org-ref.org

   1 #+TITLE: Org-ref - The best reference handling for org-mode
   2 #+AUTHOR: John Kitchin
   3 #+DATE: April 29, 2014
   4
   5 * Introduction
   6
   7 This document is an experiment at creating a literate program to provide similar features as reftex for org-mode referencing. These features include:
   8
   9 1. using completion to create links
  10 2. storing links to places,
  11 3. Clickable links that do useful things
  12 4. Exportable links to LaTeX
  13 5. Utility functions for dealing with bibtex files and org-files
  14
  15 Some additional features include
  16 1. Get minibuffer messages for the cite/ref/label link under point
  17
  18 With helm integration (default) you can:
  19
  20 1. C-c ] to insert a citation link
  21   in helm-bibtex
  22    - Enter to insert or append citation(s)
  23    - C-u Enter to insert an alternative cite link
  24    - C-u C-u Enter to replace the citation at point
  25 2. C-u C-c ] to insert a ref link with helm completion
  26 3. C-u C-u C-c ] to insert a label with completion
  27 4. M-x org-ref to get a helm completion buffer with link checks, utilities and export options
  28
  29 ** Header
  30 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
  31 ;;; org-ref.el --- setup bibliography, cite, ref and label org-mode links.
  32
  33 ;; Copyright(C) 2014 John Kitchin
  34
  35 ;; Author: John Kitchin <jkitchin@andrew.cmu.edu>
  36 ;; This file is not currently part of GNU Emacs.
  37
  38 ;; This program is free software; you can redistribute it and/or
  39 ;; modify it under the terms of the GNU General Public License as
  40 ;; published by the Free Software Foundation; either version 2, or (at
  41 ;; your option) any later version.
  42
  43 ;; This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  44 ;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  45 ;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  46 ;; General Public License for more details.
  47
  48 ;; You should have received a copy of the GNU General Public License
  49 ;; along with this program ; see the file COPYING.  If not, write to
  50 ;; the Free Software Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
  51 ;; Boston, MA 02111-1307, USA.
  52
  53 ;;; Commentary:
  54 ;;
  55 ;; Lisp code to setup bibliography cite, ref and label org-mode links.  also
  56 ;; sets up reftex and helm for org-mode citations. The links are clickable and
  57 ;; do things that are useful. You should really read org-ref.org for details.
  58 ;;
  59 ;; Package-Requires: ((dash) (helm) (helm-bibtex))
  60 #+END_SRC
  61
  62 ** requires
  63 The only external require is reftex-cite
  64
  65 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
  66 (require 'reftex-cite)
  67 (require 'dash)
  68 (require 'helm)
  69 (require 'helm-config)
  70 (require 'helm-bibtex)
  71 #+END_SRC
  72
  73 ** Custom variables
  74 There are some variables needed later to tell this library where you store your pdf files, where your notes file is, and your default bibliography. This variable is similar to the reftex-default-bibliography. I do not remember why I made it separate.
  75
  76 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
  77 (defgroup org-ref nil
  78   "customization group for org-ref")
  79
  80 (defcustom org-ref-bibliography-notes
  81   nil
  82   "filename to where you will put all your notes about an entry in
  83   the default bibliography."
  84   :type 'file
  85   :group 'org-ref)
  86
  87 (defcustom org-ref-default-bibliography
  88   nil
  89   "list of bibtex files to search for. You should use full-paths for each file."
  90   :type '(repeat :tag "List of bibtex files" file)
  91   :group 'org-ref)
  92
  93 (defcustom org-ref-pdf-directory
  94   nil
  95   "directory where pdfs are stored by key. put a trailing / in"
  96   :type 'directory
  97   :group 'org-ref)
  98
  99 (defcustom org-ref-default-citation-link
 100   "cite"
 101   "The default type of citation link to use"
 102   :type 'string
 103   :group 'org-ref)
 104
 105 (defcustom org-ref-insert-cite-key
 106   "C-c ]"
 107   "Keyboard shortcut to insert a citation."
 108   :type 'string
 109   :group 'org-ref)
 110
 111 (defcustom org-ref-bibliography-entry-format
 112   '(("article" . "%a, %t, <i>%j</i>, <b>%v(%n)</b>, %p (%y). <a href=\"%U\">link</a>. <a href=\"http://dx.doi.org/%D\">doi</a>.")
 113
 114     ("book" . "%a, %t, %u (%y).")
 115
 116     ("proceedings" . "%e, %t in %S, %u (%y).")
 117
 118     ("inproceedings" . "%a, %t, %p, in %b, edited by %e, %u (%y)"))
 119
 120   "string to format an entry. Just the reference, no numbering at the beginning, etc... see the `org-ref-reftex-format-citation' docstring for the escape codes."
 121   :type 'string
 122   :group 'org-ref)
 123
 124 (defcustom org-ref-open-notes-function
 125   (lambda ()
 126     (org-show-entry)
 127     (show-branches)
 128     (show-children)
 129     (org-cycle '(64))
 130     ;;(org-tree-to-indirect-buffer)
 131     (outline-previous-visible-heading 1)
 132     (recenter-top-bottom 0))
 133   "User-defined way to open a notes entry. This is excecuted after the entry is found, with the cursor at the beginning of the headline. The default setting fully expands the notes, and moves the headline to the top of the buffer"
 134 :type 'function
 135 :group 'org-ref)
 136
 137
 138 (defcustom org-ref-open-pdf-function
 139    'org-ref-open-pdf-at-point
 140 "User-defined function to open a pdf from a link. The function must get the key at point, and derive a path to the pdf file, then open it. The default function is `org-ref-open-pdf-at-point'."
 141   :type 'function
 142   :group 'org-ref)
 143
 144
 145 (defcustom org-ref-insert-cite-function
 146   'org-ref-helm-insert-cite-link
 147   "Function to call to insert citation links. The default is `org-ref-helm-insert-cite-link' which uses `helm-bibtex'. org-ref modifies helm-bibtex a little bit to give org-mode citations, and to reorder default actions. You may use `org-ref-insert-cite-link' if you like the reftex interface."
 148  :type 'function
 149  :group 'org-ref)
 150
 151
 152 (defcustom org-ref-cite-onclick-function
 153   'org-ref-cite-click-helm
 154   "Function that runs when you click on a cite link. The function must take no arguments. You may also use `org-ref-cite-onclick-minibuffer-menu' if you do not like helm."
 155  :type 'function
 156  :group 'org-ref)
 157
 158 (defcustom org-ref-show-citation-on-enter t
 159   "If non-nil add a hook function to show the citation summary in
 160   the minibuffer just by putting the cursor in a link"
 161  :group 'org-ref)
 162
 163 #+END_SRC
 164
 165 This next variable determines the citation types that are available in org-ref. Links for each one are automatically generated, and completion functions are automatically generated. Users may add to this list in their own init files.
 166
 167 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
 168 (defcustom org-ref-cite-types
 169   '("cite" "nocite" ;; the default latex cite commands
 170     ;; natbib cite commands, http://ctan.unixbrain.com/macros/latex/contrib/natbib/natnotes.pdf
 171     "citet" "citet*" "citep" "citep*"
 172     "citealt" "citealt*" "citealp" "citealp*"
 173     "citenum" "citetext"
 174     "citeauthor" "citeauthor*"
 175     "citeyear" "citeyear*"
 176     "Citet" "Citep" "Citealt" "Citealp" "Citeauthor"
 177     ;; biblatex commands
 178     ;; http://ctan.mirrorcatalogs.com/macros/latex/contrib/biblatex/doc/biblatex.pdf
 179     "Cite"
 180     "parencite" "Parencite"
 181     "footcite" "footcitetext"
 182     "textcite" "Textcite"
 183     "smartcite" "Smartcite"
 184     "cite*" "parencite*" "supercite"
 185     "autocite" "Autocite" "autocite*" "Autocite*"
 186     "Citeauthor*"
 187     "citetitle" "citetitle*"
 188     "citedate" "citedate*"
 189     "citeurl"
 190     "fullcite" "footfullcite"
 191     ;; "volcite" "Volcite" cannot support the syntax
 192     "notecite" "Notecite"
 193     "pnotecite" "Pnotecite"
 194     "fnotecite"
 195     ;; multicites. Very limited support for these.
 196     "cites" "Cites" "parencites" "Parencites"
 197     "footcites" "footcitetexts"
 198     "smartcites" "Smartcites" "textcites" "Textcites"
 199     "supercites" "autocites" "Autocites"
 200     ;; for the bibentry package
 201     "bibentry"
 202     )
 203   "List of citation types known in org-ref"
 204   :type '(repeat :tag "List of citation types" string)
 205   :group 'org-ref)
 206 #+END_SRC
 207
 208 We need a hook variable to store user-defined bibtex entry cleaning functions
 209 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 210 (defcustom org-ref-clean-bibtex-entry-hook nil
 211   "Hook that is run in org-ref-clean-bibtex-entry. The functions should take no arguments, and operate on the bibtex entry at point."
 212   :group 'org-ref
 213   :type 'hook)
 214 #+END_SRC
 215
 216 ** Program variables
 217 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
 218 (defvar org-ref-bibliography-files
 219   nil
 220   "variable to hold bibliography files to be searched")
 221 #+END_SRC
 222
 223 ** org-mode / reftex setup
 224
 225 We setup reftex here. We use a custom insert cite link function defined here: [[*org-ref-insert-cite-link][org-ref-insert-cite-link]]. We setup reftex to use our org citation format.
 226
 227 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
 228 (require 'reftex)
 229 (defun org-mode-reftex-setup ()
 230     (and (buffer-file-name)
 231          (file-exists-p (buffer-file-name))
 232          (global-auto-revert-mode t)
 233          ;; I do not remember why I put this next line in. It doesn't
 234          ;; work for org-files. Nothing very bad happens, but it gives
 235          ;; an annoying error. Commenting it out for now.
 236          ;(reftex-parse-all
 237          )
 238     (make-local-variable 'reftex-cite-format)
 239     (setq reftex-cite-format 'org))
 240
 241 ;; define key for inserting citations
 242 (define-key org-mode-map
 243   (kbd org-ref-insert-cite-key)
 244   org-ref-insert-cite-function)
 245
 246 (add-hook 'org-mode-hook 'org-mode-reftex-setup)
 247
 248 (eval-after-load 'reftex-vars
 249   '(progn
 250       (add-to-list 'reftex-cite-format-builtin
 251                    '(org "Org-mode citation"
 252                          ((?\C-m . "cite:%l")     ; default
 253                           (?d . ",%l")            ; for appending
 254                           (?a . "autocite:%l")
 255                           (?t . "citet:%l")
 256                           (?T . "citet*:%l")
 257                           (?p . "citep:%l")
 258                           (?P . "citep*:%l")
 259                           (?h . "citeauthor:%l")
 260                           (?H . "citeauthor*:%l")
 261                           (?y . "citeyear:%l")
 262                           (?x . "citetext:%l")
 263                           (?n . "nocite:%l")
 264                           )))))
 265 #+END_SRC
 266
 267 You may want to add new formats to the reftex-cite-format-builtin variable. Here is an example of adding two new formats. Note that this does not create the links.
 268
 269 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 270 ;; add new format
 271 (setf (nth 2 (assoc 'org reftex-cite-format-builtin))
 272       (append (nth 2 (assoc 'org reftex-cite-format-builtin)) '((?W  . "textcite:%l")
 273             (?z  . "newcite:%l"))))
 274 #+END_SRC
 275
 276 You can define a new citation link like this:
 277 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 278 (org-ref-define-citation-link "citez" ?z)
 279 #+END_SRC
 280
 281 ** Messages for link at cursor
 282 Here we setup code that shows you a context message for the element under the cursor when emacs is idle.
 283 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 284 (defvar org-ref-message-timer nil
 285   "Variable to store the link message timer in.")
 286
 287
 288 (defun org-ref-show-link-messages ()
 289   "Turn on link messages. You will see a message in the
 290 minibuffer when on a cite, ref or label link."
 291   (interactive)
 292   (or org-ref-message-timer
 293       (setq org-ref-message-timer
 294             (run-with-idle-timer 0.5 t 'org-ref-link-message))))
 295
 296
 297 (defun org-ref-cancel-link-messages ()
 298   "Stop showing messages in minibuffer when on a link."
 299   (interactive)
 300   (cancel-timer org-ref-message-timer)
 301   (setq org-ref-message-timer nil))
 302
 303
 304 (when org-ref-show-citation-on-enter
 305   (org-ref-show-link-messages))
 306
 307 ;; this approach caused the selected region to not be highlighted any more.
 308 ; (add-hook 'post-command-hook 'org-ref-link-message))
 309 ; (remove-hook 'post-command-hook 'org-ref-link-message))
 310 #+END_SRC
 311
 312 ** Messages for context under mouse pointer
 313 Sometimes, when reading a document, I actually use the mouse more than the cursor. This code enables the mouse cursor to trigger a message in the minibuffer about what is under the cursor. I run this on a timer.
 314
 315 The basic idea here is to get the mouse position, and if we can determine there is a character that (point) can move to, we move (point) and run the org-ref-link-message function. Since this runs on a timer, we store the last mouse position, and only run the function when the mouse has moved to avoid getting messages every time the timer runs.
 316
 317 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 318 (defvar org-ref-last-mouse-pos nil
 319  "Stores last mouse position for use in `org-ref-mouse-message'.")
 320
 321 (defun org-ref-can-move-p ()
 322   "See if a character is under the mouse. If so return the position for `goto-char'."
 323   (let* ((line (cddr org-ref-last-mouse-pos))
 324          (col  (cadr org-ref-last-mouse-pos)))
 325     (save-excursion
 326       (goto-char (window-start))
 327       (forward-line line)
 328       (if
 329           (> (- (line-end-position) (line-beginning-position)) col)
 330           (progn  (forward-char col) (point))
 331         nil))))
 332
 333
 334 (defun org-ref-mouse-message ()
 335   "Display message for link under mouse cursor"
 336   (interactive)
 337   (when (not (equal (mouse-position) org-ref-last-mouse-pos))
 338     (setq org-ref-last-mouse-pos (mouse-position))
 339     (let ((p (org-ref-can-move-p)))
 340       (when p
 341           (save-excursion
 342             (goto-char p)
 343             (org-ref-link-message))))))
 344
 345
 346 (defvar org-ref-message-timer-mouse nil
 347   "Store mouse timer.")
 348
 349
 350 (defvar org-ref-mouse-message-interval 0.5
 351   "How often to run the mouse message timer in seconds")
 352
 353
 354 (defun org-ref-mouse-messages-on ()
 355   "Turn on mouse messages."
 356   (interactive)
 357   (or org-ref-message-timer-mouse
 358       (setq org-ref-message-timer-mouse
 359             (run-at-time "0.5 sec"
 360                          org-ref-mouse-message-interval
 361                          'org-ref-mouse-message))))
 362
 363
 364 (defun org-ref-mouse-messages-off ()
 365   "Turn off mouse messages"
 366   (interactive)
 367   (cancel-timer org-ref-message-timer-mouse)
 368   (setq org-ref-message-timer-mouse nil)
 369   (message "Mouse messages are off"))
 370 #+END_SRC
 371
 372 #+RESULTS:
 373 : org-ref-mouse-messages-off
 374
 375 ** Color-coded links
 376 Here we make the org-ref links a different color.
 377
 378 citations are green
 379 refs are blue
 380 labels are black
 381
 382 mailto:john
 383
 384 cite:sokalski-2012-optim-ta,zhang-2011-spatial-tio2,li-2012-heter-ceram,li-2013-photoc
 385
 386 cite*:sokalski-2012-optim-ta,zhang-2011-spatial-tio2,li-2012-heter-ceram,li-2013-photoc
 387
 388 citenum:sokalski-2012-optim-ta,zhang-2011-spatial-tio2,li-2012-heter-ceram,li-2013-photoc
 389
 390 ref:test
 391
 392 label:test
 393
 394 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 395 (defcustom org-ref-colorize-links
 396   t
 397   "When non-nil, change colors of links"
 398   :group 'org-ref)
 399
 400
 401 (defcustom org-ref-cite-color
 402   "forest green"
 403   "Color of cite like links"
 404   :group 'org-ref)
 405
 406
 407 (defcustom org-ref-ref-color
 408   "dark red"
 409   "Color of ref like links"
 410   :group 'org-ref)
 411
 412
 413 (defcustom org-ref-label-color
 414   "black"
 415   "Color of label links"
 416   :group 'org-ref)
 417
 418
 419 (defvar org-ref-cite-re nil
 420  "regexp for cite links")
 421
 422
 423 (setq org-ref-cite-re
 424       (concat "\\(" (mapconcat
 425                      (lambda (x)
 426                        (replace-regexp-in-string "\*" "\\\\*" x)
 427                        )
 428                      org-ref-cite-types "\\|") "\\)"
 429   ":\\([a-zA-Z0-9-_:]*,?\\)*"))
 430
 431
 432 (setq org-ref-label-re
 433       "label:\\([a-zA-Z0-9-_:]*,?\\)*")
 434
 435
 436 (setq org-ref-ref-re
 437       "ref:\\([a-zA-Z0-9-_:]*,?\\)*")
 438
 439
 440 (defface org-ref-cite-face
 441   `((t (:inherit org-link :foreground ,org-ref-cite-color)))
 442   "Color for cite-like links in org-ref.")
 443
 444
 445 (defface org-ref-label-face
 446   `((t (:inherit org-link :foreground ,org-ref-label-color)))
 447   "Color for ref links in org-ref.")
 448
 449
 450 (defface org-ref-ref-face
 451   `((t (:inherit org-link :foreground ,org-ref-ref-color)))
 452   "Face for ref links in org-ref.")
 453
 454
 455 (when org-ref-colorize-links
 456   (highlight-regexp org-ref-cite-re 'org-ref-cite-face)
 457   (highlight-regexp org-ref-label-re 'org-ref-label-face)
 458   (highlight-regexp org-ref-ref-re 'org-ref-ref-face))
 459 #+END_SRC
 460
 461 #+RESULTS:
 462
 463
 464 * Links
 465 Most of this library is the creation of functional links to help with references and citations.
 466 ** General utilities
 467 We need several general utilities for this module. They are organized here. We frequently need to remove white space from the front and back of a string. Here we do that for a string.
 468
 469 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 470 (defun org-ref-strip-string (string)
 471   "strip leading and trailing whitespace from the string"
 472   (replace-regexp-in-string
 473    (concat search-whitespace-regexp "$" ) ""
 474    (replace-regexp-in-string
 475     (concat "^" search-whitespace-regexp ) "" string)))
 476 #+END_SRC
 477
 478 It is helpful to make the previous function operate on a list of strings here.
 479
 480 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 481 (defun org-ref-split-and-strip-string (string)
 482   "split key-string and strip keys. Assumes the key-string is comma delimited"
 483   (mapcar 'org-ref-strip-string (split-string string ",")))
 484 #+END_SRC
 485
 486 ** bibliography and bibliographystyle
 487 *** An html bibliography
 488
 489 Reftex is no longer being developed. I want a url and doi option for formatting, so I am modifying this [[file:emacs-24.3/lisp/textmodes/reftex-cite.el::(defun%20reftex-format-citation%20(entry%20format)][function]] from reftex-cite to provide that. We need to modify the reftex-get-bib-field code a bit to remove enclosing braces and quotes so we can make nice looking links.
