pubmed.org

   1 #+TITLE: Links and functions for Pubmed and NIH databases
   2 #+AUTHOR: John Kitchin
   3 #+DATE: January 5, 2015
   4
   5 * Introduction
   6
   7 This document is an experiment at creating a literate program to provide functions for interacting with pubmed databases.
   8
   9 This library provides links that go to pubmed resources, e.g.
  10
  11 pmcid:PMC3498956
  12
  13 pmid:23162369
  14
  15 and nihmsid:NIHMS395714
  16
  17 See http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/public-access-info/#p3 for details of these identifiers.
  18
  19 For PMID there is one interactive function that inserts a bibtex entry: pubmed-insert-bibtex-from-pmid.
  20
  21
  22 * Header
  23 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
  24 ;;; pubmed.el --- Links and functions to interact with pubmed databases.
  25
  26 ;; Copyright(C) 2015 John Kitchin
  27
  28 ;; Author: John Kitchin <jkitchin@andrew.cmu.edu>
  29 ;; This file is not currently part of GNU Emacs.
  30
  31 ;; This program is free software; you can redistribute it and/or
  32 ;; modify it under the terms of the GNU General Public License as
  33 ;; published by the Free Software Foundation; either version 2, or (at
  34 ;; your option) any later version.
  35
  36 ;; This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  37 ;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  38 ;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  39 ;; General Public License for more details.
  40
  41 ;; You should have received a copy of the GNU General Public License
  42 ;; along with this program ; see the file COPYING.  If not, write to
  43 ;; the Free Software Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
  44 ;; Boston, MA 02111-1307, USA.
  45
  46 ;;; Commentary:
  47 ;;
  48 ;; Lisp code to interact with pubmed databases, links to pubmed
  49 ;; identifiers. See pubmed.org.
  50 ;;;
  51 ;; This library provides links that go to pubmed resources, e.g.
  52 ;;
  53 ;; pmcid:PMC3498956
  54 ;;
  55 ;; pmid:23162369
  56 ;;
  57 ;; and nihmsid:NIHMS395714
  58 ;;
  59 ;; See http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/public-access-info/#p3 for details of these identifiers.
  60 ;;
  61 ;; For PMID there is one interactive function that inserts a bibtex
  62 ;; entry: `pubmed-insert-bibtex-from-pmid`.
  63 #+END_SRC
  64
  65 * PMID (from PubMed) link and functions
  66 A PMID is a number that identifies an entry in the Pubmed database.  The PMID is a unique reference number for PubMed citations. The PMID is a distinctly different number from the PMCID and is used only for PubMed records.
  67
  68
  69 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el :results silent
  70 (org-add-link-type
  71  "pmid"
  72  ;; clicking
  73  (lambda (link-string) (browse-url (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/%s" link-string)))
  74  ;; formatting
  75 (lambda (keyword desc format)
  76    (cond
  77     ((eq format 'html)
  78      (format "<a href=\"http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s\">pmid:%s</a>" keyword keyword)); no output for html
  79     ((eq format 'latex)
  80      ;; write out the latex command
  81      (format "\\url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s}" keyword)))))
  82 #+END_SRC
  83
  84
  85
  86 ** Get MEDLINE metadata
  87 We can get bibliographic metadata from a pmid. Here we get the MEDLINE text. The website wraps the data in <pre></pre> tags.
  88
  89
  90 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
  91 (defun pubmed-get-medline (pmid)
  92   "Get MEDLINE text for PMID as a string."
