Makefile

   1 CC = g++
   2 CFLAGS = -Wall -c -I.
   3 COFLAGS = -Wall -O3 -ffast-math -c -I.
   4 PROGRAMS = rsem-extract-reference-transcripts rsem-synthesis-reference-transcripts rsem-preref rsem-parse-alignments rsem-build-read-index rsem-run-em rsem-tbam2gbam rsem-run-gibbs rsem-calculate-credibility-intervals rsem-simulate-reads rsem-bam2wig rsem-get-unique rsem-bam2readdepth rsem-sam-validator rsem-scan-for-paired-end-reads
   5
   6 .PHONY : all ebseq clean
   7
   8 all : $(PROGRAMS)
   9
  10 sam/libbam.a :
  11         cd sam ; ${MAKE} all
  12
  13 Transcript.h : utils.h
  14
  15 Transcripts.h : my_assert.h Transcript.h
  16
  17 rsem-extract-reference-transcripts : utils.h my_assert.h GTFItem.h Transcript.h Transcripts.h extractRef.cpp
  18         $(CC) -Wall -O3 extractRef.cpp -o rsem-extract-reference-transcripts
  19
  20 rsem-synthesis-reference-transcripts : utils.h my_assert.h Transcript.h Transcripts.h synthesisRef.cpp
  21         $(CC) -Wall -O3 synthesisRef.cpp -o rsem-synthesis-reference-transcripts
  22
  23 BowtieRefSeqPolicy.h : RefSeqPolicy.h
  24
  25 RefSeq.h : utils.h
  26
  27 Refs.h : utils.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h
  28
  29
  30 rsem-preref : preRef.o
  31         $(CC) preRef.o -o rsem-preref
  32
  33 preRef.o : utils.h RefSeq.h Refs.h PolyARules.h RefSeqPolicy.h AlignerRefSeqPolicy.h preRef.cpp
  34         $(CC) $(COFLAGS) preRef.cpp
  35
  36
  37 SingleRead.h : Read.h
  38
  39 SingleReadQ.h : Read.h
  40
  41 PairedEndRead.h : Read.h SingleRead.h
  42
  43 PairedEndReadQ.h : Read.h SingleReadQ.h
  44
  45
  46 PairedEndHit.h : SingleHit.h
  47
  48 HitContainer.h : GroupInfo.h
  49
  50
  51 SamParser.h : sam/sam.h sam/bam.h utils.h my_assert.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h SingleHit.h PairedEndHit.h Transcripts.h
  52
  53
  54 rsem-parse-alignments : parseIt.o sam/libbam.a
  55         $(CC) -o rsem-parse-alignments parseIt.o sam/libbam.a -lz -lpthread
  56
  57 parseIt.o : utils.h GroupInfo.h Read.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h SingleHit.h PairedEndHit.h HitContainer.h SamParser.h Transcripts.h sam/sam.h sam/bam.h parseIt.cpp
  58         $(CC) -Wall -O2 -c -I. parseIt.cpp
  59
  60
  61 rsem-build-read-index : utils.h buildReadIndex.cpp
  62         $(CC) -O3 buildReadIndex.cpp -o rsem-build-read-index
  63
  64
  65 simul.h : boost/random.hpp
  66
  67 ReadReader.h : SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h ReadIndex.h
  68
  69 SingleModel.h : utils.h my_assert.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h Profile.h NoiseProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleRead.h SingleHit.h ReadReader.h simul.h
  70
  71 SingleQModel.h : utils.h my_assert.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleReadQ.h SingleHit.h ReadReader.h simul.h
  72
  73 PairedEndModel.h : utils.h my_assert.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h Profile.h NoiseProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleRead.h PairedEndRead.h PairedEndHit.h ReadReader.h simul.h
  74
  75 PairedEndQModel.h : utils.h my_assert.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleReadQ.h PairedEndReadQ.h PairedEndHit.h ReadReader.h simul.h
  76
  77 HitWrapper.h : HitContainer.h
  78
  79 sam_rsem_aux.h : sam/bam.h
  80
  81 sam_rsem_cvt.h : sam/bam.h Transcript.h Transcripts.h
  82
  83 BamWriter.h : sam/sam.h sam/bam.h sam_rsem_aux.h sam_rsem_cvt.h SingleHit.h PairedEndHit.h HitWrapper.h Transcript.h Transcripts.h
  84
  85 sampling.h : boost/random.hpp
  86
