* samtools-0.1.3-11 (r258)

[samtools.git] / Makefile.lite

diff --git a/Makefile.lite b/Makefile.lite
index 90b52e59d7ad9ef47c96822361e2d11e9897d4e1..229565f8e9d5c843d3f6aa69dc264faf36eb39b8 100644 (file)
--- a/Makefile.lite
+++ b/Makefile.lite
@@ -5,7 +5,7 @@ CXXFLAGS=       $(CFLAGS)
 DFLAGS=                -D_IOLIB=2 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_NO_CURSES -D_NO_RAZF
 OBJS=          bam.o bam_import.o bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_sort.o bam_index.o \
                        bgzf.o faidx.o bam_tview.o bam_maqcns.o bam_aux.o bam_plcmd.o \
-                       bam_mate.o bam_rmdup.o glf.o bam_stat.o kstring.o bam_md.o
+                       bam_mate.o bam_rmdup.o glf.o bam_stat.o kstring.o bam_md.o sam.o sam_view.o
 PROG=          samtools
 INCLUDES=      
 LIBS=          -lm -lz
@@ -43,10 +43,11 @@ bgzip:bgzip.o bgzf.o
                $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(LIBS)
 
 razip.o:razf.h
-bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h
+bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
+sam.o:sam.h bam.h
 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
-bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
+bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
@@ -54,6 +55,7 @@ bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
 bam_md.o:bam.h faidx.h
 razf.o:razf.h
+glf.o:glf.h
 
 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
 faidx_main.o:faidx.h razf.h