add --output,-c option to mpileup

Merge pull request #44 from peterjc/check_bins

Update 'samtools index' BIN verification code

Correct BIN check for CIGAR less reads

This should mimic the logic in the import code. Any such reads
should also be unmapped.

Show reference name in bad BIN error message

Merge pull request #43 from peterjc/depad_bins

Update BIN values in 'samtools depad' & check in 'samtools index'

Slightly more detailed error message for debugging.

It would be nice to include the RNAME, but currently the header
is being discarded before parsing.

Should update POS on unmapped reads in 'samtools depad'

Previously unmapped reads with a POS entry (e.g. those reads with
a mate which was mapped) were not being updated.

This has passed my testing with some non-trivial de novo MIRA 3.9
assemblies, coupled with the new 'samtools index' BIN verification.

Update 'samtools depad' help text regarding FASTA reference file

Verify old BIN value of reads during 'samtools index'.

This simple check catches invalid BIN values in reads which can cause
subtle bugs due to position-based retrieval missing data, and simple
out of bounds errors if a BIN is used beyond the length of the reference.

Update BIN values in 'samtools depad'

By its nature, 'samtools depad' edits mapped reads, altering both
the mapping position and CIGAR string. This means the mapped start
and end can change, and therefore the BIN can change.

Prior to this fix the pre-editing BIN (from the padded reference)
was being written to the BAM output, leading to subtle problems
downstream when trying to use the depadded BAM file via the BAI
index. For example, in Picard v1.89 this could trigger an
java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException where an old BIN was
outside the length of the unpadded reference sequence.

bgzip now compiles

The indel stats (IS) annotation splitted into two: IDV and IMF

mpileup indel hotfix: fix in detecting long stretches of N's. The version string can be now overriden, either directly or using git-stamp Makefile rule

mpileup fix: Print error message and exit when no files given. (On behalf of Gert Hulselmans)

bcftools: version bump

Version bump

Updated NEWS document

Merge remote branch 'pd3master/master'

Get rid of %ld-with-int64_t warning on Mac

Updated man pages

mpileup: New HWE, QBD, RPS annotations. Modified VDB (beware: this version of VDB may be broken). Fix in indel calling: Ignore insertions with N's. Output contigs in the VCF header. New sam_header2tbl_n() API call.

Fixed brackets missing in the previous commit

Merge remote branch 'remotes/master/master' into fb-annots

backup commit

Merge branch 'master' of github.com:samtools/samtools

bcftools view: Exit with an error if the -l file cannot be read

Merge pull request #30 from leecbaker/master

Fixed several small memory leaks.

Fix memory leaks:
* When downloading a remote FASTA index
* When indexing a BAM, we can't open the FAI file
* When indexing a BCF, we can't open the index file
* Parsing a VCF header with no sample line
* Encountering multiple adjacent tabs in a SAM header

backup commit

bcftools view: always output the header, even when no other arguments are given

Adding -f flag to samtools sort to give output name directly.

Merge remote branch 'remotes/pierre/master' into develop

fix html

cont

works

cont

works with curses

cont

...

dump log-likelihood

bamcheck: new stats, number of filtered vs raw sequences

Merge branch 'vsbuffalo-master' into develop

fixed missing braces

big fix: using samtools view file.bam gibberish returns alignments; iter not checked against kh_end

mpileup: New --rf and --ff options for filtering reads

bamcheck: New stats - the number of QC failed reads and non-primary alignments

bam2depth: Enabled reading the list of BAMs from a file list

ksort.h: declared __ks_insertsort_##name as static to compile with C99. (On behalf of Hanspeter Niederstrasser.)

bam_plcmd.c: more descriptive -b usage help message

bam_plcmd.c: added sanity check in read_file_list, complain if file list is not a file list

bamcheck: New stats, number of pairs mapped to different chromosomes

misc/Makefile, on behalf of ghuls: changed the order of bamcheck rules with -lz last

bamcheck: max quality value increased to 255 to handle missing qual field; pairs with IS=0 can still count as paired; output IS=0 stats as well

bamcheck: Fixed a bug introduced by previous change igcd to uint: not a good idea to init with -1.

Merge remote branch 'remotes/pd3master/master' into develop

Drop empty bins from coverage distribution

Changed default reflen; more informative error message when GCD bin size too small or reflen too big

More user-friendly error output

Complain when BAM cannot be open. Severe bug fixed in -m haploid calling.

Merge remote branch 'remotes/pd3/master'

Conflicts:
misc/bamcheck.c

Fix in insertion cycle calculation of rev reads

GC-depth calculation now more robust to small GCD bin sizes

New --GC-depth option to bamcheck. Take into account not so frequent CIGAR codes. Fix in realloc_buffers. Prevent segfault with long command line options; Set xrange correctly in plot-bamcheck coverage.gp

Merge pull request #14 from peterjc/depad3

Update MPOS/PNEXT during 'samtools depad'

Fix 'samtools depad' seg-fault when MPOS/PNEXT given but MRNM/RNEXT is not

Tweak order free things (avoids an 'samtools depad' seg fault on error)

First attempt at updating MPOS in 'samtools depad'

r580: bugfix - bam_aux_get() error given 'f' type

Use int64_t to prevent count overflow in view -c; on behalf of Joshua Randall: Set y2range in quals2.png plot

Fix in output of missing haploid genotypes

Allow filtering by read group or sample name in bamcheck. Bug fix in rm_info.

VCF annotations with and without -m and more robust rm_info

Bug fixes

Alternative model for multiallelic and rare-variant calling. Proof-of-principle implementation.

New -p switch for increased sensititivy of indel-calling. Here -m and -F are used per-sample which enables to detect rare indels in low-coverage bams. Experimental.

Merge branch 'master' of github.com:samtools/samtools

New -p option to start tview at desired position

r579: after merging Peter's depad changes

fixed a couple of minor compiling warnings

Merge pull request #11 from peterjc/depad2

Depad2

Update @SQ lines during 'samtools depad'

Note does not (yet) preserve additional @SQ line tags (e.g. AS, SP, UR).

Calculate unpadded reference length, update BAM header (SAM header pending)

SAM/BAM input to 'samtools depad' not linked to FASTA reference

Wording of error messages

Catch missing reference error in faidx (avoids floating point exception)

Check embedded reference against FASTA if given in 'samtools depad'

Use FASTA file when no embedded reference in 'samtools depad'

Load FAI in 'samtools depad' (not used yet)

Add reference FASTA file to 'samtools depad' command line (not used yet)

Support SAM or BAM input/output in 'samtools depad' (default still BAM -> BAM)

Minimal 'samtools depad' command line parsing (-? only so far)

Adding a usage function to 'samtools depad' following 'samtools view' style

Add a tiny bit of help text to 'samtools depad' command.

Revert one of my earlier changes - Heng was right, CIGAR P not sensible in a padded reference

Fix buffer overflow in 'samtools depad' with CIGAR D operators

Fixed the next silly error on that line.

Fix silly typo

More elegant solution to avoid superfluous leading P ops

Refine logic for removing superfluous P ops (still testing ...)

Merge remote branch 'rq/getopt_mac'