Use FASTA file when no embedded reference in 'samtools depad'

Load FAI in 'samtools depad' (not used yet)

Add reference FASTA file to 'samtools depad' command line (not used yet)

Support SAM or BAM input/output in 'samtools depad' (default still BAM -> BAM)

Minimal 'samtools depad' command line parsing (-? only so far)

Adding a usage function to 'samtools depad' following 'samtools view' style

Add a tiny bit of help text to 'samtools depad' command.

Revert one of my earlier changes - Heng was right, CIGAR P not sensible in a padded reference

Fix buffer overflow in 'samtools depad' with CIGAR D operators

Fixed the next silly error on that line.

Fix silly typo

More elegant solution to avoid superfluous leading P ops

Refine logic for removing superfluous P ops (still testing ...)

Merge remote branch 'rq/getopt_mac'

Fix missing declaration for getopt on Mac OS X

Update bam1_core_t and bam1_t documentation

* Query strand is no longer represented by a field of its own.
* The order of segments in data appears to have changed.
* Added notes about encoding of cigar and seq data in the bam1_t.data byte array.

New -s option for multisample BAMs: include only reads from a given sample in the display

Fixed errors introduced by the 8c15f916dabce475febdf508a9cc0c708c5a7747 commit.

The -E switch to recalculate extended BAQ on the fly, ignoring existing BQs

Fix to prevent long stretches of Ns to be mistaken for indels; Always output the most likely ALT allele

Merge branch 'master' of github.com:samtools/samtools

Added -f, -F options. Count and plot indels per cycle for each mate pair separately.

change the default clevel to 1 for speed

added bamshuf from htslib

bugfix: bgzf-mt may write prematured output

added length threshold

Reverted to the previous behaviour, the unmapped reads are not removed. Added -r switch for backward compatibility.

init_regions: check for non-matching sequence names

Resolved merge conflict

Indexed access can be now combined with target regions. The number of mapped bases more accurate now with -t.

r572: added "bedcov" command

change getline() to mygetline()

updated to the latest kseq

Added check for out-of-bounds indels at the end of reads

On behalf of Bradford Powell: fixed typo in VCF header, output DV not DP

Removed glibc dependency (getline)

Merge remote branch 'main/master'

Conflicts:
misc/Makefile
misc/bamcheck.c

Merge branch 'master' of github.com:samtools/samtools

compiling errors on some machines

Temporary fix to prevent segfault in kpa_glocal

shrink bam1_t::m_data when sorting

Otherwise most of allocated memory may not be used

Merge branch 'master' of github.com:samtools/samtools into mt

Conflicts:
misc/Makefile

Also, killed warnings on Mac

Merge pull request #2 from peterjc/depad

Improvments to 'samtools depad' command

Compile cleanly from top-level Makefile. Check for out of bounds tids.

Compile cleanly from top-level Makefile. Check for out of bounds tids.

Added rule for bamcheck creation

Added rule for bamcheck creation

Initial release of bamcheck and plot-bamcheck

Initial release of bamcheck and plot-bamcheck

Check reference length in BAM header against embedded reference in 'samtools depad'

Cope with trailing CIGAR H (or S and H) in 'samtools depad'

Cope with leading CIGAR H (or H and S) in 'samtools depad'

Tolerate CIGAR H operators in 'samtools depad'

Include leading CIGAR P operators in 'samtools depad'

Record actual sequence in unpad_seq (fixes apparently harmless bug)

filter on query sequence length (not aln len)

move seqtk to a separate project

Correct my error message; assed some comments

Add TODO note about reference lengths

Cope with CIGAR D or P to mark gaps in an embedded padded reference

Check current reference sequence matches RNAME in samtools depad

Support CIGAR X/= in depad

Helpful error message on bad CIGAR in unpad_seq

change SO

a little more accurate mem estimate

control compression level at command line

optionally surpress /[12] in bam2fq

Merge branch 'master' into mt

bugfix: downsampling not always working

name sorting checkes READ1 and READ2

sorting also considers strand

Previously, merging considers strand but sorting not. This is a bug and breaks
stability. Now it seems that sorting is stable and it gives the same output no
matter what parameters in use.

change the default block size in sorting

multi-threaded sorting

added .gitignore

added mt comression to merge

updated the alphanum comparison function

avoid wasting CPU time by the master thread

use conditional variable

bugfix in caching

multi-threading working on toy examples

preliminary implementation; not tested

updated with the latest bgzf library

On behalf of Petr: multi-allelic GT

Removed SVN ChangeLog; merged my private github Log to ChangeLog.old

doc for downsampling

another example, used by g1k for QA

Two auxilary Lua scripts

Incoporated changes from Nils Homer.

 * Better error checking in bam_sort.c
 * Parse "K", "M" and "G" in the sort command
 * Better color-space handling
 * Bugfix of wrong integer conversion

New commands are not added.

bugfix: wrong SP; missing DV in the VCF header

changes from git

unpadded output

added the ace2sam converter

converted padded SAM to unpadded SAM

 * Updated samtools to the latest
 * Added seqtk.c
 * Updated wgsim.c
 * release samtools-0.1.18

 * bugfix in index: large memory when a read pos is 1
 * bugfix in BAQ: incorrect probability (rare)
 * compute variant distance bias (commited by Petr)
 * bugfix for computing LRT2: LRT2=nan

allow to set seed in view-subsampling

subsampling read pairs

support trio indels

for WIN32 compatibility

fixed a bug in bam_plcmd.c