utils.h

   1 #ifndef UTILS
   2 #define UTILS
   3
   4 #include<cmath>
   5 #include<ctime>
   6 #include<cstdio>
   7 #include<cctype>
   8 #include<cstdlib>
   9 #include<cstring>
  10 #include<cassert>
  11 #include<string>
  12 #include<vector>
  13
  14 const int STRLEN = 10005 ;
  15 const double EPSILON = 1e-300;
  16 const double MINEEL = 1.0;
  17 const double ORIVALVE = 0.1;
  18 const int RANGE = 201;
  19 const int OLEN = 25; // overlap length, number of bases must not be in poly(A) tails
  20 const int NBITS = 32; // use unsigned int, 32 bits per variable
  21
  22 bool verbose = true; // show detail intermediate outputs
  23
  24 inline bool isZero(double a) { return fabs(a) < 1e-8; }
  25 inline bool isLongZero(double a) { return fabs(a) < 1e-30; }
  26
  27 // Assume char's range is -128..127
  28 const int CHAR_RANGE = 128;
  29
  30 static std::vector<int> init_base2id() {
  31   std::vector<int> vec(CHAR_RANGE, -1);
  32   vec['a'] = vec['A'] = 0;
  33   vec['c'] = vec['C'] = 1;
  34   vec['g'] = vec['G'] = 2;
  35   vec['t'] = vec['T'] = 3;
  36   vec['n'] = vec['N'] = 4;
  37
  38   return vec;
  39 }
  40
  41 static const std::vector<int> base2id = init_base2id();
  42
  43 inline int get_base_id(char c) {
  44   if (c < 0 || base2id[c] < 0) {
  45     fprintf(stderr, "Found unknown sequence letter %c at function get_base_id!\n", c);
  46     exit(-1);
  47   }
  48   return base2id[c];
  49 }
  50
  51 static std::vector<int> init_rbase2id() {
  52   std::vector<int> vec(CHAR_RANGE, -1);
  53   vec['a'] = vec['A'] = 3;
  54   vec['c'] = vec['C'] = 2;
  55   vec['g'] = vec['G'] = 1;
  56   vec['t'] = vec['T'] = 0;
  57   vec['n'] = vec['N'] = 4;
  58
  59   return vec;
  60 }
  61
  62 static const std::vector<int> rbase2id = init_rbase2id();
  63
  64 inline int get_rbase_id(char c) {
  65   if (c < 0 || rbase2id[c] < 0) {
  66     fprintf(stderr, "Found unknown sequence letter %c at function get_rbase_id!\n", c);
  67     exit(-1);
  68   }
  69   return rbase2id[c];
  70 }
  71
  72 inline char getOpp(char c) {
  73   switch(c) {
  74   case 'a' : return 't';
  75   case 'c' : return 'g';
  76   case 'g' : return 'c';
  77   case 't' : return 'a';
  78   case 'n' : return 'n';
  79   case 'A' : return 'T';
  80   case 'C' : return 'G';
  81   case 'G' : return 'C';
  82   case 'T' : return 'A';
  83   case 'N' : return 'N';
  84   default :
  85         fprintf(stderr, "Found unknown sequence letter %c!\n", c);
  86         exit(-1);
  87   }
  88 }
  89
  90 inline char getCharacter(int id) {
  91   switch(id) {
  92   case 0 : return 'A';
  93   case 1 : return 'C';
  94   case 2 : return 'G';
  95   case 3 : return 'T';
  96   case 4 : return 'N';
  97   default :
  98           fprintf(stderr, "Found unknown id %d!\n", id);
  99           exit(-1);
 100   }
 101 }
 102
 103 static std::vector<unsigned int> init_mask_code() {
 104   std::vector<unsigned int> vec(NBITS);
 105   for (int i = 0; i < NBITS; i++) vec[i] = 1 << i;
 106   return vec;
 107 }
 108
 109 static std::vector<unsigned int> mask_codes = init_mask_code();
 110
 111 inline std::string cleanStr(const std::string& str) {
 112   int len = str.length();
 113   int fr, to;
 114
 115   fr = 0;
 116   while (fr < len && isspace(str[fr])) ++fr;
 117   to = len - 1;
 118   while (to >= 0 && isspace(str[to])) --to;
 119
 120   return (fr <= to ? str.substr(fr, to - fr + 1) : "");
 121 }
 122
 123 void printTimeUsed(const time_t& a, const time_t& b, const char* filename = "") {
 124         int hh = (b - a) / 3600;
 125         int mm = (b - a) % 3600 / 60;
 126         int ss = (b - a) % 60;
 127
 128         printf("Time Used : %d h %02d m %02d s\n", hh, mm, ss);
 129
 130         if (strcmp(filename, "")) {
 131                 FILE *fo = fopen(filename, "w");
 132                 fprintf(fo, "Time Used : %d h %02d m %02d s\n", hh, mm, ss);
 133                 fclose(fo);
 134         }
 135 }
 136
 137 void genReadFileNames(const char* readFN, int tagType, int read_type, int& s, char readFs[][STRLEN]){
 138         const char tags[3][STRLEN] = {"un", "alignable", "max"};
 139         char suffix[STRLEN];
 140
 141         if (read_type == 0 || read_type == 2) {
 142                 strcpy(suffix, "fa");
 143         }
 144         else {
 145                 strcpy(suffix, "fq");
 146         }
 147
 148         if (read_type == 0 || read_type == 1) {
 149                 s = 1;
 150                 sprintf(readFs[0], "%s_%s.%s", readFN, tags[tagType], suffix);
 151         }
 152         else {
 153                 s = 2;
 154                 sprintf(readFs[0], "%s_%s_1.%s", readFN, tags[tagType], suffix);
 155                 sprintf(readFs[1], "%s_%s_2.%s", readFN, tags[tagType], suffix);
 156         }
 157 }
 158
 159 #endif