]> git.donarmstrong.com Git - resume.git/commitdiff
update skills
authorDon Armstrong <don@donarmstrong.com>
Thu, 22 Feb 2018 04:17:13 +0000 (20:17 -0800)
committerDon Armstrong <don@donarmstrong.com>
Thu, 22 Feb 2018 04:17:13 +0000 (20:17 -0800)
don_armstrong_resume.org

index 6c608cc4bce20fcfca55c3cf0040e7f019f6c3e2..57c9f5e22ef725c91750791186a48b0fd9c45973 100644 (file)
 
 * Skills
 ** Genomics and Epigenomics
-+ *NGS* and array-based Genomics and Epigenomics of complex human
-  diseases using *RNA-seq*, targeted DNA sequencing, *RRBS*, Illumina
++ NGS and array-based Genomics and Epigenomics of complex human
+  diseases using RNA-seq, targeted DNA sequencing, RRBS, Illumina
   bead arrays, and Affymetrix microarrays from sample collection to
   publication.
 + Reproducible, scalable bioinformatics analysis using make,
-  *nextflow*, and *cwl* based workflows on cloud- and cluster-based
+  nextflow, and cwl based workflows on cloud- and cluster-based
   systems on terabyte-scale datasets
 + Alignment, annotation, and variant calling using existing and custom
-  software, including *GATK*, *bwa*, *STAR*, and *kallisto*.
+  software, including GATK, bwa, STAR, and kallisto.
 + Correcting for and experimental design to overcome multiple
   testing, confounders, and batch effects using Bayesian and
   frequentist methods approaches
-+ Using evolutionary genomics to identify causal human variants
++ Using evolutionary genomics to identify causal human variants
 ** Statistics
 + Statistical modeling (regression, inference, prediction, and
   learning in very large (> 1TB) datasets)
 + Addressing confounders and batch effects
-+ Reproducible research
++ Reproducible research
 ** Big Data
 + Parallel and Cloud Computing (slurm, torque, AWS, OpenStack, Azure)
 + Inter-process communication: MPI, OpenMP