makefile

   1 CC = g++
   2 CFLAGS = -Wall -c -I.
   3 COFLAGS = -Wall -O3 -ffast-math -c -I.
   4 PROGRAMS = rsem-extract-reference-transcripts rsem-synthesis-reference-transcripts rsem-preref rsem-parse-alignments rsem-build-read-index rsem-run-em rsem-tbam2gbam rsem-run-gibbs rsem-calculate-credibility-intervals rsem-simulate-reads rsem-bam2wig rsem-get-unique rsem-bam2readdepth rsem-sam-validator rsem-scan-for-paired-end-reads
   5
   6 all : $(PROGRAMS)
   7
   8 sam/libbam.a :
   9         cd sam ; ${MAKE} all
  10
  11 Transcript.h : utils.h
  12
  13 Transcripts.h : my_assert.h Transcript.h
  14
  15 rsem-extract-reference-transcripts : utils.h my_assert.h GTFItem.h Transcript.h Transcripts.h extractRef.cpp
  16         $(CC) -Wall -O3 extractRef.cpp -o rsem-extract-reference-transcripts
  17
  18 rsem-synthesis-reference-transcripts : utils.h my_assert.h Transcript.h Transcripts.h synthesisRef.cpp
  19         $(CC) -Wall -O3 synthesisRef.cpp -o rsem-synthesis-reference-transcripts
  20
  21 BowtieRefSeqPolicy.h : RefSeqPolicy.h
  22
  23 RefSeq.h : utils.h
  24
  25 Refs.h : utils.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h
  26
  27
  28 rsem-preref : preRef.o
  29         $(CC) preRef.o -o rsem-preref
  30
  31 preRef.o : utils.h RefSeq.h Refs.h PolyARules.h RefSeqPolicy.h AlignerRefSeqPolicy.h preRef.cpp
  32         $(CC) $(COFLAGS) preRef.cpp
  33
  34
  35 SingleRead.h : Read.h
  36
  37 SingleReadQ.h : Read.h
  38
  39 PairedEndRead.h : Read.h SingleRead.h
  40
  41 PairedEndReadQ.h : Read.h SingleReadQ.h
  42
  43
  44 PairedEndHit.h : SingleHit.h
  45
  46 HitContainer.h : GroupInfo.h
  47
  48
  49 SamParser.h : sam/sam.h sam/bam.h utils.h my_assert.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h SingleHit.h PairedEndHit.h Transcripts.h
  50
  51
  52 rsem-parse-alignments : parseIt.o sam/libbam.a
  53         $(CC) -o rsem-parse-alignments parseIt.o sam/libbam.a -lz -lpthread
  54
  55 parseIt.o : utils.h GroupInfo.h Read.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h SingleHit.h PairedEndHit.h HitContainer.h SamParser.h Transcripts.h sam/sam.h sam/bam.h parseIt.cpp
  56         $(CC) -Wall -O2 -c -I. parseIt.cpp
  57
  58
  59 rsem-build-read-index : utils.h buildReadIndex.cpp
  60         $(CC) -O3 buildReadIndex.cpp -o rsem-build-read-index
  61
  62
  63 simul.h : boost/random.hpp
  64
  65 ReadReader.h : SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h ReadIndex.h
  66
  67 SingleModel.h : utils.h my_assert.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h Profile.h NoiseProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleRead.h SingleHit.h ReadReader.h simul.h
  68
  69 SingleQModel.h : utils.h my_assert.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleReadQ.h SingleHit.h ReadReader.h simul.h
  70
  71 PairedEndModel.h : utils.h my_assert.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h Profile.h NoiseProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleRead.h PairedEndRead.h PairedEndHit.h ReadReader.h simul.h
  72
  73 PairedEndQModel.h : utils.h my_assert.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleReadQ.h PairedEndReadQ.h PairedEndHit.h ReadReader.h simul.h
  74
  75 HitWrapper.h : HitContainer.h
  76
  77 sam_rsem_aux.h : sam/bam.h
  78
  79 sam_rsem_cvt.h : sam/bam.h Transcript.h Transcripts.h
  80
  81 BamWriter.h : sam/sam.h sam/bam.h sam_rsem_aux.h sam_rsem_cvt.h SingleHit.h PairedEndHit.h HitWrapper.h Transcript.h Transcripts.h
  82
  83 sampling.h : boost/random.hpp
  84