 490
 491 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 492 (defun org-ref-reftex-get-bib-field (field entry &optional format)
 493   "similar to reftex-get-bib-field, but removes enclosing braces and quotes"
 494   (let ((result))
 495     (setq result (reftex-get-bib-field field entry format))
 496     (when (and (not (string= result "")) (string= "{" (substring result 0 1)))
 497       (setq result (substring result 1 -1)))
 498     (when (and (not (string= result "")) (string= "\"" (substring result 0 1)))
 499       (setq result (substring result 1 -1)))
 500       result))
 501
 502 (defun org-ref-reftex-format-citation (entry format)
 503   "return a formatted string for the bibtex entry (from bibtex-parse-entry) according
 504 to the format argument. The format is a string with these percent escapes.
 505
 506 In the format, the following percent escapes will be expanded.
 507
 508 %l   The BibTeX label of the citation.
 509 %a   List of author names, see also `reftex-cite-punctuation'.
 510 %2a  Like %a, but abbreviate more than 2 authors like Jones et al.
 511 %A   First author name only.
 512 %e   Works like %a, but on list of editor names. (%2e and %E work a well)
 513
 514 It is also possible to access all other BibTeX database fields:
 515 %b booktitle     %c chapter        %d edition    %h howpublished
 516 %i institution   %j journal        %k key        %m month
 517 %n number        %o organization   %p pages      %P first page
 518 %r address       %s school         %u publisher  %t title
 519 %v volume        %y year
 520 %B booktitle, abbreviated          %T title, abbreviated
 521 %U url
 522 %D doi
 523 %S series
 524
 525 Usually, only %l is needed.  The other stuff is mainly for the echo area
 526 display, and for (setq reftex-comment-citations t).
 527
 528 %< as a special operator kills punctuation and space around it after the
 529 string has been formatted.
 530
 531 A pair of square brackets indicates an optional argument, and RefTeX
 532 will prompt for the values of these arguments.
 533
 534 Beware that all this only works with BibTeX database files.  When
 535 citations are made from the \bibitems in an explicit thebibliography
 536 environment, only %l is available."
 537   ;; Format a citation from the info in the BibTeX ENTRY
 538
 539   (unless (stringp format) (setq format "\\cite{%l}"))
 540
 541   (if (and reftex-comment-citations
 542            (string-match "%l" reftex-cite-comment-format))
 543       (error "reftex-cite-comment-format contains invalid %%l"))
 544
 545   (while (string-match
 546           "\\(\\`\\|[^%]\\)\\(\\(%\\([0-9]*\\)\\([a-zA-Z]\\)\\)[.,;: ]*\\)"
 547           format)
 548     (let ((n (string-to-number (match-string 4 format)))
 549           (l (string-to-char (match-string 5 format)))
 550           rpl b e)
 551       (save-match-data
 552         (setq rpl
 553               (cond
 554                ((= l ?l) (concat
 555                           (org-ref-reftex-get-bib-field "&key" entry)
 556                           (if reftex-comment-citations
 557                               reftex-cite-comment-format
 558                             "")))
 559                ((= l ?a) (reftex-format-names
 560                           (reftex-get-bib-names "author" entry)
 561                           (or n 2)))
 562                ((= l ?A) (car (reftex-get-bib-names "author" entry)))
 563                ((= l ?b) (org-ref-reftex-get-bib-field "booktitle" entry "in: %s"))
 564                ((= l ?B) (reftex-abbreviate-title
 565                           (org-ref-reftex-get-bib-field "booktitle" entry "in: %s")))
 566                ((= l ?c) (org-ref-reftex-get-bib-field "chapter" entry))
 567                ((= l ?d) (org-ref-reftex-get-bib-field "edition" entry))
 568                ((= l ?D) (org-ref-reftex-get-bib-field "doi" entry))
 569                ((= l ?e) (reftex-format-names
 570                           (reftex-get-bib-names "editor" entry)
 571                           (or n 2)))
 572                ((= l ?E) (car (reftex-get-bib-names "editor" entry)))
 573                ((= l ?h) (org-ref-reftex-get-bib-field "howpublished" entry))
 574                ((= l ?i) (org-ref-reftex-get-bib-field "institution" entry))
 575                ((= l ?j) (org-ref-reftex-get-bib-field "journal" entry))
 576                ((= l ?k) (org-ref-reftex-get-bib-field "key" entry))
 577                ((= l ?m) (org-ref-reftex-get-bib-field "month" entry))
 578                ((= l ?n) (org-ref-reftex-get-bib-field "number" entry))
 579                ((= l ?o) (org-ref-reftex-get-bib-field "organization" entry))
 580                ((= l ?p) (org-ref-reftex-get-bib-field "pages" entry))
 581                ((= l ?P) (car (split-string
 582                                (org-ref-reftex-get-bib-field "pages" entry)
 583                                "[- .]+")))
 584                ((= l ?s) (org-ref-reftex-get-bib-field "school" entry))
 585                ((= l ?S) (org-ref-reftex-get-bib-field "series" entry))
 586                ((= l ?u) (org-ref-reftex-get-bib-field "publisher" entry))
 587                ((= l ?U) (org-ref-reftex-get-bib-field "url" entry))
 588                ((= l ?r) (org-ref-reftex-get-bib-field "address" entry))
 589                ;; strip enclosing brackets from title if they are there
 590                ((= l ?t) (org-ref-reftex-get-bib-field "title" entry))
 591                ((= l ?T) (reftex-abbreviate-title
 592                           (org-ref-reftex-get-bib-field "title" entry)))
 593                ((= l ?v) (org-ref-reftex-get-bib-field "volume" entry))
 594                ((= l ?y) (org-ref-reftex-get-bib-field "year" entry)))))
 595
 596       (if (string= rpl "")
 597           (setq b (match-beginning 2) e (match-end 2))
 598         (setq b (match-beginning 3) e (match-end 3)))
 599       (setq format (concat (substring format 0 b) rpl (substring format e)))))
 600   (while (string-match "%%" format)
 601     (setq format (replace-match "%" t t format)))
 602   (while (string-match "[ ,.;:]*%<" format)
 603     (setq format (replace-match "" t t format)))
 604   ;; also replace carriage returns, tabs, and multiple whitespaces
 605   (setq format (replace-regexp-in-string "\n\\|\t\\|\s+" " " format))
 606   format)
 607
 608 (defun org-ref-get-bibtex-entry-citation (key)
 609   "returns a string for the bibliography entry corresponding to key, and formatted according to the type in `org-ref-bibliography-entry-format'"
 610
 611   (let ((org-ref-bibliography-files (org-ref-find-bibliography))
 612         (file) (entry) (bibtex-entry) (entry-type) (format))
 613
 614     (setq file (catch 'result
 615                  (loop for file in org-ref-bibliography-files do
 616                        (if (org-ref-key-in-file-p key (file-truename file))
 617                            (throw 'result file)
 618                          (message "%s not found in %s" key (file-truename file))))))
 619
 620     (with-temp-buffer
 621       (insert-file-contents file)
 622       (bibtex-search-entry key nil 0)
 623       (setq bibtex-entry (bibtex-parse-entry))
 624       (setq entry-type (downcase (cdr (assoc "=type=" bibtex-entry))))
 625       (setq format (cdr (assoc entry-type org-ref-bibliography-entry-format)))
 626       (if format
 627           (setq entry  (org-ref-reftex-format-citation bibtex-entry format))
 628         (save-restriction
 629           (bibtex-narrow-to-entry)
 630           (setq entry (buffer-string)))))
 631     entry))
 632 #+END_SRC
 633
 634 #+RESULTS:
 635 : org-ref-reftex-format-citation
 636
 637 Here is how to use the function. You call it with point in an entry in a bibtex file.
 638
 639 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
 640 (let((org-ref-bibliography-entry-format   "%a, %t, <i>%j</i>, <b>%v(%n)</b>, %p (%y). <a href=\"%U\">link</a>. <a href=\"http://dx.doi.org/%D\">doi</a>."))
 641   (org-ref-get-bibtex-entry-citation  "armiento-2014-high"))
 642 #+END_SRC
 643 #+RESULTS:
 644 : Armiento, Kozinsky, Hautier, , Fornari \& Ceder, High-throughput screening of perovskite alloys for  piezoelectric performance and thermodynamic  stability, <i>Phys. Rev. B</i>, <b>89()</b>, 134103 (2014). <a href="http://link.aps.org/doi/10.1103/PhysRevB.89.134103">link</a>. <a href="http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevB.89.134103">doi</a>.
 645
 646 I am not sure why full author names are not used.
 647
 648 This code provides some functions to generate a simple sorted bibliography in html. First we get all the keys in the buffer.
 649
 650 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 651 (defun org-ref-get-bibtex-keys ()
 652   "Return a list of unique keys in the buffer."
 653   (let ((keys '()))
 654     (org-element-map (org-element-parse-buffer) 'link
 655       (lambda (link)
 656         (let ((plist (nth 1 link)))
 657           (when (-contains? org-ref-cite-types (plist-get plist ':type))
 658             (dolist
 659                 (key
 660                  (org-ref-split-and-strip-string (plist-get plist ':path)))
 661               (when (not (-contains? keys key))
 662                 (setq keys (append keys (list key))))))))
 663       ;; set with-affiliated to get keys in captions
 664       nil nil nil t)
 665     ;; Sort keys alphabetically
 666     (setq keys (cl-sort keys 'string-lessp :key 'downcase))
 667     keys))
 668 #+END_SRC
 669
 670 This function gets the html for one entry.
 671
 672 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 673 (defun org-ref-get-bibtex-entry-html (key)
 674   "returns an html string for the bibliography entry corresponding to key"
 675
 676   (format "<li><a id=\"%s\">[%s] %s</a></li>" key key (org-ref-get-bibtex-entry-citation key)))
 677 #+END_SRC
 678
 679 Now, we map over the whole list of keys, and the whole bibliography, formatted as an unordered list.
 680
 681 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 682 (defun org-ref-get-html-bibliography ()
 683   "Create an html bibliography when there are keys"
 684   (let ((keys (org-ref-get-bibtex-keys)))
 685     (when keys
 686       (concat "<h1>Bibliography</h1>
 687 <ul>"
 688               (mapconcat (lambda (x) (org-ref-get-bibtex-entry-html x)) keys "\n")
 689               "\n</ul>"))))
 690 #+END_SRC
 691
 692 I do not have plans to make a numbered bibliography with numbered citations anytime soon. This will require changing the way the citation links are exported, and keeping track of the numbers.
 693
 694 *** An org bibliography
 695 You can export an org-file to an org-file or org-buffer (org-org-epxort-as-org). In this case, it would be useful convert the cite links to links to custom_ids, and the bibliography link to a first-level heading Bibliography with org-bibtex like headings for each entry. This code should enable this. Right now, it does not appear to work for org export though.
 696
 697 First, we get the string for a single entry.
 698 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 699 (defun org-ref-get-bibtex-entry-org (key)
 700   "returns an org string for the bibliography entry corresponding to key"
 701   (let ((org-ref-bibliography-files (org-ref-find-bibliography))
 702         (file) (entry) (bibtex-entry) (entry-type) (format))
 703
 704     (setq file (catch 'result
 705                  (loop for file in org-ref-bibliography-files do
 706                        (if (org-ref-key-in-file-p key (file-truename file))
 707                            (throw 'result file)
 708                          (message "%s not found in %s" key (file-truename file))))))
 709
 710     (with-temp-buffer
 711       (insert-file-contents file)
 712       (bibtex-search-entry key nil 0)
 713       (setq entry (bibtex-parse-entry))
 714       (format "** %s - %s
 715   :PROPERTIES:
 716   %s
 717   :END:
 718 " (org-ref-reftex-get-bib-field "author" entry)
 719 (org-ref-reftex-get-bib-field "title" entry)
 720 (concat "   :CUSTOM_ID: " (org-ref-reftex-get-bib-field "=key=" entry) "\n"
 721         (mapconcat (lambda (element) (format "   :%s: %s"
 722                                              (upcase (car element))
 723                                              (cdr element)))
 724                    entry
 725                    "\n"))))))
 726 #+END_SRC
 727
 728 Now, we loop over the keys, and combine all the entries into a bibliography.
 729 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 730 (defun org-ref-get-org-bibliography ()
 731   "Create an org bibliography when there are keys"
 732   (let ((keys (org-ref-get-bibtex-keys)))
 733     (when keys
 734       (concat "* Bibliography
 735 "
 736               (mapconcat (lambda (x) (org-ref-get-bibtex-entry-org x)) keys "\n")
 737               "\n"))))
 738 #+END_SRC
 739
 740 *** An ascii bibliography
 741
 742 This function gets the html for one entry.
 743
 744 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 745 (defun org-ref-get-bibtex-entry-ascii (key)
 746   "returns an ascii string for the bibliography entry corresponding to key"
 747
 748   (format "[%s] %s" key (org-ref-get-bibtex-entry-citation key)))
 749 #+END_SRC
 750
 751 Now, we map over the whole list of keys, and the whole bibliography, formatted as an unordered list.
 752
 753 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 754 (defun org-ref-get-ascii-bibliography ()
 755   "Create an html bibliography when there are keys"
 756   (let ((keys (org-ref-get-bibtex-keys)))
 757     (when keys
 758       (concat
 759 "Bibliography
 760 =============
 761 "
 762               (mapconcat (lambda (x) (org-ref-get-bibtex-entry-ascii x)) keys "\n")
 763               "\n"))))
 764 #+END_SRC
 765
 766
 767 *** the links
 768 We use a link for the bibliography so that we can click on it to open the bibliography file. The link may have more than one bibliography file in it, separated by commas. Clicking opens the file under the cursor. The bibliographies should be full filenames with the bib extension. Clicking on this link makes reftex-default-bibliography local and sets it to the list of files in the link. We need this to use reftex's searching capability.
 769
 770 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 771 (org-add-link-type "bibliography"
 772                    ;; this code is run on clicking. The bibliography
 773                    ;; may contain multiple files. this code finds the
 774                    ;; one you clicked on and opens it.
 775                    (lambda (link-string)
 776                        ;; get link-string boundaries
 777                        ;; we have to go to the beginning of the line, and then search forward
 778
 779                      (let* ((bibfile)
 780                             ;; object is the link you clicked on
 781                             (object (org-element-context))
 782                             (link-string-beginning)
 783                             (link-string-end))
 784
 785                      (save-excursion
 786                        (goto-char (org-element-property :begin object))
 787                        (search-forward link-string nil nil 1)
 788                        (setq link-string-beginning (match-beginning 0))
 789                        (setq link-string-end (match-end 0)))
 790
 791                        ;; We set the reftex-default-bibliography
 792                        ;; here. it should be a local variable only in
 793                        ;; the current buffer. We need this for using
 794                        ;; reftex to do citations.
 795                        (set (make-local-variable 'reftex-default-bibliography)
 796                             (split-string (org-element-property :path object) ","))
 797
 798                        ;; now if we have comma separated bibliographies
 799                        ;; we find the one clicked on. we want to
 800                        ;; search forward to next comma from point
 801                        (save-excursion
 802                          (if (search-forward "," link-string-end 1 1)
 803                              (setq key-end (- (match-end 0) 1)) ; we found a match
 804                            (setq key-end (point)))) ; no comma found so take the point
 805                        ;; and backward to previous comma from point
 806                        (save-excursion
 807                          (if (search-backward "," link-string-beginning 1 1)
 808                              (setq key-beginning (+ (match-beginning 0) 1)) ; we found a match
 809                            (setq key-beginning (point)))) ; no match found
 810                        ;; save the key we clicked on.
 811                        (setq bibfile (org-ref-strip-string (buffer-substring key-beginning key-end)))
 812                        (find-file bibfile))) ; open file on click
 813
 814                      ;; formatting code
 815                    (lambda (keyword desc format)
 816                      (cond
 817                       ((eq format 'org) (org-ref-get-org-bibliography))
 818                       ((eq format 'ascii) (org-ref-get-ascii-bibliography))
 819                       ((eq format 'html) (org-ref-get-html-bibliography))
 820                       ((eq format 'latex)
 821                        ;; write out the latex bibliography command
 822                        (format "\\bibliography{%s}" (replace-regexp-in-string  "\\.bib" "" (mapconcat 'identity
 823                                                                                                       (mapcar 'expand-file-name
 824                                                                                                               (split-string keyword ","))
 825                                                                                                       ",")))))))
 826
 827 #+END_SRC
 828
 829 Believe it or not, sometimes it makes sense /not/ to include the bibliography in a document (e.g. when you are required to submit references as a separate file). To generate the references,  in another file, you must make a little tex file with these contents, and then compile it.
 830
 831 #+BEGIN_LaTeX
 832   \input{project-description.bbl}
 833 #+END_LaTeX
 834
 835 Here, we make a =nobibliography= link that acts like the bibliography, enables creation of the bbl file, but does not put an actual bibliography in the file.
 836
 837 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 838 (org-add-link-type "nobibliography"
 839                    ;; this code is run on clicking. The bibliography
 840                    ;; may contain multiple files. this code finds the
 841                    ;; one you clicked on and opens it.
 842                    (lambda (link-string)
 843                        ;; get link-string boundaries
 844                        ;; we have to go to the beginning of the line, and then search forward
 845
 846                      (let* ((bibfile)
 847                             ;; object is the link you clicked on
 848                             (object (org-element-context))
 849
 850                             (link-string-beginning)
 851                             (link-string-end))
 852
 853                      (save-excursion
 854                        (goto-char (org-element-property :begin object))
 855                        (search-forward link-string nil nil 1)
 856                        (setq link-string-beginning (match-beginning 0))
 857                        (setq link-string-end (match-end 0)))
 858
 859                        ;; We set the reftex-default-bibliography
 860                        ;; here. it should be a local variable only in
 861                        ;; the current buffer. We need this for using
 862                        ;; reftex to do citations.
 863                        (set (make-local-variable 'reftex-default-bibliography)
 864                             (split-string (org-element-property :path object) ","))
 865
 866                        ;; now if we have comma separated bibliographies
 867                        ;; we find the one clicked on. we want to
 868                        ;; search forward to next comma from point
 869                        (save-excursion
 870                          (if (search-forward "," link-string-end 1 1)
 871                              (setq key-end (- (match-end 0) 1)) ; we found a match
 872                            (setq key-end (point)))) ; no comma found so take the point
 873                        ;; and backward to previous comma from point
 874                        (save-excursion
 875                          (if (search-backward "," link-string-beginning 1 1)
 876                              (setq key-beginning (+ (match-beginning 0) 1)) ; we found a match
 877                            (setq key-beginning (point)))) ; no match found
 878                        ;; save the key we clicked on.