  93   (with-current-buffer
  94     (url-retrieve-synchronously
  95      (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/%s/?report=medline&format=text" pmid))
  96     (goto-char (point-min))
  97     (let ((p1 (search-forward "<pre>"))
  98           (p2 (search-forward "</pre>")))
  99       (buffer-substring (+ 1 p1) (- p2 6)))))
 100 #+END_SRC
 101
 102 #+RESULTS:
 103 : pubmed-get-medline
 104
 105 Here is sample output:
 106 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 107 (pubmed-get-medline "23162369")
 108 #+END_SRC
 109
 110 #+RESULTS:
 111 #+begin_example
 112 PMID- 23162369
 113 OWN - NLM
 114 STAT- Publisher
 115 DA  - 20121119
 116 IS  - 1040-726X (Print)
 117 IS  - 1040-726X (Linking)
 118 VI  - 24
 119 IP  - 4
 120 DP  - 2012 Dec
 121 TI  - Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core
 122       Methods.
 123 PG  - 569-608
 124 AB  - Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50
 125       years. This progress has been spurred by the development of several learning
 126       principles and methods of instruction, including active learning,
 127       student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and
 128       problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly
 129       different strategies share important underlying characteristics and can be viewed
 130       as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called
 131       transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic
 132       relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to
 133       promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors
 134       are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each
 135       other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the
 136       traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts,
 137       but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward
 138       learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a
 139       course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging
 140       students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons
 141       that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities
 142       for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically
 143       related and, when used together, maximize students' potential for intellectual
 144       and personal growth.
 145 FAU - Slavich, George M
 146 AU  - Slavich GM
 147 AD  - Cousins Center for Psychoneuroimmunology and Department of Psychiatry and
 148       Biobehavioral Sciences, University of California, Los Angeles, UCLA Medical Plaza
 149       300, Room 3156, Los Angeles, CA 90095-7076, USA.
 150 FAU - Zimbardo, Philip G
 151 AU  - Zimbardo PG
 152 LA  - ENG
 153 GR  - R01 AG026364/AG/NIA NIH HHS/United States
 154 GR  - T32 MH019925/MH/NIMH NIH HHS/United States
 155 PT  - JOURNAL ARTICLE
 156 DEP - 20120724
 157 TA  - Educ Psychol Rev
 158 JT  - Educational psychology review
 159 JID - 9885342
 160 PMC - PMC3498956
 161 MID - NIHMS395714
 162 EDAT- 2012/11/20 06:00
 163 MHDA- 2012/11/20 06:00
 164 CRDT- 2012/11/20 06:00
 165 PHST- 2012/07/24 [epublish]
 166 AID - 10.1007/s10648-012-9199-6 [doi]
 167 PST - ppublish
 168 SO  - Educ Psychol Rev. 2012 Dec;24(4):569-608. Epub 2012 Jul 24.
 169 #+end_example
 170
 171 ** Parse the PMID MEDLINE data
 172 We can parse this into a data structure
 173
 174 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 175 (defun pubmed-parse-medline (pmid)
 176   "Parse the medline text for PMID and return a list of cons cells."
 177   (let ((data '())
 178         (p1)
 179         (p2)
 180         (tag)
 181         (value))
 182     (with-temp-buffer (insert (pubmed-get-medline pmid))
 183                       (goto-char (point-min))
 184                       (while (re-search-forward "\\(^[A-Z]\\{2,4\\}\\)\\s-*- " nil t)
 185                         (setq tag (match-string 1))
 186                         ;; point is at end of the search
 187                         (setq p1 (point))
 188                         ;; now go to next tag
 189                         (re-search-forward "\\(^[A-Z]\\{2,4\\}\\)\\s-*- " nil t)
 190                         (setq p2 (- (match-beginning 1) 1))
 191                         (setq value (buffer-substring p1 p2))
 192                         (setq data (append data (list (cons tag value))))
 193                         ;; now go back to last tag to get the next one
 194                         (goto-char p1)))
 195     data))
 196 #+END_SRC
 197
 198 #+RESULTS:
 199 : pubmed-parse-medline
 200
 201 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :results code
 202 (pubmed-parse-medline "23162369")
 203 #+END_SRC
 204
 205 #+RESULTS:
 206 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 207 (("PMID" . "23162369")
 208  ("OWN" . "NLM")
 209  ("STAT" . "Publisher")
 210  ("DA" . "20121119")
 211  ("IS" . "1040-726X (Print)")
 212  ("IS" . "1040-726X (Linking)")
 213  ("VI" . "24")
 214  ("IP" . "4")
 215  ("DP" . "2012 Dec")
 216  ("TI" . "Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core \n      Methods.")
