bam_tview_curses.c

   1 #undef _HAVE_CURSES
   2
   3 #if _CURSES_LIB == 0
   4 #elif _CURSES_LIB == 1
   5 #include <curses.h>
   6 #ifndef NCURSES_VERSION
   7 #warning "_CURSES_LIB=1 but NCURSES_VERSION not defined; tview is NOT compiled"
   8 #else
   9 #define _HAVE_CURSES
  10 #endif
  11 #elif _CURSES_LIB == 2
  12 #include <xcurses.h>
  13 #define _HAVE_CURSES
  14 #else
  15 #warning "_CURSES_LIB is not 0, 1 or 2; tview is NOT compiled"
  16 #endif
  17
  18
  19 #include "bam_tview.h"
  20
  21 #ifdef _HAVE_CURSES
  22
  23
  24
  25 typedef struct CursesTview {
  26         tview_t view;
  27         WINDOW *wgoto, *whelp;
  28         } curses_tview_t;
  29
  30
  31
  32
  33 #define FROM_TV(ptr) ((curses_tview_t*)ptr)
  34
  35 static void curses_destroy(tview_t* base)
  36         {
  37         curses_tview_t* tv=(curses_tview_t*)base;
  38
  39
  40         delwin(tv->wgoto); delwin(tv->whelp);
  41         endwin();
  42
  43         base_tv_destroy(base);
  44
  45         free(tv);
  46         }
  47
  48 /*
  49  void (*my_mvprintw)(struct AbstractTview* ,int,int,const char*,...);
  50     void (*my_)(struct AbstractTview*,int,int,int);
  51     void (*my_attron)(struct AbstractTview*,int);
  52     void (*my_attroff)(struct AbstractTview*,int);
  53     void (*my_clear)(struct AbstractTview*);
  54     int (*my_colorpair)(struct AbstractTview*,int);
  55 */
  56
  57 static void curses_mvprintw(struct AbstractTview* tv,int y ,int x,const char* fmt,...)
  58         {
  59         unsigned int size=tv->mcol+2;
  60         char* str=malloc(size);
  61         if(str==0) exit(EXIT_FAILURE);
  62         va_list argptr;
  63         va_start(argptr, fmt);
  64         vsnprintf(str,size, fmt, argptr);
  65         va_end(argptr);
  66         mvprintw(y,x,str);
  67         free(str);
  68         }
  69
  70 static void curses_mvaddch(struct AbstractTview* tv,int y,int x,int ch)
  71         {
  72         mvaddch(y,x,ch);
  73         }
  74
  75 static void curses_attron(struct AbstractTview* tv,int flag)
  76     {
  77     attron(flag);
  78     }
  79 static void curses_attroff(struct AbstractTview* tv,int flag)
  80     {
  81     attroff(flag);
  82     }
  83 static void curses_clear(struct AbstractTview* tv)
  84     {
  85     clear();
  86     }
  87
  88 static int curses_colorpair(struct AbstractTview* tv,int flag)
  89     {
  90     return COLOR_PAIR(flag);
  91     }
  92
  93 static int curses_drawaln(struct AbstractTview* tv, int tid, int pos)
  94     {
  95     return base_draw_aln(tv,  tid, pos);
  96     }
  97
  98
  99
 100 static void tv_win_goto(curses_tview_t *tv, int *tid, int *pos)
 101         {
 102         char str[256], *p;
 103         int i, l = 0;
 104         tview_t *base=(tview_t*)tv;
 105         wborder(tv->wgoto, '|', '|', '-', '-', '+', '+', '+', '+');
 106         mvwprintw(tv->wgoto, 1, 2, "Goto: ");
 107         for (;;) {
 108                 int c = wgetch(tv->wgoto);
 109                 wrefresh(tv->wgoto);
 110                 if (c == KEY_BACKSPACE || c == '\010' || c == '\177') {
 111                         if(l > 0) --l;
 112                 } else if (c == KEY_ENTER || c == '\012' || c == '\015') {
 113                         int _tid = -1, _beg, _end;
 114                         if (str[0] == '=') {
 115                                 _beg = strtol(str+1, &p, 10) - 1;
 116                                 if (_beg > 0) {
 117                                         *pos = _beg;
 118                                         return;
 119                                 }
 120                         } else {
 121                                 bam_parse_region(base->header, str, &_tid, &_beg, &_end);
 122                                 if (_tid >= 0) {
 123                                         *tid = _tid; *pos = _beg;
