GroupInfo.h

   1 #ifndef GROUPINFO_H_
   2 #define GROUPINFO_H_
   3
   4 #include<cstdio>
   5 #include<cassert>
   6 #include<vector>
   7
   8 class GroupInfo {
   9 public:
  10         GroupInfo() { m = 0; starts.clear(); gids = NULL; }
  11         ~GroupInfo() { m = 0; starts.clear(); if (gids != NULL) delete[] gids; }
  12
  13         void load(const char*);
  14
  15         int getm() const { return m; }
  16
  17         int gidAt(int sid) const {
  18                 assert(sid > 0 && sid < starts.back());
  19                 return gids[sid];
  20         }
  21
  22         // sp : start position
  23         int spAt(int gid) const {
  24                 assert(gid >= 0 && gid <= m);
  25                 return starts[gid];
  26         }
  27
  28 private:
  29         int m; // m genes
  30         std::vector<int> starts; // genes' start positions
  31         int *gids; // hash
  32 };
  33
  34 void GroupInfo::load(const char* groupF) {
  35         FILE *fi = fopen(groupF, "r");
  36         int pos;
  37
  38         if (fi == NULL) { fprintf(stderr, "Cannot open %s! It may not exist.\n", groupF); exit(-1); }
  39
  40         starts.clear();
  41         while(fscanf(fi, "%d", &pos) == 1) {
  42                 starts.push_back(pos);
  43         }
  44         fclose(fi);
  45
  46         m = starts.size() - 1;
  47         gids = new int[starts.back()];
  48         for (int i = 0; i < m; i++) {
  49                 for (int j = starts[i]; j < starts[i + 1]; j++) {
  50                         gids[j] = i;
  51                 }
  52         }
  53 }
  54
  55 #endif /* GROUPINFO_H_ */