pubmed.org

   1 #+TITLE: Links and functions for Pubmed and NIH databases
   2 #+AUTHOR: John Kitchin
   3 #+DATE: January 5, 2015
   4
   5 * Introduction
   6
   7 This document is an experiment at creating a literate program to provide functions for interacting with pubmed databases.
   8
   9 This library provides links that go to pubmed resources, e.g.
  10
  11 pmcid:PMC3498956
  12
  13 pmid:23162369
  14
  15 and nihmsid:NIHMS395714
  16
  17 See http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/public-access-info/#p3 for details of these identifiers.
  18
  19 For PMID there is one interactive function that inserts a bibtex entry: pubmed-insert-bibtex-from-pmid.
  20
  21 This library is complementary to [[./doi-utils.org]].
  22
  23 * Header
  24 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
  25 ;;; pubmed.el --- Links and functions to interact with pubmed databases.
  26
  27 ;; Copyright(C) 2015 John Kitchin
  28
  29 ;; Author: John Kitchin <jkitchin@andrew.cmu.edu>
  30 ;; This file is not currently part of GNU Emacs.
  31
  32 ;; This program is free software; you can redistribute it and/or
  33 ;; modify it under the terms of the GNU General Public License as
  34 ;; published by the Free Software Foundation; either version 2, or (at
  35 ;; your option) any later version.
  36
  37 ;; This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  38 ;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  39 ;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  40 ;; General Public License for more details.
  41
  42 ;; You should have received a copy of the GNU General Public License
  43 ;; along with this program ; see the file COPYING.  If not, write to
  44 ;; the Free Software Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
  45 ;; Boston, MA 02111-1307, USA.
  46
  47 ;;; Commentary:
  48 ;;
  49 ;; Lisp code to interact with pubmed databases, links to pubmed
  50 ;; identifiers. See pubmed.org.
  51 ;;;
  52 ;; This library provides links that go to pubmed resources, e.g.
  53 ;;
  54 ;; pmcid:PMC3498956
  55 ;;
  56 ;; pmid:23162369
  57 ;;
  58 ;; and nihmsid:NIHMS395714
  59 ;;
  60 ;; See http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/public-access-info/#p3 for details of these identifiers.
  61 ;;
  62 ;; For PMID there is one interactive function that inserts a bibtex
  63 ;; entry: `pubmed-insert-bibtex-from-pmid`.
  64 #+END_SRC
  65
  66 * PMID (from PubMed) link and functions
  67 A PMID is a number that identifies an entry in the Pubmed database.  The PMID is a unique reference number for PubMed citations. The PMID is a distinctly different number from the PMCID and is used only for PubMed records.
  68
  69
  70 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el :results silent
  71 (org-add-link-type
  72  "pmid"
  73  ;; clicking
  74  (lambda (link-string) (browse-url (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/%s" link-string)))
  75  ;; formatting
  76 (lambda (keyword desc format)
  77    (cond
  78     ((eq format 'html)
  79      (format "<a href=\"http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s\">pmid:%s</a>" keyword keyword)); no output for html
  80     ((eq format 'latex)
  81      ;; write out the latex command
  82      (format "\\url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s}" keyword)))))
  83 #+END_SRC
  84
  85
  86
  87 ** Get MEDLINE metadata
  88 We can get bibliographic metadata from a pmid. Here we get the MEDLINE text. The website wraps the data in <pre></pre> tags.
  89
  90
  91 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
  92 (defun pubmed-get-medline (pmid)
  93   "Get MEDLINE text for PMID as a string."
