polishing add function
[org-ref.git] / org-ref.org
index 40a2940..44aa74b 100644 (file)
@@ -12,6 +12,20 @@ This document is an experiment at creating a literate program to provide similar
 4. Exportable links to LaTeX
 5. Utility functions for dealing with bibtex files and org-files
 
 4. Exportable links to LaTeX
 5. Utility functions for dealing with bibtex files and org-files
 
+Some additional features include
+1. Get minibuffer messages for the cite/ref/label link under point
+
+With helm integration (default) you can:
+
+1. C-c ] to insert a citation link
+  in helm-bibtex
+   - Enter to insert or append citation(s)
+   - C-u Enter to insert an alternative cite link
+   - C-u C-u Enter to replace the citation at point
+2. C-u C-c ] to insert a ref link with helm completion
+3. C-u C-u C-c ] to insert a label with completion
+4. M-x org-ref to get a helm completion buffer with link checks, utilities and export options
+
 ** Header
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 ;;; org-ref.el --- setup bibliography, cite, ref and label org-mode links.
 ** Header
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 ;;; org-ref.el --- setup bibliography, cite, ref and label org-mode links.
@@ -228,26 +242,6 @@ We setup reftex here. We use a custom insert cite link function defined here: [[
   (kbd org-ref-insert-cite-key)
   org-ref-insert-cite-function)
 
   (kbd org-ref-insert-cite-key)
   org-ref-insert-cite-function)
 
-(when org-ref-show-citation-on-enter
- (setq org-ref-message-timer
-       (run-with-idle-timer 0.5 t 'org-ref-link-message)))
-
-(defun org-ref-show-link-messages ()
-  "Turn on link messages. You will see a message in the
-minibuffer when on a cite, ref or label link."
-  (interactive)
-  (setq org-ref-message-timer
-       (run-with-idle-timer 0.5 t 'org-ref-link-message))
-  )
-(defun org-ref-cancel-link-messages ()
-  "Stop showing messages in minibuffer when on a link."
-  (interactive)
-  (cancel-timer org-ref-message-timer))
-
-;; this approach caused the selected region to not be highlighted any more.
-; (add-hook 'post-command-hook 'org-ref-link-message))
-; (remove-hook 'post-command-hook 'org-ref-link-message))
-
 (add-hook 'org-mode-hook 'org-mode-reftex-setup)
 
 (eval-after-load 'reftex-vars
 (add-hook 'org-mode-hook 'org-mode-reftex-setup)
 
 (eval-after-load 'reftex-vars
@@ -283,6 +277,100 @@ You can define a new citation link like this:
 (org-ref-define-citation-link "citez" ?z)
 #+END_SRC
 