 124                                         return;
 125                                 }
 126                         }
 127                 } else if (isgraph(c)) {
 128                         if (l < TV_MAX_GOTO) str[l++] = c;
 129                 } else if (c == '\027') l = 0;
 130                 else if (c == '\033') return;
 131                 str[l] = '\0';
 132                 for (i = 0; i < TV_MAX_GOTO; ++i) mvwaddch(tv->wgoto, 1, 8 + i, ' ');
 133                 mvwprintw(tv->wgoto, 1, 8, "%s", str);
 134         }
 135 }
 136
 137
 138
 139
 140 static void tv_win_help(curses_tview_t *tv) {
 141         int r = 1;
 142         tview_t* base=(tview_t*)base;
 143         WINDOW *win = tv->whelp;
 144         wborder(win, '|', '|', '-', '-', '+', '+', '+', '+');
 145         mvwprintw(win, r++, 2, "        -=-    Help    -=- ");
 146         r++;
 147         mvwprintw(win, r++, 2, "?          This window");
 148         mvwprintw(win, r++, 2, "Arrows     Small scroll movement");
 149         mvwprintw(win, r++, 2, "h,j,k,l    Small scroll movement");
 150         mvwprintw(win, r++, 2, "H,J,K,L    Large scroll movement");
 151         mvwprintw(win, r++, 2, "ctrl-H     Scroll 1k left");
 152         mvwprintw(win, r++, 2, "ctrl-L     Scroll 1k right");
 153         mvwprintw(win, r++, 2, "space      Scroll one screen");
 154         mvwprintw(win, r++, 2, "backspace  Scroll back one screen");
 155         mvwprintw(win, r++, 2, "g          Go to specific location");
 156         mvwprintw(win, r++, 2, "m          Color for mapping qual");
 157         mvwprintw(win, r++, 2, "n          Color for nucleotide");
 158         mvwprintw(win, r++, 2, "b          Color for base quality");
 159         mvwprintw(win, r++, 2, "c          Color for cs color");
 160         mvwprintw(win, r++, 2, "z          Color for cs qual");
 161         mvwprintw(win, r++, 2, ".          Toggle on/off dot view");
 162         mvwprintw(win, r++, 2, "s          Toggle on/off ref skip");
 163         mvwprintw(win, r++, 2, "r          Toggle on/off rd name");
 164         mvwprintw(win, r++, 2, "N          Turn on nt view");
 165         mvwprintw(win, r++, 2, "C          Turn on cs view");
 166         mvwprintw(win, r++, 2, "i          Toggle on/off ins");
 167         mvwprintw(win, r++, 2, "q          Exit");
 168         r++;
 169         mvwprintw(win, r++, 2, "Underline:      Secondary or orphan");
 170         mvwprintw(win, r++, 2, "Blue:    0-9    Green: 10-19");
 171         mvwprintw(win, r++, 2, "Yellow: 20-29   White: >=30");
 172         wrefresh(win);
 173         wgetch(win);
 174 }
 175
 176 static int curses_underline(tview_t* tv)
 177         {
 178         return A_UNDERLINE;
 179         }
 180
 181 static int curses_loop(tview_t* tv)
 182         {
 183         int tid, pos;
 184         curses_tview_t *CTV=(curses_tview_t *)tv;
 185         tid = tv->curr_tid; pos = tv->left_pos;
 186         while (1) {
 187                 int c = getch();
 188                 switch (c) {
 189                         case '?': tv_win_help(CTV); break;
 190                         case '\033':
 191                         case 'q': goto end_loop;
 192                         case '/':
 193                         case 'g': tv_win_goto(CTV, &tid, &pos); break;
 194                         case 'm': tv->color_for = TV_COLOR_MAPQ; break;
 195                         case 'b': tv->color_for = TV_COLOR_BASEQ; break;
 196                         case 'n': tv->color_for = TV_COLOR_NUCL; break;
 197                         case 'c': tv->color_for = TV_COLOR_COL; break;
 198                         case 'z': tv->color_for = TV_COLOR_COLQ; break;
 199                         case 's': tv->no_skip = !tv->no_skip; break;
 200                         case 'r': tv->show_name = !tv->show_name; break;
