pubmed.org

   1 #+TITLE: Links and functions for Pubmed and NIH databases
   2 #+AUTHOR: John Kitchin
   3 #+DATE: January 5, 2015
   4
   5 * Introduction
   6
   7 This document is an experiment at creating a literate program to provide functions for interacting with pubmed databases.
   8
   9 This library provides links that go to pubmed resources, e.g.
  10
  11 pmcid:PMC3498956
  12
  13 pmid:23162369
  14
  15 and nihmsid:NIHMS395714
  16
  17 See http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/public-access-info/#p3 for details of these identifiers.
  18
  19
  20
  21 * Header
  22 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
  23 ;;; pubmed.el --- Links and functions to interact with pubmed databases.
  24
  25 ;; Copyright(C) 2015 John Kitchin
  26
  27 ;; Author: John Kitchin <jkitchin@andrew.cmu.edu>
  28 ;; This file is not currently part of GNU Emacs.
  29
  30 ;; This program is free software; you can redistribute it and/or
  31 ;; modify it under the terms of the GNU General Public License as
  32 ;; published by the Free Software Foundation; either version 2, or (at
  33 ;; your option) any later version.
  34
  35 ;; This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  36 ;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  37 ;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  38 ;; General Public License for more details.
  39
  40 ;; You should have received a copy of the GNU General Public License
  41 ;; along with this program ; see the file COPYING.  If not, write to
  42 ;; the Free Software Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
  43 ;; Boston, MA 02111-1307, USA.
  44
  45 ;;; Commentary:
  46 ;;
  47 ;; Lisp code to setup bibliography cite, ref and label org-mode links.
  48 ;; also sets up reftex for org-mode. The links are clickable and do
  49 ;; things that are useful. You should really read org-ref.org for details.
  50 ;;
  51 ;; Package-Requires: ((dash))
  52 #+END_SRC
  53
  54 * PMID (from PubMed) link and functions
  55 A PMID is a number that identifies an entry in the Pubmed database.  The PMID is a unique reference number for PubMed citations. The PMID is a distinctly different number from the PMCID and is used only for PubMed records.
  56
  57
  58 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
  59 (org-add-link-type
  60  "pmid"
  61  ;; clicking
  62  (lambda (link-string) (browse-url (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/%s" link-string)))
  63  ;; formatting
  64 (lambda (keyword desc format)
  65    (cond
  66     ((eq format 'html) (format "")); no output for html
  67     ((eq format 'latex)
  68      ;; write out the latex command
  69      (format "\\url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s}" keyword)))))
  70 #+END_SRC
  71
  72 ** Get MEDLINE metadata
  73 We can get bibliographic metadata from a pmid. Here we get the MEDLINE text. The website wraps the data in <pre></pre> tags.
  74
  75
  76 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
  77 (defun pubmed-get-medline (pmid)
  78   "Get MEDLINE text for PMID as a string."
  79   (with-current-buffer
  80     (url-retrieve-synchronously
  81      (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/%s/?report=medline&format=text" pmid))
  82     (goto-char (point-min))
  83     (let ((p1 (search-forward "<pre>"))
  84           (p2 (search-forward "</pre>")))
  85       (buffer-substring (+ 1 p1) (- p2 6)))))
  86 #+END_SRC
  87
  88 #+RESULTS:
  89 : pubmed-get-medline
  90
  91 Here is sample output:
  92 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
  93 (pubmed-get-medline "23162369")
  94 #+END_SRC
  95
  96 #+RESULTS:
  97 #+begin_example
  98 PMID- 23162369
  99 OWN - NLM
 100 STAT- Publisher
 101 DA  - 20121119
 102 IS  - 1040-726X (Print)
 103 IS  - 1040-726X (Linking)
 104 VI  - 24
 105 IP  - 4
 106 DP  - 2012 Dec
 107 TI  - Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core
 108       Methods.
 109 PG  - 569-608
 110 AB  - Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50
 111       years. This progress has been spurred by the development of several learning
 112       principles and methods of instruction, including active learning,
 113       student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and
 114       problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly
 115       different strategies share important underlying characteristics and can be viewed
 116       as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called
 117       transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic
 118       relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to
 119       promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors
 120       are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each
 121       other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the
 122       traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts,
 123       but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward
 124       learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a
 125       course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging
 126       students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons
 127       that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities
 128       for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically
 129       related and, when used together, maximize students' potential for intellectual
 130       and personal growth.
 131 FAU - Slavich, George M
 132 AU  - Slavich GM
 133 AD  - Cousins Center for Psychoneuroimmunology and Department of Psychiatry and
 134       Biobehavioral Sciences, University of California, Los Angeles, UCLA Medical Plaza
 135       300, Room 3156, Los Angeles, CA 90095-7076, USA.
 136 FAU - Zimbardo, Philip G
 137 AU  - Zimbardo PG
 138 LA  - ENG
 139 GR  - R01 AG026364/AG/NIA NIH HHS/United States
 140 GR  - T32 MH019925/MH/NIMH NIH HHS/United States
 141 PT  - JOURNAL ARTICLE
 142 DEP - 20120724
 143 TA  - Educ Psychol Rev
 144 JT  - Educational psychology review
 145 JID - 9885342
 146 PMC - PMC3498956
 147 MID - NIHMS395714
 148 EDAT- 2012/11/20 06:00
 149 MHDA- 2012/11/20 06:00
 150 CRDT- 2012/11/20 06:00
 151 PHST- 2012/07/24 [epublish]
 152 AID - 10.1007/s10648-012-9199-6 [doi]
 153 PST - ppublish
 154 SO  - Educ Psychol Rev. 2012 Dec;24(4):569-608. Epub 2012 Jul 24.
 155 #+end_example
 156
 157 ** Parse the PMID MEDLINE data
 158 We can parse this into a data structure
 159
 160 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 161 (defun pubmed-parse-medline (pmid)
 162   "Parse the medline text for PMID and return a list of cons cells."
 163   (let ((data '())
 164         (p1)
 165         (p2)
 166         (tag)
 167         (value))
 168     (with-temp-buffer (insert (pubmed-get-medline pmid))
 169                       (goto-char (point-min))
 170                       (while (re-search-forward "\\(^[A-Z]\\{2,4\\}\\)\\s-*- " nil t)
 171                         (setq tag (match-string 1))
 172                         ;; point is at end of the search
 173                         (setq p1 (point))
 174                         ;; now go to next tag
 175                         (re-search-forward "\\(^[A-Z]\\{2,4\\}\\)\\s-*- " nil t)
 176                         (setq p2 (- (match-beginning 1) 1))
 177                         (setq value (buffer-substring p1 p2))
 178                         (setq data (append data (list (cons tag value))))
 179                         ;; now go back to last tag to get the next one
 180                         (goto-char p1)))
 181     data))
 182 #+END_SRC
 183
 184 #+RESULTS:
 185 : pubmed-parse-medline
 186
 187 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :results code
 188 (pubmed-parse-medline "23162369")
 189 #+END_SRC
 190
 191 #+RESULTS:
 192 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 193 (("PMID" . "23162369")
 194  ("OWN" . "NLM")
 195  ("STAT" . "Publisher")
 196  ("DA" . "20121119")
 197  ("IS" . "1040-726X (Print)")
 198  ("IS" . "1040-726X (Linking)")
 199  ("VI" . "24")
 200  ("IP" . "4")
 201  ("DP" . "2012 Dec")
 202  ("TI" . "Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core \n      Methods.")
 203  ("PG" . "569-608")
 204  ("AB" . "Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50\n      years. This progress has been spurred by the development of several learning\n      principles and methods of instruction, including active learning,\n      student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and\n      problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly\n      different strategies share important underlying characteristics and can be viewed\n      as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called\n      transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic\n      relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to\n      promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors \n      are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each\n      other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the\n      traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts,\n      but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward\n      learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a\n      course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging\n      students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons\n      that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities\n      for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically\n      related and, when used together, maximize students' potential for intellectual\n      and personal growth.")
 205  ("FAU" . "Slavich, George M")
 206  ("AU" . "Slavich GM")
 207  ("AD" . "Cousins Center for Psychoneuroimmunology and Department of Psychiatry and\n      Biobehavioral Sciences, University of California, Los Angeles, UCLA Medical Plaza\n      300, Room 3156, Los Angeles, CA 90095-7076, USA.")
 208  ("FAU" . "Zimbardo, Philip G")
 209  ("AU" . "Zimbardo PG")
 210  ("LA" . "ENG")
 211  ("GR" . "R01 AG026364/AG/NIA NIH HHS/United States")
 212  ("GR" . "T32 MH019925/MH/NIMH NIH HHS/United States")
 213  ("PT" . "JOURNAL ARTICLE")
 214  ("DEP" . "20120724")
 215  ("TA" . "Educ Psychol Rev")
 216  ("JT" . "Educational psychology review")
 217  ("JID" . "9885342")
 218  ("PMC" . "PMC3498956")
 219  ("MID" . "NIHMS395714")
 220  ("EDAT" . "2012/11/20 06:00")
 221  ("MHDA" . "2012/11/20 06:00")
 222  ("CRDT" . "2012/11/20 06:00")
 223  ("PHST" . "2012/07/24 [epublish]")
 224  ("AID" . "10.1007/s10648-012-9199-6 [doi]")
 225  ("PST" . "ppublish")
 226  ("SO" . "\nSO  - "))
 227 #+END_SRC
 228
 229 ** PMID to bibtex entry
 230 The point of parsing the MEDLINE text is so we can make bibtex entries. We only support Journal articles for now.
 231
 232 Issues:
 233 1. The year is not quite right, it has the month in it.
 234 2. I do not use all the fields.
 235
 236 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 237 (defun pubmed-pmid-to-bibtex (pmid)
 238   "Convert a PMID to a bibtex entry."
 239   (let* ((data (org-ref-parse-medline pmid))
 240          (type (cdr (assoc "PT" data)))
 241          (title (cdr (assoc "TI" data)))
 242          (authors (mapconcat 'cdr
 243                              (-filter (lambda (x)
 244                                         (string= (car x) "FAU"))
 245                                       data)
 246                              " and "))
 247          (abstract (cdr (assoc "AB" data)))
 248          (volume (cdr (assoc "VI" data)))
 249          (issue (cdr (assoc "IP" data)))
 250          (journal (cdr (assoc "JT" data)))
 251          (year (cdr (assoc "DP" data)))
 252          (pages (cdr (assoc "PG" data)))
 253          (aid (cdr (assoc "AID" data))))
 254
 255     (cond
 256      ((string= type "JOURNAL ARTICLE")
 257       (concat "@article{,
 258  author = {" authors "},
 259  title = {" title "},
 260  abstract = {" abstract "},
 261  journal = {" journal "},
 262  volume = {" volume "},
 263  number = {" issue "},
 264  year = {" (car (split-string year)) "},
 265  pages = {" pages "},
 266  doi = {" (replace-regexp-in-string " \\[doi\\]" "" aid) "},
 267 }"))
 268     (t
 269      (message "No conversion for type: %s" type)))))
 270 #+END_SRC
 271
 272 #+RESULTS:
 273 : pubmed-pmid-to-bibtex
 274
 275 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 276 (pubmed-pmid-to-bibtex "23162369")
 277 #+END_SRC
 278
 279 #+RESULTS:
 280 #+begin_example
 281 @article{,
 282  author = {Slavich, George M and Zimbardo, Philip G},
 283  title = {Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core
 284       Methods.},
 285  abstract = {Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50
 286       years. This progress has been spurred by the development of several learning
 287       principles and methods of instruction, including active learning,
 288       student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and
 289       problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly
 290       different strategies share important underlying characteristics and can be viewed
 291       as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called
 292       transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic
 293       relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to
 294       promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors
 295       are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each
 296       other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the
 297       traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts,
 298       but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward
 299       learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a
 300       course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging
 301       students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons
 302       that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities
 303       for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically
 304       related and, when used together, maximize students' potential for intellectual
 305       and personal growth.},
 306  journal = {Educational psychology review},
 307  volume = {24},
 308  number = {4},
 309  year = {2012},
 310  pages = {569-608},
 311  doi = {10.1007/s10648-012-9199-6},
 312 }
 313 #+end_example
 314
 315 And we probably want to be able to insert a bibtex entry
 316
 317 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 318 (defun pubmed-insert-bibtex-from-pmid (pmid)
 319  "Insert a bibtex entry at point derived from PMID.
 320 You must clean the entry after insertion."
 321  (interactive "sPMID: ")
 322  (insert (pubmed-pmid-to-bibtex pmid)))
 323 #+END_SRC
 324
 325 #+RESULTS:
 326 : pubmed-insert-bibtex-from-pmid
 327
 328 Here is an example of a cleaned entry:
 329 #+BEGIN_SRC bibtex :tangle no
 330 @article{slavich-2012-trans-teach,
 331   author =       {Slavich, George M and Zimbardo, Philip G},
 332   title =        {Transformational Teaching: Theoretical
 333                   Underpinnings, Basic Principles, and Core Methods.},
 334   journal =      {Educational psychology review},
 335   volume =       24,
 336   number =       4,
 337   pages =        {569-608},
 338   year =         2012,
 339   doi =          {10.1007/s10648-012-9199-6},
 340   abstract =     {Approaches to classroom instruction have evolved
 341                   considerably over the past 50 years. This progress
 342                   has been spurred by the development of several
 343                   learning principles and methods of instruction,
 344                   including active learning, student-centered
 345                   learning, collaborative learning, experiential
 346                   learning, and problem-based learning. In the present
 347                   paper, we suggest that these seemingly different
 348                   strategies share important underlying
 349                   characteristics and can be viewed as complimentary
 350                   components of a broader approach to classroom
 351                   instruction called transformational
 352                   teaching. Transformational teaching involves
 353                   creating dynamic relationships between teachers,
 354                   students, and a shared body of knowledge to promote
 355                   student learning and personal growth. From this
 356                   perspective, instructors are intellectual coaches
 357                   who create teams of students who collaborate with
 358                   each other and with their teacher to master bodies
 359                   of information. Teachers assume the traditional role
 360                   of facilitating students' acquisition of key course
 361                   concepts, but do so while enhancing students'
 362                   personal development and attitudes toward
 363                   learning. They accomplish these goals by
 364                   establishing a shared vision for a course, providing
 365                   modeling and mastery experiences, challenging and
 366                   encouraging students, personalizing attention and
 367                   feedback, creating experiential lessons that
 368                   transcend the boundaries of the classroom, and
 369                   promoting ample opportunities for preflection and
 370                   reflection. We propose that these methods are
 371                   synergistically related and, when used together,
 372                   maximize students' potential for intellectual and
 373                   personal growth.},
 374 }
 375 #+END_SRC
 376
 377 ** PMID to xml
 378 We can also get xml of the MEDLINE data. The web page here also wraps the xml in a <pre> block and escapes the <> with &lt; and &gt;, which we have to undo. I have not used this code for anything, so I am not sure how good the xml code is.
 379
 380 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 381 (defun pubmed-get-medline-xml (pmid)
 382   "Get MEDLINE xml for PMID as a string."
 383   (interactive)
 384   (with-current-buffer
 385     (url-retrieve-synchronously
 386      (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/%s/?report=xml&format=text" pmid))
 387     (goto-char (point-min))
 388     (while (search-forward "&lt;" nil t)
 389       (replace-match "<"))
 390     (goto-char (point-min))
 391     (while (search-forward "&gt;" nil t)
 392       (replace-match ">"))
 393     (goto-char (point-min))
 394
 395     (let ((p1 (search-forward "<pre>"))
 396           (p2 (search-forward "</pre>")))
 397       (buffer-substring (+ 1 p1) (- p2 6)))))
 398 #+END_SRC
 399
 400 #+RESULTS:
 401 : pubmed-get-medline-xml
 402
 403 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 404 (pubmed-get-medline-xml "23162369")
 405 #+END_SRC
 406
 407 #+RESULTS:
 408 #+begin_example
 409 <PubmedArticle>
 410     <MedlineCitation Status="Publisher" Owner="NLM">
 411         <PMID Version="1">23162369</PMID>
 412         <DateCreated>
 413             <Year>2012</Year>
 414             <Month>11</Month>
 415             <Day>19</Day>
 416         </DateCreated>
 417         <Article PubModel="Print-Electronic">
 418             <Journal>
 419                 <ISSN IssnType="Print">1040-726X</ISSN>
 420                 <JournalIssue CitedMedium="Print">
 421                     <Volume>24</Volume>
 422                     <Issue>4</Issue>
 423                     <PubDate>
 424                         <Year>2012</Year>
 425                         <Month>Dec</Month>
 426                     </PubDate>
 427                 </JournalIssue>
 428                 <Title>Educational psychology review</Title>
 429                 <ISOAbbreviation>Educ Psychol Rev</ISOAbbreviation>
 430             </Journal>
 431             <ArticleTitle>Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core Methods.</ArticleTitle>
 432             <Pagination>
 433                 <MedlinePgn>569-608</MedlinePgn>
 434             </Pagination>
 435             <Abstract>
 436                 <AbstractText>Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50 years. This progress has been spurred by the development of several learning principles and methods of instruction, including active learning, student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly different strategies share important underlying characteristics and can be viewed as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts, but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically related and, when used together, maximize students' potential for intellectual and personal growth.</AbstractText>
 437             </Abstract>
 438             <AuthorList>
 439                 <Author>
 440                     <LastName>Slavich</LastName>
 441                     <ForeName>George M</ForeName>
 442                     <Initials>GM</Initials>
 443                     <AffiliationInfo>
 444                         <Affiliation>Cousins Center for Psychoneuroimmunology and Department of Psychiatry and Biobehavioral Sciences, University of California, Los Angeles, UCLA Medical Plaza 300, Room 3156, Los Angeles, CA 90095-7076, USA.</Affiliation>
 445                     </AffiliationInfo>
 446                 </Author>
 447                 <Author>
 448                     <LastName>Zimbardo</LastName>
 449                     <ForeName>Philip G</ForeName>
 450                     <Initials>PG</Initials>
 451                 </Author>
 452             </AuthorList>
 453             <Language>ENG</Language>
 454             <GrantList>
 455                 <Grant>
 456                     <GrantID>R01 AG026364</GrantID>
 457                     <Acronym>AG</Acronym>
 458                     <Agency>NIA NIH HHS</Agency>
 459                     <Country>United States</Country>
 460                 </Grant>
 461                 <Grant>
 462                     <GrantID>T32 MH019925</GrantID>
 463                     <Acronym>MH</Acronym>
 464                     <Agency>NIMH NIH HHS</Agency>
 465                     <Country>United States</Country>
 466                 </Grant>
 467             </GrantList>
 468             <PublicationTypeList>
 469                 <PublicationType UI="">JOURNAL ARTICLE</PublicationType>
 470             </PublicationTypeList>
 471             <ArticleDate DateType="Electronic">
 472                 <Year>2012</Year>
 473                 <Month>7</Month>
 474                 <Day>24</Day>
 475             </ArticleDate>
 476         </Article>
 477         <MedlineJournalInfo>
 478             <MedlineTA>Educ Psychol Rev</MedlineTA>
 479             <NlmUniqueID>9885342</NlmUniqueID>
 480             <ISSNLinking>1040-726X</ISSNLinking>
 481         </MedlineJournalInfo>
 482     </MedlineCitation>
 483     <PubmedData>
 484         <History>
 485             <PubMedPubDate PubStatus="epublish">
 486                 <Year>2012</Year>
 487                 <Month>7</Month>
 488                 <Day>24</Day>
 489             </PubMedPubDate>
 490             <PubMedPubDate PubStatus="entrez">
 491                 <Year>2012</Year>
 492                 <Month>11</Month>
 493                 <Day>20</Day>
 494                 <Hour>6</Hour>
 495                 <Minute>0</Minute>
 496             </PubMedPubDate>
 497             <PubMedPubDate PubStatus="pubmed">
 498                 <Year>2012</Year>
 499                 <Month>11</Month>
 500                 <Day>20</Day>
 501                 <Hour>6</Hour>
 502                 <Minute>0</Minute>
 503             </PubMedPubDate>
 504             <PubMedPubDate PubStatus="medline">
 505                 <Year>2012</Year>
 506                 <Month>11</Month>
 507                 <Day>20</Day>
 508                 <Hour>6</Hour>
 509                 <Minute>0</Minute>
 510             </PubMedPubDate>
 511         </History>
 512         <PublicationStatus>ppublish</PublicationStatus>
 513         <ArticleIdList>
 514             <ArticleId IdType="doi">10.1007/s10648-012-9199-6</ArticleId>
 515             <ArticleId IdType="pubmed">23162369</ArticleId>
 516             <ArticleId IdType="pmc">PMC3498956</ArticleId>
 517             <ArticleId IdType="mid">NIHMS395714</ArticleId>
 518         </ArticleIdList>
 519         <?nihms?>
 520     </PubmedData>
 521 </PubmedArticle>
 522
 523 #+end_example
 524
 525 * Pubmed Central (PMC) link
 526 A PMCID starts with PMC and is followed by numbers. The PMCID is a unique reference number or identifier that is assigned to every article that is accepted into PMC. The PMCID is also used by recipients of NIH funding to demonstrate compliance with the NIH Public Access policy. The PMCID can be found in both PMC and PubMed.
 527
 528 Here we define a new link. Clicking on it simply opens a webpage to the article.
 529
 530 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 531 (org-add-link-type
 532  "pmcid"
 533  ;; clicking
 534  (lambda (link-string) (browse-url (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/%s" link-string)))
 535  ;; formatting
 536 (lambda (keyword desc format)
 537    (cond
 538     ((eq format 'html)
 539      (format "<a href=\"http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/%s\">" keyword))
 540     ((eq format 'latex)
 541      (format "\\url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/%s}" keyword)))))
 542 #+END_SRC
 543
 544
 545 * NIHMSID
 546 The NIHMSID is a preliminary article identifier that applies only to manuscripts deposited through the NIHMS system. The NIHMSID is only valid for compliance reporting for 90 days after the publication date of an article. Once the Web version of the NIHMS submission is approved for inclusion in PMC and the corresponding citation is in PubMed, the article will also be assigned a PMCID.
 547
 548 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 549 (org-add-link-type
 550  "nihmsid"
 551  ;; clicking
 552  (lambda (link-string) (browse-url (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s" link-string)))
 553  ;; formatting
 554 (lambda (keyword desc format)
 555    (cond
 556     ((eq format 'html) (format "")); no output for html
 557     ((eq format 'latex)
 558      ;; write out the latex command
 559      (format "\\url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid//%s}" keyword)))))
 560 #+END_SRC
 561
 562 #+RESULTS:
 563 | lambda | (link-string)         | (browse-url (format http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s link-string))                                                               |
 564 | lambda | (keyword desc format) | (cond ((eq format (quote html)) (format )) ((eq format (quote latex)) (format \url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid//%s} keyword))) |
 565
 566
 567
 568 * End of code
 569 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 570 (provide 'pubmed)
 571 #+END_SRC
 572
 573
 574 * Build                                                            :noexport:
 575 This code will tangle the elisp code out to pubmed.el and load it.
 576
 577 [[elisp:(org-babel-load-file "pubmed.org")]]
 578
 579
 580