  94   (with-current-buffer
  95     (url-retrieve-synchronously
  96      (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/%s/?report=medline&format=text" pmid))
  97     (goto-char (point-min))
  98     (let ((p1 (search-forward "<pre>"))
  99           (p2 (search-forward "</pre>")))
 100       (buffer-substring (+ 1 p1) (- p2 6)))))
 101 #+END_SRC
 102
 103 #+RESULTS:
 104 : pubmed-get-medline
 105
 106 Here is sample output:
 107 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 108 (pubmed-get-medline "23162369")
 109 #+END_SRC
 110
 111 #+RESULTS:
 112 #+begin_example
 113 PMID- 23162369
 114 OWN - NLM
 115 STAT- Publisher
 116 DA  - 20121119
 117 IS  - 1040-726X (Print)
 118 IS  - 1040-726X (Linking)
 119 VI  - 24
 120 IP  - 4
 121 DP  - 2012 Dec
 122 TI  - Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core
 123       Methods.
 124 PG  - 569-608
 125 AB  - Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50
 126       years. This progress has been spurred by the development of several learning
 127       principles and methods of instruction, including active learning,
 128       student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and
 129       problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly
 130       different strategies share important underlying characteristics and can be viewed
 131       as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called
 132       transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic
 133       relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to
 134       promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors
 135       are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each
 136       other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the
 137       traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts,
 138       but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward
 139       learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a
 140       course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging
 141       students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons
 142       that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities
 143       for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically
 144       related and, when used together, maximize students' potential for intellectual
 145       and personal growth.
 146 FAU - Slavich, George M
 147 AU  - Slavich GM
 148 AD  - Cousins Center for Psychoneuroimmunology and Department of Psychiatry and
 149       Biobehavioral Sciences, University of California, Los Angeles, UCLA Medical Plaza
 150       300, Room 3156, Los Angeles, CA 90095-7076, USA.
 151 FAU - Zimbardo, Philip G
 152 AU  - Zimbardo PG
 153 LA  - ENG
 154 GR  - R01 AG026364/AG/NIA NIH HHS/United States
 155 GR  - T32 MH019925/MH/NIMH NIH HHS/United States
 156 PT  - JOURNAL ARTICLE
 157 DEP - 20120724
 158 TA  - Educ Psychol Rev
 159 JT  - Educational psychology review
 160 JID - 9885342
 161 PMC - PMC3498956
 162 MID - NIHMS395714
 163 EDAT- 2012/11/20 06:00
 164 MHDA- 2012/11/20 06:00
 165 CRDT- 2012/11/20 06:00
 166 PHST- 2012/07/24 [epublish]
 167 AID - 10.1007/s10648-012-9199-6 [doi]
 168 PST - ppublish
 169 SO  - Educ Psychol Rev. 2012 Dec;24(4):569-608. Epub 2012 Jul 24.
 170 #+end_example
 171
 172 ** Parse the PMID MEDLINE data
 173 We can parse this into a data structure
 174
 175 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 176 (defun pubmed-parse-medline (pmid)
 177   "Parse the medline text for PMID and return a list of cons cells."
 178   (let ((data '())
 179         (p1)
 180         (p2)
 181         (tag)
 182         (value))
 183     (with-temp-buffer (insert (pubmed-get-medline pmid))
 184                       (goto-char (point-min))
 185                       (while (re-search-forward "\\(^[A-Z]\\{2,4\\}\\)\\s-*- " nil t)
 186                         (setq tag (match-string 1))
 187                         ;; point is at end of the search
 188                         (setq p1 (point))
 189                         ;; now go to next tag
 190                         (re-search-forward "\\(^[A-Z]\\{2,4\\}\\)\\s-*- " nil t)
 191                         (setq p2 (- (match-beginning 1) 1))
 192                         (setq value (buffer-substring p1 p2))
 193                         (setq data (append data (list (cons tag value))))
 194                         ;; now go back to last tag to get the next one
 195                         (goto-char p1)))
 196     data))
 197 #+END_SRC
 198
 199 #+RESULTS:
 200 : pubmed-parse-medline
 201
 202 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :results code
 203 (pubmed-parse-medline "23162369")
 204 #+END_SRC
 205
 206 #+RESULTS:
 207 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 208 (("PMID" . "23162369")
 209  ("OWN" . "NLM")
 210  ("STAT" . "Publisher")
 211  ("DA" . "20121119")
 212  ("IS" . "1040-726X (Print)")
 213  ("IS" . "1040-726X (Linking)")
 214  ("VI" . "24")
 215  ("IP" . "4")
 216  ("DP" . "2012 Dec")
 217  ("TI" . "Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core \n      Methods.")
