pubmed.org

   1 #+TITLE: Links and functions for Pubmed and NIH databases
   2 #+AUTHOR: John Kitchin
   3 #+DATE: January 5, 2015
   4
   5 * Introduction
   6
   7 This document is an experiment at creating a literate program to provide functions for interacting with pubmed databases.
   8
   9 This library provides links that go to pubmed resources, e.g.
  10
  11 pmcid:PMC3498956
  12
  13 pmid:23162369
  14
  15 and nihmsid:NIHMS395714
  16
  17 See http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/public-access-info/#p3 for details of these identifiers.
  18
  19 For PMID there is one interactive function that inserts a bibtex entry: pubmed-insert-bibtex-from-pmid.
  20
  21 This library is complementary to [[./doi-utils.org]].
  22
  23 * Header
  24 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
  25 ;;; pubmed.el --- Links and functions to interact with pubmed databases.
  26
  27 ;; Copyright(C) 2015 John Kitchin
  28
  29 ;; Author: John Kitchin <jkitchin@andrew.cmu.edu>
  30 ;; This file is not currently part of GNU Emacs.
  31
  32 ;; This program is free software; you can redistribute it and/or
  33 ;; modify it under the terms of the GNU General Public License as
  34 ;; published by the Free Software Foundation; either version 2, or (at
  35 ;; your option) any later version.
  36
  37 ;; This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  38 ;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  39 ;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  40 ;; General Public License for more details.
  41
  42 ;; You should have received a copy of the GNU General Public License
  43 ;; along with this program ; see the file COPYING.  If not, write to
  44 ;; the Free Software Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
  45 ;; Boston, MA 02111-1307, USA.
  46
  47 ;;; Commentary:
  48 ;;
  49 ;; Lisp code to interact with pubmed databases, links to pubmed
  50 ;; identifiers. See pubmed.org.
  51 ;;;
  52 ;; This library provides links that go to pubmed resources, e.g.
  53 ;;
  54 ;; pmcid:PMC3498956
  55 ;;
  56 ;; pmid:23162369
  57 ;;
  58 ;; and nihmsid:NIHMS395714
  59 ;;
  60 ;; See http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/about/public-access-info/#p3 for details of these identifiers.
  61 ;;
  62 ;; For PMID there is one interactive function that inserts a bibtex
  63 ;; entry: `pubmed-insert-bibtex-from-pmid`.
  64 #+END_SRC
  65
  66 * PMID (from PubMed) link and functions
  67 A PMID is a number that identifies an entry in the Pubmed database.  The PMID is a unique reference number for PubMed citations. The PMID is a distinctly different number from the PMCID and is used only for PubMed records.
  68
  69
  70 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el :results silent
  71 (org-add-link-type
  72  "pmid"
  73  ;; clicking
  74  (lambda (link-string) (browse-url (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/%s" link-string)))
  75  ;; formatting
  76 (lambda (keyword desc format)
  77    (cond
  78     ((eq format 'html)
  79      (format "<a href=\"http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s\">pmid:%s</a>" keyword keyword)); no output for html
  80     ((eq format 'latex)
  81      ;; write out the latex command
  82      (format "\\url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s}" keyword)))))
  83 #+END_SRC
  84
  85
  86
  87 ** Get MEDLINE metadata
  88 We can get bibliographic metadata from a pmid. Here we get the MEDLINE text. The website wraps the data in <pre></pre> tags.
  89
  90
  91 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
  92 (defun pubmed-get-medline (pmid)
  93   "Get MEDLINE text for PMID as a string."
  94   (with-current-buffer
  95     (url-retrieve-synchronously
  96      (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/%s/?report=medline&format=text" pmid))
  97     (goto-char (point-min))
  98     (let ((p1 (search-forward "<pre>"))
  99           (p2 (search-forward "</pre>")))
 100       (buffer-substring (+ 1 p1) (- p2 6)))))
 101 #+END_SRC
 102
 103 #+RESULTS:
 104 : pubmed-get-medline
 105
 106 Here is sample output:
 107 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 108 (pubmed-get-medline "23162369")
 109 #+END_SRC
 110
 111 #+RESULTS:
 112 #+begin_example
 113 PMID- 23162369
 114 OWN - NLM
 115 STAT- Publisher
 116 DA  - 20121119
 117 IS  - 1040-726X (Print)
 118 IS  - 1040-726X (Linking)
 119 VI  - 24
 120 IP  - 4
 121 DP  - 2012 Dec
 122 TI  - Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core
 123       Methods.
 124 PG  - 569-608
 125 AB  - Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50
 126       years. This progress has been spurred by the development of several learning
 127       principles and methods of instruction, including active learning,
 128       student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and
 129       problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly
 130       different strategies share important underlying characteristics and can be viewed
 131       as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called
 132       transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic
 133       relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to
 134       promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors
 135       are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each
 136       other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the
 137       traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts,
 138       but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward
 139       learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a
 140       course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging
 141       students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons
 142       that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities
 143       for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically
 144       related and, when used together, maximize students' potential for intellectual
 145       and personal growth.
