]> git.donarmstrong.com Git - rsem.git/tree
Refactored wiggle code and added rsem-bam2readdepth program
-rw-r--r-- 383 AlignerRefSeqPolicy.h
-rw-r--r-- 16232 BamWriter.h
-rw-r--r-- 35147 COPYING
-rw-r--r-- 21097 EM.cpp
-rw-r--r-- 3375 GTFItem.h
-rw-r--r-- 8939 Gibbs.cpp
-rw-r--r-- 1086 GroupInfo.h
-rw-r--r-- 2388 HitContainer.h
-rw-r--r-- 590 HitWrapper.h
-rw-r--r-- 6769 LenDist.h
-rw-r--r-- 75 Model.h
-rw-r--r-- 727 ModelParams.h
-rw-r--r-- 3116 NoiseProfile.h
-rw-r--r-- 4230 NoiseQProfile.h
-rw-r--r-- 722 Orientation.h
-rw-r--r-- 686 PairedEndHit.h
-rw-r--r-- 11137 PairedEndModel.h
-rw-r--r-- 12023 PairedEndQModel.h
-rw-r--r-- 1518 PairedEndRead.h
-rw-r--r-- 1544 PairedEndReadQ.h
-rw-r--r-- 1312 PolyARules.h
-rw-r--r-- 5304 Profile.h
-rw-r--r-- 5225 QProfile.h
-rw-r--r-- 3254 QualDist.h
-rw-r--r-- 9105 README.md
-rw-r--r-- 4265 RSPD.h
-rw-r--r-- 722 Read.h
-rw-r--r-- 1248 ReadIndex.h
-rw-r--r-- 2466 ReadReader.h
-rw-r--r-- 3557 RefSeq.h
-rw-r--r-- 457 RefSeqPolicy.h
-rw-r--r-- 3733 Refs.h
-rw-r--r-- 10317 SamParser.h
-rw-r--r-- 1012 SingleHit.h
-rw-r--r-- 13380 SingleModel.h
-rw-r--r-- 14119 SingleQModel.h
-rw-r--r-- 2201 SingleRead.h
-rw-r--r-- 2423 SingleReadQ.h
-rw-r--r-- 3510 Transcript.h
-rw-r--r-- 1484 Transcripts.h
-rw-r--r-- 278 bam2readdepth.cpp
-rw-r--r-- 318 bam2wig.cpp
drwxr-xr-x - boost
-rw-r--r-- 1748 buildReadIndex.cpp
-rw-r--r-- 9449 calcCI.cpp
-rw-r--r-- 7764 extractRef.cpp
-rw-r--r-- 4916 makefile
-rw-r--r-- 5659 parseIt.cpp
-rw-r--r-- 2510 preRef.cpp
-rwxr-xr-x 25020 rsem-calculate-expression
-rwxr-xr-x 4880 rsem-plot-model
-rwxr-xr-x 9622 rsem-prepare-reference
drwxr-xr-x - sam
-rw-r--r-- 784 simul.h
-rw-r--r-- 6455 simulation.cpp
-rw-r--r-- 4333 synthesisRef.cpp
-rw-r--r-- 3754 utils.h
-rw-r--r-- 3277 wiggle.cpp
-rw-r--r-- 846 wiggle.h