 (org-ref-define-citation-link "citez" ?z)
 #+END_SRC
 
+** Messages for link at cursor
+Here we setup code that shows you a context message for the element under the cursor when emacs is idle.
+#+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
+(defvar org-ref-message-timer nil
+  "Variable to store the link message timer in.")
+
+
+(defun org-ref-show-link-messages ()
+  "Turn on link messages. You will see a message in the
+minibuffer when on a cite, ref or label link."
+  (interactive)
+  (or org-ref-message-timer
+      (setq org-ref-message-timer
+           (run-with-idle-timer 0.5 t 'org-ref-link-message))))
+
+
+(defun org-ref-cancel-link-messages ()
+  "Stop showing messages in minibuffer when on a link."
+  (interactive)
+  (cancel-timer org-ref-message-timer)
+  (setq org-ref-message-timer nil))
+
+
+(when org-ref-show-citation-on-enter
+  (org-ref-show-link-messages))
+
+;; this approach caused the selected region to not be highlighted any more.
+; (add-hook 'post-command-hook 'org-ref-link-message))
+; (remove-hook 'post-command-hook 'org-ref-link-message))
+#+END_SRC
+
+** Messages for context under mouse pointer
+Sometimes, when reading a document, I actually use the mouse more than the cursor. This code enables the mouse cursor to trigger a message in the minibuffer about what is under the cursor. I run this on a timer.
+
+The basic idea here is to get the mouse position, and if we can determine there is a character that (point) can move to, we move (point) and run the org-ref-link-message function. Since this runs on a timer, we store the last mouse position, and only run the function when the mouse has moved to avoid getting messages every time the timer runs.
+
+#+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
+(defvar org-ref-last-mouse-pos nil
+ "Stores last mouse position for use in `org-ref-mouse-message'.")
+
+(defun org-ref-can-move-p ()
+  "See if a character is under the mouse. If so return the position for `goto-char'."
+  (let* ((line (cddr org-ref-last-mouse-pos))
+        (col  (cadr org-ref-last-mouse-pos)))
+    (save-excursion
+      (goto-char (window-start))
+      (forward-line line)
+      (if
+         (> (- (line-end-position) (line-beginning-position)) col)
+         (progn  (forward-char col) (point))
+       nil))))
+
+
+(defun org-ref-mouse-message ()
+  "Display message for link under mouse cursor"
+  (interactive)
+  (when (not (equal (mouse-position) org-ref-last-mouse-pos))
+    (setq org-ref-last-mouse-pos (mouse-position))
+    (let ((p (org-ref-can-move-p)))
+      (when p
+         (save-excursion
+           (goto-char p)
+           (org-ref-link-message))))))
+
+
+(defvar org-ref-message-timer-mouse nil
+  "Store mouse timer.")
+
+
+(defvar org-ref-mouse-message-interval 0.5
+  "How often to run the mouse message timer in seconds")
+
+
+(defun org-ref-mouse-messages-on ()
+  "Turn on mouse messages."
+  (interactive)
+  (or org-ref-message-timer-mouse
+      (setq org-ref-message-timer-mouse
+           (run-at-time "0.5 sec"
+                        org-ref-mouse-message-interval
+                        'org-ref-mouse-message))))
+
+
+(defun org-ref-mouse-messages-off ()
+  "Turn off mouse messages"
+  (interactive)
+  (cancel-timer org-ref-message-timer-mouse)
+  (setq org-ref-message-timer-mouse nil)
+  (message "Mouse messages are off"))
+#+END_SRC
+
+#+RESULTS:
+: org-ref-mouse-messages-off
+
 * Links
 Most of this library is the creation of functional links to help with references and citations.
 ** General utilities
 * Links
 Most of this library is the creation of functional links to help with references and citations.
 ** General utilities
@@ -471,7 +559,7 @@ This code provides some functions to generate a simple sorted bibliography in ht
 
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 (defun org-ref-get-bibtex-keys ()
 
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 (defun org-ref-get-bibtex-keys ()
-  "return a list of unique keys in the buffer."
+  "Return a list of unique keys in the buffer."
   (let ((keys '()))
     (org-element-map (org-element-parse-buffer) 'link
       (lambda (link)
   (let ((keys '()))
     (org-element-map (org-element-parse-buffer) 'link
       (lambda (link)
@@ -481,7 +569,9 @@ This code provides some functions to generate a simple sorted bibliography in ht
                (key
                 (org-ref-split-and-strip-string (plist-get plist ':path)))
              (when (not (-contains? keys key))
                (key
                 (org-ref-split-and-strip-string (plist-get plist ':path)))
              (when (not (-contains? keys key))
-               (setq keys (append keys (list key)))))))))
+               (setq keys (append keys (list key))))))))
+      ;; set with-affiliated to get keys in captions
+      nil nil nil t)
     ;; Sort keys alphabetically
     (setq keys (cl-sort keys 'string-lessp :key 'downcase))
     keys))
     ;; Sort keys alphabetically
     (setq keys (cl-sort keys 'string-lessp :key 'downcase))
     keys))
@@ -917,17 +1007,17 @@ The label link provides a way to create labels in org-mode. We make it clickable
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
 (defun org-ref-count-labels (label)
   "Counts number of matches for label in the document"
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
 (defun org-ref-count-labels (label)
   "Counts number of matches for label in the document"
-  (+ (count-matches (format "label:%s\\b[^-:]" label) (point-min) (point-max) t)
+  (+ (count-matches (format "label:%s\\b[^-:]" label) (point-min) (point-max))
      ;; for tblname, it is not enough to get word boundary
      ;; tab-little and tab-little-2 match then.
      ;; for tblname, it is not enough to get word boundary
      ;; tab-little and tab-little-2 match then.
-     (count-matches (format "^#\\+tblname:\\s-*%s\\b[^-:]" label) (point-min) (point-max) t)
-     (count-matches (format "\\label{%s}\\b" label) (point-min) (point-max) t)
+     (count-matches (format "^#\\+tblname:\\s-*%s\\b[^-:]" label) (point-min) (point-max))
+     (count-matches (format "\\label{%s}" label) (point-min) (point-max))
      ;; this is the org-format #+label:
      ;; this is the org-format #+label:
-     (count-matches (format "^#\\+label:\\s-*%s\\b[^-:]" label) (point-min) (point-max) t)
+     (count-matches (format "^#\\+label:\\s-*%s\\b[^-:]" label) (point-min) (point-max))
      (let ((custom-id-count 0))
        (org-map-entries
        (lambda ()
      (let ((custom-id-count 0))
        (org-map-entries
        (lambda ()
-         (when (string= label  (org-entry-get (point) "CUSTOM_ID"))
+         (when (string= label (org-entry-get (point) "CUSTOM_ID"))
            (setq custom-id-count (+ 1 custom-id-count)))))
        custom-id-count)))
 