 146 FAU - Slavich, George M
 147 AU  - Slavich GM
 148 AD  - Cousins Center for Psychoneuroimmunology and Department of Psychiatry and
 149       Biobehavioral Sciences, University of California, Los Angeles, UCLA Medical Plaza
 150       300, Room 3156, Los Angeles, CA 90095-7076, USA.
 151 FAU - Zimbardo, Philip G
 152 AU  - Zimbardo PG
 153 LA  - ENG
 154 GR  - R01 AG026364/AG/NIA NIH HHS/United States
 155 GR  - T32 MH019925/MH/NIMH NIH HHS/United States
 156 PT  - JOURNAL ARTICLE
 157 DEP - 20120724
 158 TA  - Educ Psychol Rev
 159 JT  - Educational psychology review
 160 JID - 9885342
 161 PMC - PMC3498956
 162 MID - NIHMS395714
 163 EDAT- 2012/11/20 06:00
 164 MHDA- 2012/11/20 06:00
 165 CRDT- 2012/11/20 06:00
 166 PHST- 2012/07/24 [epublish]
 167 AID - 10.1007/s10648-012-9199-6 [doi]
 168 PST - ppublish
 169 SO  - Educ Psychol Rev. 2012 Dec;24(4):569-608. Epub 2012 Jul 24.
 170 #+end_example
 171
 172 ** Parse the PMID MEDLINE data
 173 We can parse this into a data structure
 174
 175 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 176 (defun pubmed-parse-medline (pmid)
 177   "Parse the medline text for PMID and return a list of cons cells."
 178   (let ((data '())
 179         (p1)
 180         (p2)
 181         (tag)
 182         (value))
 183     (with-temp-buffer (insert (pubmed-get-medline pmid))
 184                       (goto-char (point-min))
 185                       (while (re-search-forward "\\(^[A-Z]\\{2,4\\}\\)\\s-*- " nil t)
 186                         (setq tag (match-string 1))
 187                         ;; point is at end of the search
 188                         (setq p1 (point))
 189                         ;; now go to next tag
 190                         (re-search-forward "\\(^[A-Z]\\{2,4\\}\\)\\s-*- " nil t)
 191                         (setq p2 (- (match-beginning 1) 1))
 192                         (setq value (buffer-substring p1 p2))
 193                         (setq data (append data (list (cons tag value))))
 194                         ;; now go back to last tag to get the next one
 195                         (goto-char p1)))
 196     data))
 197 #+END_SRC
 198
 199 #+RESULTS:
 200 : pubmed-parse-medline
 201
 202 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle no
 203 (pubmed-parse-medline "23162369")
 204 #+END_SRC
 205
 206
 207
 208 ** PMID to bibtex entry
 209 The point of parsing the MEDLINE text is so we can make bibtex entries. We only support Journal articles for now.
 210
 211 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 212 (defun pubmed-pmid-to-bibtex (pmid)
 213   "Convert a PMID to a bibtex entry."
