works

[samtools.git] / Makefile

diff --git a/Makefile b/Makefile
index db183330d1fb76ce4fa0d17d8dab65afdfbeb65a..2f51bfcb920aef7cfada148a1743c1f1fa9b47db 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,14 +1,16 @@
 CC=                    gcc
-CFLAGS=                -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
+CFLAGS=                -g -Wall -O2
+#LDFLAGS=              -Wl,-rpath,\$$ORIGIN/../lib
 DFLAGS=                -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
 KNETFILE_O=    knetfile.o
 LOBJS=         bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
                        bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o razf.o faidx.o bedidx.o \
                        $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bam_cat.o
-AOBJS=         bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o      \
-                       bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
+AOBJS=         bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
+                       bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
                        bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
-                       cut_target.o phase.o bam2depth.o
+                       cut_target.o phase.o bam2depth.o padding.o bedcov.o bamshuf.o \
+                       bam_tview_curses.o bam_tview_html.o
 PROG=          samtools
 INCLUDES=      -I.
 SUBDIRS=       . bcftools misc
@@ -16,6 +18,7 @@ LIBPATH=
 LIBCURSES=     -lcurses # -lXCurses
 
 .SUFFIXES:.c .o
+.PHONY: all lib
 
 .c.o:
                $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
@@ -41,13 +44,16 @@ libbam.a:$(LOBJS)
                $(AR) -csru $@ $(LOBJS)
 
 samtools:lib-recur $(AOBJS)
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -Lbcftools $(LIBPATH) libbam.a -lbcf $(LIBCURSES) -lm -lz
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LDFLAGS) libbam.a -Lbcftools -lbcf $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lm -lz -lpthread
 
 razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $^ -lz
 
 bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $^ -lz -lpthread
+
+bgzf.o:bgzf.c bgzf.h
+               $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) -DBGZF_CACHE $(INCLUDES) bgzf.c -o $@
 
 razip.o:razf.h
 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
@@ -57,7 +63,9 @@ bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
-bam_tview.o:bam.h faidx.h
+bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_tview.h
+bam_tview_curses.o:bam.h faidx.h bam_tview.h
+bam_tview_html.o:bam.h faidx.h bam_tview.h
 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
 bam_md.o:bam.h faidx.h
 sam_header.o:sam_header.h khash.h