r579: after merging Peter's depad changes

[samtools.git] / Makefile

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 4699878859358647cfe05946214d68f2f841d8c5..dbd90af737a7f360df90e110f66a30a915bba435 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,7 +1,7 @@
 CC=                    gcc
 CFLAGS=                -g -Wall -O2
 #LDFLAGS=              -Wl,-rpath,\$$ORIGIN/../lib
-DFLAGS=                -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -DBGZF_CACHE -D_CURSES_LIB=1
+DFLAGS=                -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
 KNETFILE_O=    knetfile.o
 LOBJS=         bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
                        bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o razf.o faidx.o bedidx.o \
@@ -9,7 +9,7 @@ LOBJS=          bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
 AOBJS=         bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
                        bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
                        bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
-                       cut_target.o phase.o bam2depth.o padding.o
+                       cut_target.o phase.o bam2depth.o padding.o bedcov.o bamshuf.o
 PROG=          samtools
 INCLUDES=      -I.
 SUBDIRS=       . bcftools misc
@@ -43,13 +43,16 @@ libbam.a:$(LOBJS)
                $(AR) -csru $@ $(LOBJS)
 
 samtools:lib-recur $(AOBJS)
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LDFLAGS) libbam.a -Lbcftools -lbcf $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lm -lz
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LDFLAGS) libbam.a -Lbcftools -lbcf $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lm -lz -lpthread
 
 razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
                $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
 
 bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz -lpthread
+
+bgzf.o:bgzf.c bgzf.h
+               $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) -DBGZF_CACHE $(INCLUDES) bgzf.c -o $@
 
 razip.o:razf.h
 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h