DFLAGS= -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=2
KNETFILE_O= knetfile.o
LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
- bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o \
- $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o
-AOBJS= bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
+ bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o razf.o faidx.o \
+ $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bedidx.o
+AOBJS= bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
- bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o
+ bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
+ cut_target.o phase.o bam_cat.o bam2depth.o
BCFOBJS= bcftools/bcf.o bcftools/fet.o bcftools/bcf2qcall.o bcftools/bcfutils.o \
- bcftools/call1.o bcftools/index.o bcftools/kfunc.o bcftools/ld.o \
- bcftools/prob1.o bcftools/vcf.o
+ bcftools/call1.o bcftools/index.o bcftools/kfunc.o bcftools/em.o \
+ bcftools/kmin.o bcftools/prob1.o bcftools/vcf.o bcftools/mut.o
PROG= samtools.exe bcftools.exe
INCLUDES= -I. -Iwin32
SUBDIRS= .
samtools.exe:$(AOBJS) libbam.a $(BCFOBJS)
$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(BCFOBJS) $(LIBPATH) -lm -L. -lbam -Lwin32 -lz -lcurses -lws2_32
-bcftools.exe:$(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o -lm -Lwin32 -lz -lws2_32
+bcftools.exe:$(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o bedidx.o
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o bedidx.o -lm -Lwin32 -lz -lws2_32
razip.o:razf.h
bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
projects / samtools.git / blobdiff