Generate binary VCF

[samtools.git] / Makefile

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 88d82178ed6b4a82b983091f97b51e2042d3f157..4f89dc1e47d80243d591ca67048d25ef6832e4f8 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,5 +1,5 @@
 CC=                    gcc
-CFLAGS=                -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
+CFLAGS=                -g -Wall #-O2 #-m64 #-arch ppc
 DFLAGS=                -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
 KNETFILE_O=    knetfile.o
 LOBJS=         bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
@@ -7,7 +7,7 @@ LOBJS=          bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
                        $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o
 AOBJS=         bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
                        bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
-                       bamtk.o kaln.o bam_mcns.o
+                       bamtk.o kaln.o bam_mcns.o bam2bcf.o bcf.o
 PROG=          samtools
 INCLUDES=
 SUBDIRS=       . misc
@@ -53,7 +53,7 @@ bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
 sam.o:sam.h bam.h
 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
-bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
+bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h bam_mcns.h bcf.h bam2bcf.h
 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
@@ -62,6 +62,8 @@ bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
 bam_md.o:bam.h faidx.h
 glf.o:glf.h
 sam_header.o:sam_header.h khash.h
+bcf.o:bcf.h
+bam2bcf.o:bam2bcf.h bcf.h
 
 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
 faidx_main.o:faidx.h razf.h