            (setq custom-id-count (+ 1 custom-id-count)))))
        custom-id-count)))
 
@@ -935,7 +1025,14 @@ The label link provides a way to create labels in org-mode. We make it clickable
  "label"
  (lambda (label)
    "on clicking count the number of label tags used in the buffer. A number greater than one means multiple labels!"
  "label"
  (lambda (label)
    "on clicking count the number of label tags used in the buffer. A number greater than one means multiple labels!"
-   (message (format "%s occurences" (org-ref-count-labels label))))
+   (let ((count (org-ref-count-labels label)))
+   (message (format "%s occurence%s"
+                   count
+                   (if (or (= count 0)
+                             (> count 1))
+                       "s"
+                     ""))
+                   (org-ref-count-labels label))))
  (lambda (keyword desc format)
    (cond
     ((eq format 'html) (format "(<label>%s</label>)" path))
  (lambda (keyword desc format)
    (cond
     ((eq format 'html) (format "(<label>%s</label>)" path))
@@ -1043,7 +1140,7 @@ It would be nice to use completion to enter a ref link, where a list of labels i
 
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 (defun org-ref-get-org-labels ()
 
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 (defun org-ref-get-org-labels ()
- "find #+LABEL: labels"
+ "Return a list of #+LABEL: labels."
   (save-excursion
     (goto-char (point-min))
     (let ((matches '()))
   (save-excursion
     (goto-char (point-min))
     (let ((matches '()))
@@ -1054,7 +1151,7 @@ matches)))
 
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 (defun org-ref-get-custom-ids ()
 
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 (defun org-ref-get-custom-ids ()
- "return a list of custom_id properties in the buffer"
+ "Return a list of custom_id properties in the buffer."
  (let ((results '()) custom_id)
    (org-map-entries
     (lambda ()
  (let ((results '()) custom_id)
    (org-map-entries
     (lambda ()
@@ -1079,6 +1176,7 @@ Finally, we get the table names.
 
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 (defun org-ref-get-tblnames ()
 
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 (defun org-ref-get-tblnames ()
+  "Return list of table names in the buffer."
   (org-element-map (org-element-parse-buffer 'element) 'table
     (lambda (table)
       (org-element-property :name table))))
   (org-element-map (org-element-parse-buffer 'element) 'table
     (lambda (table)
       (org-element-property :name table))))
@@ -1088,18 +1186,24 @@ Now, we can put all the labels together which will give us a list of candidates.
 
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
 (defun org-ref-get-labels ()
 
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
 (defun org-ref-get-labels ()
-  "returns a list of labels in the buffer that you can make a ref link to. this is used to auto-complete ref links."
+  "Returns a list of labels in the buffer that you can make a ref link to.
+This is used to auto-complete ref links and in helm menus."
   (save-excursion
     (save-restriction
       (widen)
       (goto-char (point-min))
       (let ((matches '()))
   (save-excursion
     (save-restriction
       (widen)
       (goto-char (point-min))
       (let ((matches '()))
-       (while (re-search-forward "label:\\([a-zA-z0-9:-]*\\)" (point-max) t)
+        ;; these are the label:stuff  kinds
+       (while (re-search-forward "[^#+]label:\\([a-zA-z0-9:-]*\\)" (point-max) t)
          (add-to-list 'matches (match-string-no-properties 1) t))
          (add-to-list 'matches (match-string-no-properties 1) t))
-       (append matches (org-ref-get-org-labels) (org-ref-get-latex-labels) (org-ref-get-tblnames) (org-ref-get-custom-ids))))))
+       (append matches
+               (org-ref-get-org-labels)
+               (org-ref-get-latex-labels)
+               (org-ref-get-tblnames)
+               (org-ref-get-custom-ids))))))
 #+END_SRC
 
