jmax-bibtex.el

   1 ;;; jmax-bibtex.el --- jmax-bibtex utilities
   2
   3 ;; Copyright(C) 2014 John Kitchin
   4
   5 ;; Author: John Kitchin <jkitchin@andrew.cmu.edu>
   6 ;; URL: https://github.com/jkitchin/org-ref
   7 ;; Version: 0.1
   8 ;; Keywords: org-mode, bibtex
   9 ;; Package-Requires: ((org-ref) (s) (dash) (doi-utils) (key-chord))
  10
  11 ;; This file is not currently part of GNU Emacs.
  12
  13 ;; This program is free software; you can redistribute it and/or
  14 ;; modify it under the terms of the GNU General Public License as
  15 ;; published by the Free Software Foundation; either version 2, or (at
  16 ;; your option) any later version.
  17
  18 ;; This program is distributed in the hope that it will be useful, but
  19 ;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  20 ;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  21 ;; General Public License for more details.
  22
  23 ;; You should have received a copy of the GNU General Public License
  24 ;; along with this program ; see the file COPYING.  If not, write to
  25 ;; the Free Software Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
  26 ;; Boston, MA 02111-1307, USA.
  27
  28 ;;; Commentary:
  29
  30 ;; jmax-bibtex-generate-longtitles
  31 ;; jmax-bibtex-generate-shorttitles
  32 ;; jmax-stringify-journal-name :: replace a journal name with a string in
  33 ;; `jmax-bibtex-journal-abbreviations'
  34 ;; jmax-set-journal-string :: in a bibtex entry run this to replace the
  35 ;; journal with a string
  36 ;;
  37 ;; jmax-title-case-article :: title case the title in an article
  38 ;; jmax-sentence-case-article :: sentence case the title in an article.
  39
  40 ;; jmax-replace-nonascii :: replace nonascii characters in a bibtex
  41 ;; entry. Replacements are in `jmax-nonascii-latex-replacements'.
  42 ;;
  43 ;; jmax-title-case-article
  44 ;; jmax-sentence-case-article
  45 ;;
  46 ;; jmax-bibtex-next-entry :: bound to M-n
  47 ;; jmax-bibtex-previous-entry :: bound to M-p
  48 ;;
  49 ;; Functions to act on a bibtex entry or file
  50 ;; jmax-bibtex-hydra/body gives a hydra menu to a lot of useful functions.
  51 ;; jmax-bibtex-new-entry/body gives a hydra menu to add new bibtex entries.
  52 ;; jmax-bibtex-file/body gives a hydra menu of actions for the bibtex file
  53 ;;
  54 ;; jmax-bibtex :: a deprecated menu of actions
  55
  56 (require 'hydra)
  57 (require 'key-chord)
  58
  59 ;;; Code:
  60 ;; * Custom variables
  61 (defgroup jmax-bibtex nil
  62   "Customization group for jmax-bibtex.")
  63
  64
  65 (defcustom jmax-bibtex-hydra-key-chord
  66   nil
  67   "key-chord to run `jmax-bibtex-hydra'.
  68 I like \"jj\""
  69   :type 'string
  70   :group 'jmax-bibtex)
  71
  72
  73 (defcustom jmax-bibtex-hydra-key-binding
  74   nil
  75   "key-binding to run `jmax-bibtex-hydra'.
  76 I like \C-cj."
  77   :type 'string
  78   :group 'jmax-bibtex)
  79
  80 ;; * Journal abbreviations
  81 (defvar jmax-bibtex-journal-abbreviations
  82   '(("ACAT" "ACS Catalysis" "ACS Catal.")
  83     ("AM" "Acta Materialia" "Acta Mater.")
  84     ("AMM" "Acta Metallurgica et Materialia" "Acta Metall. Mater.")
  85     ("AMiner" "American Mineralogist" "Am. Mineral.")
  86     ("AngC" "Angewandte Chemie-International Edition" "Angew. Chem. Int. Edit.")
  87     ("APLM" "APL Materials" "APL Mat.")