 879                        (setq bibfile (org-ref-strip-string (buffer-substring key-beginning key-end)))
 880                        (find-file bibfile))) ; open file on click
 881
 882                      ;; formatting code
 883                    (lambda (keyword desc format)
 884                      (cond
 885                       ((eq format 'org) (org-ref-get-org-bibliography))
 886                       ((eq format 'ascii) (org-ref-get-ascii-bibliography))
 887                       ((eq format 'html) (org-ref-get-html-bibliography))
 888                       ((eq format 'latex)
 889                        ;; write out the latex bibliography command
 890
 891 ;                      (format "{\\setbox0\\vbox{\\bibliography{%s}}}"
 892 ;                              (replace-regexp-in-string  "\\.bib" "" (mapconcat 'identity
 893 ;                                                                                (mapcar 'expand-file-name
 894 ;                                                                                        (split-string keyword ","))
 895 ;                                                                                ",")))
 896
 897                        (format "\\nobibliography{%s}"
 898                                (replace-regexp-in-string  "\\.bib" "" (mapconcat 'identity
 899                                                                                  (mapcar 'expand-file-name
 900                                                                                          (split-string keyword ","))
 901                                                                                  ",")))
 902
 903                        ))))
 904 #+END_SRC
 905
 906 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 907 (org-add-link-type "printbibliography"
 908                    (lambda (arg) (message "Nothing implemented for clicking here."))
 909                    (lambda (keyword desc format)
 910                      (cond
 911                       ((eq format 'org) (org-ref-get-org-bibliography))
 912                       ((eq format 'html) (org-ref-get-html-bibliography))
 913                       ((eq format 'latex)
 914                        ;; write out the biblatex bibliography command
 915                        "\\printbibliography"))
 916 ))
 917 #+END_SRC
 918
 919 We also create a bibliographystyle link. There is nothing to do on clicking here, and we create it for consistency. This sets the style for latex export, so use something appropriate there, e.g. unsrt, plain, plainnat, ...
 920
 921 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 922 (org-add-link-type "bibliographystyle"
 923                    (lambda (arg) (message "Nothing implemented for clicking here."))
 924                    (lambda (keyword desc format)
 925                      (cond
 926                       ((eq format 'latex)
 927                        ;; write out the latex bibliography command
 928                        (format "\\bibliographystyle{%s}" keyword)))))
 929 #+END_SRC
 930
 931 *** Completion for bibliography link
 932 It would be nice
 933
 934 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 935 (defun org-bibliography-complete-link (&optional arg)
 936  (format "bibliography:%s" (read-file-name "enter file: " nil nil t)))
 937
 938 (defun org-ref-insert-bibliography-link ()
 939   "insert a bibliography with completion"
 940   (interactive)
 941   (insert (org-bibliography-complete-link)))
 942 #+END_SRC
 943
 944 ** addbibresource
 945 This is apparently used for biblatex.
 946 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
 947 (org-add-link-type "addbibresource"
 948                    ;; this code is run on clicking. The addbibresource
 949                    ;; may contain multiple files. this code finds the
 950                    ;; one you clicked on and opens it.
 951                    (lambda (link-string)
 952                        ;; get link-string boundaries
 953                        ;; we have to go to the beginning of the line, and then search forward
 954
 955                      (let* ((bibfile)
 956                             ;; object is the link you clicked on
 957                             (object (org-element-context))
 958
 959                             (link-string-beginning)
 960                             (link-string-end))
 961
 962                      (save-excursion
 963                        (goto-char (org-element-property :begin object))
 964                        (search-forward link-string nil nil 1)
 965                        (setq link-string-beginning (match-beginning 0))
 966                        (setq link-string-end (match-end 0)))
 967
 968                        ;; We set the reftex-default-addbibresource
 969                        ;; here. it should be a local variable only in
 970                        ;; the current buffer. We need this for using
 971                        ;; reftex to do citations.
 972                        (set (make-local-variable 'reftex-default-addbibresource)
 973                             (split-string (org-element-property :path object) ","))
 974
 975                        ;; now if we have comma separated bibliographies
 976                        ;; we find the one clicked on. we want to
 977                        ;; search forward to next comma from point
 978                        (save-excursion
 979                          (if (search-forward "," link-string-end 1 1)
 980                              (setq key-end (- (match-end 0) 1)) ; we found a match
 981                            (setq key-end (point)))) ; no comma found so take the point
 982                        ;; and backward to previous comma from point
 983                        (save-excursion
 984                          (if (search-backward "," link-string-beginning 1 1)
 985                              (setq key-beginning (+ (match-beginning 0) 1)) ; we found a match
 986                            (setq key-beginning (point)))) ; no match found
 987                        ;; save the key we clicked on.
 988                        (setq bibfile (org-ref-strip-string (buffer-substring key-beginning key-end)))
 989                        (find-file bibfile))) ; open file on click
 990
 991                      ;; formatting code
 992                    (lambda (keyword desc format)
 993                      (cond
 994                       ((eq format 'html) (format "")); no output for html
 995                       ((eq format 'latex)
 996                          ;; write out the latex addbibresource command
 997                        (format "\\addbibresource{%s}" keyword)))))
 998 #+END_SRC
 999
1000 ** List of Figures
1001
1002 In long documents, a list of figures is not uncommon. Here we create a clickable link that generates a temporary buffer containing a list of figures in the document, and their captions. We make a function that can be called interactively, and define a link type that is rendered in LaTeX to create the list of figures.
1003
1004 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
1005 (defun org-ref-list-of-figures (&optional arg)
1006   "Generate buffer with list of figures in them"
1007   (interactive)
1008   (save-excursion (widen)
1009   (let* ((c-b (buffer-name))
1010          (counter 0)
1011          (list-of-figures
1012           (org-element-map (org-element-parse-buffer) 'link
1013             (lambda (link)
1014               "create a link for to the figure"
1015               (when
1016                   (and (string= (org-element-property :type link) "file")
1017                        (string-match-p
1018                         "[^.]*\\.\\(png\\|jpg\\|eps\\|pdf\\)$"
1019                         (org-element-property :path link)))
1020                 (incf counter)
1021
1022                 (let* ((start (org-element-property :begin link))
1023                        (parent (car (cdr (org-element-property :parent link))))
1024                        (caption (caaar (plist-get parent :caption)))
1025                        (name (plist-get parent :name)))
1026                   (if caption
1027                       (format
1028                        "[[elisp:(progn (switch-to-buffer \"%s\")(widen)(goto-char %s))][figure %s: %s]] %s\n"
1029                        c-b start counter (or name "") caption)
1030                     (format
1031                      "[[elisp:(progn (switch-to-buffer \"%s\")(widen)(goto-char %s))][figure %s: %s]]\n"
1032                      c-b start counter (or name "")))))))))
1033     (switch-to-buffer "*List of Figures*")
1034     (setq buffer-read-only nil)
1035     (org-mode)
1036     (erase-buffer)
1037     (insert (mapconcat 'identity list-of-figures ""))
1038     (setq buffer-read-only t)
1039     (use-local-map (copy-keymap org-mode-map))
1040     (local-set-key "q" #'(lambda () (interactive) (kill-buffer))))))
1041
1042 (org-add-link-type
1043  "list-of-figures"
1044  'org-ref-list-of-figures ; on click
1045  (lambda (keyword desc format)
1046    (cond
1047     ((eq format 'latex)
1048      (format "\\listoffigures")))))
1049 #+END_SRC
1050
1051 ** List of Tables
1052
1053 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
1054 (defun org-ref-list-of-tables (&optional arg)
1055   "Generate a buffer with a list of tables"
1056   (interactive)
1057   (save-excursion
1058   (widen)
1059   (let* ((c-b (buffer-name))
1060          (counter 0)
1061          (list-of-tables
1062           (org-element-map (org-element-parse-buffer 'element) 'table
1063             (lambda (table)
1064               "create a link for to the table"
1065               (incf counter)
1066               (let ((start (org-element-property :begin table))
1067                     (name  (org-element-property :name table))
1068                     (caption (caaar (org-element-property :caption table))))
1069                 (if caption
1070                     (format
1071                      "[[elisp:(progn (switch-to-buffer \"%s\")(widen)(goto-char %s))][table %s: %s]] %s\n"
1072                      c-b start counter (or name "") caption)
1073                   (format
1074                    "[[elisp:(progn (switch-to-buffer \"%s\")(widen)(goto-char %s))][table %s: %s]]\n"
1075                    c-b start counter (or name ""))))))))
1076     (switch-to-buffer "*List of Tables*")
1077     (setq buffer-read-only nil)
1078     (org-mode)
1079     (erase-buffer)
1080     (insert (mapconcat 'identity list-of-tables ""))
1081     (setq buffer-read-only t)
1082     (use-local-map (copy-keymap org-mode-map))
1083     (local-set-key "q" #'(lambda () (interactive) (kill-buffer))))))
1084
1085 (org-add-link-type
1086  "list-of-tables"
1087  'org-ref-list-of-tables
1088  (lambda (keyword desc format)
1089    (cond
1090     ((eq format 'latex)
1091      (format "\\listoftables")))))
1092 #+END_SRC
1093 ** label
1094
1095 The label link provides a way to create labels in org-mode. We make it clickable because we want to make sure labels are unique. This code will tell you how many instances of a label are found.  We search for label links, LaTeX labels, and org-mode format for labels, tblnames too.
1096
1097 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
1098 (defun org-ref-count-labels (label)
1099   "Counts number of matches for label in the document"
1100   (+ (count-matches (format "label:%s\\b[^-:]" label) (point-min) (point-max))
1101      ;; for tblname, it is not enough to get word boundary
1102      ;; tab-little and tab-little-2 match then.
1103      (count-matches (format "^#\\+tblname:\\s-*%s\\b[^-:]" label) (point-min) (point-max))
1104      (count-matches (format "\\label{%s}" label) (point-min) (point-max))
1105      ;; this is the org-format #+label:
1106      (count-matches (format "^#\\+label:\\s-*%s\\b[^-:]" label) (point-min) (point-max))
1107      (let ((custom-id-count 0))
1108        (org-map-entries
1109         (lambda ()
1110           (when (string= label (org-entry-get (point) "CUSTOM_ID"))
1111             (setq custom-id-count (+ 1 custom-id-count)))))
1112        custom-id-count)))
1113
1114 (org-add-link-type
1115  "label"
1116  (lambda (label)
1117    "on clicking count the number of label tags used in the buffer. A number greater than one means multiple labels!"
1118    (let ((count (org-ref-count-labels label)))
1119    (message (format "%s occurence%s"
1120                     count
1121                     (if (or (= count 0)
1122                               (> count 1))
1123                         "s"
1124                       ""))
1125                     (org-ref-count-labels label))))
1126  (lambda (keyword desc format)
1127    (cond
1128     ((eq format 'html) (format "(<label>%s</label>)" path))
1129     ((eq format 'latex)
1130      (format "\\label{%s}" keyword)))))
1131 #+END_SRC
1132
1133 We want to store links on labels, so you can put the cursor on the label, press C-c l, and later use C-c C-l to insert a link to the label. We also want to store links to tables with a table name, and for sections with CUSTOM_ID.
1134
1135 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
1136 (defun org-label-store-link ()
1137   "store a link to a label. The output will be a ref to that label"
1138   ;; First we have to make sure we are on a label link.
1139   (let* ((object (org-element-context)))
1140     (when (and (equal (org-element-type object) 'link)
1141                (equal (org-element-property :type object) "label"))
1142       (org-store-link-props
1143        :type "ref"
1144        :link (concat "ref:" (org-element-property :path object))))
1145
1146     ;; Store link on table
1147     (when (equal (org-element-type object) 'table)
1148       (org-store-link-props
1149        :type "ref"
1150        :link (concat "ref:" (org-element-property :name object))))
1151
1152 ;; it turns out this does not work. you can already store a link to a heading with a CUSTOM_ID
1153     ;; store link on heading with custom_id
1154 ;    (when (and (equal (org-element-type object) 'headline)
1155 ;              (org-entry-get (point) "CUSTOM_ID"))
1156 ;      (org-store-link-props
1157 ;       :type "ref"
1158 ;       :link (concat "ref:" (org-entry-get (point) "CUSTOM_ID"))))
1159
1160     ;; and to #+label: lines
1161     (when (and (equal (org-element-type object) 'paragraph)
1162                (org-element-property :name object))
1163       (org-store-link-props
1164        :type "ref"
1165        :link (concat "ref:" (org-element-property :name object))))
1166 ))
1167
1168 (add-hook 'org-store-link-functions 'org-label-store-link)
1169 #+END_SRC
1170 ** ref
1171
1172 The ref link allows you make links to labels. Clicking on the link takes you to the label, and provides a mark to go back to.
1173
1174 At the moment, ref links are not usable for section links. You need [[#CUSTOM_ID]] type links.
1175
1176 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
1177 (org-add-link-type
1178  "ref"
1179  (lambda (label)
1180    "on clicking goto the label. Navigate back with C-c &"
1181    (org-mark-ring-push)
1182    ;; next search from beginning of the buffer
1183
1184    ;; it is possible you would not find the label if narrowing is in effect
1185    (widen)
1186
1187    (unless
1188        (or
1189         ;; our label links
1190         (progn
1191           (goto-char (point-min))
1192           (re-search-forward (format "label:%s\\b" label) nil t))
1193
1194         ;; a latex label
1195         (progn
1196           (goto-char (point-min))
1197           (re-search-forward (format "\\label{%s}" label) nil t))
1198
1199         ;; #+label: name  org-definition
1200         (progn
1201           (goto-char (point-min))
1202           (re-search-forward (format "^#\\+label:\\s-*\\(%s\\)\\b" label) nil t))
1203
1204         ;; org tblname
1205         (progn
1206           (goto-char (point-min))
1207           (re-search-forward (format "^#\\+tblname:\\s-*\\(%s\\)\\b" label) nil t))
1208
1209 ;; Commented out because these ref links do not actually translate correctly in LaTeX.
1210 ;; you need [[#label]] links.
1211         ;; CUSTOM_ID
1212 ;       (progn
1213 ;         (goto-char (point-min))
1214 ;         (re-search-forward (format ":CUSTOM_ID:\s-*\\(%s\\)" label) nil t))
1215         )
1216      ;; we did not find anything, so go back to where we came
1217      (org-mark-ring-goto)
1218      (error "%s not found" label))
1219    (org-show-entry)
1220    (message "go back with (org-mark-ring-goto) `C-c &`"))
1221  ;formatting
1222  (lambda (keyword desc format)
1223    (cond
1224     ((eq format 'html) (format "(<ref>%s</ref>)" path))
1225     ((eq format 'latex)
1226      (format "\\ref{%s}" keyword)))))
1227 #+END_SRC
1228
1229 It would be nice to use completion to enter a ref link, where a list of labels is provided. The following code searches the buffer for org and latex labels, custom_ids, and table names as potential items to make a ref link to.
1230
1231 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
1232 (defun org-ref-get-org-labels ()
1233  "Return a list of #+LABEL: labels."
1234   (save-excursion
1235     (goto-char (point-min))
1236     (let ((matches '()))
1237       (while (re-search-forward "^#\\+label:\\s-+\\(.*\\)\\b" (point-max) t)
1238         (add-to-list 'matches (match-string-no-properties 1) t))
1239 matches)))
1240 #+END_SRC
1241
1242 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
1243 (defun org-ref-get-custom-ids ()
1244  "Return a list of custom_id properties in the buffer."
1245  (let ((results '()) custom_id)
1246    (org-map-entries
1247     (lambda ()
1248       (let ((custom_id (org-entry-get (point) "CUSTOM_ID")))
1249         (when (not (null custom_id))
1250           (setq results (append results (list custom_id)))))))
1251 results))
1252 #+END_SRC
1253
1254 Here we get a list of the labels defined as raw latex labels, e.g. \label{eqtre}.
1255 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
1256 (defun org-ref-get-latex-labels ()
1257   (save-excursion
1258     (goto-char (point-min))
1259     (let ((matches '()))
1260       (while (re-search-forward "\\\\label{\\([a-zA-z0-9:-]*\\)}" (point-max) t)
1261         (add-to-list 'matches (match-string-no-properties 1) t))
1262 matches)))
1263 #+END_SRC
1264
1265 Finally, we get the table names.
1266
1267 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
1268 (defun org-ref-get-tblnames ()
1269   "Return list of table names in the buffer."
1270   (org-element-map (org-element-parse-buffer 'element) 'table
1271     (lambda (table)
1272       (org-element-property :name table))))
1273 #+END_SRC
1274
1275 Now, we can put all the labels together which will give us a list of candidates.
1276
1277 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
1278 (defun org-ref-get-labels ()
1279   "Returns a list of labels in the buffer that you can make a ref link to.
1280 This is used to auto-complete ref links and in helm menus."
1281   (save-excursion
1282     (save-restriction
1283       (widen)
1284       (goto-char (point-min))
1285       (let ((matches '()))
1286         ;; these are the label:stuff  kinds
1287         (while (re-search-forward "[^#+]label:\\([a-zA-z0-9:-]*\\)" (point-max) t)
1288           (add-to-list 'matches (match-string-no-properties 1) t))
1289         (append matches
1290                 (org-ref-get-org-labels)
1291                 (org-ref-get-latex-labels)
1292                 (org-ref-get-tblnames)
1293                 (org-ref-get-custom-ids))))))
1294 #+END_SRC
1295
1296 Let us make a helm function to insert a label link. This will help you enter unique labels by showing matching labels until they are all gone and you are left with a unique one. If you are on a link, it means you want to replace it.
1297 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
1298 (defun org-ref-helm-insert-label-link ()
1299   "Insert a label link. helm just shows you what labels already exist.
1300 If you are on a label link, replace it."
1301   (interactive)
1302   (let* ((labels (org-ref-get-labels))
1303          (cb (current-buffer)))
1304     (helm :sources `(((name . "Existing labels")
1305                       (candidates . ,labels)
1306                       ;; default action is to open to the label
1307                       (action . (lambda (label)
1308                                   ;; unfortunately I do not have markers here
1309                                   (org-open-link-from-string (format "ref:%s" label))))
1310                       ;; if you select a label, replace current one
1311                       (action . (lambda (label)
1312                                   (switch-to-buffer ,cb)
1313                                   (cond
1314                                    ;;  no prefix or on a link
1315                                    ((equal helm-current-prefix-arg nil)
1316                                     (let* ((object (org-element-context))
1317                                            (last-char (save-excursion
1318                                                         (goto-char (org-element-property :end object))
1319                                                         (backward-char)
1320                                                         (if (looking-at " ")
1321                                                             " "
1322                                                           ""))))
1323                                       (when (-contains? '("label")
1324                                                         (org-element-property :type object))
1325                                           ;; we are on a link, so replace it.
1326                                         (setf
1327                                            (buffer-substring
1328                                             (org-element-property :begin object)
1329                                             (org-element-property :end object))
1330                                            (concat
1331                                             (replace-regexp-in-string
1332                                              (org-element-property :path object)
1333                                              label
1334                                              (org-element-property :raw-link object))
1335                                             last-char)))))
1336                                    ;; no prefix options defined
1337                                    ))))
1338                      ;; no matching selection creates a new label
1339                      ((name . "Create new label")
1340                       (dummy)
1341                       ;; default action creates a new label, or replaces old one
1342                       (action .  (lambda (label)
1343                                    (switch-to-buffer ,cb)
1344                                    (let* ((object (org-element-context))
1345                                           (last-char (save-excursion
1346                                                        (goto-char (org-element-property :end object))
1347                                                        (backward-char)
1348                                                        (if (looking-at " ")
1349                                                            " "
1350                                                          ""))))
1351                                      (if (-contains? '("label")
1352                                                      (org-element-property :type object))
1353                                          ;; we are on a link, so replace it.
