Transcripts.h

   1 /*
   2  * transcripts are numbered from 1. 0 is reserved for noise isoform
   3  */
   4 #ifndef TRANSCRIPTS_H_
   5 #define TRANSCRIPTS_H_
   6
   7 #include<cstdio>
   8 #include<cstdlib>
   9 #include<cassert>
  10 #include<fstream>
  11 #include<vector>
  12 #include<algorithm>
  13
  14 #include "Transcript.h"
  15
  16
  17 class Transcripts {
  18 public:
  19         Transcripts(int type = 0) {
  20                 M = 0; this->type = type;
  21                 transcripts.clear();
  22                 transcripts.push_back(Transcript());
  23         }
  24
  25         int getM() { return M; }
  26         int getType() { return type; }
  27
  28         const Transcript& getTranscriptAt(int pos) {
  29                 assert(pos > 0 && pos <= M);
  30                 return transcripts[pos];
  31         }
  32
  33         void add(const Transcript& transcript) {
  34                 transcripts.push_back(transcript);
  35                 ++M;
  36         }
  37
  38         void sort() {
  39                 std::sort(transcripts.begin(), transcripts.end());
  40         }
  41
  42         void readFrom(const char*);
  43         void writeTo(const char*);
  44
  45 private:
  46         int M, type; // type 0 from genome , 1 standalone transcriptome
  47         std::vector<Transcript> transcripts;
  48 };
  49
  50 void Transcripts::readFrom(const char* inpF) {
  51         std::string line;
  52         std::ifstream fin(inpF);
  53
  54         if (!fin.is_open()) { fprintf(stderr, "Cannot open %s! It may not exist.\n", inpF); exit(-1); }
  55
  56         fin>>M>>type;
  57         getline(fin, line);
  58         transcripts.clear();
  59         transcripts.resize(M + 1);
  60         for (int i = 1; i <= M; i++) {
  61                 transcripts[i].read(fin);
  62         }
  63         fin.close();
  64 }
  65
  66 void Transcripts::writeTo(const char* outF) {
  67         std::ofstream fout(outF);
  68         fout<<M<<" "<<type<<std::endl;
  69         for (int i = 1; i <= M; i++) {
  70                 transcripts[i].write(fout);
  71         }
  72         fout.close();
  73 }
  74
  75 #endif /* TRANSCRIPTS_H_ */