  88     ("ACBE" "Applied Catalysis B: Environmental" "Appl. Catal. B-Environ.")
  89     ("APL" "Applied Physics Letters" "Appl. Phys. Lett.")
  90     ("ASS" "Applied Surface Science" "Appl. Surf. Sci.")
  91     ("CL" "Catalysis Letters" "Catal. Lett.")
  92     ("CST" "Catalysis Science & Technology" "Catal. Sci. Technol.")
  93     ("CT" "Catalysis Today" "Catal. Today")
  94     ("CPL" "Chemical Physics Letters" "Chem. Phys. Lett")
  95     ("CR" "Chemical Reviews" "Chem. Rev.")
  96     ("CSR" "Chemical Society Reviews" "Chem. Soc. Rev.")
  97     ("CSR" "Chemical Society Reviews" "Chem. Soc. Rev.")
  98     ("CM" "Chemistry of Materials" "Chem. Mater.")
  99     ("CSA" "Colloids and Surfaces, A: Physicochemical and Engineering Aspects" "Colloids Surf., A")
 100     ("CPMS" "Computational Materials Science" "Comp. Mater. Sci.")
 101     ("CPC" "Computer Physics Communications" "Comput. Phys. Commun.")
 102     ("CGD" "Crystal Growth \\& Design" "Cryst. Growth Des.")
 103     ("CEC" "CrystEngComm" "CrystEngComm")
 104     ("ECST" "ECS Transactions" "ECS Trans.")
 105     ("EES" "Energy \\& Environmental Science" "Energy Environ. Sci.")
 106     ("HPR" "High Pressure Research" "High Pressure Res.")
 107     ("IC" "Inorganic Chemistry" "Inorg. Chem.")
 108     ("IECR" "Industrial \\& Engineering Chemistry Research" "Ind. Eng. Chem. Res.")
 109     ("JJAP" "Japanese Journal of Applied Physics" "Jpn. J. Appl. Phys.")
 110     ("JMatR" "Journal of  Materials Research" "J. Mater. Res.")
 111     ("JALC" "Journal of Alloys and Compounds" "J. Alloy Compd.")
 112     ("JAC" "Journal of Applied Crystallography" "J. Appl. Crystallogr.")
 113     ("JAP" "Journal of Applied Physics" "J. Appl. Phys.")
 114     ("JC" "Journal of Catalysis" "J. Catal.")
 115     ("JCP" "Journal of Chemical Physics" "J. Chem. Phys.")
 116     ("JCC" "Journal of Computational Chemistry" "J. Comput. Chem.")
 117     ("JCG" "Journal of Crystal Growth" "J. Crys. Growth")
 118     ("JMC" "Journal of Materials Chemistry" "J. Mater. Chem.")
 119     ("JMC" "Journal of Materials Chemistry" "J. Mater. Chem.")
 120     ("JMSL" "Journal of Materials Science Letters" "J. Mater. Sci. Lett.")
 121     ("JMS" "Journal of Membrane Science" "J. Memb. Sci.")
 122     ("JPE" "Journal of Phase Equilibria" "J. Phase Equilib.")
 123     ("JPCS" "Journal of Physics and Chemistry of Solids" "J. Phys. Chem. Solids")
 124     ("JPCM" "Journal of Physics: Condensed Matter" "J. Phys.: Condens. Matter")
 125     ("JSSC" "Journal of Solid State Chemistry" "J. Solid State Chem.")
 126     ("JACerS" "Journal of the American Ceramic Society" "J. Am. Ceram. Soc.")
 127     ("JACS" "Journal of the American Chemical Society" "J. Am. Chem. Soc.")
 128     ("JES" "Journal of The Electrochemical Society" "J. Electrochem. Soc.")
 129     ("JEaC" "Journal of Electroanalytical Chemistry" "J. Electroanal. Chem.")
 130     ("JMS" "Journal of Membrane Science" "J. Memb. Sci.")
