bam2readdepth.cpp

   1 #include <cstdio>
   2 #include <cstring>
   3 #include <cstdlib>
   4 #include <fstream>
   5
   6 #include "my_assert.h"
   7 #include "wiggle.h"
   8
   9 using namespace std;
  10
  11 int main(int argc, char* argv[]) {
  12   if (argc != 3) {
  13     printf("Usage: rsem-bam2readdepth sorted_bam_input readdepth_output\n");
  14     exit(-1);
  15   }
  16
  17   ofstream fout(argv[2]);
  18   general_assert(fout.is_open(), "Cannot write to " + cstrtos(argv[2]) + "!");
  19
  20   ReadDepthWriter depth_writer(fout);
  21
  22   build_wiggles(argv[1], depth_writer);
  23
  24   fout.close();
  25
  26   return 0;
  27 }