Modified WHAT_IS_NEW for RSEM v1.2.9

Fixed a problem that will lead compilation errors for Mac OS

README.md is updated

Updated samtools to 0.1.19

Added a file describing the format of sample_name.stat/sample_name.model

Provided a more detailed description for how to simulate RNA-Seq data using 'rsem-simulate-reads'; Provided more user-friendly error message if RSEM fails to extract transcript sequences due to the failure of reading certain chromosome sequences

Added a line in WHAT_IS_NEW for renaming of quality score related options in 'rsem-calculate-expression'

Fixed a displaying problem for rsem-run-ebseq's Pod document

Fixed loading library problem for EBSeq/install

Fixed a bug for adding EBSeq's local library path

Changed WHAT_IS_NEW

'rsem-run-ebseq': Added 'output_file.condmeans' for tests with more than 2 conditions

Added support for DE analysis on multiple conditions via running EBSeq

Renamed --phred33-quals, --phred64-quals, and --solexa-quals to --bowtie-phred33-quals, --bowtie-phred64-quals, and --bowtie-solex-quals to avoid confusion

Fixed a minor bug which only affects paired-end reads for reporting how many alignments are processed when RSEM generates BAM outputs

Install the latest version of EBSeq from Bioconductor and if fails, try to install EBSeq v1.1.5 locally. Fixed a bug in 'rsem-gen-transcript-plots', which makes 'rsem-plot-transcript-wiggles' fail

Fixed a bug in rsem-find-DE, which will crash the script if only one DE gene/isoform is found

Updated EBSeq from v1.1.5 to v1.1.6 and fixed a bug in 'rsem-generate-data-matrix', which can cause 'rsem-find-DE' to crash

Modifed README.md and WHAT_IS_NEW

Modified wiggle.cpp & wiggle.h for more accurate floating point number arithmetics. Modified rsem-gen-transcript-plots to output warning messages instead of exit the script when positions where multiread track has less coverage than uniq track are detected. Thanks Han Lin for pointing out the problem and suggesting possible fixes

Modified my_assert.h to postpone error message string generation

Removed a too stringent sanity check in rsem-gen-transcript-plots

remove .gitignore from the staging area

Added some user-friendly error messages for BamConverter.h

Modified rsem-tbam2gbam so that the original alignment quality MAPQ will be preserved if the input bam is not from RSEM

Fixed a bug that will lead perl scripts fail to find the perl module they use

Added user-friendly error messages if users forget to compile the source codes

Fixed a bug in 'EBSeq/rsem-for-ebseq-generate-ngvector-from-clustering-info' which may crash the script

Modified rsem-find-DE

Updated EBSeq to v1.1.5

- Added poly(A) tails to 'reference_name.transcripts.fa' so that the RSEM generated transcript unsorted BAM file can be fed into RSEM as an input file. However, users need to rebuild their references if they want to visualize the transcript level wiggle files and BAM files using IGV
- Modified 'rsem-tbam2gbam' to convert users' alignments from transcript BAM files into genome BAM files, provided users use 'reference_name.idx.fa' to build indices for their aligners
- Updated EBSeq from v1.1.3 to v1.1.4
- Corrected several typos in warning messages

Updated EBSeq to v1.1.4

Added --version option for rsem-calculate-expression

use if/elsif to replace switch in rsem-calculate-expression

Fixed a bug to make RSEM generated BAM file valid input for RSEM

If a gene is not expressed, its length/effective length is defined as the unweighted mean of its isoforms'

README.md is changed

Added a script, 'rsem-find-DE', to run EBSeq automatically

changed output format to contain FPKM etc. ; fixed a bug for paired-end reads

Added a user-friendly error message for rsem-sam-validator

Fixed a bug for calling pthread_join

Fixed a bug in perl scripts for printing error messages

Fix a bug on convert-sam-for-rsem for the case that a paired-end read can align to the same position with different directions

rsem v1.1.21

Tested the codes

Made the BAM output of RSEM have all information contained in the input alignments file

Included EBSeq for downstream differential expression analysis

Added some instructions on how to visualize transcript coordinate BAM/WIG files using IGV

Fixed a bug related to intermediate output displaying in wiggle.cpp

Fixed a bug related to intermediate output displaying in EM.cpp

Allowed > 2^31 hits

Modified makefile to work for gcc version 4.5.3 or higher

Modified 'convert-sam-for-rsem' so that this program will convert users' SAM/BAM files into acceptable BAM files for RSEM

Add a validator for input SAM/BAM file

Improved warning messages in rsem-gen-transcript-plots

Add warning messages for detected invalid alignments

Added .gitignore to ignore build products

Modified build rules for sam/libbam.a to enable parallel build

Thanks to Tomoaki Nishiyama for the suggestion.

[Change] Do not add --phred33-qual option if --no-qualities is enabled

The order of @SQ tags in SAM/BAM files can be arbitrary now

add --no-bam-output option to not generate output bam files

roll back to original version plus fixed a small bug in calcCI.cpp

rewrote parallelization of calcCI.cpp

rsem v1.1.16

rsem v1.1.15

rsem v1.1.14

relax the requirement about GTF attribute format

modify one error message and add --bowtie-chunkmbs option by merging earonesty's change

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

another change

Merge pull request #1 from earonesty/master

added --bowtie-chunkmbs

--bowtie-chunkmbs

updated some description

new update

convert-sam-for-rsem is updated

add a script to convert sam file for non-bowtie aligner

rsem-v1.1.14b3

rsem-1.1.14 with transcript wiggle plot generation

add new files

tested version for tbam2gbam

Refactored wiggle code and added rsem-bam2readdepth program

some displaying issue in rsem-calculate-expression is fixed

add optional field XS for cufflinks

rsem v1.1.14, add --sampling-for-bam option, modify rsem-bam2wig to handle BAM files which are not produced by RSEM

rsem v1.1.13, speed up EM by only updating model parameters for first 10 iterations, skip reads with its (or at least one of its mates', for paired-end reads) length < 25bp

rsem v1.1.12 extract-transcript-to-gene-map-from-trinity changed

rsem v1.1.12, add a script to extract transcript-to-gene-map info from Trinity output

rsem v1.1.11, allow spaces appear in field seqname and attributes gene_id, transcript_id in GTF files

rsem v1.1.11

fix one bug will lead using not the last theta value estimates

rsem v1.2.0

MAPQ changed

rsem v1.1.9

rsem-plot-model updated

Style edits to rsem-plot-model

Added check in rsem-plot-model for .stat output directory

fixed a bug in rsem-plot-model

add feature that jump lines with # in gtf

 back to single threaded Gibbs

back to single thread Gibbs