 131     ("JVST" "Journal of Vacuum Science \\& Technology A" "J. Vac. Sci. Technol. A")
 132     ("ML" "Materials Letters" "Mater. Lett.")
 133     ("MSE-BS" "Materials Science and Engineering B" "Mat. Sci. Eng. B-Solid")
 134     ("MOLSIM" "Molecular Simulation" "Mol. Sim.")
 135     ("Nature" "Nature" "Nature")
 136     ("NM" "Nature Materials" "Nat. Mater.")
 137     ("PML" "Philosophical Magazine Letters" "Phil. Mag. Lett.")
 138     ("PMA" "Philosophical Magazine A" "Phil. Mag. A")
 139     ("PA" "Physica A: Statistical Mechanics and its Applications" "Physica A")
 140     ("PB" "Physica B-Condensed Matter" "Physica B")
 141     ("PCCP" "Physical Chemistry Chemical Physics" "Phys. Chem. Chem. Phys.")
 142     ("PSSB" "physica status solidi (b)" "Phys. Status Solidi B")
 143     ("PRA" "Physical Review A" "Phys. Rev. A")
 144     ("PRB" "Physical Review B" "Phys. Rev. B")
 145     ("PRL" "Physical Review Letters" "Phys. Rev. Lett.")
 146     ("PCM" "Physics and Chemistry of Minerals" "Phys. Chem. Miner.")
 147     ("PSurfSci" "Progress in Surface Science" "Prog. Surf. Sci.")
 148     ("Science" "Science" "Science")
 149     ("SABC" "Sensors and Actuators B: Chemical" "Sensor. Actuat. B-Chem.")
 150     ("SS" "Surface Science" "Surf. Sci.")
 151     ("EPJB" "The European Physical Journal B" "Eur. Phys. J. B")
 152     ("JPC" "The Journal of Physical Chemistry" "J. Phys. Chem.")
 153     ("JPCB" "The Journal of Physical Chemistry B" "J. Phys. Chem. B")
 154     ("JPCC" "The Journal of Physical Chemistry C" "J. Phys. Chem. C")
 155     ("JPCL" "The Journal of Physical Chemistry Letters" "J. Phys. Chem. Lett.")
 156     ("JCP" "The Journal of Chemical Physics" "J. Chem. Phys.")
 157     ("MSMSE" "Modelling and Simulation in Materials Science and Engineering" "Modell. Simul. Mater. Sci. Eng.")
 158     ("TSF" "Thin Solid Films" "Thin Solid Films")
 159     ("TC" "Topics in Catalysis" "Top. Catal.")
 160     ("WR" "Water Research" "Water Res."))
 161   "List of (string journal-full-name journal-abbreviation).  Find abbreviations at http://cassi.cas.org/search.jsp.")
 162
 163
 164 (defun jmax-bibtex-generate-longtitles ()
 165   "Generate longtitles.bib which are @string definitions.
 166 The full journal names are in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'."
 167   (interactive)
 168   (with-temp-file "longtitles.bib"
 169     (dolist (row jmax-bibtex-journal-abbreviations)
 170       (insert (format "@string{%s=\"%s\"}\n"
 171                       (nth 0 row)
 172                       (nth 1 row))))))
 173
 174
 175 (defun jmax-bibtex-generate-shorttitles ()
 176     "Generate shorttitles.bib which are @string definitions.
 177 The abbreviated journal names in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'."
 178   (interactive)
 179   (with-temp-file "shorttitles.bib"
 180     (dolist (row jmax-bibtex-journal-abbreviations)
 181       (insert (format "@string{%s=\"%s\"}\n"
 182                       (nth 0 row)
 183                       (nth 2 row))))))
 184
 185
 186 (defun jmax-stringify-journal-name (&optional key start end)
 187   "Replace journal name in a bibtex entry with a string.