 214   (let* ((data (pubmed-parse-medline pmid))
 215          (type (cdr (assoc "PT" data)))
 216          (title (cdr (assoc "TI" data)))
 217          (authors (mapconcat 'cdr
 218                              (-filter (lambda (x)
 219                                         (string= (car x) "FAU"))
 220                                       data)
 221                              " and "))
 222          (abstract (cdr (assoc "AB" data)))
 223          (volume (cdr (assoc "VI" data)))
 224          (issue (cdr (assoc "IP" data)))
 225          (journal (cdr (assoc "JT" data)))
 226          (year (cdr (assoc "DP" data)))
 227          (pages (cdr (assoc "PG" data)))
 228          (aid (cdr (assoc "AID" data))))
 229
 230     (cond
 231      ((string= type "JOURNAL ARTICLE")
 232       (concat "@article{,
 233  author = {" authors "},
 234  title = {" title "},
 235  abstract = {" abstract "},
 236  journal = {" journal "},
 237  volume = {" volume "},
 238  number = {" issue "},
 239  year = {" (car (split-string year)) "},
 240  pages = {" pages "},
 241  doi = {" (replace-regexp-in-string " \\[doi\\]" "" aid) "},
 242 }"))
 243     (t
 244      (message "No conversion for type: %s" type)))))
 245 #+END_SRC
 246
 247 #+RESULTS:
 248 : pubmed-pmid-to-bibtex
 249
 250 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 251 (pubmed-pmid-to-bibtex "23162369")
 252 #+END_SRC
 253
 254 #+RESULTS:
 255 #+begin_example
 256 @article{,
 257  author = {Slavich, George M and Zimbardo, Philip G},
 258  title = {Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core
 259       Methods.},
 260  abstract = {Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50
 261       years. This progress has been spurred by the development of several learning
 262       principles and methods of instruction, including active learning,
 263       student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and
 264       problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly
 265       different strategies share important underlying characteristics and can be viewed
 266       as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called
 267       transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic
 268       relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to
 269       promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors
 270       are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each
 271       other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the
 272       traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts,
 273       but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward
 274       learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a
 275       course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging
 276       students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons
 277       that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities
 278       for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically
 279       related and, when used together, maximize students' potential for intellectual
 280       and personal growth.},
 281  journal = {Educational psychology review},
 282  volume = {24},
 283  number = {4},
 284  year = {2012},
 285  pages = {569-608},
 286  doi = {10.1007/s10648-012-9199-6},
 287 }
 288 #+end_example
 289
 290 And we probably want to be able to insert a bibtex entry
 291
 292 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 293 (defun pubmed-insert-bibtex-from-pmid (pmid)
 294  "Insert a bibtex entry at point derived from PMID.
 295 You must clean the entry after insertion."
 296  (interactive "sPMID: ")
 297  (insert (pubmed-pmid-to-bibtex pmid)))
 298 #+END_SRC
 299
 300 #+RESULTS:
 301 : pubmed-insert-bibtex-from-pmid
 302
 303 Here is an example of a cleaned entry:
 304 #+BEGIN_SRC bibtex :tangle no
 305 @article{slavich-2012-trans-teach,
 306   author =       {Slavich, George M and Zimbardo, Philip G},
 307   title =        {Transformational Teaching: Theoretical
 308                   Underpinnings, Basic Principles, and Core Methods.},
 309   journal =      {Educational psychology review},
 310   volume =       24,
 311   number =       4,
 312   pages =        {569-608},
 313   year =         2012,
 314   doi =          {10.1007/s10648-012-9199-6},
 315   abstract =     {Approaches to classroom instruction have evolved
 316                   considerably over the past 50 years. This progress
 317                   has been spurred by the development of several
 318                   learning principles and methods of instruction,
 319                   including active learning, student-centered
 320                   learning, collaborative learning, experiential
 321                   learning, and problem-based learning. In the present
 322                   paper, we suggest that these seemingly different
 323                   strategies share important underlying
 324                   characteristics and can be viewed as complimentary
 325                   components of a broader approach to classroom
 326                   instruction called transformational
 327                   teaching. Transformational teaching involves
 328                   creating dynamic relationships between teachers,
 329                   students, and a shared body of knowledge to promote
 330                   student learning and personal growth. From this
 331                   perspective, instructors are intellectual coaches
 332                   who create teams of students who collaborate with
 333                   each other and with their teacher to master bodies
 334                   of information. Teachers assume the traditional role
 335                   of facilitating students' acquisition of key course
 336                   concepts, but do so while enhancing students'
 337                   personal development and attitudes toward
 338                   learning. They accomplish these goals by
 339                   establishing a shared vision for a course, providing
 340                   modeling and mastery experiences, challenging and
 341                   encouraging students, personalizing attention and
 342                   feedback, creating experiential lessons that
 343                   transcend the boundaries of the classroom, and
 344                   promoting ample opportunities for preflection and
 345                   reflection. We propose that these methods are
 346                   synergistically related and, when used together,
 347                   maximize students' potential for intellectual and
 348                   personal growth.},
 349 }
 350 #+END_SRC
 351
 352 ** PMID to xml
 353 We can also get xml of the MEDLINE data. The web page here also wraps the xml in a <pre> block and escapes the <> with &lt; and &gt;, which we have to undo. I have not used this code for anything, so I am not sure how good the xml code is.
 354
 355 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 356 (defun pubmed-get-medline-xml (pmid)
 357   "Get MEDLINE xml for PMID as a string."
