works

[samtools.git] / Makefile

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 965491a9fa518bc990328b34699863c418554cb3..2f51bfcb920aef7cfada148a1743c1f1fa9b47db 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,13 +1,16 @@
 CC=                    gcc
-CFLAGS=                -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
-DFLAGS=                -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
+CFLAGS=                -g -Wall -O2
+#LDFLAGS=              -Wl,-rpath,\$$ORIGIN/../lib
+DFLAGS=                -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
 KNETFILE_O=    knetfile.o
 LOBJS=         bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
-                       bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o \
-                       $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o
-AOBJS=         bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
-                       bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
-                       bamtk.o kaln.o kprobaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o
+                       bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o razf.o faidx.o bedidx.o \
+                       $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bam_cat.o
+AOBJS=         bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
+                       bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
+                       bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
+                       cut_target.o phase.o bam2depth.o padding.o bedcov.o bamshuf.o \
+                       bam_tview_curses.o bam_tview_html.o
 PROG=          samtools
 INCLUDES=      -I.
 SUBDIRS=       . bcftools misc
@@ -15,6 +18,7 @@ LIBPATH=
 LIBCURSES=     -lcurses # -lXCurses
 
 .SUFFIXES:.c .o
+.PHONY: all lib
 
 .c.o:
                $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
@@ -37,35 +41,40 @@ all:$(PROG)
 lib:libbam.a
 
 libbam.a:$(LOBJS)
-               $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
+               $(AR) -csru $@ $(LOBJS)
 
 samtools:lib-recur $(AOBJS)
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) libbam.a -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz -Lbcftools -lbcf
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LDFLAGS) libbam.a -Lbcftools -lbcf $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lm -lz -lpthread
 
 razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $^ -lz
 
 bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $^ -lz -lpthread
+
+bgzf.o:bgzf.c bgzf.h
+               $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) -DBGZF_CACHE $(INCLUDES) bgzf.c -o $@
 
 razip.o:razf.h
 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
 sam.o:sam.h bam.h
 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
-bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
+bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
-bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
-bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h kaln.h
+bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_tview.h
+bam_tview_curses.o:bam.h faidx.h bam_tview.h
+bam_tview_html.o:bam.h faidx.h bam_tview.h
 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
 bam_md.o:bam.h faidx.h
-glf.o:glf.h
 sam_header.o:sam_header.h khash.h
 bcf.o:bcftools/bcf.h
 bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
 bam2bcf_indel.o:bam2bcf.h
 errmod.o:errmod.h
+phase.o:bam.h khash.h ksort.h
+bamtk.o:bam.h
 
 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
 faidx_main.o:faidx.h razf.h