x2bib.el

   1 ;;   ti
   2 ;;; Header:
   3
   4 ;;; Commentary:
   5
   6 ;; ;;; Reminders about lentic:
   7 ;; Lentic key binding reminders
   8 ;; C-c , h  Move here in other view
   9 ;; C-c , s  Swap windows
  10 ;; [[elisp:lentic-mode-split-window-right]]  C-c o to open this link and make the view
  11
  12 ;; This module is more for my convenience to convert bibliography files to bibtex. This can be done at the command line, for example, but I want to do it in Emacs. There are a few scenarios where this happens.
  13 ;; 1. Someone sends me a non-Bibtex file (Endnote, etc...)
  14 ;; 2. From some online search I select many references and there is no export to Bibtex option, e.g. from Web of Science.
  15
  16 ;; This code is mostly wrappers around the command line utilities at http://sourceforge.net/p/bibutils/home/Bibutils.
  17
  18 ;; Here are the commands that are available.
  19
  20 ;; bib2xml      convert BibTeX to MODS XML intermediate
  21 ;; biblatex2xml convert BibLaTeX to MODS XML intermediate
  22 ;; copac2xml    convert COPAC format references to MODS XML intermediate
  23 ;; end2xml      convert EndNote (Refer format) to MODS XML intermediate
  24 ;; endx2xml     convert EndNote XML to MODS XML intermediate
  25 ;; isi2xml      convert ISI web of science to MODS XML intermediate
  26 ;; med2xml      convert Pubmed XML references to MODS XML intermediate
  27 ;; modsclean    a MODS to MODS converter for testing puposes mostly
  28 ;; ris2xml      convert RIS format to MODS XML intermediate
  29 ;; xml2ads      convert MODS XML intermediate into Smithsonian Astrophysical Observatory (SAO)/National Aeronautics and Space Administration (NASA) Astrophyics Data System or ADS reference format (converter submitted by Richard Mathar)
  30 ;; xml2bib      convert MODS XML intermediate into BibTeX
  31 ;; xml2end      convert MODS XML intermediate into format for EndNote
  32 ;; xml2isi      convert MODS XML intermediate to ISI format
  33 ;; xml2ris      convert MODS XML intermediate into RIS format
  34 ;; xml2wordbib  convert MODS XML intermediate into Word 2007 bibliography format
  35
  36
  37 ;;; Code:
  38
  39 ;; ** RIS to bibtex
  40 ;; RIS can be pretty easily exported from Endnote. Here is a function to read an RIS file and convert it to bibtex which is inserted at point. Note that there is often other output from the commands. We try to comment them out here, but you should probably inspect the entries, and do other bibtex file compliance checks.
  41
  42 ;; #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  43 (defun ris2bib (risfile &optional verbose)
  44   "Convert RISFILE to bibtex and insert at point.
  45 Without a prefix arg, stderr is diverted."
  46  (interactive
  47   (list (read-file-name "RIS file:")
  48         (prefix-numeric-value current-prefix-arg)))
  49  (let ((result (shell-command-to-string
  50                 (concat
  51                  (format
  52                   "ris2xml %s | xml2bib -w"
  53                   risfile)
  54                  (unless verbose " 2> /dev/null")))))
  55    ;; make some lines into comments.
  56    (setq result (replace-regexp-in-string
  57                  "^xml2bib:"
  58                  "% xml2bib:"
  59                  result))
  60    (setq result (replace-regexp-in-string
  61                  "^ris2xml:"
  62                  "% ris2xml"
  63                  result))
  64    (setq result (replace-regexp-in-string
  65                  "^     Defaulting"
  66                  "%     Defaulting"
  67                  result))
  68    (insert result)))
  69 ;; #+END_SRC
  70
  71 ;; #+RESULTS:
  72 ;; : ris2bib
  73
  74 ;; ** Pubmed XML to bibtex
  75 ;; In http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ you can select entries, and then send them to a file. If you choose Pubmed XML as the format, then you can use this function to convert it to bibtex.
  76
  77 ;; #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  78 (defun medxml2bib (medfile &optional verbose)
  79  "Convert MEDFILE (in Pubmed xml) to bibtex and insert at point.
  80 Without a prefix arg, stderr is diverted."
  81  (interactive
  82   (list (read-file-name "MED file:")
  83         (prefix-numeric-value current-prefix-arg)))
  84  (let ((result (shell-command-to-string
  85                 (concat
  86                  (format
  87                   "med2xml %s | xml2bib -w"
  88                   medfile)
  89                  (unless verbose " 2> /dev/null")))))
  90    ;; make some lines into comments.
  91    (setq result (replace-regexp-in-string
  92                  "^xml2bib:"
  93                  "% xml2bib:"
  94                  result))
  95    (setq result (replace-regexp-in-string
  96                  "^med2xml:"
  97                  "% med2xml"
  98                  result))
  99    (setq result (replace-regexp-in-string
 100                  "^     Defaulting"
 101                  "%     Defaulting"
 102                  result))
 103    (insert result)))
 104 ;; #+END_SRC
 105
 106 ;; #+RESULTS:
 107 ;; : medxml2bib
 108
 109 ;; ** Clean up all the entries
 110
 111 ;; Finally, after you put the new entries in, you probably need to do some clean up actions. This little function does that.
 112
 113 ;; #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 114 (defun clean-entries ()
 115  "Map over bibtex entries and clean them."
 116  (interactive)
 117  (bibtex-map-entries
 118   (lambda (a b c)
 119    (ignore-errors
 120    (org-ref-clean-bibtex-entry)))))
 121 ;; #+END_SRC
 122
 123 ;; #+RESULTS:
 124 ;; : clean-entries
 125
 126
 127
 128 ;; ;;; x2bib.el ends here
 129
 130 ;; # Local Variables:
 131 ;; # lentic-init: lentic-orgel-org-init
 132 ;; # End: