tbam2gbam.cpp

   1 #include<cstdio>
   2 #include<cstring>
   3 #include<cstdlib>
   4
   5 #include "utils.h"
   6 #include "Transcripts.h"
   7 #include "BamConverter.h"
   8
   9 using namespace std;
  10
  11 char tiF[STRLEN], chr_list[STRLEN];
  12 Transcripts transcripts;
  13
  14 int main(int argc, char* argv[]) {
  15         if (argc != 4) {
  16                 printf("Usage: rsem-tbam2gbam reference_name unsorted_transcript_bam_input genome_bam_output\n");
  17                 exit(-1);
  18         }
  19
  20         sprintf(tiF, "%s.ti", argv[1]);
  21         sprintf(chr_list, "%s.chrlist", argv[1]);
  22         transcripts.readFrom(tiF);
  23
  24         printf("Start converting:\n");
  25         BamConverter bc(argv[2], argv[3], chr_list, transcripts);
  26         bc.process();
  27         printf("Genome bam file is generated!\n");
  28
  29         return 0;
  30 }
  31