AlignerRefSeqPolicy.h

   1 #ifndef ALIGNERREFSEQPOLICY
   2 #define ALIGNERREFSEQPOLICY
   3
   4 #include<string>
   5
   6 #include "RefSeqPolicy.h"
   7
   8 class AlignerRefSeqPolicy : public RefSeqPolicy {
   9  public :
  10   std::string convert(const std::string& rawseq) {
  11     int size = (int)rawseq.size();
  12     std::string seq = rawseq;
  13     for (int i = 0; i < size; i++)
  14       if (seq[i] == 'N') seq[i] = 'G';
  15     return seq;
  16   }
  17 };
  18
  19 #endif