1354                                          (setf
1355                                           (buffer-substring
1356                                            (org-element-property :begin object)
1357                                            (org-element-property :end object))
1358                                           (concat
1359                                            (replace-regexp-in-string
1360                                             (org-element-property :path object)
1361                                             helm-pattern
1362                                             (org-element-property :raw-link object))
1363                                            last-char))
1364                                        ;; new link
1365                                        (insert
1366                                         (concat
1367                                          "label:"
1368                                          (or label
1369                                              helm-pattern))))))))))))
1370 #+END_SRC
1371
1372 Now we create a completion function. This works from the org-machinery, e.g. if you type C-c C-l to insert a link, and use completion by pressing tab.
1373
1374 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
1375 (defun org-ref-complete-link (&optional arg)
1376   "Completion function for ref links"
1377   (let ((label))
1378     (setq label (completing-read "label: " (org-ref-get-labels)))
1379     (format "ref:%s" label)))
1380 #+END_SRC
1381
1382 Alternatively, you may want to just call a function that inserts a link with completion:
1383
1384 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
1385 (defun org-ref-insert-ref-link ()
1386  (interactive)
1387  (insert (org-ref-complete-link)))
1388 #+END_SRC
1389
1390 Another alternative ref insertion is to use helm.
1391
1392 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
1393 (defun org-ref-helm-insert-ref-link ()
1394   "Helm menu to insert ref links to labels in the document.
1395 If you are on link, replace with newly selected label.
1396 Use C-u to insert a different kind of ref link.
1397 Use C-u C-u to insert a [[#custom-id]] link
1398 "
1399   (interactive)
1400   (let* ((labels (org-ref-get-labels))
1401          (bs (buffer-string))
1402          (contexts (with-temp-buffer
1403                      (insert bs)
1404                      (mapcar 'org-ref-get-label-context labels)))
1405          (cb (current-buffer)))
1406
1407     (helm :input (thing-at-point 'word)
1408           :sources `(((name . "Available labels to ref")
1409                       (candidates . ,(loop for label in labels
1410                                            for context in contexts
1411                                            ;; we do some kludgy adding spaces
1412                                            ;; and bars to make it "easier" to
1413                                            ;; see in helm.
1414                                            collect (cons (concat
1415                                                           label "\n"
1416                                                           (mapconcat
1417                                                            (lambda (x)
1418                                                              (concat "   |" x))
1419                                                            (split-string context "\n")
1420                                                            "\n"
1421                                                            ) "\n\n") label)))
1422                       ;; default action to replace or insert ref link.
1423                       (action . (lambda (label)
1424                                   (switch-to-buffer ,cb)
1425
1426                                   (cond
1427                                    ;;  no prefix or on a link
1428                                    ((equal helm-current-prefix-arg nil)
1429                                     (let* ((object (org-element-context))
1430                                            (last-char (save-excursion
1431                                                         (goto-char (org-element-property :end object))
1432                                                         (backward-char)
1433                                                         (if (looking-at " ")
1434                                                             " "
1435                                                           ""))))
1436                                       (if (-contains? '("ref" "eqref" "pageref" "nameref")
1437                                                       (org-element-property :type object))
1438                                           ;; we are on a link, so replace it.
1439                                           (setf
1440                                            (buffer-substring
1441                                             (org-element-property :begin object)
1442                                             (org-element-property :end object))
1443                                            (concat
1444                                             (replace-regexp-in-string
1445                                              (org-element-property :path object)
1446                                              label
1447                                              (org-element-property :raw-link object))
1448                                             last-char))
1449                                         ;; insert a new link
1450                                         (insert
1451                                          (concat
1452                                           "ref:" label))
1453                                         )))
1454                                    ;; one prefix, alternate ref link
1455                                    ((equal helm-current-prefix-arg '(4))
1456                                     (insert
1457                                      (concat
1458                                       (helm :sources '((name . "Ref link types")
1459                                                        (candidates . ("ref" "eqref" "pageref" "nameref"))
1460                                                        (action . (lambda (x) x))))
1461                                       ":" label)))
1462                                    ;; two prefixes, insert section custom-id link
1463                                    ((equal helm-current-prefix-arg '(16))
1464                                     (insert
1465                                      (format "[[#%s]]" label)))
1466                                    ))
1467                               ))))))
1468 #+END_SRC
1469
1470 #+RESULTS:
1471 : org-ref-helm-insert-ref-link
1472
1473 ** pageref
1474
1475 This refers to the page of a label in LaTeX.
1476
1477 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
1478 (org-add-link-type
1479  "pageref"
1480  (lambda (label)
1481    "on clicking goto the label. Navigate back with C-c &"
1482    (org-mark-ring-push)
1483    ;; next search from beginning of the buffer
1484    (widen)
1485    (unless
1486        (or
1487         ;; our label links
1488         (progn
1489           (goto-char (point-min))
1490           (re-search-forward (format "label:%s\\b" label) nil t))
1491
1492         ;; a latex label
1493         (progn
1494           (goto-char (point-min))
1495           (re-search-forward (format "\\label{%s}" label) nil t))
1496
1497         ;; #+label: name  org-definition
1498         (progn
1499           (goto-char (point-min))
1500           (re-search-forward (format "^#\\+label:\\s-*\\(%s\\)\\b" label) nil t))
1501
1502         ;; org tblname
1503         (progn
1504           (goto-char (point-min))
1505           (re-search-forward (format "^#\\+tblname:\\s-*\\(%s\\)\\b" label) nil t))
1506
1507 ;; Commented out because these ref links do not actually translate correctly in LaTeX.
1508 ;; you need [[#label]] links.
1509         ;; CUSTOM_ID
1510 ;       (progn
1511 ;         (goto-char (point-min))
1512 ;         (re-search-forward (format ":CUSTOM_ID:\s-*\\(%s\\)" label) nil t))
1513         )
1514      ;; we did not find anything, so go back to where we came
1515      (org-mark-ring-goto)
1516      (error "%s not found" label))
1517    (message "go back with (org-mark-ring-goto) `C-c &`"))
1518  ;formatting
1519  (lambda (keyword desc format)
1520    (cond
1521     ((eq format 'html) (format "(<pageref>%s</pageref>)" path))
1522     ((eq format 'latex)
1523      (format "\\pageref{%s}" keyword)))))
1524 #+END_SRC
1525
1526 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
1527 (defun org-pageref-complete-link (&optional arg)
1528   "Completion function for ref links"
1529   (let ((label))
1530     (setq label (completing-read "label: " (org-ref-get-labels)))
1531     (format "ref:%s" label)))
1532 #+END_SRC
1533
1534 Alternatively, you may want to just call a function that inserts a link with completion:
1535
1536 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
1537 (defun org-pageref-insert-ref-link ()
1538  (interactive)
1539  (insert (org-pageref-complete-link)))
1540 #+END_SRC
1541
1542 ** nameref
1543
1544 The nameref link allows you make links to the text of a section with a label. Clicking on the link takes you to the label, and provides a mark to go back to. This only works if you put a raw latex label in the headline.
1545
1546 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
1547 (org-add-link-type
1548  "nameref"
1549  (lambda (label)
1550    "on clicking goto the label. Navigate back with C-c &"
1551    (org-mark-ring-push)
1552    ;; next search from beginning of the buffer
1553    (widen)
1554    (unless
1555        (or
1556         ;; a latex label
1557         (progn
1558           (goto-char (point-min))
1559           (re-search-forward (format "\\label{%s}" label) nil t))
1560         )
1561      ;; we did not find anything, so go back to where we came
1562      (org-mark-ring-goto)
1563      (error "%s not found" label))
1564    (message "go back with (org-mark-ring-goto) `C-c &`"))
1565  ;formatting
1566  (lambda (keyword desc format)
1567    (cond
1568     ((eq format 'html) (format "(<nameref>%s</nameref>)" path))
1569     ((eq format 'latex)
1570      (format "\\nameref{%s}" keyword)))))
1571 #+END_SRC
1572
1573 ** eqref
1574 This is just the LaTeX ref for equations. On export, the reference is enclosed in parentheses.
1575
1576 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
1577 (org-add-link-type
1578  "eqref"
1579  (lambda (label)
1580    "on clicking goto the label. Navigate back with C-c &"
1581    (org-mark-ring-push)
1582    ;; next search from beginning of the buffer
1583    (widen)
1584    (goto-char (point-min))
1585    (unless
1586        (or
1587         ;; search forward for the first match
1588         ;; our label links
1589         (re-search-forward (format "label:%s" label) nil t)
1590         ;; a latex label
1591         (re-search-forward (format "\\label{%s}" label) nil t)
1592         ;; #+label: name  org-definition
1593         (re-search-forward (format "^#\\+label:\\s-*\\(%s\\)\\b" label) nil t))
1594      (org-mark-ring-goto)
1595      (error "%s not found" label))
1596    (message "go back with (org-mark-ring-goto) `C-c &`"))
1597  ;formatting
1598  (lambda (keyword desc format)
1599    (cond
1600     ((eq format 'html) (format "(<eqref>%s</eqref>)" path))
1601     ((eq format 'latex)
1602      (format "\\eqref{%s}" keyword)))))
1603 #+END_SRC
1604
1605 ** cite
1606 This is the main reason this library exists. We want the following behavior. A cite link should be able to contain multiple bibtex keys. You should be able to click on the link, and get a brief citation of the entry for that key, and a menu of options to open the bibtex file, open a pdf if you have it, open your notes on the entry, or open a url if it exists. You should be able to insert new references onto an existing cite link, or create new ones easily. The following code implements these features.
1607
1608 *** Implementing the click actions of cite
1609
1610 **** Getting the key we clicked on
1611 The first thing we need is to get the bibtex key we clicked on.
1612
1613 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
1614 (defun org-ref-get-bibtex-key-under-cursor ()
1615   "returns key under the bibtex cursor. We search forward from
1616 point to get a comma, or the end of the link, and then backwards
1617 to get a comma, or the beginning of the link. that delimits the
1618 keyword we clicked on. We also strip the text properties."
1619   (interactive)
1620   (let* ((object (org-element-context))
1621          (link-string (org-element-property :path object)))
1622     ;; you may click on the part before the citations. here we make
1623     ;; sure to move to the beginning so you get the first citation.
1624     (let ((cp (point)))
1625       (goto-char (org-element-property :begin object))
1626       (search-forward link-string (org-element-property :end object))
1627       (goto-char (match-beginning 0))
1628       ;; check if we clicked before the path and move as needed.
1629       (unless (< cp (point))
1630         (goto-char cp)))
1631
1632     (if (not (org-element-property :contents-begin object))
1633         ;; this means no description in the link
1634         (progn
1635           ;; we need the link path start and end
1636           (save-excursion
1637             (goto-char (org-element-property :begin object))
1638             (search-forward link-string nil nil 1)
1639             (setq link-string-beginning (match-beginning 0))
1640             (setq link-string-end (match-end 0)))
1641
1642           ;; The key is the text between commas, or the link boundaries
1643           (save-excursion
1644             (if (search-forward "," link-string-end t 1)
1645                 (setq key-end (- (match-end 0) 1)) ; we found a match
1646               (setq key-end link-string-end))) ; no comma found so take the end
1647           ;; and backward to previous comma from point which defines the start character
1648           (save-excursion
1649             (if (search-backward "," link-string-beginning 1 1)
1650                 (setq key-beginning (+ (match-beginning 0) 1)) ; we found a match
1651               (setq key-beginning link-string-beginning))) ; no match found
1652           ;; save the key we clicked on.
1653           (setq bibtex-key (org-ref-strip-string (buffer-substring key-beginning key-end)))
1654           (set-text-properties 0 (length bibtex-key) nil bibtex-key)
1655           bibtex-key)
1656       ;; link with description. assume only one key
1657       link-string)))
1658 #+END_SRC
1659
1660 We also need to find which bibliography file that key is in. For that, we need to know which bibliography files are referred to in the file. If none are specified with a bibliography link, we use the default bibliography. This function searches for a bibliography link, and then the LaTeX bibliography link. We also consider the addbibresource link which is used with biblatex.
1661
1662 **** Getting the bibliographies
1663 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
1664 (defun org-ref-find-bibliography ()
1665   "find the bibliography in the buffer.
1666 This function sets and returns cite-bibliography-files, which is a list of files
1667 either from bibliography:f1.bib,f2.bib
1668 \bibliography{f1,f2}
1669 internal bibliographies
1670
1671 falling back to what the user has set in org-ref-default-bibliography
1672 "
1673   (interactive)
1674   (catch 'result
1675     (save-excursion
1676       (goto-char (point-min))
1677       ;;  look for a bibliography link
1678       (when (re-search-forward "\\<bibliography:\\([^\]\|\n]+\\)" nil t)
1679         (setq org-ref-bibliography-files
1680               (mapcar 'org-ref-strip-string (split-string (match-string 1) ",")))
1681         (throw 'result org-ref-bibliography-files))
1682
1683
1684       ;; we did not find a bibliography link. now look for \bibliography
1685       (goto-char (point-min))
1686       (when (re-search-forward "\\\\bibliography{\\([^}]+\\)}" nil t)
1687         ;; split, and add .bib to each file
1688         (setq org-ref-bibliography-files
1689               (mapcar (lambda (x) (concat x ".bib"))
1690                       (mapcar 'org-ref-strip-string
1691                               (split-string (match-string 1) ","))))
1692         (throw 'result org-ref-bibliography-files))
1693
1694       ;; no bibliography found. maybe we need a biblatex addbibresource
1695       (goto-char (point-min))
1696       ;;  look for a bibliography link
1697       (when (re-search-forward "addbibresource:\\([^\]\|\n]+\\)" nil t)
1698         (setq org-ref-bibliography-files
1699               (mapcar 'org-ref-strip-string (split-string (match-string 1) ",")))
1700         (throw 'result org-ref-bibliography-files))
1701
1702       ;; we did not find anything. use defaults
1703       (setq org-ref-bibliography-files org-ref-default-bibliography)))
1704
1705     ;; set reftex-default-bibliography so we can search
1706     (set (make-local-variable 'reftex-default-bibliography) org-ref-bibliography-files)
1707     org-ref-bibliography-files)
1708 #+END_SRC
1709
1710 **** Finding the bibliography file a key is in
1711 Now, we can see if an entry is in a file.
1712
1713 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
1714 (defun org-ref-key-in-file-p (key filename)
1715   "determine if the key is in the file"
1716   (interactive "skey: \nsFile: ")
1717   (save-current-buffer
1718     (let ((bibtex-files (list filename)))
1719       (bibtex-search-entry key t))))
1720 #+END_SRC
1721
1722 Finally, we want to know which file the key is in.
1723
1724 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
1725 (defun org-ref-get-bibtex-key-and-file (&optional key)
1726   "returns the bibtex key and file that it is in. If no key is provided, get one under point"
1727  (interactive)
1728  (let ((org-ref-bibliography-files (org-ref-find-bibliography))
1729        (file))
1730    (unless key
1731      (setq key (org-ref-get-bibtex-key-under-cursor)))
1732    (setq file     (catch 'result
1733                     (loop for file in org-ref-bibliography-files do
1734                           (if (org-ref-key-in-file-p key (file-truename file))
1735                               (throw 'result file)))))
1736    (cons key file)))
1737 #+END_SRC
1738
1739 **** convenience functions to act on citation at point
1740      :PROPERTIES:
1741      :ID:       af0b2a82-a7c9-4c08-9dac-09f93abc4a92
1742      :END:
1743 We need some convenience functions to open act on the citation at point. These will get the pdf, open the url, or open the notes.
1744
1745 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
1746 (defun org-ref-open-pdf-at-point ()
1747   "open the pdf for bibtex key under point if it exists"
1748   (interactive)
1749   (let* ((results (org-ref-get-bibtex-key-and-file))
1750          (key (car results))
1751          (pdf-file (format (concat org-ref-pdf-directory "%s.pdf") key)))
1752     (if (file-exists-p pdf-file)
1753         (org-open-file pdf-file)
1754 (message "no pdf found for %s" key))))
1755
1756
1757 (defun org-ref-open-url-at-point ()
1758   "open the url for bibtex key under point."
1759   (interactive)
1760   (let* ((results (org-ref-get-bibtex-key-and-file))
1761          (key (car results))
1762          (bibfile (cdr results)))
1763     (save-excursion
1764       (with-temp-buffer
1765         (insert-file-contents bibfile)
1766         (bibtex-search-entry key)
1767         ;; I like this better than bibtex-url which does not always find
1768         ;; the urls
1769         (catch 'done
1770           (let ((url (bibtex-autokey-get-field "url")))
1771             (when  url
1772               (browse-url url)
1773               (throw 'done nil)))
1774
1775           (let ((doi (bibtex-autokey-get-field "doi")))
1776             (when doi
1777               (if (string-match "^http" doi)
1778                   (browse-url doi)
1779                 (browse-url (format "http://dx.doi.org/%s" doi)))
1780               (throw 'done nil))))))))
1781
1782
1783 (defun org-ref-open-notes-at-point ()
1784   "open the notes for bibtex key under point."
1785   (interactive)
1786   (let* ((results (org-ref-get-bibtex-key-and-file))
1787          (key (car results))
1788          (bibfile (cdr results)))
1789     (save-excursion
1790       (with-temp-buffer
1791         (insert-file-contents bibfile)
1792         (bibtex-search-entry key)
1793         (org-ref-open-bibtex-notes)))))
1794
1795
1796 (defun org-ref-citation-at-point ()
1797   "give message of current citation at point"
1798   (interactive)
1799   (let* ((cb (current-buffer))
1800         (results (org-ref-get-bibtex-key-and-file))
1801         (key (car results))
1802         (bibfile (cdr results)))
1803     (message "%s" (progn
1804                     (with-temp-buffer
1805                       (insert-file-contents bibfile)
1806                       (bibtex-search-entry key)
1807                       (org-ref-bib-citation))))))
1808
1809
1810 (defun org-ref-open-citation-at-point ()
1811   "open bibtex file to key at point"
1812   (interactive)
1813   (let* ((cb (current-buffer))
1814         (results (org-ref-get-bibtex-key-and-file))
1815         (key (car results))
1816         (bibfile (cdr results)))
1817     (find-file bibfile)
1818     (bibtex-search-entry key)))
1819 #+END_SRC
1820
1821 **** the actual minibuffer menu
1822 Now, we create the menu. This is a rewrite of the cite action. This makes the function extendable by users.
1823
1824 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
1825 (defvar org-ref-cite-menu-funcs '()
1826  "Functions to run on cite click menu. Each entry is a list of (key menu-name function).
1827 The function must take no arguments and work on the key at point. Do not modify this variable, it is set to empty in the menu click function, and functions are conditionally added to it.")
1828
1829
1830 (defvar org-ref-user-cite-menu-funcs
1831   '(("C" "rossref" org-ref-crossref-at-point)
1832     ("y" "Copy entry to file" org-ref-copy-entry-at-point-to-file)
1833     ("s" "Copy summary" org-ref-copy-entry-as-summary))
1834   "user-defined functions to run on bibtex key at point.")
1835
1836
1837 (defun org-ref-copy-entry-as-summary ()
1838   "Copy the bibtex entry for the citation at point as a summary."