 #+END_SRC
 
-Let us make a helm function to insert a label link. This will help you enter unique labels.
+Let us make a helm function to insert a label link. This will help you enter unique labels by showing matching labels until they are all gone and you are left with a unique one. If you are on a link, it means you want to replace it.
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 (defun org-ref-helm-insert-label-link ()
   "Insert a label link. helm just shows you what labels already exist.
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 (defun org-ref-helm-insert-label-link ()
   "Insert a label link. helm just shows you what labels already exist.
@@ -1175,7 +1279,7 @@ If you are on a label link, replace it."
                                             helm-pattern))))))))))))
 #+END_SRC
 
                                             helm-pattern))))))))))))
 #+END_SRC
 
-Now we create the completion function. This works from the org-machinery, e.g. if you type C-c C-l to insert a link, and use completion by pressing tab.
+Now we create a completion function. This works from the org-machinery, e.g. if you type C-c C-l to insert a link, and use completion by pressing tab.
 
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
 (defun org-ref-complete-link (&optional arg)
 
 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
 (defun org-ref-complete-link (&optional arg)
@@ -1200,10 +1304,14 @@ Another alternative ref insertion is to use helm.
   "Helm menu to insert ref links to labels in the document.
 If you are on link, replace with newly selected label.
 Use C-u to insert a different kind of ref link.
   "Helm menu to insert ref links to labels in the document.
 If you are on link, replace with newly selected label.
 Use C-u to insert a different kind of ref link.
+Use C-u C-u to insert a [[#custom-id]] link
 "
   (interactive)
   (let* ((labels (org-ref-get-labels))
 "
   (interactive)
   (let* ((labels (org-ref-get-labels))
-        (contexts (mapcar 'org-ref-get-label-context labels))
+        (bs (buffer-string))
+        (contexts (with-temp-buffer
+                    (insert bs)
+                    (mapcar 'org-ref-get-label-context labels)))
         (cb (current-buffer)))
 
     (helm :input (thing-at-point 'word)
         (cb (current-buffer)))
 
     (helm :input (thing-at-point 'word)
@@ -1261,7 +1369,12 @@ Use C-u to insert a different kind of ref link.
                                                       (candidates . ("ref" "eqref" "pageref" "nameref"))
                                                       (action . (lambda (x) x))))
                                      ":" label)))
                                                       (candidates . ("ref" "eqref" "pageref" "nameref"))
                                                       (action . (lambda (x) x))))
                                      ":" label)))
-                                  ))))))))
+                                  ;; two prefixes, insert section custom-id link
+                                  ((equal helm-current-prefix-arg '(16))
+                                   (insert
+                                    (format "[[#%s]]" label)))
+                                  ))
+                             ))))))
 #+END_SRC
 
 #+RESULTS:
 #+END_SRC
 
 #+RESULTS:
@@ -1905,7 +2018,25 @@ We will want to generate formatting functions for each citation type. The reason
         ;; bibtex format
        (concat "\\" ,type (when desc (org-ref-format-citation-description desc)) "{"
               (mapconcat (lambda (key) key) (org-ref-split-and-strip-string keyword) ",")
         ;; bibtex format
        (concat "\\" ,type (when desc (org-ref-format-citation-description desc)) "{"
               (mapconcat (lambda (key) key) (org-ref-split-and-strip-string keyword) ",")
-              "}"))))))
+              "}")))
+      ;; for markdown we generate pandoc citations
+      ((eq format 'md)
+       (cond
+       (desc  ;; pre and or post text
+        (let* ((text (split-string desc "::"))
+               (pre (car text))
+               (post (cadr text)))
+          (concat
+           (format "[@%s," keyword)
+           (when pre (format " %s" pre))
+           (when post (format ", %s" post))
+           "]")))
+       (t
+        (format "[%s]"
+                (mapconcat
+                 (lambda (key) (concat "@" key))
+                 (org-ref-split-and-strip-string keyword)
+                 "; "))))))))
 #+END_SRC
 