 358   (interactive)
 359   (with-current-buffer
 360     (url-retrieve-synchronously
 361      (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/%s/?report=xml&format=text" pmid))
 362     (goto-char (point-min))
 363     (while (search-forward "&lt;" nil t)
 364       (replace-match "<"))
 365     (goto-char (point-min))
 366     (while (search-forward "&gt;" nil t)
 367       (replace-match ">"))
 368     (goto-char (point-min))
 369
 370     (let ((p1 (search-forward "<pre>"))
 371           (p2 (search-forward "</pre>")))
 372       (buffer-substring (+ 1 p1) (- p2 6)))))
 373 #+END_SRC
 374
 375 #+RESULTS:
 376 : pubmed-get-medline-xml
 377
 378 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 379 (pubmed-get-medline-xml "23162369")
 380 #+END_SRC
 381
 382 #+RESULTS:
 383 #+begin_example
 384 <PubmedArticle>
 385     <MedlineCitation Status="Publisher" Owner="NLM">
 386         <PMID Version="1">23162369</PMID>
 387         <DateCreated>
 388             <Year>2012</Year>
 389             <Month>11</Month>
 390             <Day>19</Day>
 391         </DateCreated>
 392         <Article PubModel="Print-Electronic">
 393             <Journal>
 394                 <ISSN IssnType="Print">1040-726X</ISSN>
 395                 <JournalIssue CitedMedium="Print">
 396                     <Volume>24</Volume>
 397                     <Issue>4</Issue>
 398                     <PubDate>
 399                         <Year>2012</Year>
 400                         <Month>Dec</Month>
 401                     </PubDate>
 402                 </JournalIssue>
 403                 <Title>Educational psychology review</Title>
 404                 <ISOAbbreviation>Educ Psychol Rev</ISOAbbreviation>
 405             </Journal>
 406             <ArticleTitle>Transformational Teaching: Theoretical Underpinnings, Basic Principles, and Core Methods.</ArticleTitle>
 407             <Pagination>
 408                 <MedlinePgn>569-608</MedlinePgn>
 409             </Pagination>
 410             <Abstract>
 411                 <AbstractText>Approaches to classroom instruction have evolved considerably over the past 50 years. This progress has been spurred by the development of several learning principles and methods of instruction, including active learning, student-centered learning, collaborative learning, experiential learning, and problem-based learning. In the present paper, we suggest that these seemingly different strategies share important underlying characteristics and can be viewed as complimentary components of a broader approach to classroom instruction called transformational teaching. Transformational teaching involves creating dynamic relationships between teachers, students, and a shared body of knowledge to promote student learning and personal growth. From this perspective, instructors are intellectual coaches who create teams of students who collaborate with each other and with their teacher to master bodies of information. Teachers assume the traditional role of facilitating students' acquisition of key course concepts, but do so while enhancing students' personal development and attitudes toward learning. They accomplish these goals by establishing a shared vision for a course, providing modeling and mastery experiences, challenging and encouraging students, personalizing attention and feedback, creating experiential lessons that transcend the boundaries of the classroom, and promoting ample opportunities for preflection and reflection. We propose that these methods are synergistically related and, when used together, maximize students' potential for intellectual and personal growth.</AbstractText>
 412             </Abstract>
 413             <AuthorList>
 414                 <Author>
 415                     <LastName>Slavich</LastName>
 416                     <ForeName>George M</ForeName>
 417                     <Initials>GM</Initials>
 418                     <AffiliationInfo>
 419                         <Affiliation>Cousins Center for Psychoneuroimmunology and Department of Psychiatry and Biobehavioral Sciences, University of California, Los Angeles, UCLA Medical Plaza 300, Room 3156, Los Angeles, CA 90095-7076, USA.</Affiliation>
 420                     </AffiliationInfo>
 421                 </Author>
 422                 <Author>
 423                     <LastName>Zimbardo</LastName>
 424                     <ForeName>Philip G</ForeName>
 425                     <Initials>PG</Initials>
 426                 </Author>
 427             </AuthorList>
 428             <Language>ENG</Language>
 429             <GrantList>
 430                 <Grant>
 431                     <GrantID>R01 AG026364</GrantID>
 432                     <Acronym>AG</Acronym>
 433                     <Agency>NIA NIH HHS</Agency>
 434                     <Country>United States</Country>
 435                 </Grant>
 436                 <Grant>
 437                     <GrantID>T32 MH019925</GrantID>