  85 WriteResults.h : utils.h my_assert.h GroupInfo.h Transcript.h Transcripts.h RefSeq.h Refs.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h
  86
  87 rsem-run-em : EM.o sam/libbam.a
  88         $(CC) -o rsem-run-em EM.o sam/libbam.a -lz -lpthread
  89
  90 EM.o : utils.h my_assert.h Read.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h SingleHit.h PairedEndHit.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h Refs.h GroupInfo.h HitContainer.h ReadIndex.h ReadReader.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h ModelParams.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h Profile.h NoiseProfile.h Transcript.h Transcripts.h HitWrapper.h BamWriter.h sam/bam.h sam/sam.h simul.h sam_rsem_aux.h sampling.h boost/random.hpp WriteResults.h EM.cpp
  91         $(CC) $(COFLAGS) EM.cpp
  92
  93 bc_aux.h : sam/bam.h
  94
  95 BamConverter.h : utils.h my_assert.h sam/sam.h sam/bam.h sam_rsem_aux.h sam_rsem_cvt.h bc_aux.h Transcript.h Transcripts.h
  96
  97 rsem-tbam2gbam : utils.h Transcripts.h Transcript.h bc_aux.h BamConverter.h sam/sam.h sam/bam.h sam/libbam.a sam_rsem_aux.h sam_rsem_cvt.h tbam2gbam.cpp sam/libbam.a
  98         $(CC) -O3 -Wall tbam2gbam.cpp sam/libbam.a -lz -lpthread -o $@
  99
 100 rsem-bam2wig : utils.h my_assert.h wiggle.h wiggle.o sam/libbam.a bam2wig.cpp
 101         $(CC) -O3 -Wall bam2wig.cpp wiggle.o sam/libbam.a -lz -lpthread -o $@
 102
 103 rsem-bam2readdepth : utils.h my_assert.h wiggle.h wiggle.o sam/libbam.a bam2readdepth.cpp
 104         $(CC) -O3 -Wall bam2readdepth.cpp wiggle.o sam/libbam.a -lz -lpthread -o $@
 105
 106 wiggle.o: sam/bam.h sam/sam.h wiggle.cpp wiggle.h
 107         $(CC) $(COFLAGS) wiggle.cpp
 108
 109 rsem-simulate-reads : simulation.o
 110         $(CC) -o rsem-simulate-reads simulation.o
 111
 112 simulation.o : utils.h Read.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h Refs.h RefSeq.h GroupInfo.h Transcript.h Transcripts.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h Profile.h NoiseProfile.h simul.h boost/random.hpp WriteResults.h simulation.cpp
 113         $(CC) $(COFLAGS) simulation.cpp
 114
 115 rsem-run-gibbs : Gibbs.o
 116         $(CC) -o rsem-run-gibbs Gibbs.o -lpthread
 117
 118 #some header files are omitted
 119 Gibbs.o : utils.h my_assert.h boost/random.hpp sampling.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h Refs.h GroupInfo.h WriteResults.h Gibbs.cpp
 120         $(CC) $(COFLAGS) Gibbs.cpp
 121
 122 Buffer.h : my_assert.h
 123
 124 rsem-calculate-credibility-intervals : calcCI.o
 125         $(CC) -o rsem-calculate-credibility-intervals calcCI.o -lpthread
 126
 127 #some header files are omitted
 128 calcCI.o : utils.h my_assert.h boost/random.hpp sampling.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h Refs.h GroupInfo.h WriteResults.h Buffer.h calcCI.cpp
 129         $(CC) $(COFLAGS) calcCI.cpp
 130
 131 rsem-get-unique : sam/bam.h sam/sam.h getUnique.cpp sam/libbam.a
 132         $(CC) -O3 -Wall getUnique.cpp sam/libbam.a -lz -lpthread -o $@
 133
 134 rsem-sam-validator : sam/bam.h sam/sam.h my_assert.h samValidator.cpp sam/libbam.a
 135         $(CC) -O3 -Wall samValidator.cpp sam/libbam.a -lz -lpthread -o $@
 136
 137 rsem-scan-for-paired-end-reads : sam/bam.h sam/sam.h my_assert.h scanForPairedEndReads.cpp sam/libbam.a
 138         $(CC) -O3 -Wall scanForPairedEndReads.cpp sam/libbam.a -lz -lpthread -o $@
 139
 140 .PHONY: ebseq
 141
 142 ebseq :
 143         cd EBSeq ; ${MAKE} all
 144
 145 clean :
 146         rm -f *.o *~ $(PROGRAMS)
 147         cd sam ; ${MAKE} clean
 148         cd EBSeq ; ${MAKE} clean