sam/bcftools/bcf.h

   1 /* The MIT License
   2
   3    Copyright (c) 2010 Broad Institute
   4
   5    Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
   6    a copy of this software and associated documentation files (the
   7    "Software"), to deal in the Software without restriction, including
   8    without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish,
   9    distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to
  10    permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to
  11    the following conditions:
  12
  13    The above copyright notice and this permission notice shall be
  14    included in all copies or substantial portions of the Software.
  15
  16    THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
  17    EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF
  18    MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND
  19    NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS
  20    BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN
  21    ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN
  22    CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
  23    SOFTWARE.
  24 */
  25
  26 /* Contact: Heng Li <lh3@live.co.uk> */
  27
  28 #ifndef BCF_H
  29 #define BCF_H
  30
  31 #define BCF_VERSION "0.1.19-44428cd"
  32
  33 #include <stdint.h>
  34 #include <zlib.h>
  35
  36 #ifndef BCF_LITE
  37 #include "bgzf.h"
  38 typedef BGZF *bcfFile;
  39 #else
  40 typedef gzFile bcfFile;
  41 #define bgzf_open(fn, mode) gzopen(fn, mode)
  42 #define bgzf_fdopen(fd, mode) gzdopen(fd, mode)
  43 #define bgzf_close(fp) gzclose(fp)
  44 #define bgzf_read(fp, buf, len) gzread(fp, buf, len)
  45 #define bgzf_write(fp, buf, len)
  46 #define bgzf_flush(fp)
  47 #endif
  48
  49 /*
  50   A member in the structs below is said to "primary" if its content
  51   cannot be inferred from other members in any of structs below; a
  52   member is said to be "derived" if its content can be derived from
  53   other members. For example, bcf1_t::str is primary as this comes from
  54   the input data, while bcf1_t::info is derived as it can always be
  55   correctly set if we know bcf1_t::str. Derived members are for quick
  56   access to the content and must be synchronized with the primary data.
  57  */
  58
  59 typedef struct {
  60         uint32_t fmt; // format of the block, set by bcf_str2int().
  61         int len; // length of data for each individual
  62         void *data; // concatenated data
  63         // derived info: fmt, len (<-bcf1_t::fmt)
  64 } bcf_ginfo_t;
  65
  66 typedef struct {
  67         int32_t tid, pos; // refID and 0-based position
  68         int32_t l_str, m_str; // length and the allocated size of ->str
  69         float qual; // SNP quality
  70         char *str; // concatenated string of variable length strings in VCF (from col.2 to col.7)
  71         char *ref, *alt, *flt, *info, *fmt; // they all point to ->str; no memory allocation
  72         int n_gi, m_gi; // number and the allocated size of geno fields
  73         bcf_ginfo_t *gi; // array of geno fields
  74         int n_alleles, n_smpl; // number of alleles and samples
  75         // derived info: ref, alt, flt, info, fmt (<-str), n_gi (<-fmt), n_alleles (<-alt), n_smpl (<-bcf_hdr_t::n_smpl)
  76     uint8_t *ploidy;    // ploidy of all samples; if NULL, ploidy of 2 is assumed.
  77 } bcf1_t;
  78
  79 typedef struct {
  80         int32_t n_ref, n_smpl; // number of reference sequences and samples
  81         int32_t l_nm; // length of concatenated sequence names; 0 padded
  82         int32_t l_smpl; // length of concatenated sample names; 0 padded
  83         int32_t l_txt; // length of header text (lines started with ##)
  84         char *name, *sname, *txt; // concatenated sequence names, sample names and header text
  85         char **ns, **sns; // array of sequence and sample names; point to name and sname, respectively
  86         // derived info: n_ref (<-name), n_smpl (<-sname), ns (<-name), sns (<-sname)
  87 } bcf_hdr_t;
  88
  89 typedef struct {
  90         int is_vcf; // if the file in operation is a VCF
  91         void *v; // auxillary data structure for VCF
  92         bcfFile fp; // file handler for BCF
  93 } bcf_t;
  94
  95 struct __bcf_idx_t;
  96 typedef struct __bcf_idx_t bcf_idx_t;
  97
  98 #ifdef __cplusplus
  99 extern "C" {
