pamp.ctl

   1 \r
   2     seqfile = examples/mtprim9.nuc * sequence data file name\r
   3     outfile = mp        * main result file\r
   4    treefile = examples/9s.trees  * tree structure file name\r
   5 \r
   6     seqtype = 0  * 0:nucleotides; 2:amino acids, 3:binary\r
   7       ncatG = 8  * # of categories in the dG model of rates\r
   8       nhomo = 0  * nonhomogeneous in calcualting P for branch\r