RefSeqPolicy.h

   1 #ifndef REFSEQPOLICY
   2 #define REFSEQPOLICY
   3
   4 #include<string>
   5
   6 /**
   7 Convert reference sequences to RSEM format
   8  */
   9 class RefSeqPolicy {
  10  public:
  11   std::string convert(const std::string& rawseq) {
  12     int size = (int)rawseq.size();
  13     std::string seq = rawseq;
  14     for (int i = 0; i < size; i++) {
  15       seq[i] = toupper(rawseq[i]);
  16       if (seq[i] != 'A' && seq[i] != 'C' && seq[i] != 'G' && seq[i] != 'T') seq[i] = 'N';
  17     }
  18     return seq;
  19   }
  20 };
  21
  22 #endif