 217  ("PG" . "569-608")
 218  ("AB" . "Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50\n      years. This progress has been spurred by the development of several learning\n      principles and methods of instruction, including active learning,\n      student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and\n      problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly\n      different strategies share important underlying characteristics and can be viewed\n      as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called\n      transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic\n      relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to\n      promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors \n      are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each\n      other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the\n      traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts,\n      but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward\n      learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a\n      course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging\n      students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons\n      that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities\n      for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically\n      related and, when used together, maximize students' potential for intellectual\n      and personal growth.")
 219  ("FAU" . "Slavich, George M")
 220  ("AU" . "Slavich GM")
 221  ("AD" . "Cousins Center for Psychoneuroimmunology and Department of Psychiatry and\n      Biobehavioral Sciences, University of California, Los Angeles, UCLA Medical Plaza\n      300, Room 3156, Los Angeles, CA 90095-7076, USA.")
 222  ("FAU" . "Zimbardo, Philip G")
 223  ("AU" . "Zimbardo PG")
 224  ("LA" . "ENG")
 225  ("GR" . "R01 AG026364/AG/NIA NIH HHS/United States")
 226  ("GR" . "T32 MH019925/MH/NIMH NIH HHS/United States")
 227  ("PT" . "JOURNAL ARTICLE")
 228  ("DEP" . "20120724")
 229  ("TA" . "Educ Psychol Rev")
 230  ("JT" . "Educational psychology review")
 231  ("JID" . "9885342")
 232  ("PMC" . "PMC3498956")
 233  ("MID" . "NIHMS395714")
 234  ("EDAT" . "2012/11/20 06:00")
 235  ("MHDA" . "2012/11/20 06:00")
 236  ("CRDT" . "2012/11/20 06:00")
 237  ("PHST" . "2012/07/24 [epublish]")
 238  ("AID" . "10.1007/s10648-012-9199-6 [doi]")
 239  ("PST" . "ppublish")
 240  ("SO" . "\nSO  - "))
 241 #+END_SRC
 242
 243 ** PMID to bibtex entry
 244 The point of parsing the MEDLINE text is so we can make bibtex entries. We only support Journal articles for now.
 245
 246 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 247 (defun pubmed-pmid-to-bibtex (pmid)
 248   "Convert a PMID to a bibtex entry."
 249   (let* ((data (pubmed-parse-medline pmid))
 250          (type (cdr (assoc "PT" data)))
 251          (title (cdr (assoc "TI" data)))
 252          (authors (mapconcat 'cdr
 253                              (-filter (lambda (x)
 254                                         (string= (car x) "FAU"))
 255                                       data)
 256                              " and "))
 257          (abstract (cdr (assoc "AB" data)))
 258          (volume (cdr (assoc "VI" data)))
 259          (issue (cdr (assoc "IP" data)))
 260          (journal (cdr (assoc "JT" data)))
 261          (year (cdr (assoc "DP" data)))
 262          (pages (cdr (assoc "PG" data)))
 263          (aid (cdr (assoc "AID" data))))
 264
 265     (cond
 266      ((string= type "JOURNAL ARTICLE")
 267       (concat "@article{,
 268  author = {" authors "},
 269  title = {" title "},
 270  abstract = {" abstract "},
 271  journal = {" journal "},
 272  volume = {" volume "},
 273  number = {" issue "},
 274  year = {" (car (split-string year)) "},
 275  pages = {" pages "},
 276  doi = {" (replace-regexp-in-string " \\[doi\\]" "" aid) "},
 277 }"))
 278     (t
 279      (message "No conversion for type: %s" type)))))
 280 #+END_SRC
 281
 282 #+RESULTS:
 283 : pubmed-pmid-to-bibtex
 284
 285 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 286 (pubmed-pmid-to-bibtex "23162369")
 287 #+END_SRC
 288
 289 #+RESULTS:
 290 #+begin_example
 291 @article{,
 292  author = {Slavich, George M and Zimbardo, Philip G},
 293  title = {Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core
 294       Methods.},
 295  abstract = {Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50
 296       years. This progress has been spurred by the development of several learning
 297       principles and methods of instruction, including active learning,
 298       student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and
 299       problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly
 300       different strategies share important underlying characteristics and can be viewed
 301       as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called
 302       transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic
 303       relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to
 304       promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors
 305       are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each
 306       other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the
 307       traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts,
 308       but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward
 309       learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a
 310       course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging
 311       students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons
 312       that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities
 313       for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically
 314       related and, when used together, maximize students' potential for intellectual
 315       and personal growth.},
 316  journal = {Educational psychology review},
 317  volume = {24},
 318  number = {4},
 319  year = {2012},
 320  pages = {569-608},
 321  doi = {10.1007/s10648-012-9199-6},
 322 }
 323 #+end_example
 324
 325 And we probably want to be able to insert a bibtex entry
 326
 327 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 328 (defun pubmed-insert-bibtex-from-pmid (pmid)
 329  "Insert a bibtex entry at point derived from PMID.
