codonml.ctl

   1       seqfile = D:\A\MySoft\paml4.6\examples\lysozyme\lysozymeSmall.nuc\r
   2      treefile = D:\A\MySoft\paml4.6\examples\lysozyme\lysozymeSmall.trees\r
   3       outfile = mlc\r
   4 \r
   5         noisy = 9\r
   6       verbose = 1\r
   7       runmode = 0\r
   8 \r
   9 \r
  10       seqtype = 1\r
  11     CodonFreq = 0\r
  12 \r
  13         ndata = 1\r
  14         clock = 0\r
  15        aaDist = 0\r
  16 \r
  17 \r
  18 \r
  19         model = 2\r
  20 \r
  21 \r
  22 \r
  23 \r
  24 \r
  25 \r
  26       NSsites = 0\r
  27 \r
  28 \r
  29 \r
  30 \r
  31         icode = 0\r
  32         Mgene = 0\r
  33 \r
  34 \r
  35 \r
  36     fix_kappa = 0\r
  37         kappa = 2\r
  38     fix_omega = 0\r
  39         omega = 0.4\r
  40 \r
  41     fix_alpha = 1\r
  42         alpha = 0\r
  43        Malpha = 0\r
  44         ncatG = 8\r
  45 \r
  46         getSE = 0\r
  47  RateAncestor = 0\r
  48 \r
  49    Small_Diff = .5e-6\r
  50     cleandata = 0\r
  51 \r
  52        method = 1\r