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authorJohn Kitchin <jkitchin@andrew.cmu.edu>
Mon, 2 Mar 2015 14:20:18 +0000 (09:20 -0500)
committerJohn Kitchin <jkitchin@andrew.cmu.edu>
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doi-utils.org

index e806fcf..c18345d 100644 (file)
@@ -436,15 +436,7 @@ For example:
 #+END_SRC
 
 #+RESULTS:
-| :member | http://id.crossref.org/member/16 | :volume | 99 | :indexed | (:timestamp 1423435577602 :date-parts [[2015 2 8]]) | :publisher | American Physical Society (APS) | :source | CrossRef | :URL | http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.99.016105 | :ISSN | [0031-9007 1079-7114] | :DOI | 10.1103/physrevlett.99.016105 | :type | journal-article | :title | Scaling Properties of Adsorption Energies for Hydrogen-Containing Molecules on Transition-Metal Surfaces | :issue | 1 | :deposited | (:timestamp 1313712000000 :date-parts [[2011 8 19]]) | :reference-count | 26 | :container-title | Phys. Rev. Lett. | :author | [(:given F. :family Abild-Pedersen) (:given J. :family Greeley) (:given F. :family Studt) (:given J. :family Rossmeisl) (:given T. :family Munter) (:given P. :family Moses) (:given E. :family Skúlason) (:given T. :family Bligaard) (:given J. :family Nørskov)] | :prefix | http://id.crossref.org/prefix/10.1103 | :score | 1.0 | :issued | (:date-parts [[2007 7]]) | :subject | [Physics and Astronomy(all)] | :subtitle | [] |
-
-or for a book:
-#+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
-(doi-utils-get-json-metadata "10.1007/978-1-4612-4968-9")
-#+END_SRC
-
-#+RESULTS:
-| :member | nil | :indexed | (:timestamp 1423773021494 :date-parts [[2015 2 12]]) | :publisher | Springer New York | :source | CrossRef | :URL | http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4612-4968-9 | :ISBN | [http://id.crossref.org/isbn/978-0-387-96347-1 http://id.crossref.org/isbn/978-1-4612-4968-9] | :ISSN | [0172-6056] | :DOI | 10.1007/978-1-4612-4968-9 | :type | book | :title | Constructive Combinatorics | :deposited | (:timestamp 1378684800000 :date-parts [[2013 9 9]]) | :reference-count | 0 | :container-title | Undergraduate Texts in Mathematics | :author | [(:given Dennis :family Stanton) (:given Dennis :family White)] | :prefix | none | :score | 1.0 | :issued | (:date-parts [[1986]]) | :subtitle | [] |
+| :volume | 99 | :indexed | (:timestamp 1399964115538.0 :date-parts [[2014 5 13]]) | :publisher | American Physical Society (APS) | :source | CrossRef | :URL | http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.99.016105 | :ISSN | [0031-9007 1079-7114] | :DOI | 10.1103/physrevlett.99.016105 | :type | journal-article | :title | Scaling Properties of Adsorption Energies for Hydrogen-Containing Molecules on Transition-Metal Surfaces | :issue | 1 | :deposited | (:timestamp 1313712000000.0 :date-parts [[2011 8 19]]) | :reference-count | 26 | :container-title | Phys. Rev. Lett. | :author | [(:given F. :family Abild-Pedersen) (:given J. :family Greeley) (:given F. :family Studt) (:given J. :family Rossmeisl) (:given T. :family Munter) (:given P. :family Moses) (:given E. :family Skúlason) (:given T. :family Bligaard) (:given J. :family Nørskov)] | :prefix | http://id.crossref.org/prefix/10.1103 | :score | 1.0 | :issued | (:date-parts [[2007 7]]) | :subject | [Physics and Astronomy(all)] | :subtitle | [] |
 
 We can use that data to construct a bibtex entry. We do that by defining a template, and filling it in. I wrote this template expansion code which makes it easy to substitute values like %{} in emacs lisp.
 
@@ -459,97 +451,63 @@ We can use that data to construct a bibtex entry. We do that by defining a templ
 
 Now we define a function that fills in that template from the metadata.
 
