PairedEndHit.h

   1 #ifndef PAIREDENDHIT_H_
   2 #define PAIREDENDHIT_H_
   3
   4 #include<iostream>
   5
   6 #include "SingleHit.h"
   7
   8 class PairedEndHit : public SingleHit {
   9 public:
  10         PairedEndHit() : SingleHit() {
  11                 insertL = 0;
  12         }
  13
  14         PairedEndHit(int sid, int pos, int insertL, double conprb = 0.0) : SingleHit(sid, pos, conprb) {
  15                 this->insertL = insertL;
  16         }
  17
  18         short getInsertL() const { return insertL; }
  19
  20         bool read(std::istream&);
  21         void write(std::ostream&);
  22
  23 private:
  24         short insertL; // insert length
  25 };
  26
  27 bool PairedEndHit::read(std::istream& in) {
  28         conprb = 0.0;
  29     return (in>>sid>>pos>>insertL);
  30 }
  31
  32 void PairedEndHit::write(std::ostream& out) {
  33         out<<" "<<sid<<" "<<pos<<" "<<insertL;
  34 }
  35
  36 #endif /* PAIREDENDHIT_H_ */