 330 You must clean the entry after insertion."
 331  (interactive "sPMID: ")
 332  (insert (pubmed-pmid-to-bibtex pmid)))
 333 #+END_SRC
 334
 335 #+RESULTS:
 336 : pubmed-insert-bibtex-from-pmid
 337
 338 Here is an example of a cleaned entry:
 339 #+BEGIN_SRC bibtex :tangle no
 340 @article{slavich-2012-trans-teach,
 341   author =       {Slavich, George M and Zimbardo, Philip G},
 342   title =        {Transformational Teaching: Theoretical
 343                   Underpinnings, Basic Principles, and Core Methods.},
 344   journal =      {Educational psychology review},
 345   volume =       24,
 346   number =       4,
 347   pages =        {569-608},
 348   year =         2012,
 349   doi =          {10.1007/s10648-012-9199-6},
 350   abstract =     {Approaches to classroom instruction have evolved
 351                   considerably over the past 50 years. This progress
 352                   has been spurred by the development of several
 353                   learning principles and methods of instruction,
 354                   including active learning, student-centered
 355                   learning, collaborative learning, experiential
 356                   learning, and problem-based learning. In the present
 357                   paper, we suggest that these seemingly different
 358                   strategies share important underlying
 359                   characteristics and can be viewed as complimentary
 360                   components of a broader approach to classroom
 361                   instruction called transformational
 362                   teaching. Transformational teaching involves
 363                   creating dynamic relationships between teachers,
 364                   students, and a shared body of knowledge to promote
 365                   student learning and personal growth. From this
 366                   perspective, instructors are intellectual coaches
 367                   who create teams of students who collaborate with
 368                   each other and with their teacher to master bodies
 369                   of information. Teachers assume the traditional role
 370                   of facilitating students' acquisition of key course
 371                   concepts, but do so while enhancing students'
 372                   personal development and attitudes toward
 373                   learning. They accomplish these goals by
 374                   establishing a shared vision for a course, providing
 375                   modeling and mastery experiences, challenging and
 376                   encouraging students, personalizing attention and
 377                   feedback, creating experiential lessons that
 378                   transcend the boundaries of the classroom, and
 379                   promoting ample opportunities for preflection and
 380                   reflection. We propose that these methods are
 381                   synergistically related and, when used together,
 382                   maximize students' potential for intellectual and
 383                   personal growth.},
 384 }
 385 #+END_SRC
 386
 387 ** PMID to xml
 388 We can also get xml of the MEDLINE data. The web page here also wraps the xml in a <pre> block and escapes the <> with &lt; and &gt;, which we have to undo. I have not used this code for anything, so I am not sure how good the xml code is.
 389
 390 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 391 (defun pubmed-get-medline-xml (pmid)
 392   "Get MEDLINE xml for PMID as a string."
