sam/bcftools/prob1.h

   1 #ifndef BCF_PROB1_H
   2 #define BCF_PROB1_H
   3
   4 #include "bcf.h"
   5
   6 struct __bcf_p1aux_t;
   7 typedef struct __bcf_p1aux_t bcf_p1aux_t;
   8
   9 typedef struct {
  10         int rank0, perm_rank; // NB: perm_rank is always set to -1 by bcf_p1_cal()
  11         int ac; // ML alternative allele count
  12         double f_exp, f_flat, p_ref_folded, p_ref, p_var_folded, p_var;
  13         double cil, cih;
  14         double cmp[3], p_chi2, lrt; // used by contrast2()
  15 } bcf_p1rst_t;
  16
  17 typedef struct {
  18     double p[4];
  19     int mq, depth, is_tested, d[4];
  20 } anno16_t;
  21
  22 #define MC_PTYPE_FULL  1
  23 #define MC_PTYPE_COND2 2
  24 #define MC_PTYPE_FLAT  3
  25
  26 #ifdef __cplusplus
  27 extern "C" {
  28 #endif
  29
  30         bcf_p1aux_t *bcf_p1_init(int n, uint8_t *ploidy);
  31         void bcf_p1_init_prior(bcf_p1aux_t *ma, int type, double theta);
  32         void bcf_p1_init_subprior(bcf_p1aux_t *ma, int type, double theta);
  33         void bcf_p1_destroy(bcf_p1aux_t *ma);
  34     void bcf_p1_set_ploidy(bcf1_t *b, bcf_p1aux_t *ma);
  35         int bcf_p1_cal(const bcf1_t *b, int do_contrast, bcf_p1aux_t *ma, bcf_p1rst_t *rst);
  36     int call_multiallelic_gt(bcf1_t *b, bcf_p1aux_t *ma, double threshold, int var_only);
  37         int bcf_p1_call_gt(const bcf_p1aux_t *ma, double f0, int k);
  38         void bcf_p1_dump_afs(bcf_p1aux_t *ma);
  39         int bcf_p1_read_prior(bcf_p1aux_t *ma, const char *fn);
  40         int bcf_p1_set_n1(bcf_p1aux_t *b, int n1);
  41         void bcf_p1_set_folded(bcf_p1aux_t *p1a); // only effective when set_n1() is not called
  42
  43         int bcf_em1(const bcf1_t *b, int n1, int flag, double x[10]);
  44
  45 #ifdef __cplusplus
  46 }
  47 #endif
  48
  49 #endif