 188 The strings are defined in
 189 `jmax-bibtex-journal-abbreviations'.  The optional arguments KEY,
 190 START and END allow you to use this with `bibtex-map-entries'"
 191   (interactive)
 192   (bibtex-beginning-of-entry)
 193   (when
 194       (string= "article"
 195                (downcase
 196                 (cdr (assoc "=type=" (bibtex-parse-entry)))))
 197     (let* ((full-names (mapcar
 198                         (lambda (row)
 199                           (cons  (nth 1 row) (nth 0 row)))
 200                         jmax-bibtex-journal-abbreviations))
 201            (abbrev-names (mapcar
 202                           (lambda (row)
 203                             (cons  (nth 2 row) (nth 0 row)))
 204                           jmax-bibtex-journal-abbreviations))
 205            (journal (s-trim (bibtex-autokey-get-field "journal")))
 206            (bstring (or
 207                      (cdr (assoc journal full-names))
 208                      (cdr (assoc journal abbrev-names)))))
 209       (when bstring
 210         (bibtex-set-field "journal" bstring t)
 211         (bibtex-fill-entry)))))
 212
 213 (defun jmax-set-journal-string (full-journal-name)
 214   "Set a bibtex journal name to the string that represents FULL-JOURNAL-NAME.
 215 This is defined in `jmax-bibtex-journal-abbreviations'."
 216   (interactive (list
 217                 (ido-completing-read
 218                  "Journal: "
 219                  (mapcar
 220                   (lambda (x)
 221                     (nth 1 x))
 222                   jmax-bibtex-journal-abbreviations))))
 223   ;; construct data alist for the string lookup.
 224   (let ((alist (mapcar
 225                 (lambda (x)
 226                   (cons (nth 1 x) (nth 0 x)))
 227                 jmax-bibtex-journal-abbreviations)))
 228     (bibtex-set-field "journal" (cdr (assoc full-journal-name alist)) t)
 229     (bibtex-fill-entry)
 230     (bibtex-clean-entry)))
 231
 232 ;; * Non-ascii character replacement
 233 ;; see https://github.com/fxcoudert/tools/blob/master/doi2bib for more replacements
 234 (defvar jmax-nonascii-latex-replacements
 235   '()
 236   "Cons list of non-ascii characters and their LaTeX representations.")
 237
 238 (setq jmax-nonascii-latex-replacements
 239       '(("í" . "{\\\\'i}")
 240         ("æ" . "{\\\\ae}")
 241         ("ć" . "{\\\\'c}")
 242         ("é" . "{\\\\'e}")
 243         ("ä" . "{\\\\\"a}")
 244         ("è" . "{\\\\`e}")
 245         ("à" . "{\\\\`a}")
 246         ("á" . "{\\\\'a}")
 247         ("ø" . "{\\\\o}")
 248         ("ë" . "{\\\\\"e}")
 249         ("ü" . "{\\\\\"u}")
 250         ("ñ" . "{\\\\~n}")
 251         ("ņ" . "{\\\\c{n}}")
 252         ("å" . "{\\\\aa}")
 253         ("ö" . "{\\\\\"o}")
 254         ("Á" . "{\\\\'A}")
 255         ("á" . "{\\\\'a}")
 256         ("í" . "{\\\\'i}")
 257         ("ó" . "{\\\\'o}")
 258         ("ó" . "{\\\\'o}")
 259         ("ú" .  "{\\\\'u}")
 260         ("ú" . "{\\\\'u}")
 261         ("š" . "{\\\\v{s}}")
 262         ("ř"  . "{\\\\v{r}}")
 263         ("İ" . "{\\\\.I}")
 264         ("ğ" . "{\\\\u{g}}")
 265         ("δ" . "$\\\\delta$")
 266         ("ç" . "{\\\\c{c}}")
 267         ("ß" . "{\\\\ss}")
 268         ("≤" . "$\\\\le$")
 269         ("<" . "$\\\\lt$")
 270         ("θ" . "$\\\\theta$")
 271         ("μ" . "$\\\\mu$")
 272         ("→" . "$\\\\rightarrow$")
 273         ("⇌" . "$\\\\leftrightharpoons$")
 274         ("×" . "$\\\\times$")
 275         ("°" . "$\\\\deg$")
 276         ("ş" . "{\\\\c{s}}")
 277         ("ı" . "i")                    ; I think this is a turkish i
 278         ;; I think these are non-ascii spaces. there seems to be more than one.
