bin/get_reference

   1 #! /usr/bin/perl
   2 # This program is part of da_reference, and is released under the
   3 # terms of the GPL version 2, or any later version, at your
   4 # option. See the file README and COPYING for more information.
   5 # Copyright 2004 by Don Armstrong <don@donarmstrong.com>.
   6 # $Id: get_reference 45 2013-09-10 18:05:31Z don $
   7
   8
   9 use warnings;
  10 use strict;
  11
  12
  13 use Getopt::Long;
  14 use Reference;
  15 use Pod::Usage;
  16
  17 =head1 NAME
  18
  19 get_reference - Retrieve a reference from somewhere and output the
  20 formatted reference to STDOUT.
  21
  22 =head1 SYNOPSIS
  23
  24 get_reference [options] referenceid [referenceid ...]
  25
  26  Options:
  27   --pmid,-p referenceid is a pub med id. (Default)
  28   --bibtex,-b ouput in bibtex format (Default)
  29   --debug, -d debugging level (Default 0)
  30   --help,-h display this help
  31   --man,-m display manual
  32
  33 =head1 OPTIONS
  34
  35 =over
  36
  37 =item B<--pmid, -p>
  38
  39 The referenceid listed is a Pub Med ID. (Default)
  40
  41 =item B<--bibtex, -b>
  42
  43 Output the listed referenceid in BibTeX format. (Default)
  44
  45 =item B<--help, -h>
  46
  47 Display brief useage information.
  48
  49 =item B<--man, -m>
  50
  51 Display this manual.
  52
  53 =back
  54
  55 =head1 EXAMPLES
  56
  57      get_reference -p -b -d 1 123456;
  58
  59      get_reference 123456;
  60
  61 =cut
  62
  63
  64
  65 use vars qw($DEBUG);
  66
  67 my %options = (pmid   => 1,
  68                bibtex => 1,
  69                debug  => 0,
  70                help   => 0,
  71                man    => 0,
  72                suggest_name => 0,
  73                journal_titles => 0,
  74               );
  75
  76 GetOptions(\%options,'pmid|p','bibtex|b','suggest_name|suggest-name','debug|d','help|h','man|m',
  77            'journal_titles|journal-titles|journal_title|journal-titles',
  78           );
  79
  80 pod2usage() if $options{help};
  81 pod2usage({verbose=>2}) if $options{man};
  82
  83 $DEBUG = $options{debug};
  84
  85 if ($options{pmid} and $options{bibtex}) {
  86      use Reference::Type::Article;
  87      use Reference::Retrieve::PubMed;
  88      use Reference::Output::Bibtex;
  89      use Reference::Output::Filename;
  90      use Encode qw(encode_utf8);
  91      $Reference::Retrieve::PubMed::DEBUG = $options{debug};
  92      foreach my $pmid (@ARGV) {
  93           next unless ($pmid) = $pmid =~ /(\d+)/;
  94           print STDERR "dealing with $pmid\n" if $DEBUG;
  95           my $reference = scalar Reference::Retrieve::PubMed::get_reference_by_pmid(pmid => $pmid);
  96           print STDERR "Unable to retrieve reference for $pmid\n" and next if not defined $reference;
  97           if ($options{suggest_name}) {
  98                # try to suggest a name for the reference
  99                print '@COMMENT{Filename: '.lc(encode_utf8(Reference::Output::Bibtex::convert_to_utf8(filename($reference))))."}\n";
 100           }
 101       if ($options{journal_titles}) {
 102           print '@COMMENT{Medline: '.$reference->journal(output=>'bibtex').'="'.
 103               $reference->journal(output=>'medline').qq("}\n);
 104           print '@COMMENT{isoabbr: '.$reference->journal(output=>'bibtex').'="'.
 105               $reference->journal(output=>'iso').qq("}\n);
 106           print '@COMMENT{full: '.$reference->journal(output=>'bibtex').'="'.
 107               $reference->journal().qq("}\n);
 108       }
 109           print scalar bibtex($reference);
 110      }
 111 }