Read.h

   1 #ifndef READ
   2 #define READ
   3
   4 /**
   5 father class of SingleRead, SingleReadQ, PairedEndRead, PairedEndReadQ
   6  */
   7
   8 #include<iostream>
   9 #include<string>
  10
  11 class Read {
  12         public:
  13                 Read() { name = ""; low_quality = false; }
  14                 bool read(int argc, std::istream* argv[], int flags = 7) { return false; }  //read from file, flags, which entries loaded 1 : readseq, 2 : quality score 4 : name
  15                 void write(int argc, std::ostream* argv[]) {}; //write to files // do not write if does not read fully
  16                 const std::string& getName() const { return name; }
  17                 bool isLowQuality() const { return low_quality; } // if this read is low quality and should not be used
  18         protected:
  19                 std::string name; //name of the read
  20                 bool low_quality;
  21 };
  22
  23 #endif