 438                     <Acronym>MH</Acronym>
 439                     <Agency>NIMH NIH HHS</Agency>
 440                     <Country>United States</Country>
 441                 </Grant>
 442             </GrantList>
 443             <PublicationTypeList>
 444                 <PublicationType UI="">JOURNAL ARTICLE</PublicationType>
 445             </PublicationTypeList>
 446             <ArticleDate DateType="Electronic">
 447                 <Year>2012</Year>
 448                 <Month>7</Month>
 449                 <Day>24</Day>
 450             </ArticleDate>
 451         </Article>
 452         <MedlineJournalInfo>
 453             <MedlineTA>Educ Psychol Rev</MedlineTA>
 454             <NlmUniqueID>9885342</NlmUniqueID>
 455             <ISSNLinking>1040-726X</ISSNLinking>
 456         </MedlineJournalInfo>
 457     </MedlineCitation>
 458     <PubmedData>
 459         <History>
 460             <PubMedPubDate PubStatus="epublish">
 461                 <Year>2012</Year>
 462                 <Month>7</Month>
 463                 <Day>24</Day>
 464             </PubMedPubDate>
 465             <PubMedPubDate PubStatus="entrez">
 466                 <Year>2012</Year>
 467                 <Month>11</Month>
 468                 <Day>20</Day>
 469                 <Hour>6</Hour>
 470                 <Minute>0</Minute>
 471             </PubMedPubDate>
 472             <PubMedPubDate PubStatus="pubmed">
 473                 <Year>2012</Year>
 474                 <Month>11</Month>
 475                 <Day>20</Day>
 476                 <Hour>6</Hour>
 477                 <Minute>0</Minute>
 478             </PubMedPubDate>
 479             <PubMedPubDate PubStatus="medline">
 480                 <Year>2012</Year>
 481                 <Month>11</Month>
 482                 <Day>20</Day>
 483                 <Hour>6</Hour>
 484                 <Minute>0</Minute>
 485             </PubMedPubDate>
 486         </History>
 487         <PublicationStatus>ppublish</PublicationStatus>
 488         <ArticleIdList>
 489             <ArticleId IdType="doi">10.1007/s10648-012-9199-6</ArticleId>
 490             <ArticleId IdType="pubmed">23162369</ArticleId>
 491             <ArticleId IdType="pmc">PMC3498956</ArticleId>
 492             <ArticleId IdType="mid">NIHMS395714</ArticleId>
 493         </ArticleIdList>
 494         <?nihms?>
 495     </PubmedData>
 496 </PubmedArticle>
 497
 498 #+end_example
 499
 500 * Pubmed Central (PMC) link
 501 A PMCID starts with PMC and is followed by numbers. The PMCID is a unique reference number or identifier that is assigned to every article that is accepted into PMC. The PMCID is also used by recipients of NIH funding to demonstrate compliance with the NIH Public Access policy. The PMCID can be found in both PMC and PubMed.
 502
 503 Here we define a new link. Clicking on it simply opens a webpage to the article.
 504
 505 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el :results silent
 506 (org-add-link-type
 507  "pmcid"
 508  ;; clicking
 509  (lambda (link-string) (browse-url (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/%s" link-string)))
 510  ;; formatting
 511 (lambda (keyword desc format)
 512    (cond
 513     ((eq format 'html)
 514      (format "<a href=\"http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/%s\">pmcid:%s</a>" keyword keyword))
 515     ((eq format 'latex)
 516      (format "\\url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/%s}" keyword)))))
 517 #+END_SRC
 518
 519 * NIHMSID
 520 The NIHMSID is a preliminary article identifier that applies only to manuscripts deposited through the NIHMS system. The NIHMSID is only valid for compliance reporting for 90 days after the publication date of an article. Once the Web version of the NIHMS submission is approved for inclusion in PMC and the corresponding citation is in PubMed, the article will also be assigned a PMCID.
 521
 522 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el :results silent
 523 (org-add-link-type
 524  "nihmsid"
 525  ;; clicking
 526  (lambda (link-string) (browse-url (format "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s" link-string)))
 527  ;; formatting
 528 (lambda (keyword desc format)
 529    (cond
 530     ((eq format 'html)
 531      (format "<a href=\"http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid//%s\">nihmsid:%s</a>" keyword keyword))
 532     ((eq format 'latex)
 533      ;; write out the latex command
 534      (format "\\url{http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/mid/%s}" keyword)))))
 535 #+END_SRC
 536
 537
 538
 539
 540 * End of code
 541 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle pubmed.el
 542 (provide 'pubmed)
 543 #+END_SRC
 544
 545 * Build                                                            :noexport:
 546 This code will tangle the elisp code out to pubmed.el and load it.
 547
 548 [[elisp:(org-babel-load-file "pubmed.org")]]