 279         (" " . " ")
 280         (" " . " ")
 281         ("–" . "-")
 282         ("−" . "-")
 283         ("–" . "-")
 284         ("—" . "-")
 285         ("‘" . "'")
 286         ("’" . "'")
 287         ("“" . "\"")
 288         ("’" . "'")
 289         ("”" . "\"")))
 290
 291 (defun jmax-replace-nonascii ()
 292   "Hook function to replace non-ascii characters in a bibtex entry."
 293
 294   (interactive)
 295   (save-restriction
 296     (bibtex-narrow-to-entry)
 297     (goto-char (point-min))
 298     (dolist (char (mapcar (lambda (x) (car x)) jmax-nonascii-latex-replacements))
 299       (while (re-search-forward char nil t)
 300         (replace-match (cdr (assoc char jmax-nonascii-latex-replacements))))
 301       (goto-char (point-min))))
 302   (save-buffer))
 303
 304 (add-hook 'org-ref-clean-bibtex-entry-hook 'jmax-replace-nonascii)
 305
 306 ;; * Title case transformations
 307 (defvar jmax-lower-case-words
 308   '("a" "an" "on" "and" "for"
 309     "the" "of" "in")
 310   "List of words to keep lowercase when changing case in a title.")
 311
 312
 313 (defun jmax-title-case-article (&optional key start end)
 314   "Convert a bibtex entry article title to title-case.
 315 The arguments KEY, START and END are optional, and are only there
 316 so you can use this function with `bibtex-map-entries' to change
 317 all the title entries in articles."
 318   (interactive)
 319   (bibtex-beginning-of-entry)
 320
 321   (let* ((title (bibtex-autokey-get-field "title"))
 322          (words (split-string title))
 323          (start 0))
 324     (when
 325         (string= "article" (downcase (cdr (assoc "=type=" (bibtex-parse-entry)))))
 326       (setq words (mapcar
 327                    (lambda (word)
 328                      (if (or
 329                           ;; match words containing {} or \ which are probably
 330                           ;; LaTeX or protected words
 331                           (string-match "\\$\\|{\\|}\\|\\\\" word)
 332                           ;; these words should not be capitalized, unless they
 333                           ;; are the first word
 334                           (-contains? jmax-lower-case-words (s-downcase word)))
 335                          word
 336                        (s-capitalize word)))
 337                    words))
 338
 339       ;; Check if first word should be capitalized
 340       (when (-contains? jmax-lower-case-words (car words))
 341         (setf (car words) (s-capitalize (car words))))
 342
 343       (setq title (mapconcat 'identity words " "))
 344
 345       ;; Capitalize letters after a dash
 346       (while
 347           (string-match "[a-zA-Z]-\\([a-z]\\)" title start)
 348         (let ((char (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))))
 349           (setf (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))
 350                 (format "%s" (upcase char)))
 351           (setq start (match-end 1))))
 352
 353       ;; this is defined in doi-utils
 354       (bibtex-set-field
 355        "title"
 356        title)
 357       (bibtex-fill-entry))))
 358
 359 (add-hook 'org-ref-clean-bibtex-entry-hook 'jmax-title-case-article)
 360
 361
 362 (defun jmax-sentence-case-article (&optional key start end)
 363   "Convert a bibtex entry article title to sentence-case.
 364 The arguments KEY, START and END are optional, and are only there
 365 so you can use this function with `bibtex-map-entries' to change
 366 all the title entries in articles."