 
 #+END_SRC
 
 
@@ -2414,8 +2545,8 @@ Here is the python script for uploading.
 *************** TODO document how to get the cookies
 *************** END
 
 *************** TODO document how to get the cookies
 *************** END
 
-
-#+BEGIN_SRC python :tangle upload_bibtex_citeulike.py
+# :tangle upload_bibtex_citeulike.py
+#+BEGIN_SRC python
 #!python
 import pickle, requests, sys
 
 #!python
 import pickle, requests, sys
 
@@ -2575,13 +2706,21 @@ Makes a new buffer with clickable links."
     (org-element-map (org-element-parse-buffer) 'link
       (lambda (link)
        (let ((plist (nth 1 link)))
     (org-element-map (org-element-parse-buffer) 'link
       (lambda (link)
        (let ((plist (nth 1 link)))
-         (when (equal (plist-get plist ':type) "cite")
-           (dolist (key (org-ref-split-and-strip-string (plist-get plist ':path)) )
+         (when (-contains? org-ref-cite-types (plist-get plist :type))
+           (dolist (key (org-ref-split-and-strip-string (plist-get plist :path)))
              (when (not (index key bibtex-keys))
              (when (not (index key bibtex-keys))
-               (setq bad-citations (append bad-citations
-                                           `(,(format "%s [[elisp:(progn (switch-to-buffer-other-frame \"%s\")(goto-char %s))][not found here]]\n"
-                                                      key (buffer-name)(plist-get plist ':begin)))))
-               ))))))
+               (message-box "%s" link)
+               (setq
+                bad-citations
+                (append
+                 bad-citations
+                 `(,(format "%s [[elisp:(progn (switch-to-buffer-other-frame \"%s\")(goto-char %s))][not found here]]\n"
+                            key
+                            (buffer-name)
+                            (plist-get plist :begin)))))
+               )))))
+      ;; set with-affilates to t to get citations in a caption
+      nil nil nil t)
 
     (if bad-citations
       (progn
 
     (if bad-citations
       (progn
@@ -2620,46 +2759,18 @@ Here we develop a similar idea, but instead of an org-buffer with links, we crea
     (org-element-map (org-element-parse-buffer) 'link
       (lambda (link)
        (let ((plist (nth 1 link)))
     (org-element-map (org-element-parse-buffer) 'link
       (lambda (link)
        (let ((plist (nth 1 link)))
-         (when (-contains? org-ref-cite-types (plist-get plist ':type))
-           (dolist (key (org-ref-split-and-strip-string (plist-get plist ':path)) )
+         (when (-contains? org-ref-cite-types (plist-get plist :type))
+           (dolist (key (org-ref-split-and-strip-string (plist-get plist :path)) )
              (when (not (index key bibtex-keys))
              (when (not (index key bibtex-keys))
-               (goto-char (plist-get plist ':begin))
+               (goto-char (plist-get plist :begin))
                (re-search-forward key)
                (push (cons key (point-marker)) bad-citations)))
                (re-search-forward key)
                (push (cons key (point-marker)) bad-citations)))
-             ))))
+           )))
+      ;; add with-affiliates to get cites in caption
+      nil nil nil t)
     (goto-char cp)
     bad-citations))
 
     (goto-char cp)
     bad-citations))
 