 218  ("PG" . "569-608")
 219  ("AB" . "Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50\n      years. This progress has been spurred by the development of several learning\n      principles and methods of instruction, including active learning,\n      student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and\n      problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly\n      different strategies share important underlying characteristics and can be viewed\n      as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called\n      transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic\n      relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to\n      promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors \n      are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each\n      other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the\n      traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts,\n      but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward\n      learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a\n      course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging\n      students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons\n      that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities\n      for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically\n      related and, when used together, maximize students' potential for intellectual\n      and personal growth.")
 220  ("FAU" . "Slavich, George M")
 221  ("AU" . "Slavich GM")
 222  ("AD" . "Cousins Center for Psychoneuroimmunology and Department of Psychiatry and\n      Biobehavioral Sciences, University of California, Los Angeles, UCLA Medical Plaza\n      300, Room 3156, Los Angeles, CA 90095-7076, USA.")
 223  ("FAU" . "Zimbardo, Philip G")
 224  ("AU" . "Zimbardo PG")
 225  ("LA" . "ENG")
 226  ("GR" . "R01 AG026364/AG/NIA NIH HHS/United States")
 227  ("GR" . "T32 MH019925/MH/NIMH NIH HHS/United States")
 228  ("PT" . "JOURNAL ARTICLE")
 229  ("DEP" . "20120724")
 230  ("TA" . "Educ Psychol Rev")
 231  ("JT" . "Educational psychology review")
 232  ("JID" . "9885342")
 233  ("PMC" . "PMC3498956")
 234  ("MID" . "NIHMS395714")
 235  ("EDAT" . "2012/11/20 06:00")
 236  ("MHDA" . "2012/11/20 06:00")
 237  ("CRDT" . "2012/11/20 06:00")
 238  ("PHST" . "2012/07/24 [epublish]")
 239  ("AID" . "10.1007/s10648-012-9199-6 [doi]")
 240  ("PST" . "ppublish")
 241  ("SO" . "\nSO  - "))
 242 #+END_SRC
 243
 244 ** PMID to bibtex entry
 245 The point of parsing the MEDLINE text is so we can make bibtex entries. We only support Journal articles for now.
 246
 247 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 248 (defun pubmed-pmid-to-bibtex (pmid)
 249   "Convert a PMID to a bibtex entry."
 250   (let* ((data (pubmed-parse-medline pmid))
 251          (type (cdr (assoc "PT" data)))
 252          (title (cdr (assoc "TI" data)))
 253          (authors (mapconcat 'cdr
 254                              (-filter (lambda (x)
 255                                         (string= (car x) "FAU"))
 256                                       data)
 257                              " and "))
 258          (abstract (cdr (assoc "AB" data)))
 259          (volume (cdr (assoc "VI" data)))
 260          (issue (cdr (assoc "IP" data)))
 261          (journal (cdr (assoc "JT" data)))
 262          (year (cdr (assoc "DP" data)))
 263          (pages (cdr (assoc "PG" data)))
 264          (aid (cdr (assoc "AID" data))))
 265
 266     (cond
 267      ((string= type "JOURNAL ARTICLE")
 268       (concat "@article{,
 269  author = {" authors "},
 270  title = {" title "},
 271  abstract = {" abstract "},
 272  journal = {" journal "},
 273  volume = {" volume "},
 274  number = {" issue "},
 275  year = {" (car (split-string year)) "},
 276  pages = {" pages "},
 277  doi = {" (replace-regexp-in-string " \\[doi\\]" "" aid) "},
 278 }"))
 279     (t
 280      (message "No conversion for type: %s" type)))))
 281 #+END_SRC
 282
 283 #+RESULTS:
 284 : pubmed-pmid-to-bibtex
 285
 286 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 287 (pubmed-pmid-to-bibtex "23162369")
 288 #+END_SRC
 289
 290 #+RESULTS:
 291 #+begin_example
 292 @article{,
 293  author = {Slavich, George M and Zimbardo, Philip G},
 294  title = {Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core
 295       Methods.},
 296  abstract = {Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50
 297       years. This progress has been spurred by the development of several learning
 298       principles and methods of instruction, including active learning,
 299       student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and
 300       problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly
 301       different strategies share important underlying characteristics and can be viewed
 302       as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called
 303       transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic
 304       relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to
 305       promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors
 306       are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each
 307       other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the
 308       traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts,
 309       but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward
 310       learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a
 311       course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging
 312       students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons
 313       that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities
 314       for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically
 315       related and, when used together, maximize students' potential for intellectual
 316       and personal growth.},
 317  journal = {Educational psychology review},
 318  volume = {24},
 319  number = {4},
 320  year = {2012},
 321  pages = {569-608},
 322  doi = {10.1007/s10648-012-9199-6},
 323 }
 324 #+end_example
 325
 326 And we probably want to be able to insert a bibtex entry
 327
 328 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
 329 (defun pubmed-insert-bibtex-from-pmid (pmid)
 330  "Insert a bibtex entry at point derived from PMID.