 367   (interactive)
 368   (bibtex-beginning-of-entry)
 369
 370   (let* ((title (bibtex-autokey-get-field "title"))
 371          (words (split-string title))
 372          (start 0))
 373     (when
 374         (string= "article" (downcase (cdr (assoc "=type=" (bibtex-parse-entry)))))
 375       (setq words (mapcar
 376                    (lambda (word)
 377                      (if
 378                          ;; match words containing {} or \ which are probably
 379                          ;; LaTeX or protected words
 380                          (string-match "\\$\\|{\\|}\\|\\\\" word)
 381                          word
 382                        (s-downcase word)))
 383                    words))
 384
 385       ;; capitalize first word
 386       (setf (car words) (s-capitalize (car words)))
 387
 388       ;; join the words
 389       (setq title (mapconcat 'identity words " "))
 390
 391       ;; capitalize a word after a :, eg. a subtitle, and protect it
 392       (while
 393           (string-match "[a-z]:\\s-+\\([A-Z]\\)" title start)
 394         (let ((char (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))))
 395           (setf (substring title (match-beginning 1) (match-end 1))
 396 ;;              (format "{%s}" (upcase char)))
 397                 (format "%s" (upcase char)))
 398           (setq start (match-end 1))))
 399
 400       ;; this is defined in doi-utils
 401       (bibtex-set-field
 402        "title" title)
 403
 404       ;; clean and refill entry so it looks nice
 405       (bibtex-clean-entry)
 406       (bibtex-fill-entry))))
 407
 408 ;; * Navigation in bibtex file
 409 (defun jmax-bibtex-next-entry (&optional n)
 410   "Jump to the beginning of the next bibtex entry.
 411 N is a prefix argument.  If it is numeric, jump that many entries
 412 forward.  Negative numbers do nothing."
 413   (interactive "P")
 414   ;; Note if we start at the beginning of an entry, nothing
 415   ;; happens. We need to move forward a char, and call again.
 416   (when (= (point) (save-excursion
 417                      (bibtex-beginning-of-entry)))
 418     (forward-char)
 419     (jmax-bibtex-next-entry))
 420
 421   ;; search forward for an entry
 422   (when
 423       (re-search-forward bibtex-entry-head nil t (and (numberp n) n))
 424     ;; go to beginning of the entry
 425     (bibtex-beginning-of-entry)))
 426
 427
 428 (defun jmax-bibtex-previous-entry (&optional n)
 429   "Jump to beginning of the previous bibtex entry.
 430 N is a prefix argument.  If it is numeric, jump that many entries back."
 431   (interactive "P")
 432   (bibtex-beginning-of-entry)
 433  (when
 434      (re-search-backward bibtex-entry-head nil t (and (numberp n) n))
 435    (bibtex-beginning-of-entry)))
 436
 437
 438 (defun jmax-bibtex-mode-keys ()
 439   "Modify keymaps used by `bibtex-mode'."
 440   (local-set-key (kbd "M-n") 'jmax-bibtex-next-entry)
 441   (local-set-key (kbd "M-p") 'jmax-bibtex-previous-entry))
 442
 443 ;; add to bibtex-mode-hook
 444 (add-hook 'bibtex-mode-hook 'jmax-bibtex-mode-keys)
 445
 446 ;; * Functions to act on an entry with a doi
 447 (defun jmax-bibtex-entry-doi ()
 448   "Get doi from entry at point."
 449   (interactive)
 450   (save-excursion
 451     (bibtex-beginning-of-entry)
 452     (reftex-get-bib-field "doi" (bibtex-parse-entry t))))
 453
 454
 455 (defun jmax-bibtex-wos ()
 456   "Open bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 457   (interactive)
 458   (doi-utils-wos (jmax-bibtex-entry-doi)))
 459
 460
 461 (defun jmax-bibtex-wos-citing ()
 462   "Open citing articles for bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 463   (interactive)
 464   (doi-utils-wos-citing (jmax-bibtex-entry-doi)))
 465
 466
 467 (defun jmax-bibtex-wos-related ()
 468   "Open related articles for bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 469   (interactive)
 470   (doi-utils-wos-related (jmax-bibtex-entry-doi)))
 471
 472
 473 (defun jmax-bibtex-wos-citing ()
 474   "Open citing articles for bibtex entry in Web Of Science if there is a DOI."
