aaml.ctl

   1       seqfile = D:\A\MySoft\paml4.6\stewart.aa\r
   2      treefile = D:\A\MySoft\paml4.6\stewart.trees\r
   3 \r
   4       outfile = mlc\r
   5         noisy = 9\r
   6       verbose = 1\r
   7       runmode = 0\r
   8 \r
   9 \r
  10       seqtype = 2\r
  11    aaRatefile = \r
  12 \r
  13 \r
  14         model = 0\r
  15 \r
  16         Mgene = 0\r
  17 \r
  18     fix_alpha = 1\r
  19         alpha = 0\r
  20        Malpha = 0\r
  21         ncatG = 5\r
  22 \r
  23         clock = 0\r
  24         getSE = 1\r
  25  RateAncestor = 1\r
  26 \r
  27 \r
  28 \r
  29 \r
  30 \r
  31 \r
  32 \r
  33    Small_Diff = .5e-6\r
  34     cleandata = 0\r
  35         ndata = 1\r
  36        method = 0\r