 331 You must clean the entry after insertion."
 332  (interactive "sPMID: ")
 333  (insert (pubmed-pmid-to-bibtex pmid)))
 334 #+END_SRC
 335
 336 #+RESULTS:
 337 : pubmed-insert-bibtex-from-pmid
 338
 339 Here is an example of a cleaned entry:
 340 #+BEGIN_SRC bibtex :tangle no
 341 @article{slavich-2012-trans-teach,
 342   author =       {Slavich, George M and Zimbardo, Philip G},
 343   title =        {Transformational Teaching: Theoretical
 344                   Underpinnings, Basic Principles, and Core Methods.},
 345   journal =      {Educational psychology review},
 346   volume =       24,
 347   number =       4,
 348   pages =        {569-608},
 349   year =         2012,
 350   doi =          {10.1007/s10648-012-9199-6},
 351   abstract =     {Approaches to classroom instruction have evolved
 352                   considerably over the past 50 years. This progress
 353                   has been spurred by the development of several
 354                   learning principles and methods of instruction,
 355                   including active learning, student-centered
 356                   learning, collaborative learning, experiential
 357                   learning, and problem-based learning. In the present
 358                   paper, we suggest that these seemingly different
 359                   strategies share important underlying
 360                   characteristics and can be viewed as complimentary
 361                   components of a broader approach to classroom
 362                   instruction called transformational
 363                   teaching. Transformational teaching involves
 364                   creating dynamic relationships between teachers,
 365                   students, and a shared body of knowledge to promote
 366                   student learning and personal growth. From this
 367                   perspective, instructors are intellectual coaches
 368                   who create teams of students who collaborate with
 369                   each other and with their teacher to master bodies
 370                   of information. Teachers assume the traditional role
 371                   of facilitating students' acquisition of key course
 372                   concepts, but do so while enhancing students'
 373                   personal development and attitudes toward
 374                   learning. They accomplish these goals by
 375                   establishing a shared vision for a course, providing
 376                   modeling and mastery experiences, challenging and
 377                   encouraging students, personalizing attention and
 378                   feedback, creating experiential lessons that
 379                   transcend the boundaries of the classroom, and
 380                   promoting ample opportunities for preflection and
 381                   reflection. We propose that these methods are
 382                   synergistically related and, when used together,
 383                   maximize students' potential for intellectual and
 384                   personal growth.},
 385 }
 386 #+END_SRC
 387
 388 ** PMID to xml
 389 We can also get xml of the MEDLINE data. The web page here also wraps the xml in a <pre> block and escapes the <> with &lt; and &gt;, which we have to undo. I have not used this code for anything, so I am not sure how good the xml code is.
 390
 391 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 392 (defun pubmed-get-medline-xml (pmid)
 393   "Get MEDLINE xml for PMID as a string."