 475   (interactive)
 476   (doi-utils-wos-citing (jmax-bibtex-entry-doi)))
 477
 478
 479 (defun jmax-bibtex-crossref ()
 480   "Open the bibtex entry in Crossref by its doi."
 481   (interactive)
 482   (doi-utils-crossref (jmax-bibtex-entry-doi)))
 483
 484
 485 (defun jmax-bibtex-google-scholar ()
 486   "Open the bibtex entry at point in google-scholar by its doi."
 487   (interactive)
 488   (doi-utils-google-scholar (jmax-bibtex-entry-doi)))
 489
 490
 491 (defun jmax-bibtex-pubmed ()
 492   "Open the bibtex entry at point in Pubmed by its doi."
 493   (interactive)
 494   (doi-utils-pubmed (jmax-bibtex-entry-doi)))
 495
 496
 497 (defun jmax-bibtex-pdf (doi)
 498   "Open the pdf for the bibtex entry at point.
 499 Thin wrapper to get `jmax-bibtex' to open pdf, because it calls
 500 functions with a DOI argument."
 501   (interactive)
 502   (org-ref-open-bibtex-pdf))
 503
 504 ;; * Hydra menu for bibtex entries
 505 ;; hydra menu for actions on bibtex entries
 506 (defhydra jmax-bibtex-hydra (:color blue)
 507    "
 508 _p_: Open pdf     _y_: Copy key               _n_: New entry     _w_: WOS
 509 _b_: Open url     _f_: Copy formatted entry   _o_: Copy entry    _c_: WOS citing
 510 _r_: Refile entry _k_: Add keywords           _d_: delete entry  _a_: WOS related
 511 _e_: Email entry  _K_: Edit keywords          _L_: clean entry   _P_: Pubmed
 512 _U_: Update entry _N_: Open notes             _R_: Crossref      _g_: Google Scholar
 513 _s_: Sort entry   _a_: Remove nonascii        _h_: helm-bibtex   _q_: quit
 514 _u_: Update field _f_: file funcs
 515 "
 516    ("p" org-ref-open-bibtex-pdf)
 517    ("P" jmax-bibtex-pubmed)
 518    ("w" jmax-bibtex-wos)
 519    ("c" jmax-bibtex-wos-citing)
 520    ("a" jmax-bibtex-wos-related)
 521    ("R" jmax-bibtex-crossref)
 522    ("g" jmax-bibtex-google-scholar)
 523    ("n" jmax-bibtex-new-entry/body)
 524    ("N" org-ref-open-bibtex-notes)
 525    ("o" bibtex-copy-entry-as-kill)
 526    ("d" bibtex-kill-entry)
 527    ("L" org-ref-clean-bibtex-entry)
 528    ("y" (kill-new  (bibtex-autokey-get-field "=key=")))
 529    ("f" bibtex-copy-summary-as-kill)
 530    ("k" helm-tag-bibtex-entry)
 531    ("K" (lambda ()
 532           (interactive)
 533           (org-ref-set-bibtex-keywords
 534            (read-input "Keywords: "
 535                        (bibtex-autokey-get-field "keywords"))
 536            t)))
 537    ("b" org-ref-open-in-browser)
 538    ("r" (lambda () (interactive)
 539           (bibtex-beginning-of-entry)
 540           (bibtex-kill-entry)
 541           (find-file (ido-completing-read
 542                       "Bibtex file: "
 543                       (f-entries "." (lambda (f) (f-ext? f "bib")))))
 544           (goto-char (point-max))
 545           (bibtex-yank)
 546           (save-buffer)
 547           (kill-buffer)))
 548    ("e" email-bibtex-entry)
 549    ("U" (doi-utils-update-bibtex-entry-from-doi (jmax-bibtex-entry-doi)))
 550    ("u" doi-utils-update-field)
 551    ("f" jmax-bibtex-file/body)
 552    ("h" helm-bibtex)
 553    ("a" jmax-replace-nonascii)
 554    ("s" org-ref-sort-bibtex-entry)
 555    ("q" nil))
 556
 557 ;; create key-chord and key binding for hydra
 558 (when jmax-bibtex-hydra-key-chord
 559   (key-chord-define-global
 560    jmax-bibtex-hydra-key-chord
 561    'jmax-bibtex-hydra/body))
 562
 563
 564 (when jmax-bibtex-hydra-key-binding
 565   (global-set-key jmax-bibtex-hydra-key-binding 'jmax-bibtex-hydra/body))
 566
 567 ;; * Hydra menu for new bibtex entries
 568 ;; A hydra for adding new bibtex entries.