 393   (interactive)
 394   (with-current-buffer
 395     (url-retrieve-synchronously
 396      (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/%s/?report=xml&format=text" pmid))
 397     (goto-char (point-min))
 398     (while (search-forward "&lt;" nil t)
 399       (replace-match "<"))
 400     (goto-char (point-min))
 401     (while (search-forward "&gt;" nil t)
 402       (replace-match ">"))
 403     (goto-char (point-min))
 404
 405     (let ((p1 (search-forward "<pre>"))
 406           (p2 (search-forward "</pre>")))
 407       (buffer-substring (+ 1 p1) (- p2 6)))))
 408 #+END_SRC
 409
 410 #+RESULTS:
 411 : pubmed-get-medline-xml
 412
 413 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 414 (pubmed-get-medline-xml "23162369")
 415 #+END_SRC
 416
 417 #+RESULTS:
 418 #+begin_example
 419 <PubmedArticle>
 420     <MedlineCitation Status="Publisher" Owner="NLM">
 421         <PMID Version="1">23162369</PMID>
 422         <DateCreated>
 423             <Year>2012</Year>
 424             <Month>11</Month>
 425             <Day>19</Day>
 426         </DateCreated>
 427         <Article PubModel="Print-Electronic">
 428             <Journal>
 429                 <ISSN IssnType="Print">1040-726X</ISSN>
 430                 <JournalIssue CitedMedium="Print">
 431                     <Volume>24</Volume>
 432                     <Issue>4</Issue>
 433                     <PubDate>
 434                         <Year>2012</Year>
 435                         <Month>Dec</Month>
 436                     </PubDate>
 437                 </JournalIssue>
 438                 <Title>Educational psychology review</Title>
 439                 <ISOAbbreviation>Educ Psychol Rev</ISOAbbreviation>
 440             </Journal>
 441             <ArticleTitle>Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core Methods.</ArticleTitle>
 442             <Pagination>
 443                 <MedlinePgn>569-608</MedlinePgn>
 444             </Pagination>
 445             <Abstract>
 446                 <AbstractText>Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50 years. This progress has been spurred by the development of several learning principles and methods of instruction, including active learning, student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly different strategies share important underlying characteristics and can be viewed as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts, but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically related and, when used together, maximize students' potential for intellectual and personal growth.</AbstractText>
 447             </Abstract>
 448             <AuthorList>
 449                 <Author>
 450                     <LastName>Slavich</LastName>
 451                     <ForeName>George M</ForeName>
 452                     <Initials>GM</Initials>
 453                     <AffiliationInfo>
 454                         <Affiliation>Cousins Center for Psychoneuroimmunology and Department of Psychiatry and Biobehavioral Sciences, University of California, Los Angeles, UCLA Medical Plaza 300, Room 3156, Los Angeles, CA 90095-7076, USA.</Affiliation>
 455                     </AffiliationInfo>
 456                 </Author>
 457                 <Author>
 458                     <LastName>Zimbardo</LastName>
 459                     <ForeName>Philip G</ForeName>
 460                     <Initials>PG</Initials>
 461                 </Author>
 462             </AuthorList>
 463             <Language>ENG</Language>
 464             <GrantList>
 465                 <Grant>
 466                     <GrantID>R01 AG026364</GrantID>
 467                     <Acronym>AG</Acronym>
 468                     <Agency>NIA NIH HHS</Agency>
 469                     <Country>United States</Country>
 470                 </Grant>
 471                 <Grant>
 472                     <GrantID>T32 MH019925</GrantID>
 473                     <Acronym>MH</Acronym>
 474                     <Agency>NIMH NIH HHS</Agency>
 475                     <Country>United States</Country>
 476                 </Grant>
 477             </GrantList>
 478             <PublicationTypeList>
 479                 <PublicationType UI="">JOURNAL ARTICLE</PublicationType>
 480             </PublicationTypeList>
 481             <ArticleDate DateType="Electronic">
 482                 <Year>2012</Year>
 483                 <Month>7</Month>
