sam_rsem_aux.h

   1 #ifndef SAM_RSEM_AUX_H_
   2 #define SAM_RSEM_AUX_H_
   3
   4 #include<cstdio>
   5 #include<cstring>
   6 #include<stdint.h>
   7
   8 #include "sam/bam.h"
   9
  10 // dwt: duplicate without text
  11 bam_header_t *bam_header_dwt(const bam_header_t *ori_h)
  12 {
  13         bam_header_t *h;
  14
  15         h = bam_header_init();
  16         h->n_targets = ori_h->n_targets;
  17         h->target_len = (uint32_t*)calloc(h->n_targets, 4);
  18         h->target_name = (char**)calloc(h->n_targets, sizeof(char*));
  19         for (int i = 0; i < h->n_targets; i++) {
  20                 h->target_len[i] = ori_h->target_len[i];
  21                 h->target_name[i] = strdup(ori_h->target_name[i]);
  22         }
  23
  24         return h;
  25 }
  26
  27 void append_header_text(bam_header_t *header, const char* text, int len)
  28 {
  29         int x = header->l_text + 1;
  30         int y = header->l_text + len + 1; // 1 byte null
  31         if (text == 0) return;
  32         kroundup32(x);
  33         kroundup32(y);
  34         if (x < y) header->text = (char*)realloc(header->text, y);
  35         strncpy(header->text + header->l_text, text, len); // we cannot use strcpy() here.
  36         header->l_text += len;
  37         header->text[header->l_text] = 0;
  38 }
  39
  40 void expand_data_size(bam1_t *b) {
  41         if (b->m_data < b->data_len) {
  42                 b->m_data = b->data_len;
  43                 kroundup32(b->m_data);
  44                 b->data = (uint8_t*)realloc(b->data, b->m_data);
  45         }
  46 }
  47
  48 #endif /* SAM_RSEM_AUX_H_ */