 394   (interactive)
 395   (with-current-buffer
 396     (url-retrieve-synchronously
 397      (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/%s/?report=xml&format=text" pmid))
 398     (goto-char (point-min))
 399     (while (search-forward "&lt;" nil t)
 400       (replace-match "<"))
 401     (goto-char (point-min))
 402     (while (search-forward "&gt;" nil t)
 403       (replace-match ">"))
 404     (goto-char (point-min))
 405
 406     (let ((p1 (search-forward "<pre>"))
 407           (p2 (search-forward "</pre>")))
 408       (buffer-substring (+ 1 p1) (- p2 6)))))
 409 #+END_SRC
 410
 411 #+RESULTS:
 412 : pubmed-get-medline-xml
 413
 414 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 415 (pubmed-get-medline-xml "23162369")
 416 #+END_SRC
 417
 418 #+RESULTS:
 419 #+begin_example
 420 <PubmedArticle>
 421     <MedlineCitation Status="Publisher" Owner="NLM">
 422         <PMID Version="1">23162369</PMID>
 423         <DateCreated>
 424             <Year>2012</Year>
 425             <Month>11</Month>
 426             <Day>19</Day>
 427         </DateCreated>
 428         <Article PubModel="Print-Electronic">
 429             <Journal>
 430                 <ISSN IssnType="Print">1040-726X</ISSN>
 431                 <JournalIssue CitedMedium="Print">
 432                     <Volume>24</Volume>
 433                     <Issue>4</Issue>
 434                     <PubDate>
 435                         <Year>2012</Year>
 436                         <Month>Dec</Month>
 437                     </PubDate>
 438                 </JournalIssue>
 439                 <Title>Educational psychology review</Title>
 440                 <ISOAbbreviation>Educ Psychol Rev</ISOAbbreviation>
 441             </Journal>
 442             <ArticleTitle>Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core Methods.</ArticleTitle>
 443             <Pagination>
 444                 <MedlinePgn>569-608</MedlinePgn>
 445             </Pagination>
 446             <Abstract>
 447                 <AbstractText>Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50 years. This progress has been spurred by the development of several learning principles and methods of instruction, including active learning, student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly different strategies share important underlying characteristics and can be viewed as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts, but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically related and, when used together, maximize students' potential for intellectual and personal growth.</AbstractText>
 448             </Abstract>
 449             <AuthorList>
 450                 <Author>
 451                     <LastName>Slavich</LastName>
 452                     <ForeName>George M</ForeName>
 453                     <Initials>GM</Initials>
 454                     <AffiliationInfo>
 455                         <Affiliation>Cousins Center for Psychoneuroimmunology and Department of Psychiatry and Biobehavioral Sciences, University of California, Los Angeles, UCLA Medical Plaza 300, Room 3156, Los Angeles, CA 90095-7076, USA.</Affiliation>
 456                     </AffiliationInfo>
 457                 </Author>
 458                 <Author>
 459                     <LastName>Zimbardo</LastName>
 460                     <ForeName>Philip G</ForeName>
 461                     <Initials>PG</Initials>
 462                 </Author>
 463             </AuthorList>
 464             <Language>ENG</Language>
 465             <GrantList>
 466                 <Grant>
 467                     <GrantID>R01 AG026364</GrantID>
 468                     <Acronym>AG</Acronym>
 469                     <Agency>NIA NIH HHS</Agency>
 470                     <Country>United States</Country>
 471                 </Grant>
 472                 <Grant>
 473                     <GrantID>T32 MH019925</GrantID>
 474                     <Acronym>MH</Acronym>
 475                     <Agency>NIMH NIH HHS</Agency>
 476                     <Country>United States</Country>
 477                 </Grant>
 478             </GrantList>
 479             <PublicationTypeList>
 480                 <PublicationType UI="">JOURNAL ARTICLE</PublicationType>
 481             </PublicationTypeList>
 482             <ArticleDate DateType="Electronic">
 483                 <Year>2012</Year>
 484                 <Month>7</Month>