 484                 <Day>24</Day>
 485             </ArticleDate>
 486         </Article>
 487         <MedlineJournalInfo>
 488             <MedlineTA>Educ Psychol Rev</MedlineTA>
 489             <NlmUniqueID>9885342</NlmUniqueID>
 490             <ISSNLinking>1040-726X</ISSNLinking>
 491         </MedlineJournalInfo>
 492     </MedlineCitation>
 493     <PubmedData>
 494         <History>
 495             <PubMedPubDate PubStatus="epublish">
 496                 <Year>2012</Year>
 497                 <Month>7</Month>
 498                 <Day>24</Day>
 499             </PubMedPubDate>
 500             <PubMedPubDate PubStatus="entrez">
 501                 <Year>2012</Year>
 502                 <Month>11</Month>
 503                 <Day>20</Day>
 504                 <Hour>6</Hour>
 505                 <Minute>0</Minute>
 506             </PubMedPubDate>
 507             <PubMedPubDate PubStatus="pubmed">
 508                 <Year>2012</Year>
 509                 <Month>11</Month>
 510                 <Day>20</Day>
 511                 <Hour>6</Hour>
 512                 <Minute>0</Minute>
 513             </PubMedPubDate>
 514             <PubMedPubDate PubStatus="medline">
 515                 <Year>2012</Year>
 516                 <Month>11</Month>
 517                 <Day>20</Day>
 518                 <Hour>6</Hour>
 519                 <Minute>0</Minute>
 520             </PubMedPubDate>
 521         </History>
 522         <PublicationStatus>ppublish</PublicationStatus>
 523         <ArticleIdList>
 524             <ArticleId IdType="doi">10.1007/s10648-012-9199-6</ArticleId>
 525             <ArticleId IdType="pubmed">23162369</ArticleId>
 526             <ArticleId IdType="pmc">PMC3498956</ArticleId>
 527             <ArticleId IdType="mid">NIHMS395714</ArticleId>
 528         </ArticleIdList>
 529         <?nihms?>
 530     </PubmedData>
 531 </PubmedArticle>
 532
 533 #+end_example
 534
 535 * Pubmed Central (PMC) link
 536 A PMCID starts with PMC and is followed by numbers. The PMCID is a unique reference number or identifier that is assigned to every article that is accepted into PMC. The PMCID is also used by recipients of NIH funding to demonstrate compliance with the NIH Public Access policy. The PMCID can be found in both PMC and PubMed.
 537
 538 Here we define a new link. Clicking on it simply opens a webpage to the article.
 539
 540 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el :results silent
 541 (org-add-link-type
 542  "pmcid"
 543  ;; clicking
 544  (lambda (link-string) (browse-url (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/%s" link-string)))
 545  ;; formatting
 546 (lambda (keyword desc format)
 547    (cond
 548     ((eq format 'html)
 549      (format "<a href=\"http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/%s\">pmcid:%s</a>" keyword keyword))
 550     ((eq format 'latex)
 551      (format "\\url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/%s}" keyword)))))
 552 #+END_SRC
 553
 554 * NIHMSID
 555 The NIHMSID is a preliminary article identifier that applies only to manuscripts deposited through the NIHMS system. The NIHMSID is only valid for compliance reporting for 90 days after the publication date of an article. Once the Web version of the NIHMS submission is approved for inclusion in PMC and the corresponding citation is in PubMed, the article will also be assigned a PMCID.
 556
 557 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el :results silent
 558 (org-add-link-type
 559  "nihmsid"
 560  ;; clicking
 561  (lambda (link-string) (browse-url (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s" link-string)))
 562  ;; formatting
 563 (lambda (keyword desc format)
 564    (cond
 565     ((eq format 'html)
 566      (format "<a href=\"http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid//%s\">nihmsid:%s</a>" keyword keyword))
 567     ((eq format 'latex)
 568      ;; write out the latex command
 569      (format "\\url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s}" keyword)))))
 570 #+END_SRC
 571
 572
 573
 574
 575 * End of code
 576 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 577 (provide 'pubmed)
 578 #+END_SRC
 579
 580 * Build                                                            :noexport:
 581 This code will tangle the elisp code out to pubmed.el and load it.
 582
 583 [[elisp:(org-babel-load-file "pubmed.org")]]
 584
 585
 586