1839   (interactive)
1840     (save-window-excursion
1841       (org-ref-open-citation-at-point)
1842       (kill-new (org-ref-bib-citation))))
1843
1844
1845 (defun org-ref-copy-entry-at-point-to-file ()
1846   "Copy the bibtex entry for the citation at point to NEW-FILE.
1847 Prompt for NEW-FILE includes bib files in org-ref-default-bibliography, and bib files in current working directory. You can also specify a new file."
1848   (interactive)
1849   (let ((new-file (ido-completing-read
1850                    "Copy to bibfile: "
1851                    (append org-ref-default-bibliography
1852                            (f-entries "." (lambda (f) (f-ext? f "bib"))))))
1853         (key (org-ref-get-bibtex-key-under-cursor)))
1854     (save-window-excursion
1855       (org-ref-open-citation-at-point)
1856       (bibtex-copy-entry-as-kill))
1857
1858     (let ((bibtex-files (list (file-truename new-file))))
1859       (if (assoc key (bibtex-global-key-alist))
1860           (message "That key already exists in %s" new-file)
1861         ;; add to file
1862         (save-window-excursion
1863           (find-file new-file)
1864           (goto-char (point-max))
1865           ;; make sure we are at the beginning of a line.
1866           (unless (looking-at "^") (insert "\n\n"))
1867           (bibtex-yank)
1868           (save-buffer))))))
1869
1870
1871 (defun org-ref-get-doi-at-point ()
1872   "Get doi for key at point."
1873   (interactive)
1874   (let* ((results (org-ref-get-bibtex-key-and-file))
1875          (key (car results))
1876          (bibfile (cdr results))
1877          doi)
1878     (save-excursion
1879       (with-temp-buffer
1880         (insert-file-contents bibfile)
1881         (bibtex-search-entry key)
1882         (setq doi (bibtex-autokey-get-field "doi"))
1883         ;; in case doi is a url, remove the url part.
1884         (replace-regexp-in-string "^http://dx.doi.org/" "" doi)))))
1885
1886
1887 ;; functions that operate on key at point for click menu
1888 (defun org-ref-wos-at-point ()
1889   "open the doi in wos for bibtex key under point."
1890   (interactive)
1891   (doi-utils-wos (org-ref-get-doi-at-point)))
1892
1893
1894 (defun org-ref-wos-citing-at-point ()
1895   "open the doi in wos citing articles for bibtex key under point."
1896   (interactive)
1897   (doi-utils-wos-citing (org-ref-get-doi-at-point)))
1898
1899
1900 (defun org-ref-wos-related-at-point ()
1901   "open the doi in wos related articles for bibtex key under point."
1902   (interactive)
1903   (doi-utils-wos-related (org-ref-get-doi-at-point)))
1904
1905
1906 (defun org-ref-google-scholar-at-point ()
1907   "open the doi in google scholar for bibtex key under point."
1908   (interactive)
1909   (doi-utils-google-scholar (org-ref-get-doi-at-point)))
1910
1911
1912 (defun org-ref-pubmed-at-point ()
1913   "open the doi in pubmed for bibtex key under point."
1914   (interactive)
1915   (doi-utils-pubmed (org-ref-get-doi-at-point)))
1916
1917
1918 (defun org-ref-crossref-at-point ()
1919   "open the doi in crossref for bibtex key under point."
1920   (interactive)
1921   (doi-utils-crossref (org-ref-get-doi-at-point)))
1922
1923
1924 (defun org-ref-cite-onclick-minibuffer-menu (&optional link-string)
1925   "action when a cite link is clicked on.
1926 Provides a menu of context sensitive actions. If the bibtex entry has a pdf, you get an option to open it. If there is a doi, you get a lot of options."
1927   (interactive)
1928   (let* ((results (org-ref-get-bibtex-key-and-file))
1929          (key (car results))
1930          (pdf-file (format (concat org-ref-pdf-directory "%s.pdf") key))
1931          (bibfile (cdr results))
1932          (url (save-excursion
1933                 (with-temp-buffer
1934                   (insert-file-contents bibfile)
1935                   (bibtex-search-entry key)
1936                   (bibtex-autokey-get-field "url"))))
1937          (doi (save-excursion
1938                 (with-temp-buffer
1939                   (insert-file-contents bibfile)
1940                   (bibtex-search-entry key)
1941                   ;; I like this better than bibtex-url which does not always find
1942                   ;; the urls
1943                   (bibtex-autokey-get-field "doi")))))
1944
1945     (when (string= "" doi) (setq doi nil))
1946     (when (string= "" url) (setq url nil))
1947     (setq org-ref-cite-menu-funcs '())
1948
1949     ;; open action
1950     (when
1951         bibfile
1952       (add-to-list
1953        'org-ref-cite-menu-funcs
1954        '("o" "pen" org-ref-open-citation-at-point)))
1955
1956     ;; pdf
1957     (when (file-exists-p pdf-file)
1958       (add-to-list
1959        'org-ref-cite-menu-funcs
1960        `("p" "df" ,org-ref-open-pdf-function) t))
1961
1962     ;; notes
1963     (add-to-list
1964      'org-ref-cite-menu-funcs
1965      '("n" "otes" org-ref-open-notes-at-point) t)
1966
1967     ;; url
1968     (when (or url doi)
1969       (add-to-list
1970        'org-ref-cite-menu-funcs
1971        '("u" "rl" org-ref-open-url-at-point) t))
1972
1973     ;; doi funcs
1974     (when doi
1975       (add-to-list
1976        'org-ref-cite-menu-funcs
1977        '("w" "os" org-ref-wos-at-point) t)
1978
1979       (add-to-list
1980        'org-ref-cite-menu-funcs
1981        '("c" "iting" org-ref-wos-citing-at-point) t)
1982
1983       (add-to-list
1984        'org-ref-cite-menu-funcs
1985        '("r" "elated" org-ref-wos-related-at-point) t)
1986
1987       (add-to-list
1988        'org-ref-cite-menu-funcs
1989        '("g" "oogle scholar" org-ref-google-scholar-at-point) t)
1990
1991       (add-to-list
1992        'org-ref-cite-menu-funcs
1993        '("P" "ubmed" org-ref-pubmed-at-point) t))
1994
1995     ;; add user functions
1996     (dolist (tup org-ref-user-cite-menu-funcs)
1997       (add-to-list
1998        'org-ref-cite-menu-funcs
1999        tup t))
2000
2001     ;; finally quit
2002     (add-to-list
2003      'org-ref-cite-menu-funcs
2004      '("q" "uit" (lambda ())) t)
2005
2006     ;; now we make a menu
2007     ;; construct menu string as a message
2008     (message
2009      (concat
2010       (let* ((results (org-ref-get-bibtex-key-and-file))
2011              (key (car results))
2012              (bibfile (cdr results)))
2013         (save-excursion
2014           (with-temp-buffer
2015             (insert-file-contents bibfile)
2016             (bibtex-search-entry key)
2017             (org-ref-bib-citation))))
2018       "\n"
2019       (mapconcat
2020        (lambda (tup)
2021          (concat "[" (elt tup 0) "]"
2022                  (elt tup 1) " "))
2023        org-ref-cite-menu-funcs "")))
2024     ;; get the input
2025     (let* ((input (read-char-exclusive))
2026            (choice (assoc
2027                     (char-to-string input) org-ref-cite-menu-funcs)))
2028       ;; now run the function (2nd element in choice)
2029       (when choice
2030         (funcall
2031          (elt
2032           choice
2033           2))))))
2034 #+END_SRC
2035
2036 #+RESULTS:
2037 : org-ref-cite-onclick-minibuffer-menu
2038
2039 *** A function to format a cite link
2040
2041 Next, we define a formatting function for the cite link. This is done so that the cite link definition is very short, and easy to change. You just need to specify the functions in the definition. This function is deprecated. The formatting is defined later automatically.
2042
2043 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle no
2044 ;(defun org-ref-cite-link-format (keyword desc format)
2045 ;   (cond
2046 ;    ((eq format 'html) (mapconcat (lambda (key) (format "<a name=\"#%s\">%s</a>" key key) (org-ref-split-and-strip-string keyword) ",")))
2047 ;    ((eq format 'latex)
2048 ;     (concat "\\cite" (when desc (format "[%s]" desc)) "{"
2049 ;            (mapconcat (lambda (key) key) (org-ref-split-and-strip-string keyword) ",")
2050 ;            "}"))))
2051 #+END_SRC
2052
2053 *** The actual cite link
2054 Finally, we define the cite link. This is deprecated; the links are autogenerated later. This is here for memory.
2055
2056 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle no
2057 ;(org-add-link-type
2058 ; "cite"
2059 ; 'org-ref-cite-onclick-minibuffer-menu
2060 ; 'org-ref-cite-link-format)
2061 #+END_SRC
2062
2063 *** Automatic definition of the cite links
2064 There are many different kinds of citations in LaTeX, but they are all variants of a basic syntax of \citetype[optional text]{label1,label2}. Here we use lisp to generate the link definitions. We define a function that creates the code to create the link, and then we evaluate it. We also create the completion function for the new link, and add it to the list of known links.
2065
2066 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
2067 (defmacro org-ref-make-completion-function (type)
2068   `(defun ,(intern (format "org-%s-complete-link" type)) (&optional arg)
2069      (interactive)
2070      (format "%s:%s"
2071              ,type
2072              (completing-read
2073               "bibtex key: "
2074               (let ((bibtex-files (org-ref-find-bibliography)))
2075                 (bibtex-global-key-alist))))))
2076 #+END_SRC
2077
2078 We will want to generate formatting functions for each citation type. The reason for doing this is so we can on the fly change the formatting later.
2079
2080 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
2081 (defmacro org-ref-make-format-function (type)
2082   `(defun ,(intern (format "org-ref-format-%s" type)) (keyword desc format)
2083      (cond
2084       ((eq format 'org)
2085        (mapconcat
2086         (lambda (key)
2087           (format "[[#%s][%s]]" key key))
2088         (org-ref-split-and-strip-string keyword) ","))
2089
2090       ((eq format 'ascii)
2091        (concat "["
2092                (mapconcat
2093                 (lambda (key)
2094                   (format "%s" key))
2095                 (org-ref-split-and-strip-string keyword) ",") "]"))
2096
2097       ((eq format 'html)
2098        (mapconcat
2099         (lambda (key)
2100           (format "<a href=\"#%s\">%s</a>" key key))
2101         (org-ref-split-and-strip-string keyword) ","))
2102
2103       ((eq format 'latex)
2104        (if (string= (substring type -1) "s")
2105            ;; biblatex format for multicite commands, which all end in s. These are formated as \cites{key1}{key2}...
2106            (concat "\\" ,type (mapconcat (lambda (key) (format "{%s}"  key))
2107                                          (org-ref-split-and-strip-string keyword) ""))
2108          ;; bibtex format
2109        (concat "\\" ,type (when desc (org-ref-format-citation-description desc)) "{"
2110                (mapconcat (lambda (key) key) (org-ref-split-and-strip-string keyword) ",")
2111                "}")))
2112       ;; for markdown we generate pandoc citations
2113       ((eq format 'md)
2114        (cond
2115         (desc  ;; pre and or post text
2116          (let* ((text (split-string desc "::"))
2117                 (pre (car text))
2118                 (post (cadr text)))
2119            (concat
2120             (format "[@%s," keyword)
2121             (when pre (format " %s" pre))
2122             (when post (format ", %s" post))
2123             "]")))
2124         (t
2125          (format "[%s]"
2126                  (mapconcat
2127                   (lambda (key) (concat "@" key))
2128                   (org-ref-split-and-strip-string keyword)
2129                   "; "))))))))
2130 #+END_SRC
2131
2132
2133
2134 We create the links by mapping the function onto the list of defined link types.
2135
2136 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
2137 (defun org-ref-format-citation-description (desc)
2138   "return formatted citation description. if the cite link has a description, it is optional text for the citation command. You can specify pre and post text by separating these with ::."
2139   (interactive)
2140   (cond
2141    ((string-match "::" desc)
2142     (format "[%s][%s]" (car (setq results (split-string desc "::"))) (cadr results)))
2143    (t (format "[%s]" desc))))
2144
2145 (defun org-ref-define-citation-link (type &optional key)
2146   "add a citation link for org-ref. With optional key, set the reftex binding. For example:
2147 (org-ref-define-citation-link \"citez\" ?z) will create a new citez link, with reftex key of z,
2148 and the completion function."
2149   (interactive "sCitation Type: \ncKey: ")
2150
2151   ;; create the formatting function
2152   (eval `(org-ref-make-format-function ,type))
2153
2154   (eval-expression
2155    `(org-add-link-type
2156      ,type
2157      org-ref-cite-onclick-function
2158      (quote ,(intern (format "org-ref-format-%s" type)))))
2159
2160   ;; create the completion function
2161   (eval `(org-ref-make-completion-function ,type))
2162
2163   ;; store new type so it works with adding citations, which checks
2164   ;; for existence in this list
2165   (add-to-list 'org-ref-cite-types type)
2166
2167   ;; and finally if a key is specified, we modify the reftex menu
2168   (when key
2169     (setf (nth 2 (assoc 'org reftex-cite-format-builtin))
2170           (append (nth 2 (assoc 'org reftex-cite-format-builtin))
2171                   `((,key  . ,(concat type ":%l")))))))
2172
2173 ;; create all the link types and their completion functions
2174 (mapcar 'org-ref-define-citation-link org-ref-cite-types)
2175 #+END_SRC
2176
2177 *** org-ref-insert-cite-link
2178 We need a convenient method to insert links. In reftex you use the keystroke C-c ], which gives you a minibuffer to search the bibtex files from. This function is bound to that same keystroke here [[*org-mode%20/%20reftex%20setup][org-mode / reftex setup]]. This function will append to a cite link if you call it while on a link.
2179
2180 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
2181 (defun org-ref-insert-cite-link (alternative-cite)
2182   "Insert a default citation link using reftex. If you are on a link, it
2183 appends to the end of the link, otherwise, a new link is
2184 inserted. Use a prefix arg to get a menu of citation types."
2185   (interactive "P")
2186   (org-ref-find-bibliography)
2187   (let* ((object (org-element-context))
2188          (link-string-beginning (org-element-property :begin object))
2189          (link-string-end (org-element-property :end object))
2190          (path (org-element-property :path object)))
2191
2192     (if (not alternative-cite)
2193
2194         (cond
2195          ;; case where we are in a link
2196          ((and (equal (org-element-type object) 'link)
2197                (-contains? org-ref-cite-types (org-element-property :type object)))
2198           (goto-char link-string-end)
2199           ;; sometimes there are spaces at the end of the link
2200           ;; this code moves point pack until no spaces are there
2201           (while (looking-back " ") (backward-char))
2202           (insert (concat "," (mapconcat 'identity (reftex-citation t ?a) ","))))
2203
2204          ;; We are next to a link, and we want to append
2205          ((save-excursion
2206             (backward-char)
2207             (and (equal (org-element-type (org-element-context)) 'link)
2208                  (-contains? org-ref-cite-types (org-element-property :type (org-element-context)))))
2209           (while (looking-back " ") (backward-char))
2210           (insert (concat "," (mapconcat 'identity (reftex-citation t ?a) ","))))
2211
2212          ;; insert fresh link
2213          (t
2214           (insert
2215            (concat org-ref-default-citation-link
2216                    ":"
2217                    (mapconcat 'identity (reftex-citation t) ",")))))
2218
2219       ;; you pressed a C-u so we run this code
2220       (reftex-citation)))
2221   )
2222 #+END_SRC
2223 cite:zhou-2004-first-lda-u,paier-2006-errat,boes-2015-estim-bulk
2224
2225
2226 #+RESULTS:
2227 : org-ref-insert-cite-link
2228
2229 *** Completion in cite links
2230 If you know the specific bibtex key, you may like to use completion directly. You use this with the org-mode machinery and tab completion. Here is the prototypical completion function. These are now all created when the links are created.
2231
2232 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle no
2233 (defun org-cite-complete-link (&optional arg)
2234   "Completion function for cite links"
2235   (format "%s:%s"
2236           org-ref-default-citation-link
2237           (completing-read
2238            "bibtex key: "
2239            (let ((bibtex-files (org-ref-find-bibliography)))
2240              (bibtex-global-key-alist)))))
2241 #+END_SRC
2242
2243 Alternatively, you may shortcut the org-machinery with this command. You will be prompted for a citation type, and then offered key completion.
2244
2245 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
2246 (defun org-ref-insert-cite-with-completion (type)
2247   "Insert a cite link with completion"
2248   (interactive (list (ido-completing-read "Type: " org-ref-cite-types)))
2249   (insert (funcall (intern (format "org-%s-complete-link" type)))))
2250 #+END_SRC
2251
2252 ** Storing links to a bibtex entry
2253 org-mode already defines a store link function for bibtex entries. It does not store the link I want though, it only stores a brief citation of the entry. I want a citation link. Here is a function to do that.
2254
2255 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
2256 (defun org-ref-store-bibtex-entry-link ()
2257   "Save a citation link to the current bibtex entry. Saves in the default link type."
2258   (interactive)
2259   (let ((link (concat org-ref-default-citation-link
2260                  ":"
2261                  (save-excursion
2262                    (bibtex-beginning-of-entry)
2263                    (reftex-get-bib-field "=key=" (bibtex-parse-entry))))))
2264     (message "saved %s" link)
2265     (push (list link) org-stored-links)
2266     (car org-stored-links)))
2267 #+END_SRC
2268
2269 ** Index entries
2270 org-ref minimally supports index entries. To make an index in a file, you should put in the LaTeX header these lines
2271
2272
2273 #+LATEX_HEADER: \usepackage{makeidx}
2274 #+LATEX_HEADER: \makeindex
2275
2276
2277 Finally, put \makeindex at the end of the document where you want the index to appear. You will need to run the makeindex program at an appropriate point in your LaTeX to pdf, or use ox-manuscript, which will do it for you.
2278
2279
2280 Use index links to create entries (see http://en.wikibooks.org/wiki/LaTeX/Indexing). Clicking on an index link runs occur on the buffer for the entry. The link exports to LaTeX. Some links may need to be enclosed in double brackets if they have spaces in them.
2281
2282
2283 index:hello
2284 index:hello!Peter
2285 [[index:hello!Sam@\textsl{Sam}]]
2286 [[index:Lin@\textbf{Lin}]]
2287 [[index:Joe|textit]]
2288 [[index:Lin@\textbf{Lin}]]
2289 [[index:Peter|see {hello}]]
2290 [[index:Jen|seealso{Jenny}]]
2291
2292 index:encodings!input!cp850
2293
2294 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
2295 (org-add-link-type
2296  "index"
2297  (lambda (path)
2298    (occur path))
2299
2300  (lambda (path desc format)
2301    (cond
2302     ((eq format 'latex)
2303       (format "\\index{%s}" path)))))
2304
2305 ;; this will generate a temporary index of entries in the file.