 485                 <Day>24</Day>
 486             </ArticleDate>
 487         </Article>
 488         <MedlineJournalInfo>
 489             <MedlineTA>Educ Psychol Rev</MedlineTA>
 490             <NlmUniqueID>9885342</NlmUniqueID>
 491             <ISSNLinking>1040-726X</ISSNLinking>
 492         </MedlineJournalInfo>
 493     </MedlineCitation>
 494     <PubmedData>
 495         <History>
 496             <PubMedPubDate PubStatus="epublish">
 497                 <Year>2012</Year>
 498                 <Month>7</Month>
 499                 <Day>24</Day>
 500             </PubMedPubDate>
 501             <PubMedPubDate PubStatus="entrez">
 502                 <Year>2012</Year>
 503                 <Month>11</Month>
 504                 <Day>20</Day>
 505                 <Hour>6</Hour>
 506                 <Minute>0</Minute>
 507             </PubMedPubDate>
 508             <PubMedPubDate PubStatus="pubmed">
 509                 <Year>2012</Year>
 510                 <Month>11</Month>
 511                 <Day>20</Day>
 512                 <Hour>6</Hour>
 513                 <Minute>0</Minute>
 514             </PubMedPubDate>
 515             <PubMedPubDate PubStatus="medline">
 516                 <Year>2012</Year>
 517                 <Month>11</Month>
 518                 <Day>20</Day>
 519                 <Hour>6</Hour>
 520                 <Minute>0</Minute>
 521             </PubMedPubDate>
 522         </History>
 523         <PublicationStatus>ppublish</PublicationStatus>
 524         <ArticleIdList>
 525             <ArticleId IdType="doi">10.1007/s10648-012-9199-6</ArticleId>
 526             <ArticleId IdType="pubmed">23162369</ArticleId>
 527             <ArticleId IdType="pmc">PMC3498956</ArticleId>
 528             <ArticleId IdType="mid">NIHMS395714</ArticleId>
 529         </ArticleIdList>
 530         <?nihms?>
 531     </PubmedData>
 532 </PubmedArticle>
 533
 534 #+end_example
 535
 536 * Pubmed Central (PMC) link
 537 A PMCID starts with PMC and is followed by numbers. The PMCID is a unique reference number or identifier that is assigned to every article that is accepted into PMC. The PMCID is also used by recipients of NIH funding to demonstrate compliance with the NIH Public Access policy. The PMCID can be found in both PMC and PubMed.
 538
 539 Here we define a new link. Clicking on it simply opens a webpage to the article.
 540
 541 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el :results silent
 542 (org-add-link-type
 543  "pmcid"
 544  ;; clicking
 545  (lambda (link-string) (browse-url (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/%s" link-string)))
 546  ;; formatting
 547 (lambda (keyword desc format)
 548    (cond
 549     ((eq format 'html)
 550      (format "<a href=\"http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/%s\">pmcid:%s</a>" keyword keyword))
 551     ((eq format 'latex)
 552      (format "\\url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/%s}" keyword)))))
 553 #+END_SRC
 554
 555 * NIHMSID
 556 The NIHMSID is a preliminary article identifier that applies only to manuscripts deposited through the NIHMS system. The NIHMSID is only valid for compliance reporting for 90 days after the publication date of an article. Once the Web version of the NIHMS submission is approved for inclusion in PMC and the corresponding citation is in PubMed, the article will also be assigned a PMCID.
 557
 558 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el :results silent
 559 (org-add-link-type
 560  "nihmsid"
 561  ;; clicking
 562  (lambda (link-string) (browse-url (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s" link-string)))
 563  ;; formatting
 564 (lambda (keyword desc format)
 565    (cond
 566     ((eq format 'html)
 567      (format "<a href=\"http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid//%s\">nihmsid:%s</a>" keyword keyword))
 568     ((eq format 'latex)
 569      ;; write out the latex command
 570      (format "\\url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s}" keyword)))))
 571 #+END_SRC
 572
 573
 574
 575
 576 * End of code
 577 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 578 (provide 'pubmed)
 579 #+END_SRC
 580
 581 * Build                                                            :noexport:
 582 This code will tangle the elisp code out to pubmed.el and load it.
 583
 584 [[elisp:(org-babel-load-file "pubmed.org")]]
 585
 586
 587