]> git.donarmstrong.com Git - paml.git/blob - GeneticCode.txt
import paml4.8
[paml.git] / GeneticCode.txt
1  (1) The universal genetic code                  \r
2  ----------------------------------------------  \r
3  Phe F TTT | Ser S TCT | Tyr Y TAT | Cys C TGT   \r
4        TTC |       TCC |       TAC |       TGC   \r
5  Leu L TTA |       TCA | End * TAA | End * TGA   \r
6        TTG |       TCG |       TAG | Trp W TGG   \r
7  ----------------------------------------------  \r
8  Leu L CTT | Pro P CCT | His H CAT | Arg R CGT   \r
9        CTC |       CCC |       CAC |       CGC   \r
10        CTA |       CCA | Gln Q CAA |       CGA   \r
11        CTG |       CCG |       CAG |       CGG   \r
12  ----------------------------------------------  \r
13  Ile I ATT | Thr T ACT | Asn N AAT | Ser S AGT   \r
14        ATC |       ACC |       AAC |       AGC   \r
15        ATA |       ACA | Lys K AAA | Arg R AGA   \r
16  Met M ATG |       ACG |       AAG |       AGG   \r
17  ----------------------------------------------  \r
18  Val V GTT | Ala A GCT | Asp D GAT | Gly G GGT   \r
19        GTC |       GCC |       GAC |       GGC   \r
20        GTA |       GCA | Glu E GAA |       GGA   \r
21        GTG |       GCG |       GAG |       GGG   \r
22  ----------------------------------------------  \r
23                                                  \r
24  (2) The mammalian mitochondrial code            \r
25  ----------------------------------------------  \r
26  Phe F TTT | Ser S TCT | Tyr Y TAT | Cys C TGT   \r
27        TTC |       TCC |       TAC |       TGC   \r
28  Leu L TTA |       TCA | End * TAA | Trp W TGA   \r
29        TTG |       TCG |       TAG |       TGG   \r
30  ----------------------------------------------  \r
31  Leu L CTT | Pro P CCT | His H CAT | Arg R CGT   \r
32        CTC |       CCC |       CAC |       CGC   \r
33        CTA |       CCA | Gln Q CAA |       CGA   \r
34        CTG |       CCG |       CAG |       CGG   \r
35  ----------------------------------------------  \r
36  Ile I ATT | Thr T ACT | Asn N AAT | Ser S AGT   \r
37        ATC |       ACC |       AAC |       AGC   \r
38  Met M ATA |       ACA | Lys K AAA | End * AGA   \r
39        ATG |       ACG |       AAG |       AGG   \r
40  ----------------------------------------------  \r
41  Val V GTT | Ala A GCT | Asp D GAT | Gly G GGT   \r
42        GTC |       GCC |       GAC |       GGC   \r
43        GTA |       GCA | Glu E GAA |       GGA   \r
44        GTG |       GCG |       GAG |       GGG   \r
45  ----------------------------------------------  \r
46 \r
47 \f\r
48  (1) The universal genetic code (74 nonempty)\r
49  Ala A                                             \r
50  Arg R  0                                          \r
51  Asn N  0 0                                        \r
52  Asp D  1 0 1                                      \r
53  Cys C  0 1 0 0                                    \r
54  Gln Q  0 1 0 0 0                                  \r
55  Glu E  1 0 0 1 0 1                                \r
56  Gly G  1 1 0 1 1 0 1                              \r
57  His H  0 1 1 1 0 1 0 0                            \r
58  Ile I  0 1 1 0 0 0 0 0 0                          \r
59  Leu L  0 1 0 0 0 1 0 0 1 1                        \r
60  Lys K  0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 0                      \r
61  Met M  0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1                    \r
62  Phe F  0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0                  \r
63  Pro P  1 1 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0                \r
64  Ser S  1 1 1 0 1 0 0 1 0 1 1 0 0 1 1              \r
65  Thr T  1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 0 1 1            \r
66  Trp W  0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 1 0          \r
67  Tyr Y  0 0 1 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0        \r
68  Val V  1 0 0 1 0 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0\r
69         A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V      \r
70                                                      \r
71  (2)  The mammalian mitochondrial code (69 nonempty) \r
72  Ala A                                              \r
73  Arg R  0                                          \r
74  Asn N  0 0                                        \r
75  Asp D  1 0 1                                      \r
76  Cys C  0 1 0 0                                    \r
77  Gln Q  0 1 0 0 0                                  \r
78  Glu E  1 0 0 1 0 1                                \r
79  Gly G  1 1 0 1 1 0 1                              \r
80  His H  0 1 1 1 0 1 0 0                            \r
81  Ile I  0 0 1 0 0 0 0 0 0                          \r
82  Leu L  0 1 0 0 0 1 0 0 1 1                        \r
83  Lys K  0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0                      \r
84  Met M  0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1                    \r
85  Phe F  0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0                  \r
86  Pro P  1 1 0 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0                \r
87  Ser S  1 1 1 0 1 0 0 1 0 1 1 0 0 1 1              \r
88  Thr T  1 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 0 1 1            \r
89  Trp W  0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 1 0          \r
90  Tyr Y  0 0 1 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0        \r
91  Val V  1 0 0 1 0 0 1 1 0 1 1 0 1 1 0 0 0 0 0\r
92         A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V