2306 (org-add-link-type
2307  "printindex"
2308  (lambda (path)
2309    (let ((*index-links* '())
2310          (*initial-letters* '()))
2311
2312      ;; get links
2313      (org-element-map (org-element-parse-buffer) 'link
2314        (lambda (link)
2315          (let ((type (nth 0 link))
2316                (plist (nth 1 link)))
2317
2318            (when (equal (plist-get plist ':type) "index")
2319              (add-to-list
2320               '*index-links*
2321               (cons (plist-get plist :path)
2322                     (format
2323                      "[[elisp:(progn (switch-to-buffer \"%s\") (goto-char %s))][%s]]"
2324 (current-buffer)
2325                      (plist-get plist :begin)  ;; position of link
2326                      ;; grab a description
2327                      (save-excursion
2328                        (goto-char (plist-get plist :begin))
2329                        (if (thing-at-point 'sentence)
2330                            ;; get a sentence
2331                            (replace-regexp-in-string
2332                             "\n" "" (thing-at-point 'sentence))
2333                          ;; or call it a link
2334                          "link")))))))))
2335
2336      ;; sort the links
2337      (setq *index-links*  (cl-sort *index-links* 'string-lessp :key 'car))
2338
2339      ;; now first letters
2340      (dolist (link *index-links*)
2341        (add-to-list '*initial-letters* (substring (car link) 0 1) t))
2342
2343      ;; now create the index
2344      (switch-to-buffer (get-buffer-create "*index*"))
2345      (org-mode)
2346      (erase-buffer)
2347      (insert "#+TITLE: Index\n\n")
2348      (dolist (letter *initial-letters*)
2349        (insert (format "* %s\n" (upcase letter)))
2350        ;; now process the links
2351        (while (and
2352                ,*index-links*
2353                (string= letter (substring (car (car *index-links*)) 0 1)))
2354          (let ((link (pop *index-links*)))
2355            (insert (format "%s %s\n\n" (car link) (cdr link))))))
2356      (switch-to-buffer "*index*")))
2357  ;; formatting
2358  (lambda (path desc format)
2359    (cond
2360     ((eq format 'latex)
2361       (format "\\printindex")))))
2362 #+END_SRC
2363
2364 #+RESULTS:
2365 | lambda | (path)             | (let ((*index-links* (quote nil)) (*initial-letters* (quote nil))) (org-element-map (org-element-parse-buffer) (quote link) (lambda (link) (let ((type (nth 0 link)) (plist (nth 1 link))) (when (equal (plist-get plist (quote :type)) index) (add-to-list (quote *index-links*) (cons (plist-get plist :path) (format [[elisp:(progn (switch-to-buffer "%s") (goto-char %s))][%s]] (current-buffer) (plist-get plist :begin) (save-excursion (goto-char (plist-get plist :begin)) (if (thing-at-point (quote sentence)) (replace-regexp-in-string \n  (thing-at-point (quote sentence))) link))))))))) (setq *index-links* (cl-sort *index-links* (quote string-lessp) :key (quote car))) (dolist (link *index-links*) (add-to-list (quote *initial-letters*) (substring (car link) 0 1) t)) (switch-to-buffer (get-buffer-create *index*)) (org-mode) (erase-buffer) (insert #+TITLE: Index\n\n) (dolist (letter *initial-letters*) (insert (format * %s\n (upcase letter))) (while (and *index-links* (string= letter (substring (car (car *index-links*)) 0 1))) (let ((link (pop *index-links*))) (insert (format %s %s\n\n (car link) (cdr link)))))) (switch-to-buffer *index*)) |
2366 | lambda | (path desc format) | (cond ((eq format (quote latex)) (format \printindex)))                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        |
2367
2368 ** Glossary
2369 org-ref provides some minimal support for a glossary. See http://en.wikibooks.org/wiki/LaTeX/Glossary for details. You need to put these lines in the header.
2370
2371 #+LATEX_HEADER: \usepackage{glossaries}
2372 #+LATEX_HEADER: \makeglossaries
2373
2374 And at the end of the document put \makeglossaries.
2375
2376 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
2377 (org-add-link-type
2378  "newglossaryentry"
2379  nil ;; no follow action
2380  (lambda (path desc format)
2381    (cond
2382     ((eq format 'latex)
2383      (format "\\newglossaryentry{%s}{%s}" path desc)))))
2384
2385
2386 ;; link to entry
2387 (org-add-link-type
2388  "gls"
2389   nil ;; no follow action
2390  (lambda (path desc format)
2391    (cond
2392     ((eq format 'latex)
2393      (format "\\gls{%s}" path)))))
2394
2395 ;; plural
2396 (org-add-link-type
2397  "glspl"
2398   nil ;; no follow action
2399  (lambda (path desc format)
2400    (cond
2401     ((eq format 'latex)
2402      (format "\\glspl{%s}" path)))))
2403
2404 ;; capitalized link
2405 (org-add-link-type
2406  "Gls"
2407   nil ;; no follow action
2408  (lambda (path desc format)
2409    (cond
2410     ((eq format 'latex)
2411      (format "\\Gls{%s}" path)))))
2412
2413 ;; capitalized link
2414 (org-add-link-type
2415  "Glspl"
2416   nil ;; no follow action
2417  (lambda (path desc format)
2418    (cond
2419     ((eq format 'latex)
2420      (format "\\Glspl{%s}" path)))))
2421 #+END_SRC
2422
2423 * Utilities
2424 ** create simple text citation from bibtex entry
2425
2426 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
2427 (defun org-ref-bib-citation ()
2428   "From a bibtex entry, create and return a simple citation string.
2429 This assumes you are in an article."
2430
2431   (bibtex-beginning-of-entry)
2432   (let* ((cb (current-buffer))
2433          (bibtex-expand-strings t)
2434          (entry (loop for (key . value) in (bibtex-parse-entry t)
2435                       collect (cons (downcase key) value)))
2436          (title (replace-regexp-in-string "\n\\|\t\\|\s+" " " (reftex-get-bib-field "title" entry)))
2437          (year  (reftex-get-bib-field "year" entry))
2438          (author (replace-regexp-in-string "\n\\|\t\\|\s+" " " (reftex-get-bib-field "author" entry)))
2439          (key (reftex-get-bib-field "=key=" entry))
2440          (journal (reftex-get-bib-field "journal" entry))
2441          (volume (reftex-get-bib-field "volume" entry))
2442          (pages (reftex-get-bib-field "pages" entry))
2443          (doi (reftex-get-bib-field "doi" entry))
2444          (url (reftex-get-bib-field "url" entry))
2445          )
2446     ;;authors, "title", Journal, vol(iss):pages (year).
2447     (format "%s, \"%s\", %s, %s:%s (%s)"
2448             author title journal  volume pages year)))
2449 #+END_SRC
2450
2451 #+RESULTS:
2452 : org-ref-bib-citation
2453
2454
2455 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
2456 (defun org-ref-bib-html-citation ()
2457   "from a bibtex entry, create and return a simple citation with html links."
2458
2459   (bibtex-beginning-of-entry)
2460   (let* ((cb (current-buffer))
2461          (bibtex-expand-strings t)
2462          (entry (loop for (key . value) in (bibtex-parse-entry t)
2463                       collect (cons (downcase key) value)))
2464          (title (replace-regexp-in-string "\n\\|\t\\|\s+" " " (reftex-get-bib-field "title" entry)))
2465          (year  (reftex-get-bib-field "year" entry))
2466          (author (replace-regexp-in-string "\n\\|\t\\|\s+" " " (reftex-get-bib-field "author" entry)))
2467          (key (reftex-get-bib-field "=key=" entry))
2468          (journal (reftex-get-bib-field "journal" entry))
2469          (volume (reftex-get-bib-field "volume" entry))
2470          (pages (reftex-get-bib-field "pages" entry))
2471          (doi (reftex-get-bib-field "doi" entry))
2472          (url (reftex-get-bib-field "url" entry))
2473          )
2474     ;;authors, "title", Journal, vol(iss):pages (year).
2475     (concat (format "%s, \"%s\", %s, %s:%s (%s)."
2476                     author title journal  volume pages year)
2477             (when url (format " <a href=\"%s\">link</a>" url))
2478             (when doi (format " <a href=\"http://dx.doi.org/%s\">doi</a>" doi)))
2479     ))
2480 #+END_SRC
2481
2482 ** open pdf from bibtex
2483 We bind this to a key here: [[*key%20bindings%20for%20utilities][key bindings for utilities]].
2484 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
2485 (defun org-ref-open-bibtex-pdf ()
2486   "open pdf for a bibtex entry, if it exists. assumes point is in
2487 the entry of interest in the bibfile. but does not check that."
2488   (interactive)
2489   (save-excursion
2490     (bibtex-beginning-of-entry)
2491     (let* ((bibtex-expand-strings t)
2492            (entry (bibtex-parse-entry t))
2493            (key (reftex-get-bib-field "=key=" entry))
2494            (pdf (format (concat org-ref-pdf-directory "%s.pdf") key)))
2495       (message "%s" pdf)
2496       (if (file-exists-p pdf)
2497           (org-open-link-from-string (format "[[file:%s]]" pdf))
2498         (ding)))))
2499 #+END_SRC
2500
2501 ** open notes from bibtex
2502 We bind this to a key here [[*key%20bindings%20for%20utilities][key bindings for utilities]].
2503
2504 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
2505 (defun org-ref-open-bibtex-notes ()
2506   "from a bibtex entry, open the notes if they exist, and create a heading if they do not.
2507
2508 I never did figure out how to use reftex to make this happen
2509 non-interactively. the reftex-format-citation function did not
2510 work perfectly; there were carriage returns in the strings, and
2511 it did not put the key where it needed to be. so, below I replace
2512 the carriage returns and extra spaces with a single space and
2513 construct the heading by hand."
2514   (interactive)
2515
2516   (bibtex-beginning-of-entry)
2517   (let* ((cb (current-buffer))
2518          (bibtex-expand-strings t)
2519          (entry (loop for (key . value) in (bibtex-parse-entry t)
2520                       collect (cons (downcase key) value)))
2521          (title (replace-regexp-in-string "\n\\|\t\\|\s+" " " (reftex-get-bib-field "title" entry)))
2522          (year  (reftex-get-bib-field "year" entry))
2523          (author (replace-regexp-in-string "\n\\|\t\\|\s+" " " (reftex-get-bib-field "author" entry)))
2524          (key (reftex-get-bib-field "=key=" entry))
2525          (journal (reftex-get-bib-field "journal" entry))
2526          (volume (reftex-get-bib-field "volume" entry))
2527          (pages (reftex-get-bib-field "pages" entry))
2528          (doi (reftex-get-bib-field "doi" entry))
2529          (url (reftex-get-bib-field "url" entry))
2530          )
2531
2532     ;; save key to clipboard to make saving pdf later easier by pasting.
2533     (with-temp-buffer
2534       (insert key)
2535       (kill-ring-save (point-min) (point-max)))
2536
2537     ;; now look for entry in the notes file
2538     (if  org-ref-bibliography-notes
2539         (find-file-other-window org-ref-bibliography-notes)
2540       (error "org-ref-bib-bibliography-notes is not set to anything"))
2541
2542     (goto-char (point-min))
2543     ;; put new entry in notes if we don't find it.
2544     (if (re-search-forward (format ":Custom_ID: %s$" key) nil 'end)
2545         (funcall org-ref-open-notes-function)
2546       ;; no entry found, so add one
2547       (insert (format "\n** TODO %s - %s" year title))
2548       (insert (format"
2549  :PROPERTIES:
2550   :Custom_ID: %s
2551   :AUTHOR: %s
2552   :JOURNAL: %s
2553   :YEAR: %s
2554   :VOLUME: %s
2555   :PAGES: %s
2556   :DOI: %s
2557   :URL: %s
2558  :END:
2559 [[cite:%s]] [[file:%s/%s.pdf][pdf]]\n\n"
2560 key author journal year volume pages doi url key org-ref-pdf-directory key))
2561 (save-buffer))))
2562 #+END_SRC
2563
2564 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
2565 (defun org-ref-open-notes-from-reftex ()
2566   "Call reftex, and open notes for selected entry."
2567   (interactive)
2568   (let ((bibtex-key )))
2569
2570     ;; now look for entry in the notes file
2571     (if  org-ref-bibliography-notes
2572         (find-file-other-window org-ref-bibliography-notes)
2573       (error "org-ref-bib-bibliography-notes is not set to anything"))
2574
2575     (goto-char (point-min))
2576
2577     (re-search-forward (format
2578                         ":Custom_ID: %s$"
2579                         (first (reftex-citation t)) nil 'end))
2580     (funcall org-ref-open-notes-function))
2581 #+END_SRC
2582
2583 ** open url in browser from bibtex
2584
2585 We bind this to a key here [[*key%20bindings%20for%20utilities][key bindings for utilities]].
2586
2587 + This function may be duplicative of bibtex-url. But I think my function is better unless you do some complicated customization of bibtex-generate-url-list.
2588
2589 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
2590 (defun org-ref-open-in-browser ()
2591   "Open the bibtex entry at point in a browser using the url field or doi field"
2592 (interactive)
2593 (save-excursion
2594   (bibtex-beginning-of-entry)
2595   (catch 'done
2596     (let ((url (bibtex-autokey-get-field "url")))
2597       (when  url
2598         (browse-url url)
2599         (throw 'done nil)))
2600
2601     (let ((doi (bibtex-autokey-get-field "doi")))
2602       (when doi
2603         (if (string-match "^http" doi)
2604             (browse-url doi)
2605           (browse-url (format "http://dx.doi.org/%s" doi)))
2606         (throw 'done nil)))
2607     (message "No url or doi found"))))
2608 #+END_SRC
2609
2610 ** citeulike
2611    I discovered you could upload a bibtex entry to citeulike using http requests. The upload is actually done by a [[*The%20upload%20script][python script]], because it was easy to write. Here is the emacs command to do this. It is not a fast operation, and  do not use it frequently.
2612
2613 *** function to upload bibtex to citeulike
2614
2615 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
2616 (defun org-ref-upload-bibtex-entry-to-citeulike ()
2617   "with point in  a bibtex entry get bibtex string and submit to citeulike.
2618
2619 Relies on the python script /upload_bibtex_citeulike.py being in the user directory."
2620   (interactive)
2621   (message "uploading to citeulike")
2622   (save-restriction
2623     (bibtex-narrow-to-entry)
2624     (let ((startpos (point-min))
2625           (endpos (point-max))
2626           (bibtex-string (buffer-string))
2627           (script (concat "python " starter-kit-dir "/upload_bibtex_citeulike.py&")))
2628       (with-temp-buffer (insert bibtex-string)
2629                         (shell-command-on-region (point-min) (point-max) script t nil nil t)))))
2630 #+END_SRC
2631
2632 *** The upload script
2633 Here is the python script for uploading.
2634
2635 *************** TODO document how to get the cookies
2636 *************** END
2637
2638 # :tangle upload_bibtex_citeulike.py
2639 #+BEGIN_SRC python
2640 #!python
2641 import pickle, requests, sys
2642
2643 # reload cookies
2644 with open('c:/Users/jkitchin/Dropbox/blogofile-jkitchin.github.com/_blog/cookies.pckl', 'rb') as f:
2645     cookies = pickle.load(f)
2646
2647 url = 'http://www.citeulike.org/profile/jkitchin/import_do'
2648
2649 bibtex = sys.stdin.read()
2650
2651 data = {'pasted':bibtex,
2652         'to_read':2,
2653         'tag_parsing':'simple',
2654         'strip_brackets':'no',
2655         'update_id':'bib-key',
2656         'btn_bibtex':'Import BibTeX file ...'}
2657
2658 headers = {'content-type': 'multipart/form-data',
2659            'User-Agent':'jkitchin/johnrkitchin@gmail.com bibtexupload'}
2660
2661 r = requests.post(url, headers=headers, data=data, cookies=cookies, files={})
2662 print r
2663 #+END_SRC
2664
2665 ** Build a pdf from a bibtex file
2666    It is useful to have a pdf version of an entire bibliography to check it for formatting, spelling, or to share it. This function creates a pdf from a bibtex file. I only include the packages  I commonly use in my bitex files.
2667
2668 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
2669 (defun org-ref-build-full-bibliography ()
2670   "build pdf of all bibtex entries, and open it."
2671   (interactive)
2672   (let* ((bibfile (file-name-nondirectory (buffer-file-name)))
2673         (bib-base (file-name-sans-extension bibfile))
2674         (texfile (concat bib-base ".tex"))
2675         (pdffile (concat bib-base ".pdf")))
2676     (find-file texfile)
2677     (erase-buffer)
2678     (insert (format "\\documentclass[12pt]{article}
2679 \\usepackage[version=3]{mhchem}
2680 \\usepackage{url}
2681 \\usepackage[numbers]{natbib}
2682 \\usepackage[colorlinks=true, linkcolor=blue, urlcolor=blue, pdfstartview=FitH]{hyperref}
2683 \\usepackage{doi}
2684 \\begin{document}
2685 \\nocite{*}
2686 \\bibliographystyle{unsrtnat}
2687 \\bibliography{%s}
2688 \\end{document}" bib-base))
2689     (save-buffer)
2690     (shell-command (concat "pdflatex " bib-base))
2691     (shell-command (concat "bibtex " bib-base))
2692     (shell-command (concat "pdflatex " bib-base))
2693     (shell-command (concat "pdflatex " bib-base))
2694     (kill-buffer texfile)
2695     (org-open-file pdffile)
2696     ))
2697 #+END_SRC
2698
2699 ** Extract bibtex entries cited in an org-file
2700 When you use your default bibliography file, and you want to send an org-file to a collaborator, you may need to include bibtex entries so the other person can see them. This function does that and puts the entries in a section at the end of the document that can be tangled to a bib-file.
2701
2702 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
2703 (defun org-ref-extract-bibtex-entries ()
2704   "extract the bibtex entries referred to by cite links in the current buffer into a src block at the bottom of the current buffer.
2705
2706 If no bibliography is in the buffer the `reftex-default-bibliography' is used."
2707   (interactive)
2708   (let* ((temporary-file-directory (file-name-directory (buffer-file-name)))
2709          (tempname (make-temp-file "extract-bib"))
2710          (contents (buffer-string))
2711          (cb (current-buffer))
2712          basename texfile bibfile results)
2713
2714     ;; open tempfile and insert org-buffer contents
2715     (find-file tempname)
2716     (insert contents)
2717     (setq basename (file-name-sans-extension
2718                     (file-name-nondirectory buffer-file-name))
2719           texfile (concat tempname ".tex")
2720           bibfile (concat tempname ".bib"))
2721
2722     ;; see if we have a bibliography, and insert the default one if not.
2723     (save-excursion
2724       (goto-char (point-min))
2725       (unless (re-search-forward "^bibliography:" (point-max) 'end)
2726         (insert (format "\nbibliography:%s"
2727                         (mapconcat 'identity reftex-default-bibliography ",")))))
2728     (save-buffer)
2729
2730     ;; get a latex file and extract the references
2731     (org-latex-export-to-latex)
2732     (find-file texfile)
2733     (reftex-parse-all)
2734     (reftex-create-bibtex-file bibfile)
2735     (save-buffer)
2736     ;; save results of the references
2737     (setq results (buffer-string))
2738
2739     ;; kill buffers. these are named by basename, not full path
2740     (kill-buffer (concat basename ".bib"))
2741     (kill-buffer (concat basename ".tex"))
2742     (kill-buffer basename)
2743
2744     (delete-file bibfile)
2745     (delete-file texfile)
2746     (delete-file tempname)
2747
2748     ;; Now back to the original org buffer and insert the results
2749     (switch-to-buffer cb)
2750     (when (not (string= "" results))
2751       (save-excursion
2752         (goto-char (point-max))
2753         (insert "\n\n")
2754         (org-insert-heading)
2755         (insert (format " Bibtex entries
2756
2757 ,#+BEGIN_SRC text :tangle %s
2758 %s
2759 ,#+END_SRC" (concat (file-name-sans-extension (file-name-nondirectory (buffer-file-name))) ".bib") results))))))
2760 #+END_SRC
2761
2762 ** Find bad cite links
2763    :PROPERTIES:
2764    :ID:       8515E800-EDA0-4B2A-85FD-55B6FF849203
2765    :END:
2766 Depending on how you enter citations, you may have citations with no corresponding bibtex entry. This function finds them and gives you a clickable table to navigate to them.