-;; It seems I forgot I already defined this earlier!
-;; (defun org-ref-get-labels ()
-;;   "Returns a list of known labels in the org document. These include label links, latex labels, label tags, and table names. The list contains all labels, not just unique ones.
-;; "
-;;   (let ((cp (point))
-;;     (labels '()))
-;;     (goto-char (point-min))
-;;     (while (re-search-forward "[^#+]label:\\(.*\\)\\s-" nil t)
-;;       (push  (match-string 1) labels))
-
-;;     (goto-char (point-min))
-;;     (while (re-search-forward "\\label{\\(.*\\)}\\s-?" nil t)
-;;       (push (match-string 1) labels))
-
-;;     (goto-char (point-min))
-;;     (while (re-search-forward "^#\\+label:\\s-*\\(.*\\)" nil t)
-;;       (push (match-string 1) labels))
-
-;;     (goto-char (point-min))
-;;     (while (re-search-forward "^#\\+tblname:\\s-*\\(.*\\)" nil t)
-;;       (push (match-string 1) labels))
-;;     ;; check for CUSTOM_ID
-;;     (org-map-entries
-;;      (lambda ()
-;;        (when (org-entry-get (point) "CUSTOM_ID")
-;;      (push (org-entry-get (point) "CUSTOM_ID") labels))))
-;;     ;; return to original place
-;;     (goto-char cp)
-;;     labels))
-
 
 (defun org-ref-bad-ref-candidates ()
   "Returns a list of conses (ref . marker) where ref is a ref link that does not point to anything (i.e. a label)."
 
 (defun org-ref-bad-ref-candidates ()
   "Returns a list of conses (ref . marker) where ref is a ref link that does not point to anything (i.e. a label)."
@@ -3069,14 +3180,6 @@ To get a lighter weight message about the label, ref and cite links, we define a
                        (progn
                          (forward-line 4)
                          (point)))))
                        (progn
                          (forward-line 4)
                          (point)))))
-
-      ;; maybe we have a CUSTOM-ID
-      (org-map-entries
-       (lambda () (when (string=
-                        label
-                        (org-entry-get (point) "CUSTOM_ID"))
-                   (throw 'result (org-get-heading)))))
-      (beep)
       (throw 'result "!!! NO CONTEXT FOUND !!!"))))
 
 
       (throw 'result "!!! NO CONTEXT FOUND !!!"))))
 
 
@@ -3094,19 +3197,24 @@ To get a lighter weight message about the label, ref and cite links, we define a
 
         ;; message some context about the label we are referring to
         ((string= type "ref")
 
         ;; message some context about the label we are referring to
         ((string= type "ref")
-         (message (org-ref-get-label-context
-                   (org-element-property :path object))))
+         (message "%scount: %s"
+                  (org-ref-get-label-context
+                   (org-element-property :path object))
+                  (org-ref-count-labels
+                       (org-element-property :path object))))
 
         ((string= type "eqref")
 
         ((string= type "eqref")
-         (message (org-ref-get-label-context
-                   (org-element-property :path object))))
+         (message "%scount: %s"
+                  (org-ref-get-label-context
+                   (org-element-property :path object))
+                  (org-ref-count-labels
+                       (org-element-property :path object))))
 
         ;; message the count
         ((string= type "label")
          (let ((count (org-ref-count-labels
                        (org-element-property :path object))))
            ;; get plurality on occurrence correct
 
         ;; message the count
         ((string= type "label")
          (let ((count (org-ref-count-labels
                        (org-element-property :path object))))
            ;; get plurality on occurrence correct
-            (when (> count 1) (beep))
            (message (concat
                      (number-to-string count)
                      " occurence"
            (message (concat
                      (number-to-string count)
                      " occurence"
@@ -3114,6 +3222,12 @@ To get a lighter weight message about the label, ref and cite links, we define a
                                (> count 1))
                        "s")))))
 
                                (> count 1))
                        "s")))))
 
+        ((string= type "custom-id")
+         (save-excursion
+           (org-open-link-from-string
+            (format "[[#%s]]" (org-element-property :path object)))
+           (message "%s" (org-get-heading))))
+
          ;; check if the bibliography files exist.
         ((string= type "bibliography")
          (let* ((bibfile)
          ;; check if the bibliography files exist.
         ((string= type "bibliography")
          (let* ((bibfile)
@@ -3122,24 +3236,26 @@ To get a lighter weight message about the label, ref and cite links, we define a
                 (link-string (org-element-property :path object))
                 (link-string-beginning)
                 (link-string-end))
                 (link-string (org-element-property :path object))
                 (link-string-beginning)
                 (link-string-end))
-
            (save-excursion
              (goto-char (org-element-property :begin object))
              (search-forward link-string nil nil 1)
              (setq link-string-beginning (match-beginning 0))
              (setq link-string-end (match-end 0)))
 
