$0"
  32 };
  33
  34
  35 if [ -z "$1" ] || [ -z "$2" ] || [ -z "$3" ]; then
  36     if [ -n "$FROM_SRR_SRR" ]; then
  37         actually_run_the_alignment;
  38         exit 0;
  39     fi;
  40 else
  41     set_up_the_run "$1" "$2" "$3";
  42     exit 0;
  43 fi;
  44 echo "You need to give an SRR, REF, and GTF on the command line";
  45 exit 1;
  46