HitContainer.h

   1 #ifndef HITCONTAINER_H_
   2 #define HITCONTAINER_H_
   3
   4 #include<cassert>
   5 #include<iostream>
   6 #include<vector>
   7 #include<algorithm>
   8
   9 #include "utils.h"
  10 #include "GroupInfo.h"
  11
  12 template<class HitType>
  13 class HitContainer {
  14 public:
  15         HitContainer() {
  16                 clear();
  17         }
  18
  19         void clear() {
  20                 n = nhits = 0;
  21                 s.clear();
  22                 hits.clear();
  23
  24                 s.push_back(0);
  25         }
  26
  27         bool read(std::istream&); // each time a read
  28         void write(std::ostream&); // write all reads' hit out
  29
  30         void push_back(const HitType& hit)  {
  31                 hits.push_back(hit);
  32                 ++nhits;
  33         }
  34
  35         //update read information vector etc
  36         void updateRI() {
  37                 if (nhits > s.back()) {  //Do not change if last read does not have hits
  38                         s.push_back(nhits);
  39                         ++n;
  40                 }
  41         }
  42
  43         READ_INT_TYPE getN() { return n; }
  44
  45         HIT_INT_TYPE getNHits() { return nhits; }
  46
  47         READ_INT_TYPE calcNumGeneMultiReads(const GroupInfo&);
  48         READ_INT_TYPE calcNumIsoformMultiReads();
  49
  50         HIT_INT_TYPE getSAt(READ_INT_TYPE pos) { assert(pos >= 0 && pos <= n); return s[pos]; }
  51
  52         HitType& getHitAt(HIT_INT_TYPE pos) { assert(pos >= 0 && pos < nhits); return hits[pos]; }
  53
  54 private:
  55         READ_INT_TYPE n; // n reads in total
  56         HIT_INT_TYPE nhits; // # of hits
  57         std::vector<HIT_INT_TYPE> s;
  58         std::vector<HitType> hits;
  59 };
  60
  61 //Each time only read one read's hits. If you want to start over, must call clear() first!
  62 template<class HitType>
  63 bool HitContainer<HitType>::read(std::istream& in) {
  64         HIT_INT_TYPE tot;
  65
  66         if (!(in>>tot)) return false;
  67         assert(tot > 0);
  68         for (HIT_INT_TYPE i = 0; i < tot; i++) {
  69                 HitType hit;
  70                 if (!hit.read(in)) return false;
  71                 hits.push_back(hit);
  72         }
  73
  74         nhits = nhits + tot;
  75         ++n;
  76         s.push_back(nhits);
  77
  78         return true;
  79 }
  80
  81 template<class HitType>
  82 void HitContainer<HitType>::write(std::ostream& out) {
  83         if (n <= 0) return;
  84         for (READ_INT_TYPE i = 0; i < n; i++) {
  85                 out<<s[i + 1] - s[i];
  86                 for (HIT_INT_TYPE j = s[i]; j < s[i + 1]; j++) {
  87                         hits[j].write(out);
  88                 }
  89                 out<<std::endl;
  90         }
  91 }
  92
  93 template<class HitType>
  94 READ_INT_TYPE HitContainer<HitType>::calcNumGeneMultiReads(const GroupInfo& gi) {
  95         READ_INT_TYPE res = 0;
  96         int *sortgids = NULL;
  97
  98         for (READ_INT_TYPE i = 0; i < n; i++) {
  99                 HIT_INT_TYPE num = s[i + 1] - s[i];
 100                 sortgids = new int[num];
 101                 for (HIT_INT_TYPE j = s[i]; j < s[i + 1]; j++) sortgids[j] = gi.gidAt(hits[j].getSid());
 102                 std::sort(sortgids, sortgids + num);
 103                 if (std::unique(sortgids, sortgids + num) - sortgids > 1) ++res;
 104                 delete[] sortgids;
 105         }
 106
 107         return res;
 108 }
 109
 110 template<class HitType>
 111 READ_INT_TYPE HitContainer<HitType>::calcNumIsoformMultiReads() {
 112         READ_INT_TYPE res = 0;
 113         for (READ_INT_TYPE i = 0; i < n; i++)
 114                 if (s[i + 1] - s[i] > 1) ++res;
 115         return res;
 116 }
 117
 118 #endif /* HITCONTAINER_H_ */