 201                         case KEY_LEFT:
 202                         case 'h': --pos; break;
 203                         case KEY_RIGHT:
 204                         case 'l': ++pos; break;
 205                         case KEY_SLEFT:
 206                         case 'H': pos -= 20; break;
 207                         case KEY_SRIGHT:
 208                         case 'L': pos += 20; break;
 209                         case '.': tv->is_dot = !tv->is_dot; break;
 210                         case 'N': tv->base_for = TV_BASE_NUCL; break;
 211                         case 'C': tv->base_for = TV_BASE_COLOR_SPACE; break;
 212                         case 'i': tv->ins = !tv->ins; break;
 213                         case '\010': pos -= 1000; break;
 214                         case '\014': pos += 1000; break;
 215                         case ' ': pos += tv->mcol; break;
 216                         case KEY_UP:
 217                         case 'j': --tv->row_shift; break;
 218                         case KEY_DOWN:
 219                         case 'k': ++tv->row_shift; break;
 220                         case KEY_BACKSPACE:
 221                         case '\177': pos -= tv->mcol; break;
 222                         case KEY_RESIZE: getmaxyx(stdscr, tv->mrow, tv->mcol); break;
 223                         default: continue;
 224                 }
 225                 if (pos < 0) pos = 0;
 226                 if (tv->row_shift < 0) tv->row_shift = 0;
 227                 tv->my_drawaln(tv, tid, pos);
 228         }
 229 end_loop:
 230         return 0;
 231 }
 232
 233
 234
 235
 236 tview_t* curses_tv_init(const char *fn, const char *fn_fa, const char *samples)
 237         {
 238         curses_tview_t *tv = (curses_tview_t*)calloc(1, sizeof(curses_tview_t));
 239         tview_t* base=(tview_t*)tv;
 240         if(tv==0)
 241                 {
 242                 fprintf(stderr,"Calloc failed\n");
 243                 return 0;
 244                 }
 245
 246         base_tv_init(base,fn,fn_fa,samples);
 247         /* initialize callbacks */
 248 #define SET_CALLBACK(fun) base->my_##fun=curses_##fun;
 249         SET_CALLBACK(destroy);
 250         SET_CALLBACK(mvprintw);
 251         SET_CALLBACK(mvaddch);
 252         SET_CALLBACK(attron);
 253         SET_CALLBACK(attroff);
 254         SET_CALLBACK(clear);
 255         SET_CALLBACK(colorpair);
 256         SET_CALLBACK(drawaln);
 257         SET_CALLBACK(loop);
 258         SET_CALLBACK(underline);
 259 #undef SET_CALLBACK
 260
 261         initscr();
 262         keypad(stdscr, TRUE);
 263         clear();
 264         noecho();
 265         cbreak();
 266
 267         getmaxyx(stdscr, base->mrow, base->mcol);
 268         tv->wgoto = newwin(3, TV_MAX_GOTO + 10, 10, 5);
 269         tv->whelp = newwin(29, 40, 5, 5);
 270
 271         start_color();
 272         init_pair(1, COLOR_BLUE, COLOR_BLACK);
 273         init_pair(2, COLOR_GREEN, COLOR_BLACK);
 274         init_pair(3, COLOR_YELLOW, COLOR_BLACK);
 275         init_pair(4, COLOR_WHITE, COLOR_BLACK);
 276         init_pair(5, COLOR_GREEN, COLOR_BLACK);
 277         init_pair(6, COLOR_CYAN, COLOR_BLACK);
 278         init_pair(7, COLOR_YELLOW, COLOR_BLACK);
 279         init_pair(8, COLOR_RED, COLOR_BLACK);
 280         init_pair(9, COLOR_BLUE, COLOR_BLACK);
 281         return base;
 282         }
 283
 284
 285 #else // #ifdef _HAVE_CURSES
 286 #include <stdio.h>
 287 #warning "No curses library is available; tview with curses is disabled."
 288
 289 extern tview_t* text_tv_init(const char *fn, const char *fn_fa, const char *samples);
 290
 291 tview_t* curses_tv_init(const char *fn, const char *fn_fa, const char *samples)
 292         {
 293         return text_tv_init(fn,fn_fa,samples);
 294         }
 295 #endif // #ifdef _HAVE_CURSES
 296
 297