2767
2768 #+BEGIN_SRC emacs-lisp  :tangle org-ref.el
2769 (require 'cl)
2770
2771 (defun index (substring list)
2772   "return the index of string in a list of strings"
2773   (let ((i 0)
2774         (found nil))
2775     (dolist (arg list i)
2776       (if (string-match (concat "^" substring "$") arg)
2777           (progn
2778             (setq found t)
2779             (return i)))
2780       (setq i (+ i 1)))
2781     ;; return counter if found, otherwise return nil
2782     (if found i nil)))
2783
2784
2785 (defun org-ref-find-bad-citations ()
2786   "Create a list of citation keys in an org-file that do not have a bibtex entry in the known bibtex files.
2787
2788 Makes a new buffer with clickable links."
2789   (interactive)
2790   ;; generate the list of bibtex-keys and cited keys
2791   (let* ((bibtex-files (org-ref-find-bibliography))
2792          (bibtex-file-path (mapconcat (lambda (x) (file-name-directory (file-truename x))) bibtex-files ":"))
2793          (bibtex-keys (mapcar (lambda (x) (car x)) (bibtex-global-key-alist)))
2794          (bad-citations '()))
2795
2796     (org-element-map (org-element-parse-buffer) 'link
2797       (lambda (link)
2798         (let ((plist (nth 1 link)))
2799           (when (-contains? org-ref-cite-types (plist-get plist :type))
2800             (dolist (key (org-ref-split-and-strip-string (plist-get plist :path)))
2801               (when (not (index key bibtex-keys))
2802                 (message-box "%s" link)
2803                 (setq
2804                  bad-citations
2805                  (append
2806                   bad-citations
2807                   `(,(format "%s [[elisp:(progn (switch-to-buffer-other-frame \"%s\")(goto-char %s))][not found here]]\n"
2808                              key
2809                              (buffer-name)
2810                              (plist-get plist :begin)))))
2811                 )))))
2812       ;; set with-affilates to t to get citations in a caption
2813       nil nil nil t)
2814
2815     (if bad-citations
2816       (progn
2817         (switch-to-buffer-other-window "*Missing citations*")
2818         (org-mode)
2819         (erase-buffer)
2820         (insert "* List of bad cite links\n")
2821         (insert (mapconcat 'identity bad-citations ""))
2822                                         ;(setq buffer-read-only t)
2823         (use-local-map (copy-keymap org-mode-map))
2824         (local-set-key "q" #'(lambda () (interactive) (kill-buffer))))
2825
2826       (when (get-buffer "*Missing citations*")
2827           (kill-buffer "*Missing citations*"))
2828       (message "No bad cite links found"))))
2829 #+END_SRC
2830
2831 ** helm interface to org-ref
2832 In [[id:8515E800-EDA0-4B2A-85FD-55B6FF849203][Find bad cite links]] we wrote a function that finds bad links and creates a buffer of links to them.
2833
2834 Here we develop a similar idea, but instead of an org-buffer with links, we create helm sources for bad cite links, bad ref links, and multiple labels.
2835
2836 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
2837 (defun org-ref-bad-cite-candidates ()
2838   "Returns a list of conses (key . marker) where key does not exist in the known bibliography files, and marker points to the key."
2839   (let* ((cp (point))                   ; save to return to later
2840          (bibtex-files (org-ref-find-bibliography))
2841          (bibtex-file-path (mapconcat
2842                             (lambda (x)
2843                               (file-name-directory (file-truename x)))
2844                             bibtex-files ":"))
2845          (bibtex-keys (mapcar (lambda (x) (car x))
2846                               (bibtex-global-key-alist)))
2847          (bad-citations '()))
2848
2849     (org-element-map (org-element-parse-buffer) 'link
2850       (lambda (link)
2851         (let ((plist (nth 1 link)))
2852           (when (-contains? org-ref-cite-types (plist-get plist :type))
2853             (dolist (key (org-ref-split-and-strip-string (plist-get plist :path)) )
2854               (when (not (index key bibtex-keys))
2855                 (goto-char (plist-get plist :begin))
2856                 (re-search-forward key)
2857                 (push (cons key (point-marker)) bad-citations)))
2858             )))
2859       ;; add with-affiliates to get cites in caption
2860       nil nil nil t)
2861     (goto-char cp)
2862     bad-citations))
2863
2864
2865 (defun org-ref-bad-ref-candidates ()
2866   "Returns a list of conses (ref . marker) where ref is a ref link that does not point to anything (i.e. a label)."
2867   ;; first get a list of legitimate labels
2868   (let ((cp (point))
2869         (labels (org-ref-get-labels))
2870         (bad-refs '()))
2871     ;; now loop over ref links
2872     (goto-char (point-min))
2873     (org-element-map (org-element-parse-buffer) 'link
2874       (lambda (link)
2875         (let ((plist (nth 1 link)))
2876           (when (or  (equal (plist-get plist ':type) "ref")
2877                      (equal (plist-get plist ':type) "eqref")
2878                      (equal (plist-get plist ':type) "pageref")
2879                      (equal (plist-get plist ':type) "nameref"))
2880             (unless (-contains? labels (plist-get plist :path))
2881               (goto-char (plist-get plist :begin))
2882               (add-to-list
2883                'bad-refs
2884                (cons (plist-get plist :path)
2885                      (point-marker))))))))
2886     (goto-char cp)
2887     bad-refs))
2888
2889
2890 (defun org-ref-bad-label-candidates ()
2891   "Return a list of labels where label is multiply defined."
2892   (let ((labels (org-ref-get-labels))
2893         (multiple-labels '()))
2894     (when (not (= (length labels)
2895                   (length (-uniq labels))))
2896       (dolist (label labels)
2897         (when (> (-count (lambda (a)
2898                            (equal a label))
2899                          labels) 1)
2900           ;; this is a multiply defined label.
2901           (let ((cp (point)))
2902             (goto-char (point-min))
2903             (while (re-search-forward
2904                     (format  "[^#+]label:%s\\s-" label) nil t)
2905               (push (cons label (point-marker)) multiple-labels))
2906
2907             (goto-char (point-min))
2908             (while (re-search-forward
2909                     (format  "\\label{%s}\\s-?" label) nil t)
2910               (push (cons label (point-marker)) multiple-labels))
2911
2912             (goto-char (point-min))
2913             (while (re-search-forward
2914                     (format  "^#\\+label:\\s-*%s" label) nil t)
2915               (push (cons label (point-marker)) multiple-labels))
2916
2917             (goto-char (point-min))
2918             (while (re-search-forward
2919                     (format   "^#\\+tblname:\\s-*%s" label) nil t)
2920               (push (cons label (point-marker)) multiple-labels))
2921             (goto-char cp)))))
2922       multiple-labels))
2923 #+END_SRC
2924
2925 #+RESULTS:
2926 : org-ref-bad-label-candidates
2927
2928 Now, we have a functions for candidates, we can make helm sources for each one, and then run a helm command to view them.
2929
2930 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
2931 (defun org-ref ()
2932   "Opens a helm interface to actions for org-ref.
2933 Shows bad citations, ref links and labels"
2934   (interactive)
2935   (let ((cb (current-buffer))
2936         (bad-citations (org-ref-bad-cite-candidates))
2937         (bad-refs (org-ref-bad-ref-candidates))
2938         (bad-labels (org-ref-bad-label-candidates)))
2939
2940     (helm :sources `(((name . "Bad citations")
2941                        (candidates . ,bad-citations)
2942                        (action . (lambda (marker)
2943                                    (switch-to-buffer (marker-buffer marker))
2944                                    (goto-char marker))))
2945                      ;;
2946                      ((name . "Bad Labels")
2947                       (candidates . ,bad-labels)
2948                       (action . (lambda (marker)
2949                                    (switch-to-buffer (marker-buffer marker))
2950                                    (goto-char marker))))
2951                      ;;
2952                      ((name . "Bad ref links")
2953                       (candidates . ,bad-refs)
2954                       (action . (lambda (marker)
2955                                           (switch-to-buffer (marker-buffer marker))
2956                                           (goto-char marker))))
2957                      ;;
2958                      ((name . "Utilities")
2959                       (candidates . (("Check buffer again" . org-ref)
2960                                      ("Insert citation" . helm-bibtex)
2961                                      ("Insert label link" . org-ref-helm-insert-label-link)
2962                                      ("Insert ref link" . org-ref-helm-insert-ref-link)
2963                                      ("List of figures" . org-ref-list-of-figures)
2964                                      ("List of tables" . org-ref-list-of-tables)
2965                                      ("Table of contents" . nil)
2966                                      ))
2967                       (action . (lambda (x)
2968                                   (switch-to-buffer ,cb)
2969                                   (funcall x))))
2970                      ;;
2971                      ((name . "Export functions")
2972                       (candidates . (("Extract cited entries" . org-ref-extract-bibtex-entries)
2973                                      ("Export to html and open" . (lambda () (org-open-file (org-html-export-to-html))))
2974                                      ("Export to pdf and open" . (lambda ()
2975                                                                    (org-open-file (org-latex-export-to-pdf))))
2976                                      ("Export to manuscript pdf and open" . ox-manuscript-export-and-build-and-open)
2977                                      ("Export submission manuscript pdf and open" . ox-manuscript-build-submission-manuscript-and-open)
2978
2979                                      ))
2980                       (action . (lambda (x)
2981                                   (switch-to-buffer ,cb)
2982                                   (funcall x))))
2983                       ))))
2984 #+END_SRC
2985
2986
2987 ** Finding non-ascii characters
2988 I like my bibtex files to be 100% ascii. This function finds the non-ascii characters so you can replace them.
2989
2990 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
2991 (defun org-ref-find-non-ascii-characters ()
2992   "finds non-ascii characters in the buffer. Useful for cleaning up bibtex files"
2993   (interactive)
2994   (occur "[^[:ascii:]]"))
2995 #+END_SRC
2996
2997 ** Resort a bibtex entry
2998 I like neat and orderly bibtex entries.That means the fields are in a standard order that I like. This function reorders the fields in an entry for articles, and makes sure the fields are in lowercase.
2999
3000 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
3001 (defun org-ref-sort-bibtex-entry ()
3002   "sort fields of entry in standard order and downcase them"
3003   (interactive)
3004   (bibtex-beginning-of-entry)
3005   (let* ((master '("author" "title" "journal" "volume" "number" "pages" "year" "doi" "url"))
3006          (entry (bibtex-parse-entry))
3007          (entry-fields)
3008          (other-fields)
3009          (type (cdr (assoc "=type=" entry)))
3010          (key (cdr (assoc "=key=" entry))))
3011
3012     ;; these are the fields we want to order that are in this entry
3013     (setq entry-fields (mapcar (lambda (x) (car x)) entry))
3014     ;; we do not want to reenter these fields
3015     (setq entry-fields (remove "=key=" entry-fields))
3016     (setq entry-fields (remove "=type=" entry-fields))
3017
3018     ;;these are the other fields in the entry
3019     (setq other-fields (remove-if-not (lambda(x) (not (member x master))) entry-fields))
3020
3021     (cond
3022      ;; right now we only resort articles
3023      ((string= (downcase type) "article")
3024       (bibtex-kill-entry)
3025       (insert
3026        (concat "@article{" key ",\n"
3027                (mapconcat
3028                 (lambda (field)
3029                   (when (member field entry-fields)
3030                     (format "%s = %s," (downcase field) (cdr (assoc field entry))))) master "\n")
3031                (mapconcat
3032                 (lambda (field)
3033                   (format "%s = %s," (downcase field) (cdr (assoc field entry)))) other-fields "\n")
3034                "\n}\n\n"))
3035       (bibtex-find-entry key)
3036       (bibtex-fill-entry)
3037       (bibtex-clean-entry)
3038        ))))
3039 #+END_SRC
3040
3041 ** Clean a bibtex entry
3042    I like neat and orderly bibtex entries. This code will eventually replace the key with my style key, clean the entry, and sort the fields in the order I like them.
3043 see [[file:emacs-24.3/lisp/textmodes/bibtex.el::bibtex-autokey-before-presentation-function]] for how to set a function that checks for uniqueness of the key.
3044 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
3045 (defun org-ref-clean-bibtex-entry(&optional keep-key)
3046   "clean and replace the key in a bibtex function. When keep-key is t, do not replace it. You can use a prefix to specify the key should be kept"
3047   (interactive "P")
3048   (bibtex-beginning-of-entry)
3049 (end-of-line)
3050   ;; some entries do not have a key or comma in first line. We check and add it, if needed.
3051   (unless (string-match ",$" (thing-at-point 'line))
3052     (end-of-line)
3053     (insert ","))
3054
3055   ;; check for empty pages, and put eid or article id in its place
3056   (let ((entry (bibtex-parse-entry))
3057         (pages (bibtex-autokey-get-field "pages"))
3058         (year (bibtex-autokey-get-field "year"))
3059         (doi  (bibtex-autokey-get-field "doi"))
3060         ;; The Journal of Chemical Physics uses eid
3061         (eid (bibtex-autokey-get-field "eid")))
3062
3063     ;; replace http://dx.doi.org/ in doi. some journals put that in,
3064     ;; but we only want the doi.
3065     (when (string-match "^http://dx.doi.org/" doi)
3066       (bibtex-beginning-of-entry)
3067       (goto-char (car (cdr (bibtex-search-forward-field "doi" t))))
3068       (bibtex-kill-field)
3069       (bibtex-make-field "doi")
3070       (backward-char)
3071       (insert (replace-regexp-in-string "^http://dx.doi.org/" "" doi)))
3072
3073     ;; asap articles often set year to 0, which messes up key
3074     ;; generation. fix that.
3075     (when (string= "0" year)
3076       (bibtex-beginning-of-entry)
3077       (goto-char (car (cdr (bibtex-search-forward-field "year" t))))
3078       (bibtex-kill-field)
3079       (bibtex-make-field "year")
3080       (backward-char)
3081       (insert (read-string "Enter year: ")))
3082
3083     ;; fix pages if they are empty if there is an eid to put there.
3084     (when (string= "-" pages)
3085       (when eid
3086         (bibtex-beginning-of-entry)
3087         ;; this seems like a clunky way to set the pages field.But I
3088         ;; cannot find a better way.
3089         (goto-char (car (cdr (bibtex-search-forward-field "pages" t))))
3090         (bibtex-kill-field)
3091         (bibtex-make-field "pages")
3092         (backward-char)
3093         (insert eid)))
3094
3095     ;; replace naked & with \&
3096     (save-restriction
3097       (bibtex-narrow-to-entry)
3098       (bibtex-beginning-of-entry)
3099       (message "checking &")
3100       (replace-regexp " & " " \\\\& ")
3101       (widen))
3102
3103     ;; generate a key, and if it duplicates an existing key, edit it.
3104     (unless keep-key
3105       (let ((key (bibtex-generate-autokey)))
3106
3107         ;; first we delete the existing key
3108         (bibtex-beginning-of-entry)
3109         (re-search-forward bibtex-entry-maybe-empty-head)
3110         (if (match-beginning bibtex-key-in-head)
3111             (delete-region (match-beginning bibtex-key-in-head)
3112                            (match-end bibtex-key-in-head)))
3113         ;; check if the key is in the buffer
3114         (when (save-excursion
3115                 (bibtex-search-entry key))
3116           (save-excursion
3117             (bibtex-search-entry key)
3118             (bibtex-copy-entry-as-kill)
3119             (switch-to-buffer-other-window "*duplicate entry*")
3120             (bibtex-yank))
3121           (setq key (bibtex-read-key "Duplicate Key found, edit: " key)))
3122
3123         (insert key)
3124         (kill-new key))) ;; save key for pasting
3125
3126     ;; run hooks. each of these operates on the entry with no arguments.
3127     ;; this did not work like  i thought, it gives a symbolp error.
3128     ;; (run-hooks org-ref-clean-bibtex-entry-hook)
3129     (mapcar (lambda (x)
3130               (save-restriction
3131                 (save-excursion
3132                   (funcall x))))
3133             org-ref-clean-bibtex-entry-hook)
3134
3135     ;; sort fields within entry
3136     (org-ref-sort-bibtex-entry)
3137     ;; check for non-ascii characters
3138     (occur "[^[:ascii:]]")
3139     ))
3140 #+END_SRC
3141
3142 #+RESULTS:
3143 : org-ref-clean-bibtex-entry
3144
3145 ** Sort the entries in a citation link by year
3146 I prefer citations in chronological order within a grouping. These functions sort the link under the cursor by year.
3147
3148 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
3149 (defun org-ref-get-citation-year (key)
3150   "get the year of an entry with key. Returns year as a string."
3151   (interactive)
3152   (let* ((results (org-ref-get-bibtex-key-and-file key))
3153          (bibfile (cdr results)))
3154     (with-temp-buffer
3155       (insert-file-contents bibfile)
3156       (bibtex-search-entry key nil 0)
3157       (prog1 (reftex-get-bib-field "year" (bibtex-parse-entry t))
3158         ))))
3159
3160 (defun org-ref-sort-citation-link ()
3161  "replace link at point with sorted link by year"
3162  (interactive)
3163  (let* ((object (org-element-context))
3164         (type (org-element-property :type object))
3165         (begin (org-element-property :begin object))
3166         (end (org-element-property :end object))
3167         (link-string (org-element-property :path object))
3168         keys years data)
3169   (setq keys (org-ref-split-and-strip-string link-string))
3170   (setq years (mapcar 'org-ref-get-citation-year keys))
3171   (setq data (mapcar* (lambda (a b) `(,a . ,b)) years keys))
3172   (setq data (cl-sort data (lambda (x y) (< (string-to-int (car x)) (string-to-int (car y))))))
3173   ;; now get the keys separated by commas
3174   (setq keys (mapconcat (lambda (x) (cdr x)) data ","))
3175   ;; and replace the link with the sorted keys
3176   (cl--set-buffer-substring begin end (concat type ":" keys))))
3177 #+END_SRC
3178
3179 ** Sort entries in citation links with shift-arrow keys
3180 Sometimes it may be helpful to manually change the order of citations. These functions define shift-arrow functions.