            (save-excursion
              (goto-char (org-element-property :begin object))
              (search-forward link-string nil nil 1)
              (setq link-string-beginning (match-beginning 0))
              (setq link-string-end (match-end 0)))
 
+            ;; make sure we are in link and not before the :
+           (when (> link-string-beginning (point))
+             (goto-char link-string-beginning))
+
            ;; now if we have comma separated bibliographies
            ;; we find the one clicked on. we want to
            ;; search forward to next comma from point
            (save-excursion
            ;; now if we have comma separated bibliographies
            ;; we find the one clicked on. we want to
            ;; search forward to next comma from point
            (save-excursion
-              (goto-char link-string-beginning)
              (if (search-forward "," link-string-end 1 1)
                  (setq key-end (- (match-end 0) 1)) ; we found a match
                (setq key-end (point)))) ; no comma found so take the point
              (if (search-forward "," link-string-end 1 1)
                  (setq key-end (- (match-end 0) 1)) ; we found a match
                (setq key-end (point)))) ; no comma found so take the point
+
            ;; and backward to previous comma from point
            (save-excursion
            ;; and backward to previous comma from point
            (save-excursion
-              (goto-char link-string-beginning)
              (if (search-backward "," link-string-beginning 1 1)
                  (setq key-beginning (+ (match-beginning 0) 1)) ; we found a match
                (setq key-beginning (point)))) ; no match found
              (if (search-backward "," link-string-beginning 1 1)
                  (setq key-beginning (+ (match-beginning 0) 1)) ; we found a match
                (setq key-beginning (point)))) ; no match found
@@ -3149,7 +3265,6 @@ To get a lighter weight message about the label, ref and cite links, we define a
                   (buffer-substring key-beginning key-end)))
            (if (file-exists-p bibfile)
                (message "%s exists." bibfile)
                   (buffer-substring key-beginning key-end)))
            (if (file-exists-p bibfile)
                (message "%s exists." bibfile)
-              (beep)
              (message "!!! %s NOT FOUND !!!" bibfile))))
         )))))
 #+END_SRC
              (message "!!! %s NOT FOUND !!!" bibfile))))
         )))))
 #+END_SRC
@@ -3233,10 +3348,12 @@ C-u C-u will change the key at point to the selected keys.
               (replace-regexp-in-string
                (car (org-ref-get-bibtex-key-and-file)) ; key
                (mapconcat 'identity keys ",")          ; new keys
               (replace-regexp-in-string
                (car (org-ref-get-bibtex-key-and-file)) ; key
                (mapconcat 'identity keys ",")          ; new keys
-               (org-element-property :raw-link object)
-               )
+               (org-element-property :raw-link object))
               ;; replace space at end to avoid collapsing into next word.
               ;; replace space at end to avoid collapsing into next word.
-              last-char)))
+              last-char))
+       ;; and we want to go to the end of the new link
+       (goto-char
+        (org-element-property :end (org-element-context))))
        (t
        (message "Not found"))))
 
        (t
        (message "Not found"))))
 
@@ -3295,8 +3412,7 @@ With two prefix args, insert a label link."
        helm-bibtex-fallback-options))
 
 (setq helm-bibtex-fallback-options
        helm-bibtex-fallback-options))
 
 (setq helm-bibtex-fallback-options
-      (-insert-at 1 '("Open Web of Science" . (lambda () (browse-url "http://apps.webofknowledge.com")))
-                 helm-bibtex-fallback-options))
+      (-insert-at 1 '("WOS" . "http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?topic=%s&GWVersion=2&SrcApp=WEB&SrcAuth=HSB&DestApp=UA&DestLinkType=GeneralSearchSummary") helm-bibtex-fallback-options))
 #+END_SRC
 
 ** A helm click menu
 #+END_SRC
 
 ** A helm click menu
@@ -3314,7 +3430,6 @@ This code provides a helm interface to things you can do when you click on a cit
            (insert-file-contents bibfile)
            (bibtex-search-entry key)
            (org-ref-bib-citation)))
            (insert-file-contents bibfile)
            (bibtex-search-entry key)
            (org-ref-bib-citation)))
-      (beep)
       "!!! No entry found !!!" )))
 
 (defun org-ref-cite-candidates ()
       "!!! No entry found !!!" )))
 
 (defun org-ref-cite-candidates ()