-As different bibtex types share common keys, it is advantageous to separate data extraction from json, and the formatting of the bibtex entry.
-
-#+BEGIN_SRC emacs-lisp :notangle doi-utils.el
-(defmacro defpar (name &optional value)
-  `(progn (defvar ,name)
-          (setf ,name ,value)))
-
-(defpar doi-utils-json-metadata-extract
-    '((type       (plist-get results :type))
-      (author     (mapconcat (lambda (x) (concat (plist-get x :given) " " (plist-get x :family)))
-                   (plist-get results :author) " and "))
-      (title      (plist-get results :title))
-      (subtitle   (plist-get results :subtitle))
-      (journal    (plist-get results :container-title))
-      (series     (plist-get results :container-title))
-      (publisher  (plist-get results :publisher))
-      (volume     (plist-get results :volume))
-      (issue      (plist-get results :issue))
-      (number     (plist-get results :issue))
-      (year       (elt (elt (plist-get (plist-get results :issued) :date-parts) 0) 0))
-      (month      (elt (elt (plist-get (plist-get results :issued) :date-parts) 0) 1))
-      (pages      (plist-get results :page))
-      (doi        (plist-get results :DOI))
-      (url        (plist-get results :URL))
-      (booktitle  (plist-get results :container-title))))
-#+END_SRC
-
-Next, we need to define the different bibtex types. Each type has a bibtex type (for output) and the type as provided in the doi record. Finally, we have to declare the fields we want to output.
-
-#+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el :results none
-(defpar doi-utils-bibtex-type-generators nil)
-
-(defun concat-prepare (lst &optional acc)
-  "Given a list `lst' of strings and other expressions, which are
-intented to passed to `concat', concat any subsequent strings,
-minimising the number of arguments being passed to `concat'
-without changing the results."
-  (cond ((null lst) (nreverse acc))
-        ((and (stringp (car lst))
-              (stringp (car acc)))
-         (concat-prepare (cdr lst) (cons (concat (car acc) (car lst))
-                                         (cdr acc))))
-        (t (concat-prepare (cdr lst) (cons (car lst) acc)))))
-
-
-(defmacro doi-utils-def-bibtex-type (name matching-types &rest fields)
-  "Define a BibTeX type identified by (symbol) `name' with
-`fields' (given as symbols), matching to retrieval expressions in
-`doi-utils-json-metadata-extract'. This type will only be used
-when the `:type' parameter in the JSON metadata is contained in
-`matching-types' - a list of strings."
-  `(push (lambda (type results)
-           (when (or ,@(mapcar (lambda (match-type) `(string= type ,match-type)) matching-types))
-             (let ,(mapcar (lambda (field)
-                             (let ((field-expr (assoc field doi-utils-json-metadata-extract)))
-                               (if field-expr
-                                   ;; need to convert to string first
-                                   `(,(car field-expr) (format "%s" ,(cadr field-expr)))
-                                   (error "unknown bibtex field type %s" field))))
-                           fields)
-               (concat
-                ,@(concat-prepare
-                   (-flatten
-                    (list (concat "@" (symbol-name name) "{,\n")
-                          ;; there seems to be some bug with mapcan,
-                          ;; so we fall back to flatten
-                          (mapcar (lambda (field)
-                                    `("  " ,(symbol-name field) " = {" ,field "},\n"))
-                                  fields)
-                          "}\n")))))))
-         doi-utils-bibtex-type-generators))
-
-(doi-utils-def-bibtex-type article ("journal-article" "article-journal")
-                           author title journal year volume number pages doi url)
-
-(doi-utils-def-bibtex-type inproceedings ("proceedings-article")
-                           author title booktitle year month pages doi url)
-
-(doi-utils-def-bibtex-type book ("book")
-                           author title series publisher year pages doi url)
-#+END_SRC
-
-With the code generating the bibtex entry in place, we can glue it to the json retrieval code.
-#+BEGIN_SRC emacs-lisp :notangle doi-utils.el
+#+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle doi-utils.el
 (defun doi-utils-doi-to-bibtex-string (doi)
   "return a bibtex entry as a string for the doi. Only articles are currently supported"
-  (let* ((results (doi-utils-get-json-metadata doi))
-         (type (plist-get results :type)))
-    (format "%s" results) ; json-data
-    (or (some (lambda (g) (funcall g type results)) doi-utils-bibtex-type-generators)
-        (message-box "%s not supported yet." type))))
+  (let (type
+       results
+       author
+       title
+       booktitle
+       journal
+       year
+       volume
+       number
+       pages
+       month
+       url
+       json-data)
+    (setq results (doi-utils-get-json-metadata doi)
+         json-data (format "%s" results)
+         type (plist-get results :type)
+         author (mapconcat (lambda (x) (concat (plist-get x :given) " " (plist-get x :family)))
+                           (plist-get results :author) " and ")
+         title (plist-get results :title)
+         journal (plist-get results :container-title)
+         volume (plist-get results :volume)
+         issue (plist-get results :issue)
+         year (elt (elt (plist-get (plist-get results :issued) :date-parts) 0) 0)
+         pages (plist-get results :page)
+         doi (plist-get results :DOI)
+         url (plist-get results :URL))
+    (cond
+     ((or (string= type "journal-article") (string= type "article-journal"))
+      (doi-utils-expand-template "@article{,
+  author =      {%{author}},
+  title =       {%{title}},
+  journal =     {%{journal}},
+  year =        {%{year}},
+  volume =      {%{volume}},
+  number =      {%{issue}},
+  pages =       {%{pages}},
+  doi =          {%{doi}},
+  url =          {%{url}},
+}"))
+
+     ((string= type "proceedings-article")
+      (setq booktitle (plist-get results :container-title))
+      (doi-utils-expand-template "@inproceedings{,
+  author =      {%{author}},
+  title =       {%{title}},
+  booktitle =    {%{booktitle}},
+  year =        {%{year}},
+  month =       {%{month}},
+  pages =       {%{pages}},
+  doi =          {%{doi}},
+  url =          {%{url}},
+}"))
+
+    (t (message-box "%s not supported yet." type)))))
 #+END_SRC
 