3181 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
3182 (defun org-ref-swap-keys (i j keys)
3183  "swap the keys in a list with index i and j"
3184  (let ((tempi (nth i keys)))
3185    (setf (nth i keys) (nth j keys))
3186    (setf (nth j keys) tempi))
3187   keys)
3188
3189 (defun org-ref-swap-citation-link (direction)
3190  "move citation at point in direction +1 is to the right, -1 to the left"
3191  (interactive)
3192  (let* ((object (org-element-context))
3193         (type (org-element-property :type object))
3194         (begin (org-element-property :begin object))
3195         (end (org-element-property :end object))
3196         (link-string (org-element-property :path object))
3197         key keys i)
3198    ;;   We only want this to work on citation links
3199    (when (-contains? org-ref-cite-types type)
3200         (setq key (org-ref-get-bibtex-key-under-cursor))
3201         (setq keys (org-ref-split-and-strip-string link-string))
3202         (setq i (index key keys))  ;; defined in org-ref
3203         (if (> direction 0) ;; shift right
3204             (org-ref-swap-keys i (+ i 1) keys)
3205           (org-ref-swap-keys i (- i 1) keys))
3206         (setq keys (mapconcat 'identity keys ","))
3207         ;; and replace the link with the sorted keys
3208         (cl--set-buffer-substring begin end (concat type ":" keys " "))
3209         ;; now go forward to key so we can move with the key
3210         (re-search-forward key)
3211         (goto-char (match-beginning 0)))))
3212
3213 ;; add hooks to make it work
3214 (add-hook 'org-shiftright-hook (lambda () (org-ref-swap-citation-link 1)))
3215 (add-hook 'org-shiftleft-hook (lambda () (org-ref-swap-citation-link -1)))
3216 #+END_SRC
3217
3218 ** Lightweight messages about links
3219 To get a lighter weight message about the label, ref and cite links, we define a function that gives us the minibuffer message, without the menu. We run this in an idle timer.
3220
3221 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
3222 (defun org-ref-get-label-context (label)
3223   "Return a string of context around a label."
3224   (save-excursion
3225     (catch 'result
3226       (goto-char (point-min))
3227       (when (re-search-forward
3228              (format "label:%s\\b" label) nil t)
3229         (throw 'result (buffer-substring
3230                         (progn
3231                           (previous-line)
3232                           (beginning-of-line)
3233                           (point))
3234                         (progn
3235                           (forward-line 4)
3236                           (point)))))
3237
3238       (goto-char (point-min))
3239       (when (re-search-forward
3240              (format "\\label{%s}" label) nil t)
3241         (throw 'result (buffer-substring
3242                         (progn
3243                           (previous-line)
3244                           (beginning-of-line)
3245                           (point))
3246                         (progn
3247                           (forward-line 4)
3248                           (point)))))
3249
3250       (goto-char (point-min))
3251       (when (re-search-forward
3252              (format "^#\\+label:\\s-*\\(%s\\)\\b" label) nil t)
3253         (throw 'result (buffer-substring
3254                         (progn
3255                           (previous-line)
3256                           (beginning-of-line)
3257                           (point))
3258                         (progn
3259                           (forward-line 4)
3260                           (point)))))
3261
3262       (goto-char (point-min))
3263       (when (re-search-forward
3264              (format "^#\\+tblname:\\s-*\\(%s\\)\\b" label) nil t)
3265         (throw 'result (buffer-substring
3266                         (progn
3267                           (previous-line)
3268                           (beginning-of-line)
3269                           (point))
3270                         (progn
3271                           (forward-line 4)
3272                           (point)))))
3273       (throw 'result "!!! NO CONTEXT FOUND !!!"))))
3274
3275
3276 (defun org-ref-link-message ()
3277   "Print a minibuffer message about the link that point is on."
3278   (interactive)
3279   (when (eq major-mode 'org-mode)
3280     (let* ((object (org-element-context))
3281            (type (org-element-property :type object)))
3282       (save-excursion
3283         (cond
3284          ;; cite links
3285          ((-contains? org-ref-cite-types type)
3286           (message (org-ref-get-citation-string-at-point)))
3287
3288          ;; message some context about the label we are referring to
3289          ((string= type "ref")
3290           (message "%scount: %s"
3291                    (org-ref-get-label-context
3292                     (org-element-property :path object))
3293                    (org-ref-count-labels
3294                         (org-element-property :path object))))
3295
3296          ((string= type "eqref")
3297           (message "%scount: %s"
3298                    (org-ref-get-label-context
3299                     (org-element-property :path object))
3300                    (org-ref-count-labels
3301                         (org-element-property :path object))))
3302
3303          ;; message the count
3304          ((string= type "label")
3305           (let ((count (org-ref-count-labels
3306                         (org-element-property :path object))))
3307             ;; get plurality on occurrence correct
3308             (message (concat
3309                       (number-to-string count)
3310                       " occurence"
3311                       (when (or (= count 0)
3312                                 (> count 1))
3313                         "s")))))
3314
3315          ((string= type "custom-id")
3316           (save-excursion
3317             (org-open-link-from-string
3318              (format "[[#%s]]" (org-element-property :path object)))
3319             (message "%s" (org-get-heading))))
3320
3321          ;; check if the bibliography files exist.
3322          ((string= type "bibliography")
3323           (let* ((bibfile)
3324                  ;; object is the link you clicked on
3325                  (object (org-element-context))
3326                  (link-string (org-element-property :path object))
3327                  (link-string-beginning)
3328                  (link-string-end))
3329             (save-excursion
3330               (goto-char (org-element-property :begin object))
3331               (search-forward link-string nil nil 1)
3332               (setq link-string-beginning (match-beginning 0))
3333               (setq link-string-end (match-end 0)))
3334
3335              ;; make sure we are in link and not before the :
3336             (when (> link-string-beginning (point))
3337               (goto-char link-string-beginning))
3338
3339             ;; now if we have comma separated bibliographies
3340             ;; we find the one clicked on. we want to
3341             ;; search forward to next comma from point
3342             (save-excursion
3343               (if (search-forward "," link-string-end 1 1)
3344                   (setq key-end (- (match-end 0) 1)) ; we found a match
3345                 (setq key-end (point)))) ; no comma found so take the point
3346
3347             ;; and backward to previous comma from point
3348             (save-excursion
3349               (if (search-backward "," link-string-beginning 1 1)
3350                   (setq key-beginning (+ (match-beginning 0) 1)) ; we found a match
3351                 (setq key-beginning (point)))) ; no match found
3352             ;; save the key we clicked on.
3353             (setq bibfile
3354                   (org-ref-strip-string
3355                    (buffer-substring key-beginning key-end)))
3356             (if (file-exists-p bibfile)
3357                 (message "%s exists." bibfile)
3358               (message "!!! %s NOT FOUND !!!" bibfile))))
3359          )))))
3360 #+END_SRC
3361
3362 * Aliases
3363 I like convenience. Here are some aliases for faster typing.
3364
3365 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
3366 (defalias 'oro 'org-ref-open-citation-at-point)
3367 (defalias 'orc 'org-ref-citation-at-point)
3368 (defalias 'orp 'org-ref-open-pdf-at-point)
3369 (defalias 'oru 'org-ref-open-url-at-point)
3370 (defalias 'orn 'org-ref-open-notes-at-point)
3371 (defalias 'ornr 'org-ref-open-notes-from-reftex)
3372
3373 (defalias 'orib 'org-ref-insert-bibliography-link)
3374 (defalias 'oric 'org-ref-insert-cite-link)
3375 (defalias 'orir 'org-ref-insert-ref-link)
3376 (defalias 'orsl 'org-ref-store-bibtex-entry-link)
3377
3378 (defalias 'orcb 'org-ref-clean-bibtex-entry)
3379 #+END_SRC
3380 * Helm interface
3381 [[https://github.com/tmalsburg/helm-bibtex][helm-bibtex]] is a very cool interface to bibtex files. Out of the box though, it is not super convenient for org-ref. Here, we modify it to make it fit our workflow and extend it where needed.
3382
3383 1. Make the default action to insert selected keys.
3384 2. Make open entry second action
3385 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
3386 (setq helm-source-bibtex
3387       '((name                                      . "BibTeX entries")
3388         (init                                      . helm-bibtex-init)
3389         (candidates                                . helm-bibtex-candidates)
3390         (filtered-candidate-transformer            . helm-bibtex-candidates-formatter)
3391         (action . (("Insert citation"              . helm-bibtex-insert-citation)
3392                    ("Show entry"                   . helm-bibtex-show-entry)
3393                    ("Open PDF file (if present)"   . helm-bibtex-open-pdf)
3394                    ("Open URL or DOI in browser"   . helm-bibtex-open-url-or-doi)
3395                    ("Insert reference"             . helm-bibtex-insert-reference)
3396                    ("Insert BibTeX key"            . helm-bibtex-insert-key)
3397                    ("Insert BibTeX entry"          . helm-bibtex-insert-bibtex)
3398                    ("Attach PDF to email"          . helm-bibtex-add-PDF-attachment)
3399                    ("Edit notes"                   . helm-bibtex-edit-notes)
3400                    ))))
3401 #+END_SRC
3402
3403 Now, let us define a function that inserts the cite links:
3404 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
3405 (defun helm-bibtex-format-org-ref (keys)
3406   "Insert selected KEYS as cite link. Append KEYS if you are on a link.
3407 Technically, this function should return a string that is inserted by helm. This function does the insertion and gives helm an empty string to insert. This lets us handle appending to a link properly.
3408
3409 In the helm-bibtex buffer, C-u will give you a helm menu to select a new link type for the selected entries.
3410
3411 C-u C-u will change the key at point to the selected keys.
3412 "
3413   (let* ((object (org-element-context))
3414          (last-char (save-excursion
3415                       (goto-char (org-element-property :end object))
3416                       (backward-char)
3417                       (if (looking-at " ")
3418                           " "
3419                         ""))))
3420     (cond
3421      ;; case where we are in a link
3422      ((and (equal (org-element-type object) 'link)
3423            (-contains?
3424             org-ref-cite-types
3425             (org-element-property :type object)))
3426       (cond
3427        ;; no prefix. append keys
3428        ((equal helm-current-prefix-arg nil)
3429         (goto-char (org-element-property :end object))
3430         (while (looking-back " ") (backward-char))
3431         (insert (concat "," (mapconcat 'identity keys ","))))
3432        ;; double prefix, replace key at point
3433        ((equal helm-current-prefix-arg '(16))
3434         (setf (buffer-substring
3435                (org-element-property :begin object)
3436                (org-element-property :end object))
3437               (concat
3438                (replace-regexp-in-string
3439                 (car (org-ref-get-bibtex-key-and-file)) ; key
3440                 (mapconcat 'identity keys ",")          ; new keys
3441                 (org-element-property :raw-link object))
3442                ;; replace space at end to avoid collapsing into next word.
3443                last-char))
3444         ;; and we want to go to the end of the new link
3445         (goto-char
3446          (org-element-property :end (org-element-context))))
3447        (t
3448         (message "Not found"))))
3449
3450      ;; We are next to a link, and we want to append
3451      ;; next to a link means one character back is on a link.
3452      ((save-excursion
3453         (backward-char)
3454         (and (equal (org-element-type (org-element-context)) 'link)
3455              (-contains?
3456               org-ref-cite-types
3457               (org-element-property :type (org-element-context)))))
3458       (while (looking-back " ") (backward-char))
3459       (insert (concat "," (mapconcat 'identity keys ","))))
3460
3461      ;; insert fresh link
3462      (t
3463       ;;(message-box "fresh link")
3464       (insert
3465        (concat (if (equal helm-current-prefix-arg '(4))
3466                    (helm :sources `((name . "link types")
3467                                     (candidates . ,org-ref-cite-types)
3468                                     (action . (lambda (x) x))))
3469                org-ref-default-citation-link)
3470                ":"
3471                (s-join "," keys))))))
3472   ;; return empty string for helm
3473   "")
3474
3475 (setq helm-bibtex-format-citation-functions
3476       '((org-mode . helm-bibtex-format-org-ref)))
3477
3478 (defun org-ref-helm-insert-cite-link (arg)
3479   "org-ref function to use helm-bibtex to insert a citation link.
3480 With one prefix arg, insert a ref link.
3481 With two prefix args, insert a label link."
3482   (interactive "P")
3483   (cond
3484    ((equal arg nil)
3485      (let ((helm-bibtex-bibliography (org-ref-find-bibliography)))
3486        (helm-bibtex)))
3487    ((equal arg '(4))
3488     (org-ref-helm-insert-ref-link))
3489    ((equal arg '(16))
3490     (org-ref-helm-insert-label-link))))
3491
3492 (require 'helm-bibtex)
3493
3494 ;; add our own fallback entries where we want them. These appear in reverse order of adding in the menu
3495 (setq helm-bibtex-fallback-options
3496       (-insert-at 1 '("Crossref" . "http://search.crossref.org/?q=%s") helm-bibtex-fallback-options))
3497
3498 (setq helm-bibtex-fallback-options
3499       (-insert-at
3500        1
3501        '("Scopus" . "http://www.scopus.com/scopus/search/submit/xadvanced.url?searchfield=TITLE-ABS-KEY(%s)")
3502        helm-bibtex-fallback-options))
3503
3504 (setq helm-bibtex-fallback-options
3505       (-insert-at 1 '("WOS" . "http://gateway.webofknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?topic=%s&GWVersion=2&SrcApp=WEB&SrcAuth=HSB&DestApp=UA&DestLinkType=GeneralSearchSummary") helm-bibtex-fallback-options))
3506 #+END_SRC
3507
3508 ** A helm click menu
3509 This code provides a helm interface to things you can do when you click on a citation link. This is an alternative to the minibuffer menu.
3510 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
3511 (defun org-ref-get-citation-string-at-point ()
3512   "Get a string of a formatted citation"
3513   (interactive)
3514   (let* ((results (org-ref-get-bibtex-key-and-file))
3515          (key (car results))
3516          (bibfile (cdr results)))
3517     (if bibfile
3518         (save-excursion
3519           (with-temp-buffer
3520             (insert-file-contents bibfile)
3521             (bibtex-search-entry key)
3522             (org-ref-bib-citation)))
3523       "!!! No entry found !!!" )))
3524
3525 (defun org-ref-cite-candidates ()
3526   "Generate the list of possible candidates for click actions on a cite link.
3527 Checks for pdf and doi, and add appropriate functions."
3528   (interactive)
3529   (let* ((results (org-ref-get-bibtex-key-and-file))
3530          (key (car results))
3531          (pdf-file (format (concat org-ref-pdf-directory "%s.pdf") key))
3532          (bibfile (cdr results))
3533          (url (save-excursion
3534                 (with-temp-buffer
3535                   (insert-file-contents bibfile)
3536                   (bibtex-search-entry key)
3537                   (bibtex-autokey-get-field "url"))))
3538          (doi (save-excursion
3539                 (with-temp-buffer
3540                   (insert-file-contents bibfile)
3541                   (bibtex-search-entry key)
3542                   ;; I like this better than bibtex-url which does not always find
3543                   ;; the urls
3544                   (bibtex-autokey-get-field "doi"))))
3545          (candidates `(("Quit" . org-ref-citation-at-point)
3546                        ("Open bibtex entry" . org-ref-open-citation-at-point))))
3547     ;; for some reason, when there is no doi or url, they are returned as "". I
3548     ;; prefer nil so we correct this here.
3549     (when (string= doi "") (setq doi nil))
3550     (when (string= url "") (setq url nil))
3551
3552     ;; Conditional pdf functions
3553     (if (file-exists-p pdf-file)
3554         (add-to-list
3555          'candidates
3556          '("Open pdf" . org-ref-open-pdf-at-point)
3557          t)
3558       (add-to-list
3559        'candidates
3560        '("Try to get pdf" . (lambda ()
3561                               (save-window-excursion
3562                                 (org-ref-open-citation-at-point)
3563                                 (bibtex-beginning-of-entry)
3564                                 (doi-utils-get-bibtex-entry-pdf))))
3565        t))
3566
3567
3568     (add-to-list
3569      'candidates
3570      '("Open notes" . org-ref-open-notes-at-point)
3571      t)
3572
3573     ;; conditional url and doi functions
3574     (when (or url doi)
3575       (add-to-list
3576        'candidates
3577        '("Open in browser" . org-ref-open-url-at-point)
3578        t))
3579
3580     (when doi
3581       (mapc (lambda (x)
3582               (add-to-list 'candidates x t))
3583             `(("WOS" . org-ref-wos-at-point)
3584               ("Related articles in WOS" . org-ref-wos-related-at-point)
3585               ("Citing articles in WOS" . org-ref-wos-citing-at-point)
3586               ("Google Scholar" . org-ref-google-scholar-at-point)
3587               ("Pubmed" . org-ref-pubmed-at-point)
3588               ("Crossref" . org-ref-crossref-at-point)
3589               )))
3590
3591     (add-to-list
3592      'candidates
3593      '("Copy formatted citation to clipboard" . org-ref-copy-entry-as-summary)
3594      t)
3595
3596     (add-to-list
3597      'candidates
3598      '("Copy key to clipboard" . (lambda ()
3599                                   (kill-new
3600                                    (car (org-ref-get-bibtex-key-and-file)))))
3601      t)
3602
3603     (add-to-list
3604      'candidates
3605      '("Copy bibtex entry to file" . org-ref-copy-entry-at-point-to-file)
3606      t)
3607
3608     (add-to-list
3609      'candidates
3610      '("Email bibtex entry and pdf" . (lambda ()
3611                   (save-excursion
3612                     (org-ref-open-citation-at-point)
3613                     (email-bibtex-entry))))
3614      t)
3615   ;; finally return a numbered list of the candidates
3616   (loop for i from 0
3617         for cell in candidates
3618         collect (cons (format "%2s. %s" i (car cell))
3619                       (cdr cell)))))
3620
3621
3622 (defvar org-ref-helm-user-candidates '()
3623   "List of user-defined candidates to act when clicking on a cite link.
3624 This is a list of cons cells '((\"description\" . action)). The action function should not take an argument, and should assume point is on the cite key of interest.
3625 ")
3626
3627 ;; example of adding your own function
3628 (add-to-list
3629  'org-ref-helm-user-candidates
3630  '("Example" . (lambda () (message-box "You did it!")))
3631  t)
3632
3633 (defun org-ref-cite-click-helm (key)
3634   "subtle points.
3635 1. get name and candidates before entering helm because we need the org-buffer.
3636 2. switch back to the org buffer before evaluating the action. most of them need the point and buffer."
3637   (interactive)
3638   (let ((name (org-ref-get-citation-string-at-point))
3639         (candidates (org-ref-cite-candidates))
3640         (cb (current-buffer)))
3641
3642     (helm :sources `(((name . ,name)
3643                       (candidates . ,candidates)
3644                       (action . (lambda (f)
3645                                   (switch-to-buffer cb)
3646                                   (funcall f))))
3647                      ((name . "User functions")
3648                       (candidates . ,org-ref-helm-user-candidates)
3649                       (action . (lambda (f)
3650                                   (switch-to-buffer cb)
3651                                   (funcall f))))
3652                      ))))
3653 #+END_SRC
3654
3655 #+RESULTS:
3656 : org-ref-cite-click-helm
3657
3658 * End of code
3659 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle org-ref.el
3660 (provide 'org-ref)
3661 #+END_SRC
3662
3663 * Build                                                            :noexport:
3664 This code will tangle the elisp code out to org-ref.el and load it.
3665
3666 [[elisp:(progn (org-babel-tangle) (load-file "org-ref.el"))]]
3667
3668 Alternatively you may use:
3669
3670 [[elisp:(org-babel-load-file "org-ref.org")]]