 100 #endif
 101
 102         // open a BCF file; for BCF file only
 103         bcf_t *bcf_open(const char *fn, const char *mode);
 104         // close file
 105         int bcf_close(bcf_t *b);
 106         // read one record from BCF; return -1 on end-of-file, and <-1 for errors
 107         int bcf_read(bcf_t *bp, const bcf_hdr_t *h, bcf1_t *b);
 108         // call this function if b->str is changed
 109         int bcf_sync(bcf1_t *b);
 110         // write a BCF record
 111         int bcf_write(bcf_t *bp, const bcf_hdr_t *h, const bcf1_t *b);
 112         // read the BCF header; BCF only
 113         bcf_hdr_t *bcf_hdr_read(bcf_t *b);
 114         // write the BCF header
 115         int bcf_hdr_write(bcf_t *b, const bcf_hdr_t *h);
 116         // set bcf_hdr_t::ns and bcf_hdr_t::sns
 117         int bcf_hdr_sync(bcf_hdr_t *b);
 118         // destroy the header
 119         void bcf_hdr_destroy(bcf_hdr_t *h);
 120         // destroy a record
 121         int bcf_destroy(bcf1_t *b);
 122         // BCF->VCF conversion
 123         char *bcf_fmt(const bcf_hdr_t *h, bcf1_t *b);
 124         // append more info
 125         int bcf_append_info(bcf1_t *b, const char *info, int l);
 126     // remove tag
 127     int remove_tag(char *string, const char *tag, char delim);
 128     // remove info tag, string is the kstring holder of bcf1_t.str
 129     void rm_info(kstring_t *string, const char *key);
 130         // copy
 131         int bcf_cpy(bcf1_t *r, const bcf1_t *b);
 132
 133         // open a VCF or BCF file if "b" is set in "mode"
 134         bcf_t *vcf_open(const char *fn, const char *mode);
 135         // close a VCF/BCF file
 136         int vcf_close(bcf_t *bp);
 137         // read the VCF/BCF header
 138         bcf_hdr_t *vcf_hdr_read(bcf_t *bp);
 139         // read the sequence dictionary from a separate file; required for VCF->BCF conversion
 140         int vcf_dictread(bcf_t *bp, bcf_hdr_t *h, const char *fn);
 141         // read a VCF/BCF record; return -1 on end-of-file and <-1 for errors
 142         int vcf_read(bcf_t *bp, bcf_hdr_t *h, bcf1_t *b);
 143         // write the VCF header
 144         int vcf_hdr_write(bcf_t *bp, const bcf_hdr_t *h);
 145         // write a VCF record
 146         int vcf_write(bcf_t *bp, bcf_hdr_t *h, bcf1_t *b);
 147
 148         // keep the first n alleles and discard the rest
 149         int bcf_shrink_alt(bcf1_t *b, int n);
 150     // keep the masked alleles and discard the rest
 151         void bcf_fit_alt(bcf1_t *b, int mask);
 152         // convert GL to PL
 153         int bcf_gl2pl(bcf1_t *b);
 154         // if the site is an indel
 155         int bcf_is_indel(const bcf1_t *b);
 156         bcf_hdr_t *bcf_hdr_subsam(const bcf_hdr_t *h0, int n, char *const* samples, int *list);
 157         int bcf_subsam(int n_smpl, int *list, bcf1_t *b);
 158         // move GT to the first FORMAT field
 159         int bcf_fix_gt(bcf1_t *b);
 160         // update PL generated by old samtools
 161         int bcf_fix_pl(bcf1_t *b);
 162         // convert PL to GLF-like 10-likelihood GL
 163         int bcf_gl10(const bcf1_t *b, uint8_t *gl);
 164         // convert up to 4 INDEL alleles to GLF-like 10-likelihood GL
 165         int bcf_gl10_indel(const bcf1_t *b, uint8_t *gl);
 166
 167         // string hash table
 168         void *bcf_build_refhash(bcf_hdr_t *h);
 169         void bcf_str2id_destroy(void *_hash);
 170         void bcf_str2id_thorough_destroy(void *_hash);
 171         int bcf_str2id_add(void *_hash, const char *str);
 172         int bcf_str2id(void *_hash, const char *str);
 173         void *bcf_str2id_init();
 174
 175         // indexing related functions
 176         int bcf_idx_build(const char *fn);
 177         uint64_t bcf_idx_query(const bcf_idx_t *idx, int tid, int beg);
 178         int bcf_parse_region(void *str2id, const char *str, int *tid, int *begin, int *end);
 179         bcf_idx_t *bcf_idx_load(const char *fn);
 180         void bcf_idx_destroy(bcf_idx_t *idx);
 181
 182 #ifdef __cplusplus
 183 }
 184 #endif
 185
 186 static inline uint32_t bcf_str2int(const char *str, int l)
 187 {
 188         int i;
 189         uint32_t x = 0;
 190         for (i = 0; i < l && i < 4; ++i) {
 191                 if (str[i] == 0) return x;
 192                 x = x<<8 | str[i];
 193         }
 194         return x;
 195 }
 196
 197 #endif