SingleHit.h

   1 #ifndef SINGLEHIT_H_
   2 #define SINGLEHIT_H_
   3
   4 #include<cstdlib>
   5 #include<iostream>
   6
   7 //char dir : 0 +, 1 - , encoding as 1 + , -1 -
   8 class SingleHit {
   9 public:
  10         SingleHit() {
  11                 sid = 0; pos = -1; conprb = 0.0; // for noise gene
  12         }
  13
  14         //sid encodes dir here
  15         SingleHit(int sid, int pos, double conprb = 0.0) {
  16                 this->sid = sid;
  17                 this->pos = pos;
  18                 this->conprb = conprb;
  19         }
  20
  21         bool isNoise() const { return sid == 0; }
  22
  23         //makes no sense for noise gene
  24         int getDir() const { return sid < 0; }
  25
  26         int getSid() const { return abs(sid); }
  27
  28         int getPos() const { return pos; }
  29
  30         double getConPrb() const { return conprb; }
  31
  32         void setConPrb(double conprb) {
  33             this->conprb = conprb;
  34         }
  35
  36         bool read(std::istream&);
  37         void write(std::ostream&);
  38
  39 protected:
  40         int sid, pos; // sid encodes dir
  41         double conprb; // conditional probability
  42 };
  43
  44 bool SingleHit::read(std::istream& in) {
  45         conprb = 0.0;
  46         return (in>>sid>>pos);
  47 }
  48
  49 void SingleHit::write(std::ostream& out) {
  50         out<<" "<<sid<<" "<<pos;
  51 }
  52
  53 #endif /* SINGLEHIT_H_ */
  54
  55
  56