extract-transcript-to-gene-map-from-trinity

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 use strict;
   4
   5 if (scalar(@ARGV) != 2) {
   6     print "Usage: extract-transcript-to-gene-map-from-trinity trinity_fasta_file map_file\n";
   7     exit(-1);
   8 }
   9
  10 open(INPUT, $ARGV[0]);
  11 open(OUTPUT, ">$ARGV[1]");
  12
  13 my ($tag, $line);
  14 $tag = <INPUT>; chomp($tag);
  15 while (substr($tag, 0, 1) eq ">") {
  16     $tag = substr($tag, 1);
  17     my $cnt = 0;
  18     while (($line = <INPUT>) && substr($line, 0, 1) ne ">") {
  19         $cnt++;
  20     }
  21     if ($cnt == 0) { print "Warning: Fasta entry $tag has an empty sequence, it is omitted.\n"; }
  22     else {
  23         my ($tid, @tmp) = split(/ /, $tag);
  24         my ($comp, $c, @tmp) = split(/_/, $tag);
  25         my $gid = join("_", $comp, $c);
  26         print OUTPUT "$gid\t$tid\n";
  27     }
  28     $tag = $line; chomp($tag);
  29 }
  30
  31 close(INPUT);
  32 close(OUTPUT);
  33
  34