 #+RESULTS:
@@ -563,35 +521,15 @@ To see that in action:
 #+RESULTS:
 #+begin_example
 @article{,
-  author = {F. Abild-Pedersen and J. Greeley and F. Studt and J. Rossmeisl and T. Munter and P. Moses and E. Skúlason and T. Bligaard and J. Nørskov},
-  title = {Scaling Properties of Adsorption Energies for Hydrogen-Containing Molecules on Transition-Metal Surfaces},
-  journal = {Phys. Rev. Lett.},
-  year = {2007},
-  volume = {99},
-  number = {1},
-  pages = {nil},
-  doi = {10.1103/physrevlett.99.016105},
-  url = {http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.99.016105},
-}
-#+end_example
-
-and for a book:
-
-#+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
-(doi-utils-doi-to-bibtex-string "10.1007/978-1-4612-4968-9")
-#+END_SRC
-
-#+RESULTS:
-#+begin_example
-@book{,
-  author = {Dennis Stanton and Dennis White},
-  title = {Constructive Combinatorics},
-  series = {Undergraduate Texts in Mathematics},
-  publisher = {Springer New York},
-  year = {1986},
-  pages = {nil},
-  doi = {10.1007/978-1-4612-4968-9},
-  url = {http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4612-4968-9},
+  author =      {F. Abild-Pedersen and J. Greeley and F. Studt and J. Rossmeisl and T. Munter and P. Moses and E. Skúlason and T. Bligaard and J. Nørskov},
+  title =       {Scaling Properties of Adsorption Energies for Hydrogen-Containing Molecules on Transition-Metal Surfaces},
+  journal =     {Phys. Rev. Lett.},
+  year =        {2007},
+  volume =      {99},
+  number =      {1},
+  pages =       {nil},
+  doi =          {10.1103/physrevlett.99.016105},
+  url =          {http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.99.016105},
 }
 #+end_example