* samtools-0.1.2-16
 * made pileup take a list of proposed indels. An insertion is N at the moment.
 * added my kstring library for a bit complex parsing of the position list.

 * soap2sam.pl-0.1.2
 * more robust to truncated soap output

added bam_stat.o to Makefile.lite

 * samtools-0.1.2-15
 * generate RMS of mapQ instead of max mapQ

 * samtools-0.1.2-14
 * implemented GLFv3

 * samtools-0.1.2-13
 * fixed a minor bug in displaying pileup

 * samtools-0.1.2-12
 * optionally print SAM header

 * samtools-0.1.2-11
 * use "GLF\3" as the magic for GLFv3 files

 * samtools-0.1.2-10
 * fixed a bug in import: core.bin is undefined for unmapped reads
 * this bug can be alleviated (not completely solved) in bam_index.c
 * update to GLFv3: pos is changed to offset for better compression

 * wgsim-0.2.3
 * fixed a bug in simulating indels

 * wgsim-0.2.2
 * allow to print mismatch information as fastq comment. MAQ does
   not like long read names.

 * wgsim-0.2.1
 * fixed a bug about color read coordinates
 * fixed a bug in read names
 * wgsim_eval.pl-0.1.3
 * make the script work with color reads

 * wgsim: added a note

 * wgsim-0.2.0
 * considerable code clean up
 * print number of substitutions/indels/errors on each read
 * potentially support SOLiD simulation, though not tested at the moment
 * wgsim_eval.pl-0.1.2
 * change in accordant with wgsim

 * samtools-0.1.2-9
 * fixed a bug in bam_fetch, caused by completely contained adjacent chunks

Fix annoying segv when invalid region specified.

 * move indel_filter.pl to samtools.pl

 * samtools-0.1.2-7
 * fixed a bug in fixmate: SE reads are flagged as BAM_FMUNMAP

 * samtools-0.1.2-7
 * fixed a minor bug in flagstat

 * samtools-0.1.2-6
 * improve indel caller by setting maximum window size

 * output max mapping quality in indel line

fixed a bug in generating tag AM

fixed a potential memory problem in indexing

Pass LIBS to recursive targets to facilitate building at Broad.

 * samtools-0.1.2-3
 * fixed a bug in generating GLFv2 for indels
 * improve flagstat report a little bit

 * samtools-0.1.2-1
 * added flagstat command

Release SAMtools-0.1.2

Script for filtering indel results

convert ZOOM to SAM

add a script to convert novo alignment to SAM

update documentation and ChangeLog

 * samtools-0.1.1-19
 * fixed a bug in "merge" command line

 * merge from branches/dev/
 * all future development will happen here

 * Merge from branches/dev/
 * all future development will happen here at trunk/

Fix problem with compiling without curses.

Create trunk copy