git.donarmstrong.com Git

-rw-r--r--	383	AlignerRefSeqPolicy.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9167	BamConverter.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3926	BamWriter.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2089	Buffer.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	35147	COPYING	blob \| history \| raw
drwxr-xr-x	-	EBSeq	tree \| history
-rw-r--r--	19116	EM.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	78	FOR_CYGWIN_USERS	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4578	GTFItem.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	12043	Gibbs.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1086	GroupInfo.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2617	HitContainer.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	618	HitWrapper.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6840	LenDist.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6589	Makefile	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	75	Model.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	737	ModelParams.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3165	NoiseProfile.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4149	NoiseQProfile.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	753	Orientation.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	686	PairedEndHit.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	12381	PairedEndModel.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	13208	PairedEndQModel.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1831	PairedEndRead.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1876	PairedEndReadQ.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1312	PolyARules.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5331	Profile.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5252	QProfile.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3293	QualDist.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	23810	README.md	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4358	RSPD.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	722	Read.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1275	ReadIndex.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2811	ReadReader.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3423	RefSeq.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	457	RefSeqPolicy.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4167	Refs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10512	SamParser.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1009	SingleHit.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	14575	SingleModel.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	15323	SingleQModel.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2460	SingleRead.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2675	SingleReadQ.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3774	Transcript.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3912	Transcripts.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	12202	WHAT_IS_NEW	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	20947	WriteResults.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	511	bam2readdepth.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1163	bam2wig.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2805	bc_aux.h	blob \| history \| raw
drwxr-xr-x	-	boost	tree \| history
-rw-r--r--	1766	buildReadIndex.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	14227	calcCI.cpp	blob \| history \| raw
-rwxr-xr-x	4273	convert-sam-for-rsem	blob \| history \| raw
drwxr-xr-x	-	debian	tree \| history
-rwxr-xr-x	751	extract-transcript-to-gene-map-from-trinity	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8099	extractRef.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1402	getUnique.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4740	model_file_description.txt	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3698	my_assert.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5809	parseIt.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2447	preRef.cpp	blob \| history \| raw
-rwxr-xr-x	42956	rsem-calculate-expression	blob \| history \| raw
-rwxr-xr-x	3264	rsem-control-fdr	blob \| history \| raw
-rwxr-xr-x	4211	rsem-gen-transcript-plots	blob \| history \| raw
-rwxr-xr-x	1979	rsem-generate-data-matrix	blob \| history \| raw
-rwxr-xr-x	3412	rsem-generate-ngvector	blob \| history \| raw
-rwxr-xr-x	4898	rsem-plot-model	blob \| history \| raw
-rwxr-xr-x	6240	rsem-plot-transcript-wiggles	blob \| history \| raw
-rwxr-xr-x	11814	rsem-prepare-reference	blob \| history \| raw
-rwxr-xr-x	6350	rsem-run-ebseq	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3212	rsem_perl_utils.pm	blob \| history \| raw
drwxr-xr-x	-	sam	tree \| history
-rw-r--r--	3662	samValidator.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1185	sam_rsem_aux.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2196	sam_rsem_cvt.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1713	sampling.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4222	scanForPairedEndReads.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	897	simul.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9053	simulation.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6178	synthesisRef.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	648	tbam2gbam.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3733	utils.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4013	wiggle.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1010	wiggle.h	blob \| history \| raw