]> git.donarmstrong.com Git - samtools.git/commitdiff
bam_plcmd.c: more descriptive -b usage help message
authorPetr Danecek <pd3@sanger.ac.uk>
Mon, 3 Dec 2012 10:00:44 +0000 (10:00 +0000)
committerPetr Danecek <pd3@sanger.ac.uk>
Mon, 3 Dec 2012 10:00:44 +0000 (10:00 +0000)
bam_plcmd.c

index a51e7731b0616a8dcf0c4f709f20544f4997ca47..852e9ee4c0203c7febb1a4d498eb96ad7a18bf98 100644 (file)
@@ -523,7 +523,7 @@ int bam_mpileup(int argc, char *argv[])
                fprintf(stderr, "       -6           assume the quality is in the Illumina-1.3+ encoding\n");
                fprintf(stderr, "       -A           count anomalous read pairs\n");
                fprintf(stderr, "       -B           disable BAQ computation\n");
-               fprintf(stderr, "       -b FILE      list of input BAM files [null]\n");
+               fprintf(stderr, "       -b FILE      list of input BAM filenames, one per line [null]\n");
                fprintf(stderr, "       -C INT       parameter for adjusting mapQ; 0 to disable [0]\n");
                fprintf(stderr, "       -d INT       max per-BAM depth to avoid excessive memory usage [%d]\n", mplp.max_depth);
                fprintf(stderr, "       -E           recalculate extended BAQ on the fly thus ignoring existing BQs\n");