  87 WriteResults.h : utils.h my_assert.h GroupInfo.h Transcript.h Transcripts.h RefSeq.h Refs.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h
  88
  89 rsem-run-em : EM.o sam/libbam.a
  90         $(CC) -o rsem-run-em EM.o sam/libbam.a -lz -lpthread
  91
  92 EM.o : utils.h my_assert.h Read.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h SingleHit.h PairedEndHit.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h Refs.h GroupInfo.h HitContainer.h ReadIndex.h ReadReader.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h ModelParams.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h Profile.h NoiseProfile.h Transcript.h Transcripts.h HitWrapper.h BamWriter.h sam/bam.h sam/sam.h simul.h sam_rsem_aux.h sampling.h boost/random.hpp WriteResults.h EM.cpp
  93         $(CC) $(COFLAGS) EM.cpp
  94
  95 bc_aux.h : sam/bam.h
  96
  97 BamConverter.h : utils.h my_assert.h sam/sam.h sam/bam.h sam_rsem_aux.h sam_rsem_cvt.h bc_aux.h Transcript.h Transcripts.h
  98
  99 rsem-tbam2gbam : utils.h Transcripts.h Transcript.h bc_aux.h BamConverter.h sam/sam.h sam/bam.h sam/libbam.a sam_rsem_aux.h sam_rsem_cvt.h tbam2gbam.cpp sam/libbam.a
 100         $(CC) -O3 -Wall tbam2gbam.cpp sam/libbam.a -lz -lpthread -o $@
 101
 102 rsem-bam2wig : utils.h my_assert.h wiggle.h wiggle.o sam/libbam.a bam2wig.cpp
 103         $(CC) -O3 -Wall bam2wig.cpp wiggle.o sam/libbam.a -lz -lpthread -o $@
 104
 105 rsem-bam2readdepth : utils.h my_assert.h wiggle.h wiggle.o sam/libbam.a bam2readdepth.cpp
 106         $(CC) -O3 -Wall bam2readdepth.cpp wiggle.o sam/libbam.a -lz -lpthread -o $@
 107
 108 wiggle.o: sam/bam.h sam/sam.h wiggle.cpp wiggle.h
 109         $(CC) $(COFLAGS) wiggle.cpp
 110
 111 rsem-simulate-reads : simulation.o
 112         $(CC) -o rsem-simulate-reads simulation.o
 113
 114 simulation.o : utils.h Read.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h Refs.h RefSeq.h GroupInfo.h Transcript.h Transcripts.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h Profile.h NoiseProfile.h simul.h boost/random.hpp WriteResults.h simulation.cpp
 115         $(CC) $(COFLAGS) simulation.cpp
 116
 117 rsem-run-gibbs : Gibbs.o
 118         $(CC) -o rsem-run-gibbs Gibbs.o -lpthread
 119
 120 #some header files are omitted
 121 Gibbs.o : utils.h my_assert.h boost/random.hpp sampling.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h Refs.h GroupInfo.h WriteResults.h Gibbs.cpp
 122         $(CC) $(COFLAGS) Gibbs.cpp
 123
 124 Buffer.h : my_assert.h
 125
 126 rsem-calculate-credibility-intervals : calcCI.o
 127         $(CC) -o rsem-calculate-credibility-intervals calcCI.o -lpthread
 128
 129 #some header files are omitted
 130 calcCI.o : utils.h my_assert.h boost/random.hpp sampling.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h Refs.h GroupInfo.h WriteResults.h Buffer.h calcCI.cpp
 131         $(CC) $(COFLAGS) calcCI.cpp
 132
 133 rsem-get-unique : sam/bam.h sam/sam.h getUnique.cpp sam/libbam.a
 134         $(CC) -O3 -Wall getUnique.cpp sam/libbam.a -lz -lpthread -o $@
 135
 136 rsem-sam-validator : sam/bam.h sam/sam.h my_assert.h samValidator.cpp sam/libbam.a
 137         $(CC) -O3 -Wall samValidator.cpp sam/libbam.a -lz -lpthread -o $@
 138
 139 rsem-scan-for-paired-end-reads : sam/bam.h sam/sam.h my_assert.h scanForPairedEndReads.cpp sam/libbam.a
 140         $(CC) -O3 -Wall scanForPairedEndReads.cpp sam/libbam.a -lz -lpthread -o $@
 141
 142 ebseq :
 143         cd EBSeq ; ${MAKE} all
 144
 145 clean :
 146         rm -f *.o *~ $(PROGRAMS)
 147         cd sam ; ${MAKE} clean
 148         cd EBSeq ; ${MAKE} clean