 569 (defhydra jmax-bibtex-new-entry (:color blue)
 570   "New Bibtex entry:"
 571   ("a" bibtex-Article "Article")
 572   ("b" bibtex-Book "Book")
 573   ("i" bibtex-InBook "In book")
 574   ("l" bibtex-Booklet "Booklet")
 575   ("P" bibtex-Proceedings "Proceedings")
 576   ("p" bibtex-InProceedings "In proceedings")
 577   ("m" bibtex-Misc "Misc.")
 578   ("M" bibtex-Manual "Manual")
 579   ("T" bibtex-PhdThesis "PhD Thesis")
 580   ("t" bibtex-MastersThesis "MS Thesis")
 581   ("R" bibtex-TechReport "Report")
 582   ("u" bibtex-Unpublished "unpublished")
 583   ("c" bibtex-InCollection "Article in collection")
 584   ("q" nil "quit"))
 585
 586
 587 ;; * Hydra menu of functions to act on a bibtex file.
 588 (defhydra jmax-bibtex-file (:color blue)
 589   "Bibtex file functions: "
 590   ("v" bibtex-validate "Validate entries")
 591   ("s" bibtex-sort-buffer "Sort entries")
 592   ("r" bibtex-reformat "Reformat entries")
 593   ("c" bibtex-count-entries "Count entries")
 594   ("p" org-ref-build-full-bibliography "PDF bibliography"))
 595
 596
 597 ;; * DEPRECATED bibtex menu
 598 (defvar jmax-bibtex-menu-funcs '()
 599  "Functions to run in doi menu.
 600 Each entry is a list of (key menu-name function).  The function
 601 must take one argument, the doi.  This is somewhat deprecated, as
 602 I prefer the hydra interfaces above.")
 603
 604 (setq jmax-bibtex-menu-funcs
 605       '(("p" "df" jmax-bibtex-pdf)
 606         ("C" "opy" (lambda (doi)
 607                      (kill-new (org-ref-bib-citation))
 608                      (bury-buffer)))
 609         ("w" "os" doi-utils-wos)
 610         ("c" "iting articles" doi-utils-wos-citing)
 611         ("r" "elated articles" doi-utils-wos-related)
 612         ("s" "Google Scholar" doi-utils-google-scholar)
 613         ("P" "Pubmed" doi-utils-pubmed)
 614         ("f" "CrossRef" doi-utils-crossref)))
 615
 616 (defun jmax-bibtex ()
 617   "Menu command to run in a bibtex entry.
 618 Functions from `jmax-bibtex-menu-funcs'.  They all rely on the
 619 entry having a doi."
 620
 621   (interactive)
 622   ;; construct menu string as a message
 623   (message
 624    (concat
 625     (mapconcat
 626      (lambda (tup)
 627        (concat "[" (elt tup 0) "]"
 628                (elt tup 1) " "))
 629      jmax-bibtex-menu-funcs "") ": "))
 630   (let* ((input (read-char-exclusive))
 631          (choice (assoc
 632                   (char-to-string input) jmax-bibtex-menu-funcs)))
 633     (when choice
 634       (funcall
 635        (elt
 636         choice
 637         2)
 638        (jmax-bibtex-entry-doi)
 639        ))))
 640
 641 (defalias 'jb 'jmax-bibtex)
 642
 643 ;; * The end
 644 (provide 'jmax-bibtex)
 645
 646 ;;; jmax-bibtex.el ends here